120 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_2878 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009719  Plav_2878  excinuclease ABC subunit C  100 
 
 
95 aa  197  3e-50  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00418139  hitchhiker  0.000396722 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0101  excinuclease ABC subunit C  66.32 
 
 
95 aa  140  5e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.873181  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2051  hypothetical protein  60 
 
 
97 aa  129  2e-29  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2896  hypothetical protein  60 
 
 
97 aa  129  2e-29  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1944  hypothetical protein  60 
 
 
97 aa  129  2e-29  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1852  hypothetical protein  60 
 
 
97 aa  129  2e-29  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1812  hypothetical protein  60 
 
 
97 aa  129  2e-29  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0882  hypothetical protein  60 
 
 
97 aa  129  2e-29  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0717  hypothetical protein  60 
 
 
97 aa  129  2e-29  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0331  hypothetical protein  60 
 
 
97 aa  128  2e-29  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0039  hypothetical protein  60 
 
 
97 aa  129  2e-29  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2889  excinuclease ABC subunit C  59.57 
 
 
95 aa  125  2e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0492999  normal  0.0570349 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2291  excinuclease ABC subunit C  53.68 
 
 
95 aa  119  1e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.361879  normal  0.317834 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2997  excinuclease ABC subunit C  56.99 
 
 
95 aa  119  1e-26  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.867299  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0733  excinuclease ABC subunit C  58.7 
 
 
104 aa  119  2e-26  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.579236  normal  0.484774 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3101  endo/excinuclease amino terminal domain-containing protein  54.74 
 
 
95 aa  113  8e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2181  excinuclease ABC subunit C  54.95 
 
 
113 aa  106  8e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  decreased coverage  0.00892068  normal  0.804262 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2599  excinuclease ABC subunit C  53.93 
 
 
100 aa  104  3e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.515816  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0285  excinuclease ABC subunit C  54.74 
 
 
95 aa  105  3e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.722146  normal  0.992997 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4335  Excinuclease ABC C subunit domain protein  56.67 
 
 
95 aa  104  4e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0231895  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5085  Excinuclease ABC C subunit domain protein  53.33 
 
 
95 aa  103  1e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.88934 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1266  excinuclease ABC subunit C  50 
 
 
109 aa  102  2e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0720825  normal  0.107878 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2226  excinuclease ABC subunit C  48.42 
 
 
119 aa  100  5e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.163339  normal  0.805615 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1655  excinuclease ABC subunit C  57.14 
 
 
98 aa  100  5e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2170  excinuclease ABC subunit C  49.46 
 
 
98 aa  100  5e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.013295  normal  0.490255 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3151  excinuclease ABC subunit C  51.58 
 
 
96 aa  100  8e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0891506  normal  0.0226516 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2430  excinuclease ABC subunit C  51.69 
 
 
102 aa  99  2e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.595425  normal  0.650072 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0814  excinuclease ABC subunit C  49.46 
 
 
111 aa  99.4  2e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.683613  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2524  excinuclease ABC subunit C  48.39 
 
 
100 aa  99.4  2e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0883  excinuclease ABC subunit C  49.46 
 
 
114 aa  99  2e-20  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.227593  normal  0.430619 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3124  Excinuclease ABC C subunit domain protein  52.22 
 
 
96 aa  98.6  3e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.80236  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2055  hypothetical protein  51.06 
 
 
96 aa  98.6  3e-20  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0003  excinuclease ABC subunit C  51.11 
 
 
95 aa  98.2  4e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.164369  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4264  excinuclease ABC subunit C  49.44 
 
 
95 aa  97.4  6e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.604611  normal  0.787059 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0706  excinuclease ABC subunit C  52.81 
 
 
101 aa  97.1  7e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.200173  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4056  excinuclease ABC subunit C  51.16 
 
 
130 aa  96.7  9e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.366291  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2855  Excinuclease ABC C subunit domain protein  51.11 
 
 
96 aa  96.7  9e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0675434  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0358  endo/excinuclease amino terminal domain-containing protein  47.25 
 
 
96 aa  96.7  1e-19  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0651  excinuclease ABC subunit C  51.14 
 
 
115 aa  96.7  1e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0670127  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1144  hypothetical protein  51.69 
 
 
97 aa  95.5  2e-19  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3175  excinuclease ABC subunit C  51.16 
 
 
95 aa  95.5  2e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  decreased coverage  0.00936772  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1409  excinuclease ABC subunit C  50 
 
 
95 aa  95.5  2e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3180  excinuclease ABC subunit C  52.33 
 
 
95 aa  95.1  3e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.734981  normal  0.84005 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1984  Excinuclease ABC C subunit domain protein  46.07 
 
 
100 aa  95.1  3e-19  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.569269  normal  0.376959 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0916  excinuclease ABC subunit C  52.87 
 
 
95 aa  94.4  5e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.0453236 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1053  excinuclease ABC, C subunit  45.26 
 
 
110 aa  92.8  1e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.175656  normal  0.959304 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2914  excinuclease ABC subunit C  48.42 
 
 
101 aa  92.8  1e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.00677745  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1899  GIY-YIG catalytic domain-containing protein  44.68 
 
 
96 aa  92.8  1e-18  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0294  hypothetical cytosolic protein  44.68 
 
 
96 aa  92.8  1e-18  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.479939  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4684  excinuclease ABC subunit C  50.53 
 
 
99 aa  92.8  1e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.365942 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0827  excinuclease ABC subunit C  46.67 
 
 
121 aa  93.2  1e-18  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000437312 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1328  excinuclease ABC subunit C  55.29 
 
 
95 aa  93.2  1e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0771  excinuclease ABC subunit C  50.56 
 
 
95 aa  92.4  2e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.959878 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2227  excinuclease ABC subunit C  49.44 
 
 
107 aa  92.4  2e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  4.08802e-05  hitchhiker  5.27007e-05 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1975  excinuclease ABC subunit C  46.24 
 
 
118 aa  92  2e-18  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2602  Excinuclease ABC C subunit domain protein  48.24 
 
 
97 aa  92  2e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  8.20325e-08  normal  0.0436651 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2352  excinuclease ABC subunit C  48.31 
 
 
110 aa  91.7  3e-18  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.51382  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3382  excinuclease ABC subunit C  47.13 
 
 
120 aa  91.7  3e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.114521  hitchhiker  0.00379668 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4225  Excinuclease ABC C subunit domain protein  48.84 
 
 
95 aa  90.1  9e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  decreased coverage  0.0073463  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2317  excinuclease ABC subunit C  48.84 
 
 
98 aa  89  2e-17  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0365776  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1362  excinuclease ABC subunit C  47.19 
 
 
107 aa  88.6  3e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.679973  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0877  excinuclease ABC subunit C  46.07 
 
 
125 aa  88.2  3e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0957  excinuclease ABC subunit C  50 
 
 
118 aa  86.7  1e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  hitchhiker  0.00735212  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0893  excinuclease ABC subunit C  44.44 
 
 
99 aa  86.7  1e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0841998  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3672  excinuclease ABC subunit C  50 
 
 
118 aa  86.3  1e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.246174  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2807  excinuclease ABC subunit C  50 
 
 
118 aa  86.3  1e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.171123  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0767  excinuclease ABC subunit C  46.67 
 
 
102 aa  85.5  2e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.464931  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0895  Excinuclease ABC C subunit domain protein  43.96 
 
 
99 aa  79  2e-14  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00270858 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1277  Excinuclease ABC C subunit domain protein  45.05 
 
 
96 aa  78.6  3e-14  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.129449  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1965  excinuclease ABC subunit C  46.07 
 
 
95 aa  78.2  4e-14  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.70444 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2057  excinuclease ABC subunit C  42.22 
 
 
113 aa  76.6  1e-13  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.405746 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05230  hypothetical protein  43.53 
 
 
100 aa  75.9  2e-13  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.610254  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4673  excinuclease ABC subunit C  44.94 
 
 
95 aa  75.9  2e-13  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0203068  normal  0.740164 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05250  endo/excinuclease amino terminal domain protein  41.76 
 
 
107 aa  75.1  3e-13  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7339  putative excinuclease ABC, C subunit  41.86 
 
 
101 aa  75.1  3e-13  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3906  excinuclease ABC subunit C  46.27 
 
 
141 aa  68.9  2e-11  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.647444  normal  0.105898 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05260  endo/excinuclease amino terminal domain protein  38.55 
 
 
98 aa  67.8  5e-11  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.509703  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05270  hypothetical protein  40.24 
 
 
100 aa  65.9  2e-10  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01100  hypothetical protein  44.44 
 
 
67 aa  65.5  2e-10  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4036  hypothetical protein  42.86 
 
 
79 aa  62.8  1e-09  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.420287  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0254  excinuclease ABC subunit C  40.86 
 
 
107 aa  55.5  2e-07  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.166444  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0838  type I restriction-modification system, R subunit  39.47 
 
 
1210 aa  54.3  6e-07  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09001  hypothetical protein  41.27 
 
 
80 aa  51.2  4e-06  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.410175  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_13970  predicted endonuclease containing a URI domain protein  36.36 
 
 
151 aa  48.1  3e-05  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1038  hypothetical protein  40.26 
 
 
93 aa  48.1  4e-05  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.258363  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1431  GIY-YIG domain-containing protein  34.83 
 
 
96 aa  47.8  5e-05  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00206814  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1697  GIY-YIG domain-containing protein  37.66 
 
 
97 aa  47.4  7e-05  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00497401  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2665  Excinuclease ABC C subunit domain protein  38.96 
 
 
98 aa  45.4  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0964299  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1622  excinuclease ABC subunit C  56.25 
 
 
95 aa  45.8  0.0002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.477285 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4370  excinuclease ABC subunit C  40.58 
 
 
84 aa  45.4  0.0002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0115  excinuclease ABC subunit C  37.68 
 
 
90 aa  45.4  0.0003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1648  excinuclease ABC subunit C  34.78 
 
 
117 aa  45.4  0.0003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.732413  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1913  hypothetical protein  29.41 
 
 
116 aa  45.1  0.0004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.915766  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000538  excinuclease ABC C subunit  35.8 
 
 
106 aa  44.7  0.0005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.559483  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2891  excinuclease ABC subunit C  33.33 
 
 
94 aa  44.7  0.0005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.625064  normal  0.178968 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3763  excinuclease ABC subunit C  37.14 
 
 
101 aa  44.3  0.0006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.153845  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2084  Excinuclease ABC C subunit domain protein  35.06 
 
 
88 aa  44.3  0.0006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  3.59134e-05  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4762  excinuclease ABC subunit C  37.68 
 
 
95 aa  43.9  0.0007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  unclonable  1.28421e-08 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4267  excinuclease ABC subunit C  35.29 
 
 
180 aa  43.9  0.0007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2636  Excinuclease ABC C subunit domain protein  37.31 
 
 
77 aa  43.5  0.0009  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.303825  normal  0.812434 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>