More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_0036 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014148  Plim_0036  DNA polymerase III, beta subunit  100 
 
 		 377 aa  758    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0816  DNA polymerase III, beta subunit  28.91 
 
 		 366 aa  176  5e-43  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.731986  normal  0.187979 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0953  DNA polymerase III, beta subunit  30.31 
 
 		 374 aa  156  6e-37  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.95 
 
 		 366 aa  155  9e-37  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000466477  normal  0.315264 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0002  DNA polymerase III subunit beta  33.51 
 
 		 372 aa  154  2e-36  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  decreased coverage  0.0000000275643  normal  0.722211 
 
 
-
 
NC_002620  TC0347  DNA polymerase III subunit beta  28.19 
 
 		 366 aa  154  2.9999999999999998e-36  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.229839  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25.13 
 
 		 367 aa  153  4e-36  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.150547  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3705  DNA polymerase III subunit beta  32.56 
 
 		 372 aa  151  2e-35  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0432616 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.5 
 
 		 372 aa  150  3e-35  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000259068  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.57 
 
 		 369 aa  150  3e-35  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.43 
 
 		 376 aa  149  6e-35  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25.07 
 
 		 372 aa  149  1.0000000000000001e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.72 
 
 		 367 aa  147  2.0000000000000003e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.00000348538  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0002  DNA polymerase III, beta subunit  31.58 
 
 		 365 aa  146  7.0000000000000006e-34  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.25 
 
 		 375 aa  145  2e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0002  DNA polymerase III subunit beta  31.54 
 
 		 373 aa  145  2e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0861969  hitchhiker  0.000000929484 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.63 
 
 		 367 aa  145  2e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.98 
 
 		 376 aa  144  3e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.6 
 
 		 375 aa  143  4e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.55 
 
 		 369 aa  143  4e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.93 
 
 		 375 aa  143  5e-33  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.301651  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0001  DNA polymerase III, beta subunit  26.26 
 
 		 372 aa  143  6e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0872728  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0002  DNA polymerase III subunit beta  31.51 
 
 		 366 aa  142  7e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.161415  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25.92 
 
 		 365 aa  142  9e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.610199  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2239  DNA polymerase III subunit beta  32.04 
 
 		 373 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0102545  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1226  DNA polymerase III, beta subunit  28.19 
 
 		 366 aa  140  3e-32  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.123805  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.91 
 
 		 367 aa  140  4.999999999999999e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00000744787  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0993  DNA polymerase III, beta subunit  28.68 
 
 		 376 aa  140  4.999999999999999e-32  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25.07 
 
 		 372 aa  139  7e-32  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0002  DNA polymerase III subunit beta  30.05 
 
 		 372 aa  139  7e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.142435  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0002  DNA polymerase III subunit beta  29.95 
 
 		 372 aa  139  1e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3047  DNA polymerase III subunit beta  30.51 
 
 		 371 aa  139  1e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.579013  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3543  DNA polymerase III subunit beta  30.73 
 
 		 372 aa  138  2e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.29 
 
 		 373 aa  138  2e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00126039  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.21 
 
 		 372 aa  138  2e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0618208  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4229  DNA polymerase III subunit beta  28.57 
 
 		 366 aa  137  3.0000000000000003e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0002  DNA polymerase III subunit beta  27.82 
 
 		 371 aa  137  3.0000000000000003e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.359453  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4122  DNA polymerase III subunit beta  28.57 
 
 		 366 aa  137  3.0000000000000003e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.381174  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.89 
 
 		 373 aa  137  3.0000000000000003e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.394263  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4171  DNA polymerase III subunit beta  28.57 
 
 		 366 aa  137  3.0000000000000003e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.264257  normal  0.345578 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4065  DNA polymerase III subunit beta  28.57 
 
 		 366 aa  137  3.0000000000000003e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00365243  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25.39 
 
 		 375 aa  137  4e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  unclonable  0.000000418991  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4049  DNA polymerase III subunit beta  28.57 
 
 		 366 aa  136  5e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.22368  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.68 
 
 		 366 aa  136  5e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000790466  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4176  DNA polymerase III subunit beta  27.6 
 
 		 366 aa  136  6.0000000000000005e-31  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000208549  normal  0.014688 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4152  DNA polymerase III subunit beta  27.6 
 
 		 366 aa  136  6.0000000000000005e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000517824  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3715  DNA polymerase III, beta subunit  30.16 
 
 		 367 aa  136  6.0000000000000005e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.348294  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.6 
 
 		 366 aa  136  6.0000000000000005e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.020055  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.74 
 
 		 366 aa  136  6.0000000000000005e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00825161  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.73 
 
 		 368 aa  136  7.000000000000001e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0185617  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.29 
 
 		 368 aa  135  9e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0963742  normal  0.484906 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.12 
 
 		 367 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.49 
 
 		 372 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4118  DNA polymerase III, beta subunit  28.38 
 
 		 368 aa  135  9.999999999999999e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.000107371  normal  0.0690123 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00020  DNA polymerase III subunit beta  28.57 
 
 		 367 aa  135  9.999999999999999e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.95 
 
 		 372 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.120269  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2554  DNA polymerase III subunit beta  28.44 
 
 		 368 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.376427  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.44 
 
 		 368 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.481367  normal  0.530719 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00020  DNA polymerase III subunit beta  28.57 
 
 		 367 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.44 
 
 		 368 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0846842  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03584  DNA polymerase III subunit beta  28.5 
 
 		 366 aa  134  3e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.120571  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.5 
 
 		 366 aa  134  3e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000276402  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.5 
 
 		 366 aa  134  3e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0647653  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0011  DNA polymerase III subunit beta  28.12 
 
 		 367 aa  134  3e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.12322  hitchhiker  0.00002839 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3914  DNA polymerase III subunit beta  28.5 
 
 		 366 aa  134  3e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000199842  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5129  DNA polymerase III subunit beta  28.5 
 
 		 366 aa  134  3e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000402669  normal  0.135624 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4224  DNA polymerase III subunit beta  28.5 
 
 		 366 aa  134  3e-30  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000133889  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.12 
 
 		 367 aa  134  3e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03528  hypothetical protein  28.5 
 
 		 366 aa  134  3e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0779462  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.66 
 
 		 371 aa  134  3e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0290452  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.57 
 
 		 367 aa  134  3e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.32 
 
 		 366 aa  134  3e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00514307  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.84 
 
 		 366 aa  134  3e-30  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.348811  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0004  DNA polymerase III subunit beta  28.38 
 
 		 367 aa  134  3e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4066  DNA polymerase III subunit beta  28.5 
 
 		 366 aa  134  3e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0145467  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.63 
 
 		 367 aa  134  3e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00000485336  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.12 
 
 		 367 aa  134  3e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.123405  normal  0.0743731 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4211  DNA polymerase III subunit beta  28.5 
 
 		 366 aa  134  3e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000853421  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00003  DNA polymerase III, beta subunit  26.12 
 
 		 366 aa  134  3e-30  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000112219  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0002  DNA polymerase III subunit beta  28.14 
 
 		 367 aa  134  3.9999999999999996e-30  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.18752  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0088  DNA polymerase III subunit beta  28.14 
 
 		 367 aa  134  3.9999999999999996e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0300  DNA polymerase III subunit beta  28.14 
 
 		 367 aa  134  3.9999999999999996e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0003  DNA polymerase III subunit beta  30.57 
 
 		 373 aa  133  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.174848  normal  0.920378 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2236  DNA polymerase III subunit beta  28.14 
 
 		 367 aa  134  3.9999999999999996e-30  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2849  DNA polymerase III subunit beta  28.14 
 
 		 367 aa  134  3.9999999999999996e-30  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.78206  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.14 
 
 		 367 aa  134  3.9999999999999996e-30  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.645907  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4145  DNA polymerase III, beta subunit  28.53 
 
 		 368 aa  134  3.9999999999999996e-30  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.258487 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3441  DNA polymerase III subunit beta  28.11 
 
 		 371 aa  133  5e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.325472  normal  0.470058 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0102  DNA polymerase III subunit beta  28.14 
 
 		 367 aa  133  5e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.66 
 
 		 371 aa  133  5e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.97 
 
 		 378 aa  133  6e-30  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000167002  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.53 
 
 		 368 aa  133  6e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0033  DNA polymerase III subunit beta  30.93 
 
 		 366 aa  132  6.999999999999999e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000000234864  normal  0.233091 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.85 
 
 		 367 aa  132  7.999999999999999e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.121469  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0003  DNA polymerase III subunit beta  30.59 
 
 		 373 aa  132  7.999999999999999e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.991791  normal  0.512948 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.17 
 
 		 368 aa  132  7.999999999999999e-30  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.000000000000101704  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0351  DNA polymerase III subunit beta  29.95 
 
 		 412 aa  132  9e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.203557  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.78 
 
 		 366 aa  132  1.0000000000000001e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000143561  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.25 
 
 		 367 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.243689  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.14 
 
 		 368 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0645593  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>