298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_R0027 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_R0027  tRNA-Glu  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.251037  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0009  tRNA-Glu  95.38 
 
 		 75 bp  105  1e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.488573  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0004  tRNA-Glu  95.45 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0012  tRNA-Glu  95.45 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.12218 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0034  tRNA-Glu  95.45 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0745  tRNA-Glu  96.49 
 
 		 75 bp  97.6  3e-19  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.105433  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0022  tRNA-Glu  96.55 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0070  tRNA-Glu  96.55 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.251867  normal  0.130321 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0002  tRNA-Glu  96.55 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.12539  normal  0.0346433 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0030  tRNA-Glu  96.55 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.437879  normal  0.359781 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0015  tRNA-Glu  92.31 
 
 		 75 bp  89.7  8e-17  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0015  tRNA-Glu  92.31 
 
 		 75 bp  89.7  8e-17  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0006  tRNA-Glu  92.65 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.439898 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0066  tRNA-Glu  90.54 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000193579  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0023  tRNA-Glu  94.83 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.707978  normal  0.384279 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0084  tRNA-Glu  94.83 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0053  tRNA-Glu  94.83 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0094  tRNA-Glu  94.83 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.115481  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t24  tRNA-Glu  92.98 
 
 		 72 bp  81.8  0.00000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0564834  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t25  tRNA-Glu  92.98 
 
 		 72 bp  81.8  0.00000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0571109  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t34  tRNA-Glu  92.98 
 
 		 72 bp  81.8  0.00000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0907157  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0006  tRNA-Glu  90.77 
 
 		 75 bp  81.8  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0051  tRNA-Glu  90.77 
 
 		 75 bp  81.8  0.00000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00242751  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0046    90.77 
 
 		 75 bp  81.8  0.00000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0515683 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0032  tRNA-Glu  92.98 
 
 		 75 bp  81.8  0.00000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.519477  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0007  tRNA-Glu  90.77 
 
 		 75 bp  81.8  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.231176 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1600  tRNA-Glu  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.502339  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1242  tRNA-Glu  92.98 
 
 		 75 bp  81.8  0.00000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0541834  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA34  tRNA-Glu  90.77 
 
 		 75 bp  81.8  0.00000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0013  tRNA-Glu  90.77 
 
 		 75 bp  81.8  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000540614 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0048  tRNA-Glu  90.77 
 
 		 75 bp  81.8  0.00000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0033  tRNA-Glu  92.98 
 
 		 75 bp  81.8  0.00000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.150537  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0017  tRNA-Glu  92.98 
 
 		 75 bp  81.8  0.00000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0070  tRNA-Glu  89.47 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00169817  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0102  tRNA-Glu  89.47 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000600176  normal  0.113089 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0101  tRNA-Glu  89.47 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000061614  normal  0.113768 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0069  tRNA-Glu  89.47 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0164971  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0071  tRNA-Glu  89.47 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000687617  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0081  tRNA-Glu  89.47 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000080757  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0089  tRNA-Glu  89.47 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000367651  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0097  tRNA-Glu  89.47 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00121483  normal  0.112474 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t065  tRNA-Glu  89.47 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t066  tRNA-Glu  89.47 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t067  tRNA-Glu  89.47 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t068  tRNA-Glu  89.47 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t069  tRNA-Glu  89.47 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t071  tRNA-Glu  89.47 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0084  tRNA-Glu  89.47 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000274947  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0085  tRNA-Glu  89.47 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000107355  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0087  tRNA-Glu  89.47 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000042653  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0086  tRNA-Glu  89.47 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000105777  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0099  tRNA-Glu  89.47 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000375203  normal  0.111863 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0095  tRNA-Glu  89.47 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00314986  normal  0.201708 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0018  tRNA-Glu  92.86 
 
 		 72 bp  79.8  0.00000000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.141914 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0083  tRNA-Glu  89.47 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00174717  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0063  tRNA-Glu  89.47 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000754963  normal  0.0219255 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0065  tRNA-Glu  89.47 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000126201  normal  0.0214958 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0066  tRNA-Glu  89.47 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000122545  normal  0.0214958 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0067  tRNA-Glu  89.47 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000119712  normal  0.0214958 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0068  tRNA-Glu  89.47 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000101886  normal  0.0219255 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0069  tRNA-Glu  89.47 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000616599  normal  0.0122631 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0070  tRNA-Glu  89.47 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000026178  normal  0.0123268 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0063  tRNA-Glu  89.47 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000000852764  normal  0.666936 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0065  tRNA-Glu  89.47 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000829998  normal  0.652684 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0066  tRNA-Glu  89.47 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000483266  normal  0.663718 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0067  tRNA-Glu  89.47 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000412805  normal  0.672534 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0068  tRNA-Glu  89.47 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000457267  normal  0.676383 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0069  tRNA-Glu  89.47 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000472024  normal  0.658468 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0070  tRNA-Glu  89.47 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000548592  normal  0.634145 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0073  tRNA-Glu  89.47 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000261854  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0072  tRNA-Glu  89.47 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000632211  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0096  tRNA-Glu  89.47 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00116613  normal  0.111863 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0076  tRNA-Glu  89.47 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000011411  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0074  tRNA-Glu  89.47 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000020686  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0090  tRNA-Glu  89.47 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000382107  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0061  tRNA-Glu  89.47 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000150408  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0063  tRNA-Glu  89.47 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000126718  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0064  tRNA-Glu  89.47 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000354559  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0065  tRNA-Glu  89.47 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000145591  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0066  tRNA-Glu  89.47 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000460024  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0067  tRNA-Glu  89.47 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000450413  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0068  tRNA-Glu  89.47 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000473191  normal  0.85687 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0098  tRNA-Glu  89.47 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000377978  normal  0.111224 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0074  tRNA-Glu  89.47 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0152418  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0075  tRNA-Glu  89.47 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0139677  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0076  tRNA-Glu  89.47 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00648413  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0078  tRNA-Glu  89.47 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00140572  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0080  tRNA-Glu  89.47 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000593448  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t041  tRNA-Glu  89.33 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000012755  normal  0.0206852 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t049  tRNA-Glu  89.33 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000128796  normal  0.0118369 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t043  tRNA-Glu  89.33 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000011621  normal  0.0207862 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t046  tRNA-Glu  89.33 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000526543  normal  0.0218713 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t045  tRNA-Glu  89.33 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000000108863  normal  0.0209012 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t048  tRNA-Glu  89.33 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000295727  normal  0.0121931 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t047  tRNA-Glu  89.33 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000027485  normal  0.0120138 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0011  tRNA-Glu  90.91 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000477421 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0024  tRNA-Glu  90.91 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.574829  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0050  tRNA-Glu  90.91 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.190647  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0057  tRNA-Glu  93.1 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0731133  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0009  tRNA-Glu  91.23 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.206573  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>