More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_3659 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009719  Plav_3659  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  100 
 
 
293 aa  587  1e-166  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  8.713719999999999e-21 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3369  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  58.36 
 
 
284 aa  341  8e-93  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3076  formamidopyrimidine-DNA glycosylase / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  57.68 
 
 
287 aa  328  5.0000000000000004e-89  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0087  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  56.86 
 
 
291 aa  326  3e-88  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4368  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  54.4 
 
 
301 aa  326  3e-88  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0306824 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_3029  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  56.66 
 
 
283 aa  325  6e-88  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.255462 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2592  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  60 
 
 
283 aa  325  7e-88  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0171535  decreased coverage  0.0000000235348 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0212  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  56.19 
 
 
293 aa  325  7e-88  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.156044 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0716  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  55.52 
 
 
302 aa  324  1e-87  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5075  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  56.16 
 
 
287 aa  323  2e-87  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0008  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  59.04 
 
 
283 aa  323  3e-87  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0619  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  56.04 
 
 
293 aa  322  4e-87  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0236093  normal  0.724235 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4639  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  54.3 
 
 
296 aa  322  4e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0230348 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1339  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  58.7 
 
 
283 aa  320  1.9999999999999998e-86  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4100  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  54.79 
 
 
297 aa  319  3.9999999999999996e-86  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0080  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  55.52 
 
 
293 aa  318  7.999999999999999e-86  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.364288 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2096  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  55.37 
 
 
293 aa  317  1e-85  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.026962  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4210  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  54.95 
 
 
283 aa  316  2e-85  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR2183  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  55.37 
 
 
293 aa  316  3e-85  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.770592  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7054  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  58 
 
 
297 aa  316  3e-85  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6254  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  58.33 
 
 
297 aa  314  9.999999999999999e-85  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00281937 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3573  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  53.85 
 
 
306 aa  311  9e-84  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000376379 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0377  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  55.85 
 
 
293 aa  310  2e-83  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0040  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  55 
 
 
293 aa  308  5.9999999999999995e-83  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.733521  normal  0.608589 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0048  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  54.52 
 
 
293 aa  308  9e-83  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.683783  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0452  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  53.49 
 
 
288 aa  304  1.0000000000000001e-81  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.112388 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4416  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  54.67 
 
 
299 aa  301  6.000000000000001e-81  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3033  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  53.16 
 
 
292 aa  301  7.000000000000001e-81  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0389  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  52.48 
 
 
297 aa  301  9e-81  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4528  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  54 
 
 
296 aa  301  1e-80  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.375609 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4046  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  54.33 
 
 
299 aa  300  2e-80  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.2977  normal  0.800255 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3307  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  54.52 
 
 
293 aa  299  4e-80  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.596089 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3716  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  55 
 
 
296 aa  297  1e-79  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.246645  normal  0.263062 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4512  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  56.66 
 
 
281 aa  295  6e-79  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1004  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  50.84 
 
 
289 aa  286  2.9999999999999996e-76  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.838734  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3799  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  56.67 
 
 
281 aa  284  1.0000000000000001e-75  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.127595  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3550  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  51.69 
 
 
286 aa  271  1e-71  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1723  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  51.52 
 
 
275 aa  269  2.9999999999999997e-71  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.120133  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3187  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  54.61 
 
 
270 aa  268  7e-71  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.186382 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4885  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  51.88 
 
 
270 aa  266  4e-70  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.512414  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1221  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  46.53 
 
 
291 aa  253  2.0000000000000002e-66  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000119717  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0596  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  50.51 
 
 
270 aa  253  3e-66  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.717834  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2649  formamidopyrimidine-DNA glycosylase / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  45.58 
 
 
277 aa  225  8e-58  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.849612 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03200  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  43.34 
 
 
271 aa  223  2e-57  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1621  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / formamidopyrimidine-DNA glycosylase  42.81 
 
 
275 aa  221  9.999999999999999e-57  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.39022  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0788  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  45.42 
 
 
274 aa  219  3e-56  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0045  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  43.34 
 
 
270 aa  219  6e-56  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.890377  normal  0.0669728 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0319  DNA-formamidopyrimidine glycosylase  44.37 
 
 
271 aa  218  8.999999999999998e-56  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.877297  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4761  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  42.32 
 
 
270 aa  218  1e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0890871 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1584  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  43.69 
 
 
275 aa  217  2e-55  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.364573  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04870  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  40.14 
 
 
274 aa  216  2.9999999999999998e-55  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000175141  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0582  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  43 
 
 
272 aa  216  2.9999999999999998e-55  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.985563  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0450  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  43.69 
 
 
270 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04670  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  43.69 
 
 
270 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4197  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  43.73 
 
 
270 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5351  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  42.47 
 
 
270 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.364996  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3749  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  40 
 
 
270 aa  213  3.9999999999999995e-54  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0414  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  42.66 
 
 
270 aa  212  5.999999999999999e-54  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1158  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  37.88 
 
 
271 aa  212  7e-54  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.384452  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3957  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  41.5 
 
 
269 aa  211  1e-53  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.109519  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2000  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  45.27 
 
 
271 aa  211  1e-53  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2344  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  45.39 
 
 
285 aa  211  2e-53  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0807386  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3623  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  44.22 
 
 
272 aa  211  2e-53  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3674  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  42.86 
 
 
271 aa  210  3e-53  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.000210718  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3072  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  43.73 
 
 
271 aa  208  1e-52  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1921  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  38.18 
 
 
280 aa  207  1e-52  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0517  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  42.86 
 
 
275 aa  208  1e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.501091  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2809  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  42.42 
 
 
327 aa  207  2e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.509467  normal  0.957052 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3726  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  44.22 
 
 
277 aa  207  2e-52  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.30926 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2969  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / formamidopyrimidine-DNA glycosylase  43.88 
 
 
281 aa  207  2e-52  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.158324  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2184  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  42.42 
 
 
275 aa  207  2e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.338547  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2798  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  42.42 
 
 
275 aa  207  2e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5125  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  43 
 
 
270 aa  206  3e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0399  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  44.37 
 
 
288 aa  206  3e-52  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00640236  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5175  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  43 
 
 
270 aa  206  3e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4999  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  43 
 
 
270 aa  206  3e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2311  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  45.05 
 
 
270 aa  206  3e-52  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0162  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  42.32 
 
 
269 aa  205  6e-52  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.433253  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0631  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  40.27 
 
 
272 aa  205  8e-52  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000258604 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0758  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  42.76 
 
 
276 aa  205  9e-52  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0590  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  42.76 
 
 
276 aa  205  9e-52  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0574  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  42.76 
 
 
276 aa  205  9e-52  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.103451  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0319  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  41.2 
 
 
276 aa  204  1e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0293  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  42.9 
 
 
297 aa  204  1e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2858  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  42.09 
 
 
284 aa  204  1e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0340  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  43 
 
 
270 aa  204  2e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0346  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  44.63 
 
 
284 aa  203  2e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6128  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  41.75 
 
 
275 aa  204  2e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0559175  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2469  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  42.66 
 
 
273 aa  204  2e-51  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000327901  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3271  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  40.14 
 
 
276 aa  204  2e-51  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00866988  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0383  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / formamidopyrimidine-DNA glycosylase  43 
 
 
270 aa  203  3e-51  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.428685  normal  0.0194534 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1864  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  41.64 
 
 
271 aa  203  3e-51  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00234848  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0053  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  38.23 
 
 
270 aa  203  3e-51  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0620574 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0117  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  40.41 
 
 
271 aa  203  3e-51  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.481524 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0479  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  42.52 
 
 
276 aa  203  4e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4839  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  40.27 
 
 
269 aa  202  4e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000052182  hitchhiker  0.0000379227 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03400  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  42.66 
 
 
282 aa  202  6e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00363262  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2716  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  41.86 
 
 
275 aa  202  7e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.371452  normal  0.175182 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2378  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  41.89 
 
 
270 aa  201  9.999999999999999e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.067562 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1507  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  43.1 
 
 
272 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.320582  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>