More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_3054 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009719  Plav_3054  queuine tRNA-ribosyltransferase  100 
 
 
379 aa  784    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0377683  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4271  queuine tRNA-ribosyltransferase  71.05 
 
 
384 aa  540  9.999999999999999e-153  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0374277 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2451  queuine tRNA-ribosyltransferase  68.27 
 
 
376 aa  530  1e-149  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0606971  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3555  queuine tRNA-ribosyltransferase  69.52 
 
 
378 aa  527  1e-148  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3270  queuine tRNA-ribosyltransferase  69.38 
 
 
379 aa  525  1e-148  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.756074  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1752  queuine tRNA-ribosyltransferase  67.11 
 
 
376 aa  525  1e-148  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.543726  normal  0.0577466 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3071  queuine tRNA-ribosyltransferase  69.75 
 
 
383 aa  525  1e-148  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1891  queuine tRNA-ribosyltransferase  66.58 
 
 
380 aa  524  1e-147  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.186331  normal  0.7494 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2804  queuine tRNA-ribosyltransferase  66.31 
 
 
376 aa  522  1e-147  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1495  queuine tRNA-ribosyltransferase  66.58 
 
 
376 aa  522  1e-147  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.474706 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1406  queuine tRNA-ribosyltransferase  68.09 
 
 
376 aa  522  1e-147  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.150936  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1938  queuine tRNA-ribosyltransferase  66.67 
 
 
376 aa  523  1e-147  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3296  queuine tRNA-ribosyltransferase  68.73 
 
 
383 aa  522  1e-147  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.300958  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1268  queuine tRNA-ribosyltransferase  65.96 
 
 
376 aa  519  1e-146  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.236624  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2520  queuine tRNA-ribosyltransferase  68.45 
 
 
376 aa  517  1.0000000000000001e-145  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.783169  normal  0.199825 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1156  queuine tRNA-ribosyltransferase  66.05 
 
 
388 aa  517  1.0000000000000001e-145  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.10772  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2335  queuine tRNA-ribosyltransferase  67.66 
 
 
386 aa  512  1e-144  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.964069  normal  0.0584055 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0280  queuine tRNA-ribosyltransferase  64.38 
 
 
375 aa  507  9.999999999999999e-143  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2176  queuine tRNA-ribosyltransferase  65.25 
 
 
383 aa  504  9.999999999999999e-143  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.255215  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2346  queuine tRNA-ribosyltransferase  66.84 
 
 
376 aa  505  9.999999999999999e-143  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.395355  normal  0.213508 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2247  queuine tRNA-ribosyltransferase  67.39 
 
 
374 aa  502  1e-141  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.929742  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0019  queuine tRNA-ribosyltransferase  67.49 
 
 
379 aa  503  1e-141  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1052  queuine tRNA-ribosyltransferase  64.38 
 
 
377 aa  499  1e-140  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1091  queuine tRNA-ribosyltransferase  64.72 
 
 
377 aa  498  1e-140  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0770  queuine tRNA-ribosyltransferase  64.36 
 
 
376 aa  499  1e-140  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.196276 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1866  queuine tRNA-ribosyltransferase  64.81 
 
 
380 aa  499  1e-140  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  decreased coverage  0.000457262  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5516  queuine tRNA-ribosyltransferase  65.58 
 
 
378 aa  497  1e-139  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.575246  normal  0.110297 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2191  queuine tRNA-ribosyltransferase  64.53 
 
 
371 aa  496  1e-139  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.314247 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2655  queuine tRNA-ribosyltransferase  64.77 
 
 
378 aa  497  1e-139  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0133  queuine tRNA-ribosyltransferase  64.25 
 
 
414 aa  485  1e-136  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.954831  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4363  queuine tRNA-ribosyltransferase  65.77 
 
 
382 aa  485  1e-136  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0741  queuine tRNA-ribosyltransferase  63.47 
 
 
377 aa  482  1e-135  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.199619  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1771  queuine tRNA-ribosyltransferase  62.53 
 
 
377 aa  481  1e-134  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2876  queuine tRNA-ribosyltransferase  63.54 
 
 
377 aa  478  1e-134  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2187  queuine tRNA-ribosyltransferase  63.22 
 
 
375 aa  478  1e-134  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1795  queuine tRNA-ribosyltransferase  63.07 
 
 
377 aa  471  1e-132  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  hitchhiker  0.0000838007  normal  0.210188 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2869  queuine tRNA-ribosyltransferase  63.34 
 
 
380 aa  473  1e-132  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2603  queuine tRNA-ribosyltransferase  63.27 
 
 
380 aa  474  1e-132  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.206697  normal  0.0104554 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2592  queuine tRNA-ribosyltransferase  62.03 
 
 
377 aa  467  9.999999999999999e-131  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.00946662  normal  0.321303 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0852  queuine tRNA-ribosyltransferase  59.56 
 
 
370 aa  449  1e-125  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0514  queuine tRNA-ribosyltransferase  59.4 
 
 
370 aa  450  1e-125  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2182  queuine tRNA-ribosyltransferase  60 
 
 
374 aa  450  1e-125  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1120  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.88 
 
 
385 aa  447  1.0000000000000001e-124  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.38532  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1340  queuine tRNA-ribosyltransferase  61.33 
 
 
376 aa  447  1.0000000000000001e-124  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.20108  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1228  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.88 
 
 
370 aa  445  1.0000000000000001e-124  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2484  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.42 
 
 
374 aa  446  1.0000000000000001e-124  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00000574895  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1382  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.81 
 
 
374 aa  445  1.0000000000000001e-124  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000246245  hitchhiker  0.0000118913 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1447  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.81 
 
 
374 aa  445  1.0000000000000001e-124  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000328041  normal  0.0357414 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1435  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.81 
 
 
374 aa  445  1.0000000000000001e-124  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000652098  hitchhiker  0.000858372 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2892  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.34 
 
 
377 aa  442  1e-123  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.103545  hitchhiker  0.000645764 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2787  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.54 
 
 
374 aa  444  1e-123  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000000135544  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2807  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.54 
 
 
374 aa  444  1e-123  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000000311087  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1570  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.54 
 
 
374 aa  444  1e-123  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000109087  hitchhiker  0.000000108069 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2882  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.54 
 
 
374 aa  444  1e-123  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000363226  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2193  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.27 
 
 
374 aa  438  9.999999999999999e-123  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0616046  normal  0.0257357 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3113  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.54 
 
 
374 aa  441  9.999999999999999e-123  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2068  Queuine tRNA-ribosyltransferase  58.68 
 
 
371 aa  439  9.999999999999999e-123  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1716  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.37 
 
 
371 aa  438  9.999999999999999e-123  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.2965  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1401  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.52 
 
 
377 aa  438  9.999999999999999e-123  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000397481  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2619  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.72 
 
 
373 aa  436  1e-121  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0444  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.07 
 
 
375 aa  435  1e-121  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0875  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.07 
 
 
375 aa  435  1e-121  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.68635  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1305  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.87 
 
 
371 aa  437  1e-121  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1114  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.68 
 
 
373 aa  436  1e-121  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.34463  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3097  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.87 
 
 
387 aa  437  1e-121  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.141745  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0451  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.07 
 
 
375 aa  435  1e-121  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0945287  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004367  tRNA-guanine transglycosylase  55.97 
 
 
382 aa  435  1e-121  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0445  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.07 
 
 
375 aa  435  1e-121  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0505  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.07 
 
 
375 aa  435  1e-121  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0464  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.07 
 
 
375 aa  435  1e-121  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.992026  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1315  queuine tRNA-ribosyltransferase  59.4 
 
 
376 aa  436  1e-121  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1470  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.18 
 
 
377 aa  436  1e-121  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00097364  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2337  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.18 
 
 
374 aa  435  1e-121  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00144843  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00354  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.53 
 
 
375 aa  433  1e-120  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.520405  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3203  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.53 
 
 
375 aa  433  1e-120  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.372376  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0438  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.53 
 
 
375 aa  433  1e-120  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01046  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.7 
 
 
378 aa  432  1e-120  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0476  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.53 
 
 
375 aa  433  1e-120  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1019  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.53 
 
 
381 aa  432  1e-120  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3291  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.53 
 
 
381 aa  433  1e-120  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3227  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.53 
 
 
375 aa  433  1e-120  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000187089 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0436  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.53 
 
 
375 aa  433  1e-120  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2702  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.69 
 
 
374 aa  432  1e-120  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00000654614  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0486  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.53 
 
 
375 aa  433  1e-120  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00358  hypothetical protein  56.53 
 
 
375 aa  433  1e-120  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.575633  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0270  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.23 
 
 
379 aa  433  1e-120  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.147453  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0325  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.53 
 
 
375 aa  433  1e-120  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3384  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.53 
 
 
374 aa  429  1e-119  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000344335  normal  0.488605 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3123  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.53 
 
 
374 aa  429  1e-119  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00561158  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2906  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.13 
 
 
387 aa  431  1e-119  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.905549  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2214  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.75 
 
 
374 aa  429  1e-119  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00238944  normal  0.155586 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40480  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.75 
 
 
371 aa  429  1e-119  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3264  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.53 
 
 
374 aa  429  1e-119  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.000400897  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1061  queuine tRNA-ribosyltransferase  56 
 
 
374 aa  429  1e-119  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00184616 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0833  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.42 
 
 
371 aa  425  1e-118  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.936074  normal  0.0233256 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1228  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.87 
 
 
377 aa  425  1e-118  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.293358  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2435  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.16 
 
 
375 aa  427  1e-118  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2075  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.03 
 
 
367 aa  427  1e-118  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.698983  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1406  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.25 
 
 
374 aa  426  1e-118  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.937214  normal  0.212389 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1927  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.32 
 
 
383 aa  426  1e-118  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000713351  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>