More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_3302 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_3453  aspartyl-tRNA synthetase  68.16 
 
 
591 aa  850    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0866598  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1620  aspartyl-tRNA synthetase  55.44 
 
 
601 aa  659    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0865646  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2557  aspartyl-tRNA synthetase  67.04 
 
 
609 aa  841    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4374  aspartyl-tRNA synthetase  64.74 
 
 
604 aa  789    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0450  aspartyl-tRNA synthetase  61.49 
 
 
599 aa  764    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0413  aspartyl-tRNA synthetase  54.32 
 
 
600 aa  662    Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2472  aspartyl-tRNA synthetase  65 
 
 
591 aa  797    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0952045 
 
 
-
 
NC_004310  BR0751  aspartyl-tRNA synthetase  68.28 
 
 
595 aa  871    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.220186  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1104  aspartyl-tRNA synthetase  66.17 
 
 
596 aa  841    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.507446  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0868  aspartyl-tRNA synthetase  64.68 
 
 
596 aa  840    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.925972  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3864  aspartyl-tRNA synthetase  69.5 
 
 
590 aa  855    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.32606  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0745  aspartyl-tRNA synthetase  68.28 
 
 
595 aa  871    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0672  aspartyl-tRNA synthetase  55.83 
 
 
590 aa  688    Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.301206  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1588  aspartyl-tRNA synthetase  70 
 
 
590 aa  868    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.858986  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0365  aspartyl-tRNA synthetase  64 
 
 
591 aa  787    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.747846 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0815  aspartyl-tRNA synthetase  65 
 
 
591 aa  797    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4005  aspartyl-tRNA synthetase  64.58 
 
 
614 aa  787    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.70537 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1320  aspartyl-tRNA synthetase  56.79 
 
 
604 aa  678    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0251551  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3302  aspartyl-tRNA synthetase  100 
 
 
607 aa  1247    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.465914  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0932  aspartyl-tRNA synthetase  53.63 
 
 
605 aa  658    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  unclonable  0.0000000107292  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0209  aspartyl-tRNA synthetase  60.86 
 
 
623 aa  764    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.789469 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2072  aspartyl-tRNA synthetase  63.62 
 
 
606 aa  764    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2465  aspartyl-tRNA synthetase  67.05 
 
 
604 aa  813    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.858075  normal  0.022913 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4486  aspartyl-tRNA synthetase  65.73 
 
 
604 aa  793    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.350526  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2364  aspartyl-tRNA synthetase  62.77 
 
 
595 aa  760    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.769745  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2496  aspartyl-tRNA synthetase  68.39 
 
 
590 aa  845    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.525645  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1338  aspartyl-tRNA synthetase  60.27 
 
 
593 aa  742    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.427897  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0334  aspartyl-tRNA synthetase  55 
 
 
590 aa  677    Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3166  aspartyl-tRNA synthetase  61.83 
 
 
591 aa  770    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.178298  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0043  aspartyl-tRNA synthetase  66.17 
 
 
593 aa  803    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.0000554718  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1592  aspartyl-tRNA synthetase  64.97 
 
 
601 aa  822    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0409967  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2336  aspartyl-tRNA synthetase  68.22 
 
 
590 aa  847    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.544435  normal  0.352116 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1396  aspartyl-tRNA synthetase  62.09 
 
 
597 aa  758    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2947  aspartyl-tRNA synthetase  68.33 
 
 
590 aa  847    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2111  aspartyl-tRNA synthetase  69.5 
 
 
590 aa  860    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2633  aspartyl-tRNA synthetase  63.67 
 
 
590 aa  788    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.530132  normal  0.0940983 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1469  aspartyl-tRNA synthetase  54.21 
 
 
608 aa  674    Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  decreased coverage  0.000021993  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0635  aspartyl-tRNA synthetase  63.5 
 
 
594 aa  784    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.312658 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1751  aspartyl-tRNA synthetase  65.28 
 
 
619 aa  787    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.96886  normal  0.294173 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1016  aspartyl-tRNA synthetase  52.89 
 
 
608 aa  658    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.90482  normal  0.914473 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1122  aspartyl-tRNA synthetase  70.45 
 
 
594 aa  889    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.403181  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0802  aspartyl-tRNA synthetase  67.11 
 
 
595 aa  852    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.336028 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1519  aspartyl-tRNA synthetase  54.88 
 
 
605 aa  673    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  unclonable  0.0000000000463103  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1258  aspartyl-tRNA synthetase  69.92 
 
 
605 aa  908    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000886805 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2541  aspartyl-tRNA synthetase  67.95 
 
 
595 aa  867    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0210193  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1251  aspartyl-tRNA synthetase  66.5 
 
 
596 aa  846    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0677524 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0504  aspartyl-tRNA synthetase  63.7 
 
 
625 aa  790    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0413061  normal  0.734988 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2168  aspartyl-tRNA synthetase  66.23 
 
 
604 aa  798    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.271234  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1650  aspartyl-tRNA synthetase  53.53 
 
 
606 aa  651    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2183  aspartyl-tRNA synthetase  65 
 
 
591 aa  796    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.403701  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3140  aspartyl-tRNA synthetase  65.18 
 
 
623 aa  833    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.545815 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0477  aspartyl-tRNA synthetase  54.5 
 
 
588 aa  632  1e-180  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  unclonable  0.0000000218693  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1543  aspartyl-tRNA synthetase  49.16 
 
 
581 aa  582  1.0000000000000001e-165  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00178145  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1351  aspartyl-tRNA synthetase  49.42 
 
 
600 aa  554  1e-156  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.21332  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0950  aspartyl-tRNA synthetase  46.73 
 
 
603 aa  534  1e-150  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3070  aspartyl-tRNA synthetase  46.55 
 
 
588 aa  533  1e-150  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.0000092939  unclonable  0.0000000339544 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1979  aspartyl-tRNA synthetase  46.54 
 
 
589 aa  524  1e-147  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000243263  normal  0.298313 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1411  aspartyl-tRNA synthetase  45.02 
 
 
594 aa  524  1e-147  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.00209555  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3786  aspartyl-tRNA synthetase  45.7 
 
 
589 aa  511  1e-143  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.000017207  normal  0.0478066 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2350  aspartyl-tRNA synthetase  44.65 
 
 
619 aa  510  1e-143  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.613805  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4411  aspartyl-tRNA synthetase  45.23 
 
 
591 aa  502  1e-141  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00200172  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2354  aspartyl-tRNA synthetase  44.15 
 
 
595 aa  503  1e-141  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3981  aspartyl-tRNA synthetase  45.06 
 
 
591 aa  497  1e-139  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0111519  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0961  aspartyl-tRNA synthetase  44.28 
 
 
597 aa  496  1e-139  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0436213  normal  0.406742 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1322  aspartyl-tRNA synthetase  43.43 
 
 
593 aa  497  1e-139  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.34967e-29 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2196  aspartyl-tRNA synthetase  43.53 
 
 
593 aa  497  1e-139  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000200775  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1170  aspartyl-tRNA synthetase  43.47 
 
 
599 aa  493  9.999999999999999e-139  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1463  aspartyl-tRNA synthetase  44.46 
 
 
594 aa  494  9.999999999999999e-139  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.0040271  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0945  aspartyl-tRNA synthetase  45 
 
 
590 aa  493  9.999999999999999e-139  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12140  Aspartyl-tRNA synthetase  42.76 
 
 
590 aa  493  9.999999999999999e-139  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000646901  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2226  aspartyl-tRNA synthetase  44.41 
 
 
617 aa  494  9.999999999999999e-139  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.544329  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1406  aspartyl-tRNA synthetase  44.56 
 
 
591 aa  494  9.999999999999999e-139  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  unclonable  0.0000271682  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0247  aspartyl-tRNA synthetase  43.4 
 
 
614 aa  495  9.999999999999999e-139  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.359084  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4205  aspartyl-tRNA synthetase  45.06 
 
 
591 aa  493  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.103347  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2903  aspartyl-tRNA synthetase  43.43 
 
 
593 aa  495  9.999999999999999e-139  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000405553  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1313  aspartyl-tRNA synthetase  43.65 
 
 
599 aa  493  9.999999999999999e-139  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15220  aspartyl-tRNA synthetase  45.71 
 
 
590 aa  492  9.999999999999999e-139  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.925983  normal  0.271227 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4002  aspartyl-tRNA synthetase  45.06 
 
 
591 aa  494  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36730  aspartyl-tRNA synthetase  45 
 
 
591 aa  492  1e-137  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1213  aspartyl-tRNA synthetase  44.89 
 
 
591 aa  491  1e-137  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.352456  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5000  aspartyl-tRNA synthetase  43.23 
 
 
618 aa  489  1e-137  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0714  aspartyl-tRNA synthetase  43.28 
 
 
591 aa  489  1e-137  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.0000000343649  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_612  aspartyl-tRNA synthetase  42.05 
 
 
598 aa  489  1e-137  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00000641857  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1242  aspartyl-tRNA synthetase  44.89 
 
 
591 aa  491  1e-137  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.276348  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1812  aspartyl-tRNA synthetase  43.99 
 
 
604 aa  489  1e-137  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0197544  hitchhiker  0.0000225826 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2384  aspartyl-tRNA synthetase  42.45 
 
 
594 aa  489  1e-137  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.0000393733  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3118  aspartyl-tRNA synthetase  43.22 
 
 
589 aa  489  1e-137  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00400953  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3586  aspartyl-tRNA synthetase  44.39 
 
 
592 aa  490  1e-137  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000069189  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0812  aspartyl-tRNA synthetase  43.43 
 
 
586 aa  491  1e-137  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.00000270105  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1268  aspartyl-tRNA synthetase  44.98 
 
 
591 aa  491  1e-137  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.132766  normal  0.965215 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4485  aspartyl-tRNA synthetase  42.79 
 
 
591 aa  486  1e-136  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0604234  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4135  aspartyl-tRNA synthetase  43.12 
 
 
591 aa  488  1e-136  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00458828  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4145  aspartyl-tRNA synthetase  43.12 
 
 
591 aa  488  1e-136  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0128208  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0634  aspartyl-tRNA synthetase  42.83 
 
 
599 aa  486  1e-136  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000213965  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0890  aspartyl-tRNA synthetase  43.72 
 
 
596 aa  486  1e-136  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000708268  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4632  aspartyl-tRNA synthetase  43.12 
 
 
591 aa  488  1e-136  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000004582  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0968  aspartyl-tRNA synthetase  43.12 
 
 
592 aa  487  1e-136  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.506019  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2187  aspartyl-tRNA synthetase  43.76 
 
 
590 aa  487  1e-136  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.0000146204  normal  0.319945 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4482  aspartyl-tRNA synthetase  43.12 
 
 
591 aa  488  1e-136  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.31618e-21 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4535  aspartyl-tRNA synthetase  42.79 
 
 
591 aa  486  1e-136  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000691465  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>