194 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_3539 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003295  RSc2586  conjugal transfer coupling protein TraG  64.65 
 
 
675 aa  852    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3825  conjugal transfer coupling protein TraG  84.98 
 
 
666 aa  1145    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2701  conjugal transfer coupling protein TraG  64.98 
 
 
669 aa  840    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.143285  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1733  conjugal transfer coupling protein TraG  72.16 
 
 
660 aa  953    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0320  conjugal transfer coupling protein TraG  70.68 
 
 
661 aa  938    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0236522  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3548  conjugal transfer coupling protein TraG  70.34 
 
 
664 aa  920    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3903  conjugal transfer coupling protein TraG  75.97 
 
 
665 aa  1017    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.342715  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1893  conjugal transfer coupling protein TraG  65.13 
 
 
670 aa  867    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1339  conjugal transfer coupling protein TraG  65.77 
 
 
664 aa  866    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.953058  normal  0.786812 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1548  conjugal transfer coupling protein TraG  65.62 
 
 
664 aa  876    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.11101  normal  0.84656 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2618  conjugal transfer coupling protein TraG  68.7 
 
 
687 aa  928    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2818  conjugal transfer coupling protein TraG  80.03 
 
 
660 aa  1062    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.443273  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0515  conjugal transfer coupling protein TraG  78.71 
 
 
662 aa  1055    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.246818  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2327  conjugal transfer coupling protein TraG  74.96 
 
 
662 aa  1011    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.58309  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3849  conjugal transfer coupling protein TraG  73.43 
 
 
664 aa  1001    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00986433  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2002  conjugal transfer coupling protein TraG  64.68 
 
 
665 aa  849    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0417239  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30960  conjugal transfer coupling protein TraG  65.28 
 
 
666 aa  870    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000501937  unclonable  1.70004e-21 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1280  conjugal transfer coupling protein TraG  64.23 
 
 
665 aa  850    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0142  conjugal transfer coupling protein TraG  74.48 
 
 
674 aa  1017    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1506  conjugal transfer coupling protein TraG  82.2 
 
 
661 aa  1126    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.600925 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3188  conjugal transfer coupling protein TraG  75.78 
 
 
669 aa  1025    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0968  conjugal transfer coupling protein TraG  69.01 
 
 
666 aa  900    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3508  conjugal transfer coupling protein TraG  65.42 
 
 
667 aa  855    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0440  conjugal transfer coupling protein TraG  64.99 
 
 
673 aa  878    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0724  conjugal transfer coupling protein TraG  63.29 
 
 
668 aa  849    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4193  conjugal transfer coupling protein TraG  64.68 
 
 
663 aa  867    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2913  conjugal transfer coupling protein TraG  64.49 
 
 
665 aa  863    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2344  conjugal transfer coupling protein TraG  51.74 
 
 
723 aa  677    Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.743545  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2025  conjugal transfer coupling protein TraG  60.8 
 
 
678 aa  796    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2643  conjugal transfer coupling protein TraG  63.8 
 
 
672 aa  852    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1493  conjugal transfer coupling protein TraG  66.57 
 
 
700 aa  876    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  decreased coverage  0.00200644  normal  0.246461 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3356  conjugal transfer coupling protein TraG  73.39 
 
 
666 aa  972    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.456046  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2348  conjugal transfer coupling protein TraG  64.2 
 
 
669 aa  856    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.801098 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7438  conjugal transfer coupling protein TraG  69.79 
 
 
660 aa  893    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.291662  normal  0.932105 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7739  conjugal transfer coupling protein TraG  82.65 
 
 
661 aa  1117    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.477093 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3689  conjugal transfer coupling protein TraG  74.6 
 
 
676 aa  1007    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3084  conjugal transfer coupling protein TraG  85.82 
 
 
661 aa  1177    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.847978  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3708  conjugal transfer coupling protein TraG  65.58 
 
 
669 aa  884    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0479  TRAG family protein  75.63 
 
 
531 aa  691    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.903949  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3193  conjugal transfer coupling protein TraG  84.68 
 
 
661 aa  1174    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0684551  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1023  conjugal transfer coupling protein TraG  70.06 
 
 
660 aa  899    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1196  conjugal transfer coupling protein TraG  100 
 
 
663 aa  1359    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0400673  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1833  conjugal transfer coupling protein TraG  68.1 
 
 
687 aa  813    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3539  conjugal transfer coupling protein TraG  100 
 
 
663 aa  1359    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0686  conjugal transfer coupling protein TraG  52.39 
 
 
756 aa  651    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0589  conjugal transfer coupling protein TraG  82.65 
 
 
659 aa  1124    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0701  conjugal transfer coupling protein TraG  85.54 
 
 
661 aa  1150    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0751  conjugal transfer coupling protein TraG  85.22 
 
 
661 aa  1123    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2876  conjugal transfer coupling protein TraG  84.79 
 
 
662 aa  1099    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.333866 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3006  conjugal transfer coupling protein TraG  73.24 
 
 
663 aa  992    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4007  conjugal transfer coupling protein TraG  83.71 
 
 
659 aa  1138    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.521585 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1316  TRAG family protein  72.46 
 
 
670 aa  778    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35740  conjugal transfer coupling protein TraG  64.38 
 
 
666 aa  853    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2256  conjugal transfer coupling protein TraG  68.26 
 
 
573 aa  775    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1649  TRAG family protein  46.25 
 
 
823 aa  493  9.999999999999999e-139  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2530  TRAG family protein  41.35 
 
 
661 aa  428  1e-118  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.684984  normal 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6525  conjugal transfer coupling protein TraG  40.37 
 
 
637 aa  387  1e-106  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.646585  n/a   
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6612  conjugal transfer coupling protein TraG  40.44 
 
 
637 aa  389  1e-106  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4317  conjugal transfer coupling protein TraG  40.03 
 
 
634 aa  388  1e-106  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.184857  normal 
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2248  conjugal transfer coupling protein TraG  39.2 
 
 
644 aa  380  1e-104  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4715  conjugal transfer coupling protein TraG  37.99 
 
 
626 aa  374  1e-102  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0025  conjugal transfer coupling protein TraG  38.23 
 
 
645 aa  374  1e-102  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000549825  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1398  TRAG family protein  46.29 
 
 
828 aa  351  2e-95  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.277319  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1699  TraG/TraD family protein  42.19 
 
 
834 aa  351  2e-95  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0262  TRAG family protein  45.85 
 
 
809 aa  350  5e-95  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.963876  normal 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5331  TRAG family protein  34.62 
 
 
658 aa  315  1.9999999999999998e-84  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.390385 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5160  TRAG family protein  33.87 
 
 
638 aa  295  2e-78  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1185  TRAG family protein  31.03 
 
 
630 aa  281  2e-74  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0894  TRAG family protein  32.8 
 
 
627 aa  275  2.0000000000000002e-72  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0739  type IV secretion system component VirD4  34.59 
 
 
641 aa  262  2e-68  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0008  type IV secretion system component VirD4  33.59 
 
 
648 aa  259  8e-68  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.325178  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0018  type IV secretion system component VirD4  32.76 
 
 
723 aa  259  1e-67  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.512537  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0040  type IV secretion system component VirD4  31.85 
 
 
714 aa  259  1e-67  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5000  TRAG family protein  32.88 
 
 
670 aa  243  7e-63  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009432  Rsph17025_4368  TRAG family protein  33.2 
 
 
713 aa  234  3e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.538935 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0247  putative type IV secretory pathway protein VirD4  35.15 
 
 
648 aa  230  8e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.865084 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6559  TRAG family protein  35.84 
 
 
561 aa  226  1e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4975  TRAG family protein  36.11 
 
 
560 aa  225  2e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.24546  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0680  agrobacteirum virulence protein VirD4  33.84 
 
 
554 aa  208  2e-52  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5823  TRAG family protein  33.4 
 
 
651 aa  207  4e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0170  cmgd4  28.71 
 
 
658 aa  207  4e-52  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.035471  n/a   
 
 
-
 
NC_008771  Veis_5019  TRAG family protein  29.84 
 
 
758 aa  204  4e-51  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8210  type IV secretion system protein VirD4  29.41 
 
 
663 aa  199  1.0000000000000001e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.493038  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6143  type IV secretion system protein VirD4  29.57 
 
 
548 aa  196  2e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6396  TRAG family protein  29.5 
 
 
699 aa  195  3e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.969912  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2451  TRAG family protein  28.45 
 
 
559 aa  187  4e-46  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.885622  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0862  TRAG family protein  30.64 
 
 
677 aa  187  7e-46  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.777114 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4554  TRAG family protein  29.45 
 
 
695 aa  186  9e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.337664  n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9810  conjugative coupling protein  28.49 
 
 
699 aa  185  3e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4169  TRAG protein  28.6 
 
 
678 aa  183  9.000000000000001e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012040  Cla_a021  conjugal transfer protein TraG/VirD4  26.99 
 
 
598 aa  182  2e-44  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2647  putative Type IV secretory pathway protein VirD4  29.67 
 
 
576 aa  177  5e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.452126  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6495  TRAG family protein  29.46 
 
 
583 aa  177  5e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7522  TRAG family protein  29.09 
 
 
601 aa  177  6e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.445518  normal  0.175078 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0172  TRAG family protein  29.11 
 
 
594 aa  176  9.999999999999999e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.218422 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0458  putative type IV secretory pathway protein VirD4  29.74 
 
 
593 aa  176  1.9999999999999998e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.626492  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4192  TRAG family protein  30.84 
 
 
570 aa  175  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3323  TRAG family protein  30.84 
 
 
570 aa  174  5.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4843  TRAG protein  30.68 
 
 
557 aa  172  1e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1764  putative type IV secretory pathway protein VirD4  30.89 
 
 
575 aa  172  2e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.347607  normal  0.197247 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>