82 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_3016 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009719  Plav_3016  Beta-lactamase  100 
 
 
264 aa  530  1e-149  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.535281 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8961  Beta-lactamase  56.72 
 
 
302 aa  278  6e-74  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2040  Beta-lactamase  57.56 
 
 
300 aa  274  9e-73  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00121228  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4075  Beta-lactamase  56.12 
 
 
271 aa  273  3e-72  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.709144 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3962  Beta-lactamase  56.12 
 
 
271 aa  273  3e-72  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72760  putative beta-lactamase  57.03 
 
 
262 aa  269  4e-71  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.40823  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6316  beta-lactamase PSE-2  55.82 
 
 
262 aa  267  1e-70  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2477  Beta-lactamase  52.94 
 
 
260 aa  262  4e-69  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2220  beta-lactamase  56.85 
 
 
282 aa  245  4e-64  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.526982  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0951  Beta-lactamase  52.12 
 
 
268 aa  244  1e-63  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0427  Beta-lactamase  48.58 
 
 
306 aa  213  3e-54  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.284518  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3398  Beta-lactamase  45.83 
 
 
272 aa  198  9e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.437274  normal  0.130069 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5028  Beta-lactamase (OXA-5), class D  43.93 
 
 
272 aa  196  3e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3124  Beta-lactamase  43.33 
 
 
271 aa  192  6e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.796776 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2340  twin-arginine translocation pathway signal  43.33 
 
 
272 aa  192  6e-48  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0669803  normal  0.380486 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0837  beta-lactamase, putative  40.59 
 
 
265 aa  180  2e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1887  beta-lactamase class D  36.78 
 
 
272 aa  179  3e-44  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.131226  normal  0.0179427 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3157  Beta-lactamase  38.31 
 
 
270 aa  179  3e-44  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00280746  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3328  Beta-lactamase  38.78 
 
 
265 aa  178  9e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.306621  normal  0.885767 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3220  Beta-lactamase  41.13 
 
 
268 aa  177  2e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0828246  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3440  penicillin-binding protein, transpeptidase  38.78 
 
 
265 aa  176  4e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0522212  normal  0.234091 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0694  Beta-lactamase  38.4 
 
 
265 aa  176  4e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  5.96311e-06  normal  0.535938 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0412  penicillin-binding protein, transpeptidase  36.91 
 
 
283 aa  174  2e-42  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0605163 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0838  Beta-lactamase  41.33 
 
 
295 aa  174  2e-42  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  4.82216e-05 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1276  Beta-lactamase  40.52 
 
 
272 aa  172  5e-42  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.261729  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3522  Beta-lactamase  40.89 
 
 
295 aa  171  1e-41  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000389124  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0845  Beta-lactamase  40.44 
 
 
295 aa  170  2e-41  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.965986  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0813  Beta-lactamase  41.26 
 
 
295 aa  171  2e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00568131  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0344  beta-lactamase  40 
 
 
253 aa  166  3e-40  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.148651  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3505  Beta-lactamase  37.65 
 
 
262 aa  163  2e-39  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0907  Beta-lactamase  38.72 
 
 
267 aa  163  3e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.175545  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0120  Beta-lactamase  38.08 
 
 
262 aa  157  1e-37  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2637  Beta-lactamase  35.47 
 
 
279 aa  149  4e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.578583  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1383  conserved hypothetical protein, possible beta-lactamase  35.86 
 
 
248 aa  146  3e-34  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1050  Beta-lactamase  38.28 
 
 
262 aa  145  4e-34  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00250127 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3353  Beta-lactamase  31.23 
 
 
277 aa  145  5e-34  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0483  putative beta-lactamase  33.2 
 
 
303 aa  140  1e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1596  Beta-lactamase  38.42 
 
 
263 aa  138  8e-32  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.569759  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0424  Beta-lactamase  33.19 
 
 
271 aa  137  1e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1435  Beta-lactamase  36.62 
 
 
262 aa  137  2e-31  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.716267 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3351  Beta-lactamase  33.02 
 
 
596 aa  135  8e-31  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1109  Beta-lactamase  37.38 
 
 
261 aa  131  1e-29  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00564969  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0301  Beta-lactamase  30.47 
 
 
264 aa  129  4e-29  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  2.9774e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2332  Beta-lactamase  33.88 
 
 
266 aa  128  7e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.428372  normal  0.506587 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1460  regulatory protein BlaR1  25.73 
 
 
585 aa  105  1e-21  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  decreased coverage  0.000102574  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1588  hypothetical protein  32.51 
 
 
266 aa  103  3e-21  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006663  SEA0004  regulatory protein BlaR1  26.22 
 
 
585 aa  101  1e-20  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0356117  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0389  Beta-lactamase  34.09 
 
 
281 aa  101  1e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.384736 
 
 
-
 
NC_006365  plpp0077  hypothetical protein  30.41 
 
 
266 aa  100  2e-20  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  hitchhiker  0.00231876  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1405  hypothetical protein  32.34 
 
 
266 aa  100  2e-20  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0030  Beta-lactamase  24.02 
 
 
585 aa  97.8  1e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2520  methicillin-resistance regulatory protein MecR1  24.02 
 
 
585 aa  97.8  1e-19  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  decreased coverage  0.00119182  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0030  Beta-lactamase  24.02 
 
 
585 aa  97.8  1e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009619  SaurJH1_2825  Beta-lactamase  25.21 
 
 
405 aa  97.1  3e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.141892  n/a   
 
 
-
 
NC_009477  SaurJH9_2748  Beta-lactamase  25.21 
 
 
585 aa  95.9  7e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.282517  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0211  Beta-lactamase  31.75 
 
 
274 aa  94.7  1e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0373  beta-lactamase precursor  31.42 
 
 
269 aa  93.6  3e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.313009  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0184  Beta-lactamase  30.71 
 
 
288 aa  92  9e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2872  class D beta-lactamase  31.7 
 
 
269 aa  84  3e-15  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.314604  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2719  class D beta-lactamase  31.7 
 
 
269 aa  83.6  3e-15  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.886076  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1106  class D beta-lactamase  31.7 
 
 
473 aa  83.2  4e-15  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.56971  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3930  Beta-lactamase  29.61 
 
 
275 aa  83.2  4e-15  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.204659 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3817  Beta-lactamase  29.61 
 
 
275 aa  83.2  4e-15  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.485737 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4788  Beta-lactamase  30.09 
 
 
270 aa  81.6  1e-14  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.802032  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4137  Beta-lactamase  30.09 
 
 
270 aa  81.6  1e-14  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3379  Beta-lactamase  30.52 
 
 
320 aa  80.9  2e-14  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1053  beta-lactamase class D  29.96 
 
 
295 aa  79.3  5e-14  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.110026  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02005  oxacillin hydrolase  31.28 
 
 
272 aa  79  8e-14  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1441  Beta-lactamase  29.41 
 
 
279 aa  74.7  1e-12  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.653891 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2849  Beta-lactamase  29.05 
 
 
269 aa  73.2  5e-12  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.1055 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4544  Beta-lactamase  29.19 
 
 
266 aa  68.9  7e-11  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.487352  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1603  peptidoglycan glycosyltransferase  33.71 
 
 
648 aa  50.1  4e-05  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2326  peptidoglycan glycosyltransferase  31.46 
 
 
648 aa  47  0.0003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.267693  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1000  peptidoglycan glycosyltransferase  31.46 
 
 
648 aa  47  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1135  transcriptional regulator, Fis family protein  27.47 
 
 
628 aa  45.1  0.001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0373953  normal  0.889933 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1415  peptidoglycan glycosyltransferase  30 
 
 
609 aa  44.7  0.002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.55122  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3648  peptidoglycan glycosyltransferase  34.44 
 
 
649 aa  44.3  0.002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.0783266 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4365  peptidoglycan glycosyltransferase  27.52 
 
 
631 aa  43.9  0.003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.710659  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4825  penicillin-binding protein  26.61 
 
 
631 aa  42.7  0.006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.436079  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1545  peptidoglycan glycosyltransferase  28.83 
 
 
633 aa  42.7  0.006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00213347  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3798  peptidoglycan glycosyltransferase  27.47 
 
 
630 aa  42.4  0.007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.624413  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0053  peptidoglycan glycosyltransferase  25.66 
 
 
485 aa  42.4  0.008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  hitchhiker  0.00491745  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>