More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_2742 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009719  Plav_2742  ribosomal protein S3  100 
 
 
236 aa  472  1e-132  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0769117  normal  0.282476 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1672  30S ribosomal protein S3  81.2 
 
 
235 aa  398  9.999999999999999e-111  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.356257  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1962  30S ribosomal protein S3  80.17 
 
 
236 aa  394  1e-109  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0807274  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5064  30S ribosomal protein S3  81.2 
 
 
236 aa  395  1e-109  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.46978 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2301  30S ribosomal protein S3  81.12 
 
 
232 aa  394  1e-109  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.371999  normal  0.117163 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3661  30S ribosomal protein S3  80.26 
 
 
235 aa  395  1e-109  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1227  30S ribosomal protein S3  79.74 
 
 
236 aa  393  1e-108  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3442  30S ribosomal protein S3  80.69 
 
 
232 aa  393  1e-108  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.569758 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3178  30S ribosomal protein S3  80.69 
 
 
232 aa  392  1e-108  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1190  30S ribosomal protein S3  79.74 
 
 
236 aa  393  1e-108  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.505829  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1370  30S ribosomal protein S3  79.4 
 
 
231 aa  384  1e-106  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0876936  normal  0.564584 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1436  30S ribosomal protein S3  79.2 
 
 
243 aa  384  1e-106  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0795815  normal  0.0645739 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1338  30S ribosomal protein S3  79.2 
 
 
243 aa  384  1e-106  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0464681  normal  0.115598 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1551  30S ribosomal protein S3  78.97 
 
 
231 aa  384  1e-106  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0992  30S ribosomal protein S3  80 
 
 
237 aa  381  1e-105  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0174099 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1685  ribosomal protein S3  81.45 
 
 
252 aa  382  1e-105  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  hitchhiker  0.0000519283  hitchhiker  0.00000302048 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1360  ribosomal protein S3  82.35 
 
 
241 aa  382  1e-105  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.253201  normal  0.0370461 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0574  ribosomal protein S3  81.45 
 
 
239 aa  380  1e-104  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2446  ribosomal protein S3  81.28 
 
 
248 aa  377  1e-104  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2168  ribosomal protein S3  81.28 
 
 
248 aa  377  1e-104  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.392518 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2129  ribosomal protein S3  80.82 
 
 
248 aa  377  1e-103  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.429997 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0347  ribosomal protein S3  79.19 
 
 
252 aa  374  1e-103  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.924426  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2224  ribosomal protein S3  79.91 
 
 
248 aa  373  1e-102  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.968442  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1914  ribosomal protein S3  79.91 
 
 
251 aa  373  1e-102  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0533377  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0672  30S ribosomal protein S3  73.28 
 
 
236 aa  370  1e-102  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000114905  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0704  30S ribosomal protein S3  73.28 
 
 
236 aa  370  1e-102  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000220755  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1846  30S ribosomal protein S3  81.48 
 
 
226 aa  370  1e-101  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00843492  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2682  30S ribosomal protein S3  76.68 
 
 
223 aa  360  1e-98  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.631752  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1940  30S ribosomal protein S3  77.38 
 
 
225 aa  355  3.9999999999999996e-97  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2972  30S ribosomal protein S3  77.83 
 
 
225 aa  355  3.9999999999999996e-97  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.845651  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1789  SSU ribosomal protein S3P  75.56 
 
 
234 aa  353  1e-96  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.309908  normal  0.124892 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1620  30S ribosomal protein S3  73.89 
 
 
249 aa  353  2e-96  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.446751  normal  0.331477 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0255  30S ribosomal protein S3  71.55 
 
 
239 aa  352  2e-96  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0765  30S ribosomal protein S3  72.05 
 
 
240 aa  352  2.9999999999999997e-96  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0970425  normal  0.512197 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2812  30S ribosomal protein S3  71.91 
 
 
235 aa  349  2e-95  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.102151  normal  0.475025 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0288  30S ribosomal protein S3  74.21 
 
 
240 aa  346  2e-94  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2528  30S ribosomal protein S3  72.32 
 
 
238 aa  345  3e-94  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0367  30S ribosomal protein S3  71.88 
 
 
238 aa  345  5e-94  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1722  30S ribosomal protein S3  71.88 
 
 
238 aa  345  5e-94  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.094862  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0591  30S ribosomal protein S3  69.23 
 
 
247 aa  343  1e-93  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1347  30S ribosomal protein S3  71.24 
 
 
231 aa  340  2e-92  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0422213 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1255  30S ribosomal protein S3  69.91 
 
 
231 aa  327  1.0000000000000001e-88  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.378037  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0853  SSU ribosomal protein S3P  73.68 
 
 
210 aa  315  4e-85  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000111374  hitchhiker  0.000095719 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0762  30S ribosomal protein S3  63.14 
 
 
244 aa  310  1e-83  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00068895  normal  0.0518908 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04515  30S ribosomal protein S3  61.44 
 
 
244 aa  306  2.0000000000000002e-82  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.0000471597  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2851  30S ribosomal protein S3  66.83 
 
 
211 aa  300  2e-80  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.588721  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0632  30S ribosomal protein S3  67.79 
 
 
211 aa  300  2e-80  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000111736  hitchhiker  0.00000000169292 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1073  30S ribosomal protein S3  66.35 
 
 
210 aa  295  3e-79  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000789266  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0939  30S ribosomal protein S3  65.38 
 
 
211 aa  295  4e-79  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0016445  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3322  30S ribosomal protein S3  65.38 
 
 
211 aa  295  4e-79  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000677184 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0221  30S ribosomal protein S3  62.5 
 
 
221 aa  293  2e-78  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000649554  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0686  30S ribosomal protein S3  64.42 
 
 
210 aa  293  2e-78  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.15256  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0164  30S ribosomal protein S3  66.51 
 
 
229 aa  292  2e-78  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000022982  decreased coverage  0.0000484078 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0343  ribosomal protein S3  62.96 
 
 
227 aa  292  3e-78  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000438385  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1848  SSU ribosomal protein S3P  62.96 
 
 
227 aa  292  3e-78  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00165537  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3332  30S ribosomal protein S3  61.99 
 
 
256 aa  292  3e-78  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00000390716  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1352  30S ribosomal protein S3  65.87 
 
 
210 aa  292  3e-78  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.112713  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0285  30S ribosomal protein S3  64.42 
 
 
236 aa  291  7e-78  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000000103964  hitchhiker  0.0000018675 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0219  30S ribosomal protein S3  64.59 
 
 
230 aa  290  1e-77  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000000284252  unclonable  0.00000795871 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4684  30S ribosomal protein S3  66.03 
 
 
229 aa  289  2e-77  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000205507  unclonable  0.0000000169741 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0333  ribosomal protein S3  66.03 
 
 
228 aa  289  2e-77  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.226722  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0503  ribosomal protein S3  66.03 
 
 
220 aa  289  2e-77  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.216514  hitchhiker  0.000000000339097 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0867  ribosomal protein S3  63.43 
 
 
231 aa  288  4e-77  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.808876  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4311  30S ribosomal protein S3  65.55 
 
 
229 aa  288  4e-77  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000643505  unclonable  0.0000000000545426 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4907  30S ribosomal protein S3  64.42 
 
 
308 aa  288  4e-77  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0459562  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0326  30S ribosomal protein S3  65.12 
 
 
232 aa  288  5.0000000000000004e-77  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0364603  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0707  30S ribosomal protein S3  63.51 
 
 
210 aa  288  5.0000000000000004e-77  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000377493  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0190  30S ribosomal protein S3  65.07 
 
 
229 aa  288  6e-77  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000304143  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0411  30S ribosomal protein S3  65.38 
 
 
233 aa  287  1e-76  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0239377  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2168  30S ribosomal protein S3  63.89 
 
 
233 aa  286  2e-76  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000068862  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2318  30S ribosomal protein S3  62.86 
 
 
223 aa  286  2e-76  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000695636  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0329  30S ribosomal protein S3  65.38 
 
 
233 aa  286  2e-76  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000157005  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0176  30S ribosomal protein S3  64.11 
 
 
229 aa  286  2e-76  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000179507  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03165  30S ribosomal protein S3  65.38 
 
 
233 aa  286  2.9999999999999996e-76  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00374176  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0399  ribosomal protein S3  65.38 
 
 
233 aa  286  2.9999999999999996e-76  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000257024  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3508  30S ribosomal protein S3  65.38 
 
 
233 aa  286  2.9999999999999996e-76  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000538349  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3801  30S ribosomal protein S3  65.38 
 
 
233 aa  286  2.9999999999999996e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0443981  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3797  30S ribosomal protein S3  65.38 
 
 
233 aa  286  2.9999999999999996e-76  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000046077  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3745  30S ribosomal protein S3  65.38 
 
 
233 aa  286  2.9999999999999996e-76  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000025032  hitchhiker  0.00113301 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3609  30S ribosomal protein S3  65.38 
 
 
233 aa  286  2.9999999999999996e-76  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000291269  normal  0.0112128 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03116  hypothetical protein  65.38 
 
 
233 aa  286  2.9999999999999996e-76  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00261004  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3630  30S ribosomal protein S3  65.38 
 
 
233 aa  286  2.9999999999999996e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0724577  normal  0.691725 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0399  30S ribosomal protein S3  65.38 
 
 
233 aa  286  2.9999999999999996e-76  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000141068  hitchhiker  0.0000729403 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3699  30S ribosomal protein S3  65.38 
 
 
233 aa  286  2.9999999999999996e-76  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000153229  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0475  30S ribosomal protein S3  62.1 
 
 
232 aa  285  2.9999999999999996e-76  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00134596  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3630  30S ribosomal protein S3  65.38 
 
 
233 aa  286  2.9999999999999996e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000937087  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4637  30S ribosomal protein S3  65.38 
 
 
233 aa  286  2.9999999999999996e-76  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00278022  normal  0.0942567 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3703  30S ribosomal protein S3  65.38 
 
 
233 aa  286  2.9999999999999996e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00180602  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3738  30S ribosomal protein S3  65.38 
 
 
233 aa  286  2.9999999999999996e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.338082  normal  0.0279522 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0289  30S ribosomal protein S3  64.9 
 
 
232 aa  285  5e-76  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000655466  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0590  30S ribosomal protein S3  64.9 
 
 
232 aa  285  5e-76  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000336971  normal  0.465615 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3909  30S ribosomal protein S3  64.9 
 
 
232 aa  285  5e-76  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000178804  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0725  30S ribosomal protein S3  65.38 
 
 
227 aa  285  5.999999999999999e-76  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.000305587  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1939  ribosomal protein S3  61.26 
 
 
224 aa  284  9e-76  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2024  ribosomal protein S3  61.26 
 
 
224 aa  284  9e-76  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.145772  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3816  30S ribosomal protein S3  64.9 
 
 
233 aa  284  9e-76  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000890302  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3995  30S ribosomal protein S3  64.9 
 
 
233 aa  284  9e-76  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000204898  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0231  ribosomal protein S3  62.78 
 
 
218 aa  284  9e-76  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4538  30S ribosomal protein S3  64.9 
 
 
232 aa  284  1.0000000000000001e-75  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000000472984  hitchhiker  0.0021179 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0059  ribosomal protein S3  61.54 
 
 
275 aa  284  1.0000000000000001e-75  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000192317  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>