276 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_R0001 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_R0001  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.125316 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0036  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  hitchhiker  0.00277119  normal  0.546011 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4334  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0005  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.345809  normal  0.135729 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0036  tRNA-Arg  97.26 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.962728 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0035  tRNA-Arg  97.26 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.228505  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0055    97.26 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.594029  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0038  tRNA-Arg  97.26 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.217682  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0012  tRNA-Arg  97.26 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0023  tRNA-Arg  97.26 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0060  tRNA-Arg  97.26 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0021  tRNA-Arg  97.26 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0073  tRNA-Arg  97.26 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.665129 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0068  tRNA-Arg  97.26 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0009  tRNA-Arg  97.26 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0022  tRNA-Arg  97.26 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0016  tRNA-Arg  97.26 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0040  tRNA-Arg  95.89 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t16  tRNA-Arg  95.89 
 
 		 74 bp  121  1.9999999999999998e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0954  tRNA-Arg  95.89 
 
 		 79 bp  121  1.9999999999999998e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0004  tRNA-Arg  95.89 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.710859  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0610  tRNA-Arg  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0978805  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0120  tRNA-Arg  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0536302  normal  0.377929 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0091  tRNA-Arg  93.24 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000235506  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0003  tRNA-Arg  93.24 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000103446  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0525  tRNA-Arg  93.24 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000000996192  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0089  tRNA-Arg  93.24 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0042  tRNA-Arg  93.24 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00513283  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4199  tRNA-Arg  93.24 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  6.81521e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0097  tRNA-Arg  93.24 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.0000263693  normal  0.142126 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0054  tRNA-Arg  93.15 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0462421  normal  0.0117618 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0003  tRNA-Arg  93.15 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0070  tRNA-Arg  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.644432  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0007  tRNA-Arg  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00067  tRNA-Arg  94.03 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0000401991  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0107  tRNA-Arg  94.03 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  9.38441e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4142  tRNA-Arg  94.03 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000000739333  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4319  tRNA-Arg  94.03 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.0000432818  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5087  tRNA-Arg  94.03 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000056915  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4710  tRNA-Arg  94.03 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  6.38627e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5230  tRNA-Arg  94.03 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000000196112  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4157  tRNA-Arg  94.03 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000000133465  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0124  tRNA-Arg  94.03 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.00000592514  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4322  tRNA-Arg  94.03 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  2.17442e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0008  tRNA-Arg  94.03 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000368398  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4260  tRNA-Arg  94.03 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000095495  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4211  tRNA-Arg  94.03 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000122851  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4161  tRNA-Arg  94.03 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00000000189132  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0001  tRNA-Arg  94.03 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.265637  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0003  tRNA-Arg  95.16 
 
 		 77 bp  99.6  9e-20  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_5037  tRNA-Arg  90.79 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0001  tRNA-Arg  94.92 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.436716 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0048  tRNA-Arg  92.54 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0048  tRNA-Arg  94.92 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.593319  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0001  tRNA-Arg  96.36 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.916534 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0064  tRNA-Arg  92.54 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6028  tRNA-Arg  93.55 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0235921 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0022  tRNA-Arg  93.55 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.761071  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0005  tRNA-Arg  90.41 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.20883  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0022  tRNA-Arg  93.44 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0050  tRNA-Arg  90.41 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.347664  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0018  tRNA-Arg  93.33 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.208481  normal  0.822208 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0035  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0001  tRNA-Arg  91.04 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00000000693599  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA30  tRNA-Arg  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.179401 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0065  tRNA-Arg  97.78 
 
 		 65 bp  81.8  0.00000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0004  tRNA-Arg  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0058  tRNA-Arg  92.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.11838  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0005  tRNA-Arg  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.31059  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0078  tRNA-Arg  93.75 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.148799  normal  0.909544 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0003  tRNA-Arg  90 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.744258 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0187  tRNA-Arg  89.71 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0023  tRNA-Arg  88.06 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000165773  normal  0.561147 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0010  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00272468  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0005  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t01  tRNA-Arg  91.84 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t01  tRNA-Arg  91.84 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA1  tRNA-Arg  91.84 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0010  tRNA-Arg  91.84 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R7  tRNA-Arg  91.84 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.365989  normal  0.610069 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0010  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0798313  hitchhiker  0.000168441 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0340  tRNA-Arg  93.33 
 
 		 79 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0001  tRNA-Arg  93.33 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0005  tRNA-Arg  91.84 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.964403 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0001  tRNA-Arg  91.84 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03410  tRNA-Arg  93.33 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000139149  hitchhiker  1.96604e-19 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Arg-2  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.464921  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0032  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.717284 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0038  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.903722  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0049  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0090  tRNA-Arg  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0059  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.925034  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0057  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0595904  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0031  tRNA-Arg  85.14 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_R0064  tRNA-Arg  84.93 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0036  tRNA-Arg  84.93 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.550861 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0034  tRNA-Arg  84.93 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4582  tRNA-Arg  84.93 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0082  tRNA-Arg  92.31 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0034  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.1136  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>