More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_3004 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_3004  TolC family type I secretion outer membrane protein  100 
 
 		 464 aa  917    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.599739 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1798  Type I secretion outer membrane protein, TolC  47.02 
 
 		 538 aa  367  1e-100  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.99988  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1434  type I secretion outer membrane protein, TolC  42.15 
 
 		 490 aa  332  1e-89  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.44207  normal  0.675589 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1826  Type I secretion outer membrane protein, TolC  42.35 
 
 		 487 aa  329  5.0000000000000004e-89  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2577  Type I secretion outer membrane protein, TolC  42.21 
 
 		 522 aa  327  2.0000000000000001e-88  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00589159 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3231  TolC family type I secretion outer membrane protein  42.27 
 
 		 483 aa  327  3e-88  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2851  type I secretion outer membrane protein, TolC family  43.54 
 
 		 463 aa  326  7e-88  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2568  Type I secretion outer membrane protein, TolC  41.72 
 
 		 464 aa  323  3e-87  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5878  TolC family type I secretion outer membrane protein  43.12 
 
 		 463 aa  321  1.9999999999999998e-86  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.539647  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1725  TolC family type I secretion outer membrane protein  41.28 
 
 		 489 aa  320  3e-86  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.736299  normal  0.0102072 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2894  Type I secretion outer membrane protein, TolC  41.13 
 
 		 460 aa  319  7e-86  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.386257  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3004  putative outer TolC membrane protein  40.88 
 
 		 469 aa  319  7.999999999999999e-86  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.833992 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1690  type I secretion outer membrane protein, TolC family  41.45 
 
 		 478 aa  318  1e-85  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.522729 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1453  type I secretion outer membrane protein, TolC family  41.34 
 
 		 480 aa  316  6e-85  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6495  type I secretion outer membrane protein, TolC family  42.86 
 
 		 518 aa  315  9e-85  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3558  Type I secretion outer membrane protein, TolC  41.19 
 
 		 472 aa  314  1.9999999999999998e-84  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.445028  normal  0.560368 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2013  type I secretion outer membrane protein, TolC family  40.44 
 
 		 472 aa  314  2.9999999999999996e-84  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.226354  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3945  putative outer membrane protein tolC precursor  41.78 
 
 		 461 aa  311  1e-83  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.8738  normal  0.222307 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1907  Type I secretion outer membrane protein, TolC  39.83 
 
 		 472 aa  308  2.0000000000000002e-82  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4235  TolC family type I secretion outer membrane protein  39.69 
 
 		 463 aa  300  4e-80  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.902691  normal  0.529157 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4696  TolC family type I secretion outer membrane protein  41.61 
 
 		 497 aa  293  5e-78  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5161  type I secretion outer membrane protein, TolC family  41.61 
 
 		 488 aa  293  6e-78  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.451764  normal  0.264948 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3453  putative tolC outer membrane protein  39.36 
 
 		 438 aa  291  1e-77  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.341393 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1149  TolC family type I secretion outer membrane protein  40.36 
 
 		 456 aa  291  1e-77  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.435165  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5239  type I secretion outer membrane protein, TolC family  41.24 
 
 		 488 aa  285  1.0000000000000001e-75  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1003  TolC family type I secretion outer membrane protein  46.21 
 
 		 462 aa  284  2.0000000000000002e-75  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1096  TolC family type I secretion outer membrane protein  40.6 
 
 		 494 aa  281  2e-74  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.739146 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2686  Outer membrane secretion protein  38.35 
 
 		 472 aa  275  9e-73  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.553025  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5432  TolC family type I secretion outer membrane protein  42.31 
 
 		 553 aa  273  5.000000000000001e-72  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.199925  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2148  TolC family type I secretion outer membrane protein  42.76 
 
 		 497 aa  270  2.9999999999999997e-71  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.400858  normal  0.0489946 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2583  Type I secretion outer membrane protein, TolC  42.86 
 
 		 497 aa  270  4e-71  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.655757 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0186  Type I secretion outer membrane protein, TolC  42.24 
 
 		 485 aa  264  3e-69  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1569  TolC family type I secretion outer membrane protein  38.33 
 
 		 461 aa  263  4e-69  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.151598  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1781  TolC family type I secretion outer membrane protein  37.92 
 
 		 517 aa  254  3e-66  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0863506  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2262  Type I secretion outer membrane protein, TolC  39.57 
 
 		 497 aa  249  8e-65  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0148702  normal  0.873765 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2243  TolC family type I secretion outer membrane protein  36.32 
 
 		 455 aa  247  3e-64  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3542  type I secretion outer membrane protein, TolC family  39.92 
 
 		 477 aa  246  6e-64  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0938  outer membrane efflux family protein  36.93 
 
 		 452 aa  239  6.999999999999999e-62  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0945  outer membrane efflux family protein  36.93 
 
 		 456 aa  238  1e-61  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.681331  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4008  TolC family type I secretion outer membrane protein  37.07 
 
 		 562 aa  235  1.0000000000000001e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2098  putative outer membrane protein tolC  40.28 
 
 		 456 aa  233  6e-60  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1445  type I secretion outer membrane protein, TolC family  37.73 
 
 		 460 aa  225  1e-57  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.40462 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3257  Type I secretion outer membrane protein, TolC  35.43 
 
 		 462 aa  217  2.9999999999999998e-55  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.30122  normal  0.885594 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2024  TolC family type I secretion outer membrane protein  36.32 
 
 		 465 aa  212  1e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2727  TolC family type I secretion outer membrane protein  38.07 
 
 		 464 aa  209  8e-53  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.226974  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1894  TolC family type I secretion outer membrane protein  36.55 
 
 		 466 aa  209  1e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.170185  normal  0.445756 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0251  Outer membrane efflux protein  36.55 
 
 		 466 aa  207  3e-52  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.608595  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0652  TolC family type I secretion outer membrane protein  31.89 
 
 		 428 aa  203  5e-51  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000458305  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1991  Type I secretion outer membrane protein, TolC  34.63 
 
 		 473 aa  203  5e-51  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.533391  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1020  putative outer membrane protein TolC  31.33 
 
 		 423 aa  186  8e-46  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.808388  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0685  TolC family type I secretion outer membrane protein  30.75 
 
 		 405 aa  183  7e-45  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000118649  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0823  Outer membrane efflux protein  30.48 
 
 		 432 aa  177  4e-43  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0383439  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0246  Type I secretion outer membrane protein, TolC  34.34 
 
 		 538 aa  175  1.9999999999999998e-42  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2597  type I secretion outer membrane protein, TolC family  33.95 
 
 		 492 aa  170  5e-41  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4823  TolC family type I secretion outer membrane protein  33.41 
 
 		 446 aa  156  7e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0546  TolC family type I secretion outer membrane protein  29.8 
 
 		 444 aa  147  3e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1307  type I secretion outer membrane protein, TolC family  29.25 
 
 		 484 aa  144  5e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0068  outer membrane protein TolC, putative  26.45 
 
 		 407 aa  136  9e-31  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.896077  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5970  Type I secretion outer membrane protein, TolC  28.47 
 
 		 442 aa  136  9e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0722  TolC family type I secretion outer membrane protein  29.2 
 
 		 449 aa  135  9.999999999999999e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.278359  normal  0.698539 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6073  TolC family type I secretion outer membrane protein  29.26 
 
 		 457 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.523429 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02379  hypothetical protein  27.76 
 
 		 436 aa  134  3e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6370  TolC family type I secretion outer membrane protein  29.26 
 
 		 456 aa  134  3e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.668018  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4923  TolC family type I secretion outer membrane protein  30.79 
 
 		 477 aa  133  6e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4976  TolC family type I secretion outer membrane protein  30.21 
 
 		 478 aa  133  7.999999999999999e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1633  Type I secretion outer membrane protein, TolC  29.65 
 
 		 519 aa  132  9e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.181955  normal  0.716054 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2697  type I secretion outer membrane protein, TolC  30.3 
 
 		 437 aa  132  1.0000000000000001e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4799  TolC family type I secretion outer membrane protein  30.57 
 
 		 477 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.125067  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0491  Type I secretion outer membrane protein, TolC  29.41 
 
 		 477 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00611692  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1462  Type I secretion outer membrane protein, TolC  28.1 
 
 		 452 aa  131  3e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4715  TolC family type I secretion outer membrane protein  29.94 
 
 		 477 aa  130  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.133912 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003403  agglutination protein  26.12 
 
 		 436 aa  130  5.0000000000000004e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000998881  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1228  agglutination protein  26.96 
 
 		 445 aa  127  3e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000902456  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1804  TolC family type I secretion outer membrane protein  28.09 
 
 		 451 aa  128  3e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.894432  normal  0.601876 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5061  TolC family type I secretion outer membrane protein  27.55 
 
 		 445 aa  127  3e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.447957 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3809  TolC family type I secretion outer membrane protein  27.63 
 
 		 457 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0041623 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0610  TolC family type I secretion outer membrane protein  29.49 
 
 		 480 aa  127  5e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4519  TolC family type I secretion outer membrane protein  27.68 
 
 		 452 aa  126  9e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4977  outer membrane efflux protein TolC, putative  29.11 
 
 		 479 aa  125  1e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0543  Type I secretion outer membrane protein, TolC  28.6 
 
 		 479 aa  125  2e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.991736 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1392  TolC family type I secretion outer membrane protein  27.45 
 
 		 452 aa  125  2e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0204  Type I secretion outer membrane protein, TolC  27.92 
 
 		 441 aa  125  2e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0798  outer membrane efflux protein  29.31 
 
 		 436 aa  125  2e-27  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.98637  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3061  type I secretion outer membrane protein, TolC family  26.51 
 
 		 450 aa  123  6e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0562  type I secretion outer membrane protein, TolC family  25.46 
 
 		 450 aa  122  9.999999999999999e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4025  TolC family type I secretion outer membrane protein  27.45 
 
 		 452 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0350176 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3958  TolC family type I secretion outer membrane protein  28.27 
 
 		 491 aa  121  3e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.753849  normal  0.338977 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02372  hypothetical protein  27.18 
 
 		 425 aa  120  6e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003406  agglutination protein  26.32 
 
 		 423 aa  120  6e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1665  type I secretion outer membrane protein, TolC family  27.48 
 
 		 472 aa  120  6e-26  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.104935 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0134  Type I secretion outer membrane protein, TolC  27.71 
 
 		 450 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.675891  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3261  type I secretion outer membrane protein, TolC  26.55 
 
 		 469 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.537181 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5705  outer membrane efflux protein  29.27 
 
 		 481 aa  119  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0310  Type I secretion outer membrane protein, TolC  27 
 
 		 607 aa  118  1.9999999999999998e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.120997  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1214  type I secretion outer membrane protein, TolC family  25.81 
 
 		 450 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.227292  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4142  TolC family type I secretion outer membrane protein  27.48 
 
 		 472 aa  118  3e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00647616  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001579  agglutination protein  23.69 
 
 		 437 aa  117  3e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.582339  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0433  type I secretion outer membrane protein, TolC family protein  27.38 
 
 		 469 aa  117  5e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.462048  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1494  type I secretion outer membrane protein, TolC family  26.94 
 
 		 450 aa  117  6e-25  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3762  Type I secretion outer membrane protein, TolC  27.8 
 
 		 609 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.789361  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>