More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_2533 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009719  Plav_2533  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 
343 aa  677  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.66716  normal  0.672833 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3749  RND family efflux transporter MFP subunit  42.26 
 
 
340 aa  217  2e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4041  hypothetical protein  40 
 
 
366 aa  208  9e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0513022 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0913  hypothetical protein  37.54 
 
 
338 aa  196  7e-49  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0882  hypothetical protein  37.38 
 
 
338 aa  195  1e-48  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2977  RND family efflux transporter MFP subunit  41.75 
 
 
401 aa  187  3e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.540318  normal  0.494242 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1695  secretion protein HlyD  29.89 
 
 
360 aa  128  2e-28  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0558  secretion protein HlyD  30.17 
 
 
360 aa  113  6e-24  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.177986  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1737  secretion protein HlyD  29.19 
 
 
360 aa  112  1e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  1.90652e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0431  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.05 
 
 
368 aa  109  9e-23  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0480  RND family efflux transporter MFP subunit  29.74 
 
 
363 aa  106  5e-22  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1866  RND family efflux transporter MFP subunit  28.94 
 
 
385 aa  105  9e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  2.32808e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01736  HlyD family secretion protein  31.06 
 
 
349 aa  104  2e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2588  RND family efflux transporter MFP subunit  28.25 
 
 
360 aa  104  2e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  7.07575e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3127  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.56 
 
 
416 aa  104  2e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0487  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.81 
 
 
360 aa  103  4e-21  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0467  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.33 
 
 
360 aa  103  5e-21  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3412  secretion protein HlyD  29.78 
 
 
443 aa  103  5e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0866166  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3561  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.49 
 
 
420 aa  103  5e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.306068  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1847  putative efflux transporter  28.68 
 
 
421 aa  103  6e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00481  hypothetical protein  27.49 
 
 
368 aa  102  1e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1796  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.94 
 
 
360 aa  101  2e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  4.36323e-06  hitchhiker  1.1193e-07 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2550  RND family efflux transporter MFP subunit  27.94 
 
 
360 aa  101  2e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000229958  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0703  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.57 
 
 
355 aa  101  2e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  27.17 
 
 
354 aa  100  3e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2665  RND family efflux transporter MFP subunit  28.24 
 
 
360 aa  100  3e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000267288  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2011  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.32 
 
 
361 aa  100  3e-20  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  27.14 
 
 
358 aa  97.8  2e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.271919  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2553  hypothetical protein  25.85 
 
 
368 aa  98.6  2e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  3.55433e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1925  HlyD family secretion protein  26.86 
 
 
354 aa  97.8  2e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1840  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.11 
 
 
365 aa  98.2  2e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.772932 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1815  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.95 
 
 
388 aa  97.4  3e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.100454  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1178  RND family efflux transporter MFP subunit  28.71 
 
 
390 aa  97.4  3e-19  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0883  RND family efflux transporter MFP subunit  30.43 
 
 
363 aa  97.8  3e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2095  secretion protein HlyD  32.44 
 
 
354 aa  97.1  4e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1839  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.82 
 
 
420 aa  96.7  5e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2275  RND family efflux transporter MFP subunit  26.81 
 
 
354 aa  96.7  6e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0060878  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1629  RND family efflux transporter MFP subunit  26.79 
 
 
358 aa  95.9  8e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.185382  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3445  RND family efflux transporter MFP subunit  29.76 
 
 
401 aa  95.9  8e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.655677  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2514  RND family efflux transporter MFP subunit  26.09 
 
 
354 aa  95.9  9e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000208657  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2338  RND family efflux transporter MFP subunit  27.62 
 
 
360 aa  95.5  1e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00136978  hitchhiker  1.41161e-05 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2521  RND family efflux transporter MFP subunit  26.09 
 
 
354 aa  95.1  1e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.199325  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4226  RND family efflux transporter MFP subunit  27.53 
 
 
426 aa  95.5  1e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.499264  normal  0.926991 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2410  RND family efflux transporter MFP subunit  27.62 
 
 
360 aa  95.5  1e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000315716  hitchhiker  0.00636413 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1610  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.48 
 
 
372 aa  95.1  1e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1830  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.09 
 
 
354 aa  95.1  1e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000238284  normal  0.23398 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1385  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.74 
 
 
380 aa  95.1  1e-18  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0605754  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001980  probable RND efflux membrane fusion protein  27.87 
 
 
367 aa  95.5  1e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.979341  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0080  RND family efflux transporter MFP subunit  27.73 
 
 
414 aa  95.1  2e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.95759  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3379  RND family efflux transporter MFP subunit  27.14 
 
 
409 aa  95.1  2e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.189038 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1658  RND family efflux transporter MFP subunit  27.91 
 
 
360 aa  94.7  2e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000232607  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4288  RND family efflux transporter MFP subunit  27.63 
 
 
349 aa  94.7  2e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_13031  membrane fusion protein  25.57 
 
 
353 aa  94.7  2e-18  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.560639  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1621  secretion protein HlyD  26.51 
 
 
407 aa  94.7  2e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2634  RND family efflux transporter MFP subunit  26.09 
 
 
354 aa  94.4  3e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.182724  normal  0.987528 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2455  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.88 
 
 
391 aa  93.6  4e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.035635  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4428  RND family efflux transporter MFP subunit  27.03 
 
 
349 aa  93.6  4e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1921  RND family efflux transporter MFP subunit  28.75 
 
 
340 aa  93.2  5e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00271277  normal  0.413551 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1186  RND family efflux transporter MFP subunit  30.69 
 
 
374 aa  93.2  5e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.425099  normal  0.0297054 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5559  secretion protein HlyD  30.65 
 
 
366 aa  93.6  5e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2938  RND family efflux transporter MFP subunit  29.34 
 
 
444 aa  92.8  7e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3643  RND family efflux transporter MFP subunit  34.1 
 
 
455 aa  93.2  7e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.384349  normal  0.340778 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3803  RND family efflux transporter MFP subunit  26.51 
 
 
376 aa  92.8  7e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.591559 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4180  RND family efflux transporter MFP subunit  30.65 
 
 
366 aa  92.8  7e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.249201  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0112  RND family efflux transporter MFP subunit  27.05 
 
 
349 aa  92.8  8e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3301  RND family efflux transporter MFP subunit  29.94 
 
 
381 aa  92.8  8e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.446472 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0495  secretion protein HlyD  31.33 
 
 
323 aa  92.4  9e-18  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3024  secretion protein HlyD  30 
 
 
363 aa  92  1e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.756641  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00883  macrolide transporter subunit, membrane fusion protein (MFP) component  27.59 
 
 
371 aa  91.7  2e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0982  macrolide transporter subunit MacA  27.59 
 
 
371 aa  91.7  2e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.44834  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2764  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.59 
 
 
371 aa  91.3  2e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.161658  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2451  macrolide transporter subunit MacA  27.59 
 
 
371 aa  91.7  2e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00913289  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2718  macrolide transporter subunit MacA  27.59 
 
 
371 aa  91.7  2e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0225  secretion protein HlyD  29.9 
 
 
380 aa  91.7  2e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.34961  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00889  hypothetical protein  27.59 
 
 
371 aa  91.7  2e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3531  secretion protein HlyD  25.77 
 
 
400 aa  91.3  2e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.445744  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0951  macrolide transporter subunit MacA  27.59 
 
 
371 aa  91.7  2e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0557503  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4163  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.23 
 
 
350 aa  90.5  3e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000250075  normal  0.807389 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2954  RND family efflux transporter MFP subunit  27.12 
 
 
364 aa  90.5  3e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  2.49187e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0793  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.86 
 
 
390 aa  90.9  3e-17  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0105  RND family efflux transporter MFP subunit  26.77 
 
 
348 aa  90.5  4e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1469  secretion protein HlyD  27.69 
 
 
421 aa  90.1  5e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.910926 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2370  secretion protein HlyD  29.48 
 
 
405 aa  90.1  5e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  4.67489e-05 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2696  macrolide transporter subunit MacA  27.92 
 
 
370 aa  89.7  6e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.761507  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  26.03 
 
 
361 aa  90.1  6e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000249801  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0454  secretion protein HlyD  27.24 
 
 
373 aa  89.7  6e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.63564  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1597  macrolide transporter subunit MacA  27.92 
 
 
370 aa  89.7  6e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3939  RND family efflux transporter MFP subunit  27.82 
 
 
367 aa  89.7  6e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.407918  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1039  macrolide transporter subunit MacA  27.59 
 
 
371 aa  89.7  6e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.184306  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1339  RND family efflux transporter MFP subunit  27.42 
 
 
384 aa  89.7  6e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.611384  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56880  putative membrane fusion protein  26.49 
 
 
376 aa  89.7  6e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4943  RND efflux membrane fusion protein precursor  26.64 
 
 
375 aa  89.7  6e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0949  RND family efflux transporter MFP subunit  28.89 
 
 
390 aa  89.7  6e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1881  HlyD family-like protein  26.9 
 
 
360 aa  89.7  7e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0336  secretion protein HlyD  29.82 
 
 
324 aa  89.7  7e-17  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0816826  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4941  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.15 
 
 
419 aa  89.7  7e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.321445  normal  0.921537 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3828  secretion protein HlyD  28.03 
 
 
430 aa  89.4  8e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1649  RND family efflux transporter MFP subunit  26.41 
 
 
354 aa  89.4  9e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.499517  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3883  secretion protein HlyD  28 
 
 
424 aa  89.4  9e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.135938  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3889  RND family efflux transporter MFP subunit  25.28 
 
 
364 aa  88.6  1e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>