298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_R0041 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_R0041  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.210764 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0026  tRNA-Pro  97.18 
 
 		 77 bp  125  2e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.00524532  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  95.95 
 
 		 74 bp  123  6e-27  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4569  tRNA-Pro  95.77 
 
 		 77 bp  117  3.9999999999999997e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0425443  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0028  tRNA-Pro  95.77 
 
 		 77 bp  117  3.9999999999999997e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0102349  hitchhiker  0.000264147 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0027  tRNA-Pro  95.77 
 
 		 77 bp  117  3.9999999999999997e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.417259 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0065  tRNA-Pro  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000795587  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0041  tRNA-Pro  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0025  tRNA-Pro  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0037  tRNA-Pro  91.78 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0004  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0133436 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0017  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0059  tRNA-Pro  91.78 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0493454  normal  0.0177961 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0022  tRNA-Pro  91.78 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0036  tRNA-Pro  91.78 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.211682  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0018  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.021826  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3101t  tRNA-Pro  96.36 
 
 		 74 bp  93.7  6e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000115103  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3155t  tRNA-Pro  96.36 
 
 		 74 bp  93.7  6e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01261  tRNA-Pro  96.36 
 
 		 74 bp  93.7  6e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3099t  tRNA-Pro  96.36 
 
 		 74 bp  93.7  6e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000107843  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00487  tRNA-Pro  96.36 
 
 		 74 bp  93.7  6e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00489  tRNA-Pro  96.36 
 
 		 74 bp  93.7  6e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0037  tRNA-Pro  98 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.217744 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0051  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.293622  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0016  tRNA-Pro  98 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0504484  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0031  tRNA-Pro  90.41 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0007  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00014183  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0021  tRNA-Pro  90.41 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna018  tRNA-Pro  94.55 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000119113  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna020  tRNA-Pro  94.55 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000590074  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1813  tRNA-Pro  94.55 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2561  tRNA-Pro  94.55 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000630917  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2559  tRNA-Pro  94.55 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000122193  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna131  tRNA-Pro  94.55 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000799453  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS03760  tRNA-Pro  96 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0394187 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0040  tRNA-Pro  90 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0475845  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0017  tRNA-Pro  97.83 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0035  tRNA-Pro  91.94 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0637572  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0051  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.659123  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0007  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0534  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.101652  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0022  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.367488  normal  0.0190369 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0019  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.000000286409  normal  0.184276 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1418  tRNA-Pro  97.73 
 
 		 79 bp  79.8  0.00000000000008  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1454  tRNA-Pro  97.73 
 
 		 79 bp  79.8  0.00000000000008  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.00328023  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0028  tRNA-Pro  92.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00514358  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0123  tRNA-Pro  92.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0167093  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t107  tRNA-Pro  92.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0017  tRNA-Pro  92.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0130  tRNA-Pro  92.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0122  tRNA-Pro  92.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00712397  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0038  tRNA-Pro  92.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000000899293  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0016  tRNA-Pro  92.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t098  tRNA-Pro  92.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000000663033  normal  0.0932756 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t001  tRNA-Pro  92.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0142  tRNA-Pro  92.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00432211  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0143  tRNA-Pro  92.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00160739  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0046  tRNA-Pro  92.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000453767  hitchhiker  0.0000828502 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0103  tRNA-Pro  92.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000000727228  decreased coverage  0.000000214334 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0144  tRNA-Pro  92.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000613621  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0048  tRNA-Pro  92.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000100606  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0141  tRNA-Pro  92.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.122826  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0142  tRNA-Pro  92.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.130336  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0027  tRNA-Pro  92.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000324929  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0027  tRNA-Pro  92.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00246876  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0036  tRNA-Pro  94 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.37965 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Pro-3  tRNA-Pro  95.65 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.592302  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0035  tRNA-Pro  95.65 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.4244  normal  0.758764 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0049  tRNA-Pro  94 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0039  tRNA-Pro  95.65 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.266264  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0032  tRNA-Pro  95.65 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.832737  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0590  tRNA-Pro  95.65 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.532151  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1702  tRNA-Pro  95.65 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.535582  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0047  tRNA-Pro  95.65 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.290911  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1531  tRNA-Pro  95.65 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.47488  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2759  tRNA-Pro  95.65 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0341238  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1501  tRNA-Pro  95.65 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.287153  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0562  tRNA-Pro  95.65 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.60431  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0052  tRNA-Pro  95.65 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.375643  normal  0.0809617 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0047  tRNA-Pro  95.65 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0039  tRNA-Pro  95.65 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0034  tRNA-Pro  95.65 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.450402 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0039  tRNA-Pro  95.65 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0435386 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0024  tRNA-Pro  95.65 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0039  tRNA-Pro  95.65 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00372537  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0037  tRNA-Pro  95.65 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.448716  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1308  tRNA-Pro  95.65 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.585322  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_R0063  tRNA-Pro  97.56 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0104  tRNA-Pro  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000101126  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4202  tRNA-Pro  91.07 
 
 		 79 bp  71.9  0.00000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.22322e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4164  tRNA-Pro  91.07 
 
 		 79 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00000000231631  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4295  tRNA-Pro  91.07 
 
 		 79 bp  71.9  0.00000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0006  tRNA-Pro  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000337222  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0045  tRNA-Pro  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0152131  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4129  tRNA-Pro  91.07 
 
 		 79 bp  71.9  0.00000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.17442  normal  0.148505 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4263  tRNA-Pro  91.07 
 
 		 79 bp  71.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000112218  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4160  tRNA-Pro  91.07 
 
 		 79 bp  71.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000011069  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0002  tRNA-Pro  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5235  tRNA-Pro  91.07 
 
 		 79 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.000000000789982  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5233  tRNA-Pro  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.000000000806074  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>