More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_2731 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009719  Plav_2731  30S ribosomal protein S12  100 
 
 
123 aa  248  2e-65  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.249536 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2693  30S ribosomal protein S12  95.93 
 
 
123 aa  240  3.9999999999999997e-63  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.315059  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1800  30S ribosomal protein S12  90.24 
 
 
123 aa  225  2e-58  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.278795  normal  0.143842 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1833  30S ribosomal protein S12  88.62 
 
 
202 aa  223  5.0000000000000005e-58  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0567288  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1238  30S ribosomal protein S12  90.24 
 
 
123 aa  223  7e-58  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.594133  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1201  30S ribosomal protein S12  90.24 
 
 
123 aa  223  7e-58  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.449722  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0981  30S ribosomal protein S12  88.62 
 
 
123 aa  222  1e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.808535  normal  0.0659851 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1951  30S ribosomal protein S12  90.24 
 
 
123 aa  222  1e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.00000165732  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1425  30S ribosomal protein S12  88.62 
 
 
123 aa  222  2e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0469141  normal  0.0235591 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1327  30S ribosomal protein S12  88.62 
 
 
123 aa  222  2e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.139307  normal  0.0632073 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0693  30S ribosomal protein S12  89.43 
 
 
123 aa  219  7e-57  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.000000127901  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0661  30S ribosomal protein S12  89.43 
 
 
123 aa  219  7e-57  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.000000000291952  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1683  30S ribosomal protein S12  86.99 
 
 
123 aa  219  8e-57  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2118  30S ribosomal protein S12  86.18 
 
 
123 aa  219  9.999999999999999e-57  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.508108 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2435  30S ribosomal protein S12  86.18 
 
 
123 aa  219  9.999999999999999e-57  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.141919 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2157  30S ribosomal protein S12  86.18 
 
 
123 aa  219  9.999999999999999e-57  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.949049 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2962  30S ribosomal protein S12  86.18 
 
 
123 aa  219  9.999999999999999e-57  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.330049  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2263  30S ribosomal protein S12  85.37 
 
 
123 aa  218  1.9999999999999999e-56  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.12469  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1903  30S ribosomal protein S12  86.18 
 
 
123 aa  218  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.120307  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0075  30S ribosomal protein S12  85.37 
 
 
123 aa  218  1.9999999999999999e-56  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.392906 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0753  30S ribosomal protein S12  86.18 
 
 
123 aa  218  1.9999999999999999e-56  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.263568 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0575  30S ribosomal protein S12  85.37 
 
 
123 aa  218  3e-56  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.962051 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0358  30S ribosomal protein S12  86.18 
 
 
123 aa  218  3e-56  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0968074  normal  0.576972 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2213  30S ribosomal protein S12  86.18 
 
 
123 aa  218  3e-56  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0271  30S ribosomal protein S12  85.37 
 
 
123 aa  218  3e-56  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.377555  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1674  30S ribosomal protein S12  84.55 
 
 
123 aa  216  6e-56  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.230597  hitchhiker  0.0029615 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3343  30S ribosomal protein S12  84.55 
 
 
125 aa  216  6e-56  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00659827  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0239  30S ribosomal protein S12  85.37 
 
 
123 aa  216  7e-56  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.981172  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1950  30S ribosomal protein S12  85.37 
 
 
123 aa  214  2e-55  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2071  30S ribosomal protein S12  83.74 
 
 
123 aa  214  2.9999999999999998e-55  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.944717  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0322  30S ribosomal protein S12  85.37 
 
 
123 aa  214  4e-55  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0874299  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0492  30S ribosomal protein S12  85.37 
 
 
123 aa  214  4e-55  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00450059  hitchhiker  0.000000284598 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0842  30S ribosomal protein S12  85.37 
 
 
123 aa  214  4e-55  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000117432  hitchhiker  0.000366661 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0274  30S ribosomal protein S12  81.3 
 
 
125 aa  213  5e-55  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.0000000000134966  unclonable  0.0000000817173 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0801  30S ribosomal protein S12  85.37 
 
 
123 aa  213  8e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.208097  normal  0.232344 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2539  30S ribosomal protein S12  84.55 
 
 
123 aa  213  9.999999999999999e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.800309  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1710  30S ribosomal protein S12  84.55 
 
 
123 aa  213  9.999999999999999e-55  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0318  ribosomal protein S12  83.74 
 
 
125 aa  212  9.999999999999999e-55  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.00000292606  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0356  30S ribosomal protein S12  84.55 
 
 
123 aa  213  9.999999999999999e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0342  30S ribosomal protein S12  84.55 
 
 
123 aa  213  9.999999999999999e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.67081 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2329  30S ribosomal protein S12  82.11 
 
 
125 aa  211  1.9999999999999998e-54  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.0000813391  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0191  30S ribosomal protein S12  83.74 
 
 
124 aa  211  2.9999999999999995e-54  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00539976  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4061  30S ribosomal protein S12  83.74 
 
 
124 aa  211  2.9999999999999995e-54  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000816625  hitchhiker  0.00000101857 
 
 
-
 
NC_009037  Sbal_4465  30S ribosomal protein S12  83.74 
 
 
124 aa  211  2.9999999999999995e-54  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4695  30S ribosomal protein S12  82.93 
 
 
124 aa  211  2.9999999999999995e-54  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00310742  unclonable  0.0000000329491 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0195  30S ribosomal protein S12  83.74 
 
 
124 aa  211  2.9999999999999995e-54  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00503179  hitchhiker  0.000110965 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1358  30S ribosomal protein S12  83.74 
 
 
123 aa  211  2.9999999999999995e-54  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.179796  normal  0.150246 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0226  30S ribosomal protein S12  82.93 
 
 
124 aa  210  3.9999999999999995e-54  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4322  30S ribosomal protein S12  82.93 
 
 
124 aa  211  3.9999999999999995e-54  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00668981  unclonable  0.000000000093676 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0179  30S ribosomal protein S12  82.93 
 
 
124 aa  211  3.9999999999999995e-54  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00020988  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5075  30S ribosomal protein S12  83.74 
 
 
123 aa  211  3.9999999999999995e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.27607  normal  0.189155 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0194  30S ribosomal protein S12  82.93 
 
 
124 aa  210  3.9999999999999995e-54  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0259871  hitchhiker  0.00000480785 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0189  30S ribosomal protein S12  82.93 
 
 
124 aa  210  3.9999999999999995e-54  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.019095  decreased coverage  0.000333311 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1349  30S ribosomal protein S12  82.93 
 
 
123 aa  210  4.9999999999999996e-54  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.443211  hitchhiker  0.00943336 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0832  30S ribosomal protein S12  82.11 
 
 
123 aa  210  4.9999999999999996e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0143  30S ribosomal protein S12  82.93 
 
 
124 aa  210  4.9999999999999996e-54  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000000000877595  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08790  30S ribosomal protein S12  82.11 
 
 
123 aa  210  4.9999999999999996e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.762272  normal  0.0106283 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3764  30S ribosomal protein S12  82.93 
 
 
124 aa  210  5.999999999999999e-54  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000216882  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1244  30S ribosomal protein S12  82.11 
 
 
123 aa  210  5.999999999999999e-54  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.349862  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0165  30S ribosomal protein S12  82.93 
 
 
124 aa  210  5.999999999999999e-54  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000589821  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3327  30S ribosomal protein S12  82.93 
 
 
125 aa  210  5.999999999999999e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.716206  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0153  30S ribosomal protein S12  82.93 
 
 
124 aa  210  5.999999999999999e-54  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00144977  decreased coverage  0.0000385897 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0208  30S ribosomal protein S12  82.93 
 
 
124 aa  210  5.999999999999999e-54  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000137299  unclonable  0.00000763444 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06190  30S ribosomal protein S12  82.11 
 
 
123 aa  209  7.999999999999999e-54  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.529309  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2290  30S ribosomal protein S12  83.74 
 
 
123 aa  209  7.999999999999999e-54  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.367457 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0314  30S ribosomal protein S12  82.11 
 
 
125 aa  209  9e-54  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  1.4670400000000002e-24  hitchhiker  0.000521064 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1359  30S ribosomal protein S12  83.74 
 
 
123 aa  209  9e-54  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.604164 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3453  30S ribosomal protein S12  83.74 
 
 
123 aa  209  9e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.412812  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1540  30S ribosomal protein S12  83.74 
 
 
123 aa  209  9e-54  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.966808  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0194  30S ribosomal protein S12  82.93 
 
 
124 aa  209  9e-54  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00424917  hitchhiker  0.000000186467 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4767  30S ribosomal protein S12  82.11 
 
 
124 aa  209  1e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0523038  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3672  30S ribosomal protein S12  83.74 
 
 
123 aa  209  1e-53  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3185  30S ribosomal protein S12  82.11 
 
 
125 aa  209  1e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0661629  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0926  30S ribosomal protein S12  82.11 
 
 
123 aa  209  1e-53  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000117239  hitchhiker  0.000768141 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3189  30S ribosomal protein S12  83.74 
 
 
123 aa  209  1e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.863233 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3174  30S ribosomal protein S12  81.3 
 
 
126 aa  208  2e-53  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00103484  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0714  30S ribosomal protein S12  81.3 
 
 
124 aa  208  2e-53  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.0000249505  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2637  30S ribosomal protein S12  81.3 
 
 
126 aa  208  2e-53  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.419489  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0400  30S ribosomal protein S12  80.49 
 
 
125 aa  208  2e-53  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.0000378884  normal  0.0709429 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3442  30S ribosomal protein S12  80.49 
 
 
126 aa  208  2e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000000394059  normal  0.236546 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3473  30S ribosomal protein S12  81.3 
 
 
126 aa  208  2e-53  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0860232  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0244  30S ribosomal protein S12  80.49 
 
 
126 aa  208  2e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.240123  normal  0.127892 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1919  30S ribosomal protein S12  81.3 
 
 
126 aa  208  2e-53  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.000102606  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0271  30S ribosomal protein S12  80.49 
 
 
126 aa  208  2e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.635943 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2823  30S ribosomal protein S12  82.93 
 
 
123 aa  208  2e-53  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.0494947 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2764  30S ribosomal protein S12  80.49 
 
 
126 aa  208  2e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0416814  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0045  30S ribosomal protein S12  82.93 
 
 
126 aa  208  2e-53  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  unclonable  0.0000000000000913228  hitchhiker  7.76086e-21 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0711  30S ribosomal protein S12  81.3 
 
 
136 aa  208  2e-53  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.305716  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0262  30S ribosomal protein S12  80.49 
 
 
126 aa  208  2e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.822385  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0322  30S ribosomal protein S12  80.49 
 
 
126 aa  208  2e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.46074  normal  0.0169836 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0343  30S ribosomal protein S12  80.49 
 
 
126 aa  208  2e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0371  ribosomal protein S12  81.3 
 
 
124 aa  207  3e-53  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  1.72822e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3759  30S ribosomal protein S12  81.3 
 
 
124 aa  207  3e-53  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.00000000474528  hitchhiker  0.00357898 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3782  30S ribosomal protein S12  80.49 
 
 
126 aa  207  3e-53  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00172098  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2329  30S ribosomal protein S12  82.11 
 
 
124 aa  207  3e-53  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000000396371  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3811  30S ribosomal protein S12  81.3 
 
 
124 aa  207  3e-53  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000707874  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0309  30S ribosomal protein S12  80.49 
 
 
126 aa  207  3e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0102814  normal  0.289006 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0371  30S ribosomal protein S12  81.3 
 
 
124 aa  207  3e-53  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000000085622  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3649  30S ribosomal protein S12  80.49 
 
 
126 aa  207  3e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000000111216  hitchhiker  0.000000000929733 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3718  30S ribosomal protein S12  81.3 
 
 
124 aa  207  3e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.00000740519  normal  0.0746879 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>