More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_2579 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011059  Paes_0302  alanyl-tRNA synthetase  42.49 
 
 
885 aa  637  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.125416 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5834  alanyl-tRNA synthetase  63.57 
 
 
886 aa  1088  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.227807 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1387  alanyl-tRNA synthetase  53.57 
 
 
874 aa  898  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.371658 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3339  alanyl-tRNA synthetase  54.07 
 
 
874 aa  903  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0101035  hitchhiker  6.88194e-07 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5607  alanyl-tRNA synthetase  63.87 
 
 
892 aa  1102  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.346592  normal  0.706144 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3763  alanyl-tRNA synthetase  52.18 
 
 
897 aa  849  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.469111  normal  0.276016 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2820  alanyl-tRNA synthetase  54.56 
 
 
876 aa  920  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  7.29274e-05  hitchhiker  2.729e-05 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1015  alanyl-tRNA synthetase  54.44 
 
 
876 aa  918  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00108503  hitchhiker  0.000252417 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3373  alanyl-tRNA synthetase  52.08 
 
 
875 aa  870  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0247326  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0912  alanyl-tRNA synthetase  43.76 
 
 
880 aa  681  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00106674  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1394  alanyl-tRNA synthetase  62.15 
 
 
883 aa  1095  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3979  alanyl-tRNA synthetase  52.75 
 
 
897 aa  862  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.567891  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1489  alanyl-tRNA synthetase  44 
 
 
877 aa  708  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  1.63922e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2598  alanyl-tRNA synthetase  63.67 
 
 
891 aa  1113  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.695693  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0898  alanyl-tRNA synthetase  52.08 
 
 
875 aa  870  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  1.0723e-05  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0883  alanyl-tRNA synthetase  50.29 
 
 
865 aa  880  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  8.18492e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0101  alanyl-tRNA synthetase  49.89 
 
 
884 aa  805  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2001  alanyl-tRNA synthetase  52.12 
 
 
875 aa  820  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.79189e-06 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1437  alanyl-tRNA synthetase  50.84 
 
 
874 aa  834  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.738644 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4372  alanyl-tRNA synthetase  65.07 
 
 
889 aa  1151  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0330  alanyl-tRNA synthetase  44.22 
 
 
886 aa  671  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.43097  normal  0.0181617 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3154  alanyl-tRNA synthetase  51.18 
 
 
876 aa  857  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0206  alanyl-tRNA synthetase  43.08 
 
 
888 aa  645  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0146  alanyl-tRNA synthetase  46.41 
 
 
876 aa  780  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0010822  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2626  alanyl-tRNA synthetase  63.71 
 
 
891 aa  1110  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.643973  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1780  alanyl-tRNA synthetase  41.08 
 
 
878 aa  656  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.0561709 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00147  alanyl-tRNA synthetase  52.4 
 
 
882 aa  865  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.328967  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0744  alanyl-tRNA synthetase  52.17 
 
 
888 aa  856  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.453512  normal  0.711122 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2824  alanyl-tRNA synthetase  52.3 
 
 
874 aa  878  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0756598 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3180  alanyl-tRNA synthetase  54.44 
 
 
876 aa  918  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  2.08446e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1613  alanyl-tRNA synthetase  52.41 
 
 
874 aa  874  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.894889  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2405  alanyl-tRNA synthetase  63.35 
 
 
901 aa  1159  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.665825  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0087  alanyl-tRNA synthetase  49.55 
 
 
884 aa  803  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  decreased coverage  0.000138455  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1324  alanyl-tRNA synthetase  53.57 
 
 
874 aa  899  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.632034 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1906  alanyl-tRNA synthetase  52.97 
 
 
874 aa  884  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.206627 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0620  alanyl-tRNA synthetase  41.79 
 
 
876 aa  679  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0686  alanyl-tRNA synthetase  46.58 
 
 
852 aa  714  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  decreased coverage  0.00144447  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0986  alanyl-tRNA synthetase  45.83 
 
 
845 aa  701  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3238  alanyl-tRNA synthetase  52.08 
 
 
875 aa  870  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  2.22674e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1429  alanyl-tRNA synthetase  44.69 
 
 
842 aa  696  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3904  alanyl-tRNA synthetase  47.79 
 
 
904 aa  776  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.639044  normal  0.0112827 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3101  alanyl-tRNA synthetase  41.52 
 
 
880 aa  635  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.438368  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1987  alanyl-tRNA synthetase  64.22 
 
 
885 aa  1132  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.363624  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3124  alanyl-tRNA synthetase  53.11 
 
 
874 aa  894  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.600607  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4612  alanyl-tRNA synthetase  52.89 
 
 
874 aa  871  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3628  alanyl-tRNA synthetase  51.91 
 
 
872 aa  867  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.168897  hitchhiker  4.64441e-06 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1521  alanyl-tRNA synthetase  65.25 
 
 
887 aa  1150  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1709  alanyl-tRNA synthetase  41.55 
 
 
876 aa  670  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.314343  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1281  alanyl-tRNA synthetase  43.57 
 
 
859 aa  683  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1611  alanyl-tRNA synthetase  47.12 
 
 
903 aa  830  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0248511  hitchhiker  1.35737e-05 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3223  alanyl-tRNA synthetase  45.16 
 
 
931 aa  718  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1499  alanyl-tRNA synthetase  43.51 
 
 
867 aa  686  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2579  alanyl-tRNA synthetase  100 
 
 
913 aa  1857  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.159446  normal  0.328441 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4081  alanyl-tRNA synthetase  66.32 
 
 
884 aa  1108  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4054  alanyl-tRNA synthetase  52.58 
 
 
874 aa  889  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.100715  normal  0.103124 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2617  alanyl-tRNA synthetase  43.56 
 
 
879 aa  692  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.00109675  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3267  alanyl-tRNA synthetase  53.45 
 
 
874 aa  895  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.235906  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3635  alanyl-tRNA synthetase  43.02 
 
 
889 aa  673  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.988674  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1642  alanyl-tRNA synthetase  63.53 
 
 
887 aa  1097  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.338529  hitchhiker  2.32232e-10 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1268  alanyl-tRNA synthetase  49.55 
 
 
876 aa  793  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1196  alanyl-tRNA synthetase  54.41 
 
 
875 aa  907  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00838926  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0843  alanyl-tRNA synthetase  53.15 
 
 
892 aa  917  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  2.00247e-06  unclonable  3.09197e-08 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1318  alanyl-tRNA synthetase  53.91 
 
 
874 aa  922  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0106685  hitchhiker  0.00151314 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0051  alanyl-tRNA synthetase  47.34 
 
 
852 aa  729  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2980  alanyl-tRNA synthetase  54.44 
 
 
876 aa  919  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  4.68314e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2833  alanyl-tRNA synthetase  54.56 
 
 
876 aa  920  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  3.53011e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03511  alanyl-tRNA synthetase  50.17 
 
 
865 aa  852  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3711  alanyl-tRNA synthetase  44.19 
 
 
905 aa  687  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.296443  hitchhiker  6.4855e-05 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0990  alanyl-tRNA synthetase  50.51 
 
 
865 aa  882  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1441  alanyl-tRNA synthetase  52.64 
 
 
897 aa  858  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0440336  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3088  alanyl-tRNA synthetase  42.07 
 
 
880 aa  672  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.150623  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0457  alanyl-tRNA synthetase  43.64 
 
 
881 aa  680  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3181  alanyl-tRNA synthetase  48.21 
 
 
879 aa  805  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0936  alanyl-tRNA synthetase  40.11 
 
 
870 aa  644  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1452  alanyl-tRNA synthetase  40.25 
 
 
879 aa  638  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15270  alanyl-tRNA synthetase  42.02 
 
 
888 aa  635  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0205422  normal  0.854238 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3738  alanyl-tRNA synthetase  49.83 
 
 
875 aa  816  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3211  alanyl-tRNA synthetase  53.15 
 
 
875 aa  882  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.277669  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0983  alanyl-tRNA synthetase  53.77 
 
 
875 aa  899  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0820082  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02512  hypothetical protein  54.67 
 
 
876 aa  922  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00356315  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0998  alanyl-tRNA synthetase  53.09 
 
 
875 aa  877  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.932608  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0814  alanyl-tRNA synthetase  52.06 
 
 
893 aa  855  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2168  alanyl-tRNA synthetase  61.1 
 
 
884 aa  1105  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.176955  normal  0.0912251 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2490  alanyl-tRNA synthetase  42.47 
 
 
877 aa  653  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.000298908  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3176  alanyl-tRNA synthetase  50.51 
 
 
874 aa  807  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34460  alanyl-tRNA synthetase  52.25 
 
 
874 aa  863  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.440747  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2555  alanyl-tRNA synthetase  43.6 
 
 
878 aa  651  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2026  alanyl-tRNA synthetase  45.54 
 
 
879 aa  680  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0668165  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2268  alanyl-tRNA synthetase  43.37 
 
 
878 aa  695  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  1.49569e-05 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0223  alanyl-tRNA synthetase  44.56 
 
 
894 aa  644  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0181746 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1614  alanyl-tRNA synthetase  52.31 
 
 
869 aa  858  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_50  alanyl-tRNA synthetase  42.92 
 
 
876 aa  652  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.000334801  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0089  alanyl-tRNA synthetase  46.43 
 
 
879 aa  704  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1033  alanyl-tRNA synthetase  42.51 
 
 
882 aa  656  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2740  alanyl-tRNA synthetase  41.1 
 
 
870 aa  684  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1667  alanyl-tRNA synthetase  46.83 
 
 
846 aa  713  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0503075  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1560  alanyl-tRNA synthetase  41.5 
 
 
953 aa  646  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.80417  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002521  alanyl-tRNA synthetase  51.18 
 
 
860 aa  862  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.226197  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1946  alanyl-tRNA synthetase  49.05 
 
 
890 aa  804  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.197292  hitchhiker  0.00683804 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0357  alanyl-tRNA synthetase  52.59 
 
 
872 aa  883  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.160702  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>