More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_0003 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014148  Plim_0003  response regulator receiver  100 
 
 		 235 aa  465  9.999999999999999e-131  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1841  two component transcriptional regulator  60.65 
 
 		 216 aa  244  6.999999999999999e-64  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0207334  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG2122  DNA-binding response regulator  50.68 
 
 		 223 aa  202  3e-51  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3444  two component transcriptional regulator  49.77 
 
 		 220 aa  192  5e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.112849  normal  0.384843 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0936  two component transcriptional regulator  48.84 
 
 		 225 aa  191  1e-47  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.966492  normal  0.099028 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1478  two component transcriptional regulator  46.26 
 
 		 240 aa  189  2.9999999999999997e-47  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000111909  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4293  two component transcriptional regulator  45.98 
 
 		 224 aa  189  2.9999999999999997e-47  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000934276  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2066  two component transcriptional regulator  47.32 
 
 		 225 aa  188  5.999999999999999e-47  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0243  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.89 
 
 		 224 aa  188  8e-47  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000226454  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0537  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.61 
 
 		 224 aa  186  3e-46  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0716782  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0227  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.45 
 
 		 224 aa  186  3e-46  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0801  two component transcriptional regulator  48.37 
 
 		 221 aa  184  1.0000000000000001e-45  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0203691 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1026  two component transcriptional regulator  44.44 
 
 		 224 aa  183  2.0000000000000003e-45  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000442073 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1969  response regulator receiver domain-containing protein  45.66 
 
 		 219 aa  183  2.0000000000000003e-45  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.478098  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0280  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.09 
 
 		 225 aa  183  2.0000000000000003e-45  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5186  two component heavy metal response transcriptional regulator  45.09 
 
 		 223 aa  183  2.0000000000000003e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3349  two component heavy metal response transcriptional regulator  44.2 
 
 		 223 aa  182  6e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1264  response regulator receiver  44.26 
 
 		 243 aa  181  6e-45  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000000227049  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2126  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.09 
 
 		 224 aa  181  9.000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.245988  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0451  DNA-binding response regulator  44.2 
 
 		 224 aa  181  1e-44  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.313098  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4171  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.98 
 
 		 225 aa  181  1e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1294  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.3 
 
 		 218 aa  181  1e-44  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0476117  hitchhiker  0.00354598 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1291  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.53 
 
 		 222 aa  180  2e-44  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4106  two component heavy metal response transcriptional regulator  44.2 
 
 		 223 aa  179  2.9999999999999997e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.971428 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0344  two component heavy metal response transcriptional regulator  43.36 
 
 		 231 aa  179  4e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1884  two component transcriptional regulator  48.21 
 
 		 222 aa  179  4e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0239131 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5873  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  43.42 
 
 		 228 aa  179  4e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.247228  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2069  two component heavy metal response transcriptional regulator  43.42 
 
 		 228 aa  179  4e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0102482  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4988  two component transcriptional regulator  43.36 
 
 		 225 aa  178  4.999999999999999e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000131605 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3067  two component transcriptional regulator  44.2 
 
 		 224 aa  179  4.999999999999999e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.43316  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0994  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.67 
 
 		 227 aa  178  4.999999999999999e-44  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.337893  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0699  two component transcriptional regulator  46.15 
 
 		 220 aa  178  5.999999999999999e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3081  two component signal transduction response regulator  42.99 
 
 		 223 aa  178  8e-44  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4757  two component heavy metal response transcriptional regulator  43.75 
 
 		 223 aa  178  8e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0878196  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3410  two component heavy metal response transcriptional regulator  43.75 
 
 		 223 aa  178  8e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6194  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.84 
 
 		 222 aa  177  9e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1205  two component transcriptional regulator  42.08 
 
 		 222 aa  177  9e-44  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4436  two component transcriptional regulator  46.08 
 
 		 227 aa  177  1e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.177006  normal  0.889846 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0210  DNA-binding response regulator  42.86 
 
 		 225 aa  176  2e-43  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3454  two component transcriptional regulator  43.86 
 
 		 257 aa  177  2e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.215717 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6295  two component heavy metal response transcriptional regulator  45.09 
 
 		 223 aa  177  2e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.803537  normal  0.219108 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5130  OmpR/winged helix family two component transcriptional regulator  46.51 
 
 		 223 aa  177  2e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.76336  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5224  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  45.58 
 
 		 225 aa  176  2e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.57611  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3246  two component transcriptional regulator  45.21 
 
 		 231 aa  176  4e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000050319  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1842  response regulator receiver protein  47.03 
 
 		 227 aa  175  5e-43  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0521  two component transcriptional regulator  45 
 
 		 223 aa  175  5e-43  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.720367  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1773  two component transcriptional regulator  47.03 
 
 		 227 aa  175  5e-43  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.894508  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1389  two component heavy metal response transcriptional regulator  45.13 
 
 		 225 aa  175  5e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.717226  normal  0.091392 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0229  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.49 
 
 		 227 aa  175  6e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.069189  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3772  two component transcriptional regulator  43.69 
 
 		 222 aa  174  7e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.701851  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3383  two component transcriptional regulator  42.41 
 
 		 224 aa  175  7e-43  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1376  DNA-binding response regulator IrlR  42.29 
 
 		 229 aa  174  7e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.498923  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3820  two component transcriptional regulator  46.4 
 
 		 221 aa  175  7e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1997  winged helix family two component transcriptional regulator  44.2 
 
 		 224 aa  174  8e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.981118  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1183  two component transcriptional regulator  44.24 
 
 		 228 aa  174  8e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3423  response regulator receiver protein  45.66 
 
 		 224 aa  174  9e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.699539  normal  0.107362 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0851  two component transcriptional regulator  43.12 
 
 		 222 aa  174  9e-43  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1433  two component transcriptional regulator  44.7 
 
 		 223 aa  174  9e-43  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1685  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.7 
 
 		 225 aa  174  9.999999999999999e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00118059  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1407  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.7 
 
 		 225 aa  174  9.999999999999999e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.440596  normal  0.126744 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1411  response regulator receiver  44.7 
 
 		 225 aa  174  9.999999999999999e-43  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.110033 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3852  two component transcriptional regulator  43.97 
 
 		 231 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.15775  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0894  two component transcriptional regulator  46.98 
 
 		 222 aa  174  9.999999999999999e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5988  two component heavy metal response transcriptional regulator  45.74 
 
 		 225 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2347  winged helix family two component transcriptional regulator  45.37 
 
 		 222 aa  173  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000302018 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3381  DNA-binding response regulator  43.98 
 
 		 222 aa  173  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.060909  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3212  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  43.52 
 
 		 222 aa  173  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.326214 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1815  two component heavy metal response transcriptional regulator  44 
 
 		 224 aa  173  1.9999999999999998e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.275759  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2674  two component transcriptional regulator  44.59 
 
 		 230 aa  173  1.9999999999999998e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.238816  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5744  two component heavy metal response transcriptional regulator  45.74 
 
 		 225 aa  173  1.9999999999999998e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0360294  normal  0.749662 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3349  two component transcriptional regulator  45.37 
 
 		 222 aa  173  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3267  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.8 
 
 		 220 aa  172  2.9999999999999996e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.387524  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1947  two component transcriptional regulator  45.37 
 
 		 222 aa  172  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.421076  normal  0.0119241 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02836  two-component system regulatory protein (response regulator) required for AvrXa21 activity R2 (raxR2)  46.98 
 
 		 223 aa  172  3.9999999999999995e-42  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3354  two component transcriptional regulator  45.62 
 
 		 220 aa  172  5e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.44436  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2768  two component heavy metal response transcriptional regulator  43.75 
 
 		 223 aa  172  5e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0440  two component transcriptional regulator  41.41 
 
 		 225 aa  172  5e-42  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.747409  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0630  two component transcriptional regulator  45.58 
 
 		 223 aa  171  6.999999999999999e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0672917  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3908  two component transcriptional regulator  43.84 
 
 		 227 aa  171  6.999999999999999e-42  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000011766  normal  0.487109 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45880  putative two-component response regulator  44 
 
 		 229 aa  171  6.999999999999999e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.954426 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2430  two component heavy metal response transcriptional regulator  43.17 
 
 		 227 aa  171  7.999999999999999e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3817  two component transcriptional regulator  43.84 
 
 		 227 aa  171  7.999999999999999e-42  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000444115  decreased coverage  0.00121668 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1787  two component transcriptional regulator  44.14 
 
 		 222 aa  171  9e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.132601  normal  0.0795693 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1066  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.66 
 
 		 223 aa  171  9e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0469  two component transcriptional regulator  45.7 
 
 		 220 aa  171  9e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.601273  normal  0.0513669 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3088  two component transcriptional regulator  45.12 
 
 		 219 aa  171  9e-42  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3815  two component transcriptional regulator  45.12 
 
 		 219 aa  171  1e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.681737  normal  0.25062 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2815  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  46.54 
 
 		 218 aa  171  1e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.877458  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6987  two component heavy metal response transcriptional regulator  46.19 
 
 		 225 aa  171  1e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.67799  normal  0.586494 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3187  two component transcriptional regulator  42.67 
 
 		 229 aa  171  1e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1505  two component heavy metal response transcriptional regulator  46.19 
 
 		 225 aa  171  1e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.228186  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4284  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.92 
 
 		 227 aa  170  1e-41  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3962  two component heavy metal response transcriptional regulator  42.92 
 
 		 225 aa  171  1e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3380  two component transcriptional regulator  45.21 
 
 		 230 aa  170  1e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000549651  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6324  two component heavy metal response transcriptional regulator  46.19 
 
 		 225 aa  171  1e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.313253  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1439  transcriptional activator IrlR  41.85 
 
 		 229 aa  170  2e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4647  DNA-binding response regulator  43.38 
 
 		 231 aa  170  2e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1187  two component transcriptional regulatory protein  43.5 
 
 		 223 aa  170  2e-41  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0030  DNA-binding response regulator IrlR  41.85 
 
 		 229 aa  170  2e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.122488  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3842  two component heavy metal response transcriptional regulator  42.73 
 
 		 227 aa  170  2e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.67414 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>