More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_3352 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009719  Plav_3352  CDP-glucose 4,6-dehydratase  100 
 
 
362 aa  732    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.45248 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4218  CDP-glucose 4,6-dehydratase  51.71 
 
 
354 aa  343  4e-93  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.527744  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1962  CDP-glucose 4,6-dehydratase  50.29 
 
 
357 aa  340  2e-92  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0663  CDP-glucose 4,6-dehydratase  50.29 
 
 
361 aa  340  2e-92  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0569  CDP-glucose 4,6-dehydratase  50.29 
 
 
361 aa  340  2e-92  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.76383  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4510  CDP-glucose 4,6-dehydratase  52.29 
 
 
354 aa  338  9e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0220164  normal  0.0184859 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2876  CDP-glucose 4,6-dehydratase  52.59 
 
 
355 aa  337  1.9999999999999998e-91  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1511  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.21 
 
 
360 aa  335  7e-91  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1983  CDP-glucose 4,6-dehydratase (O-antigen-related)  49.71 
 
 
357 aa  332  9e-90  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3718  CDP-glucose 4,6-dehydratase  49.86 
 
 
360 aa  329  4e-89  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.316077  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0627  CDP-glucose 4,6-dehydratase  52.44 
 
 
366 aa  329  5.0000000000000004e-89  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3401  CDP-glucose 4,6-dehydratase  48.75 
 
 
372 aa  326  4.0000000000000003e-88  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0332  CDP-glucose 4,6-dehydratase  46 
 
 
364 aa  325  1e-87  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.106161  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27770  CDP-glucose 4,6-dehydratase  49.42 
 
 
358 aa  322  7e-87  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0856  CDP-glucose 4,6-dehydratase  49.01 
 
 
367 aa  318  6e-86  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2715  CDP-glucose 4,6-dehydratase  51.71 
 
 
366 aa  319  6e-86  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.525402  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0771  CDP-glucose 4,6-dehydratase  50 
 
 
372 aa  318  7e-86  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0223168 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1880  CDP-glucose 4,6-dehydratase  47.43 
 
 
358 aa  317  2e-85  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.457819 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4010  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.38 
 
 
358 aa  317  2e-85  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.275251  normal  0.168772 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0783  CDP-glucose 4,6-dehydratase  46.61 
 
 
357 aa  317  2e-85  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2291  CDP-glucose 4,6-dehydratase  49.28 
 
 
361 aa  317  2e-85  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.966324  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1480  CDP-glucose 4,6-dehydratase  48.14 
 
 
353 aa  316  3e-85  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.988255 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3349  CDP-glucose 4,6-dehydratase  45.53 
 
 
358 aa  317  3e-85  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1689  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.25 
 
 
357 aa  315  7e-85  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3789  CDP-glucose 4,6-dehydratase  45.38 
 
 
361 aa  311  7.999999999999999e-84  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2317  CDP-glucose 4,6-dehydratase  42.34 
 
 
359 aa  311  1e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0156634 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0709  CDP-glucose 4,6-dehydratase  43.5 
 
 
356 aa  311  1e-83  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3658  CDP-glucose 4,6-dehydratase  50.43 
 
 
363 aa  310  2e-83  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.758357  normal  0.169877 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4735  CDP-glucose 4,6-dehydratase  50.43 
 
 
363 aa  310  2e-83  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.991306  normal  0.159125 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2324  CDP-glucose 4,6-dehydratase  42.06 
 
 
359 aa  310  2.9999999999999997e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00566999 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2216  CDP-glucose 4,6-dehydratase  42.06 
 
 
359 aa  309  4e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.776521  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3062  CDP-glucose 4,6-dehydratase  45.43 
 
 
352 aa  309  4e-83  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1424  hypothetical protein  43.18 
 
 
361 aa  309  4e-83  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.0353322  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3190  CDP-glucose 4,6-dehydratase  42.21 
 
 
357 aa  308  1.0000000000000001e-82  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.170575  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2431  CDP-glucose 4,6-dehydratase  42.06 
 
 
359 aa  308  1.0000000000000001e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.310419  hitchhiker  0.0000678484 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1131  CDP-glucose 4,6-dehydratase  47.86 
 
 
367 aa  308  1.0000000000000001e-82  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3050  CDP-glucose 4,6-dehydratase  42.21 
 
 
391 aa  307  2.0000000000000002e-82  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2273  CDP-glucose 4,6-dehydratase  41.78 
 
 
359 aa  307  2.0000000000000002e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000124958 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0130  CDP-glucose 4,6-dehydratase  39.53 
 
 
353 aa  302  7.000000000000001e-81  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.837916  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0806  CDP-glucose 4,6-dehydratase  50 
 
 
364 aa  300  3e-80  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0841534  normal  0.289555 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0592  CDP-glucose 4,6-dehydratase  49.01 
 
 
358 aa  297  2e-79  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4419  CDP-glucose 4,6-dehydratase  50 
 
 
361 aa  294  2e-78  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.67049 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0847  CDP-glucose 4,6-dehydratase  50.28 
 
 
368 aa  293  3e-78  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.307113  normal  0.210188 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3374  CDP-glucose 4,6-dehydratase  41.5 
 
 
351 aa  290  2e-77  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0777  CDP-glucose 4,6-dehydratase  42.53 
 
 
358 aa  290  3e-77  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10410  CDP-glucose 4,6-dehydratase  43.75 
 
 
395 aa  290  4e-77  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3396  CDP-glucose 4,6-dehydratase  40.92 
 
 
351 aa  287  2e-76  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3400  CDP-glucose 4,6-dehydratase  41.5 
 
 
351 aa  287  2e-76  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3070  CDP-glucose 4,6-dehydratase  40.92 
 
 
351 aa  286  2.9999999999999996e-76  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2191  CDP-glucose 4,6-dehydratase  43.1 
 
 
365 aa  286  2.9999999999999996e-76  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  decreased coverage  0.00831743  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0774  CDP-glucose 4,6-dehydratase  41.67 
 
 
362 aa  286  5e-76  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0920711 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1960  CDP-glucose 4,6-dehydratase  44.06 
 
 
362 aa  281  2e-74  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4602  CDP-glucose 4,6-dehydratase  42.69 
 
 
359 aa  280  3e-74  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0921242  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2768  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.39 
 
 
357 aa  279  6e-74  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3695  CDP-glucose-4,6-dehydratase, putative  45.43 
 
 
368 aa  278  1e-73  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0387  CDP-glucose 4,6-dehydratase  40.46 
 
 
367 aa  275  9e-73  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1258  CDP-glucose 4,6-dehydratase  48.45 
 
 
364 aa  273  5.000000000000001e-72  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1603  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.33 
 
 
371 aa  269  5e-71  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_01401  CDP-glucose 4,6-dehydratase  41.62 
 
 
365 aa  267  2e-70  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3401  CDP-glucose 4,6-dehydratase  40.45 
 
 
366 aa  266  2.9999999999999995e-70  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000773514 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2561  CDP-glucose 4,6-dehydratase  41.4 
 
 
379 aa  266  4e-70  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3529  CDP-glucose 4,6-dehydratase  38.74 
 
 
362 aa  264  2e-69  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1702  CDP-glucose 4,6-dehydratase  38.46 
 
 
362 aa  261  1e-68  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.412551  hitchhiker  0.000000000000117345 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1909  CDP-glucose 4,6-dehydratase  41.87 
 
 
369 aa  260  3e-68  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1257  NAD-dependent epimerase/dehydratase:polysaccharide biosynthesis protein CapD  41.55 
 
 
365 aa  259  7e-68  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2888  CDP-glucose 4,6-dehydratase  41.53 
 
 
368 aa  258  1e-67  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0061  CDP-glucose 4,6-dehydratase  42.21 
 
 
368 aa  256  4e-67  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0769235  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2656  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.03 
 
 
366 aa  256  6e-67  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_07611  CDP-glucose 4,6-dehydratase  36.59 
 
 
360 aa  255  8e-67  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1251  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.94 
 
 
367 aa  251  2e-65  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.295037  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3334  CDP-glucose 4,6-dehydratase  40.55 
 
 
386 aa  250  2e-65  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2783  CDP-glucose 4,6-dehydratase  40.55 
 
 
386 aa  250  3e-65  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.824232 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_12911  CDP-glucose 4,6-dehydratase  39.28 
 
 
366 aa  249  4e-65  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.253167  hitchhiker  0.00798919 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0876  CDP-glucose 4,6-dehydratase  41.21 
 
 
371 aa  248  1e-64  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1872  CDP-glucose 4,6-dehydratase  43.73 
 
 
357 aa  242  9e-63  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.986998  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3176  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.93 
 
 
331 aa  162  1e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.759181  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4030  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.74 
 
 
406 aa  160  2e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1896  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.52 
 
 
331 aa  143  4e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2838  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.61 
 
 
324 aa  137  4e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.904735  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0884  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.82 
 
 
328 aa  105  1e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1490  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.77 
 
 
413 aa  105  1e-21  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.245536  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0491  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.39 
 
 
411 aa  104  3e-21  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  hitchhiker  0.00000639635 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3176  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.51 
 
 
329 aa  97.8  3e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2779  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.81 
 
 
367 aa  94  4e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0939  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  25.08 
 
 
348 aa  94  4e-18  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4599  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.8 
 
 
339 aa  92.8  9e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.336676  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3431  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  30.06 
 
 
337 aa  91.3  3e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00846703 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1063  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.85 
 
 
409 aa  90.5  4e-17  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0896944  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1767  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.25 
 
 
369 aa  89.7  8e-17  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.0216648  normal  0.868455 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1390  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  30.34 
 
 
322 aa  89  1e-16  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000137645  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1611  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  29.75 
 
 
350 aa  89  1e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2884  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  28.61 
 
 
341 aa  89  1e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.543075  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3786  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.98 
 
 
345 aa  87.4  3e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0307  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  28.66 
 
 
339 aa  87.8  3e-16  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1850  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  27.73 
 
 
325 aa  87  4e-16  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.0128954  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0590  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  25.54 
 
 
307 aa  87.4  4e-16  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3072  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  27.22 
 
 
351 aa  87  4e-16  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.611799  normal  0.380858 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0380  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  27.24 
 
 
312 aa  87  5e-16  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0419  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  29.29 
 
 
350 aa  86.7  6e-16  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2858  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.2 
 
 
417 aa  86.7  6e-16  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0350628  normal  0.478432 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>