More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_2485 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009719  Plav_2485  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  100 
 
 
448 aa  914    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.487867  normal  0.156887 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3137  DEAD/DEAH box helicase domain protein  62.33 
 
 
423 aa  471  1.0000000000000001e-131  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.417065  normal  0.231067 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1641  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  60.95 
 
 
439 aa  460  9.999999999999999e-129  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00551625  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0328  DEAD/DEAH box helicase domain protein  56.53 
 
 
497 aa  447  1.0000000000000001e-124  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.912648 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3476  DEAD/DEAH box helicase domain protein  53.58 
 
 
437 aa  447  1.0000000000000001e-124  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2449  DEAD/DEAH box helicase domain protein  57.45 
 
 
485 aa  446  1.0000000000000001e-124  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.727769  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0245  DEAD/DEAH box helicase-like protein  55.45 
 
 
463 aa  441  1e-123  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0283018  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5812  DEAD/DEAH box helicase domain protein  50.76 
 
 
492 aa  440  9.999999999999999e-123  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.441599  hitchhiker  0.00900105 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7020  ATP-dependent RNA helicase  52.68 
 
 
469 aa  441  9.999999999999999e-123  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.325131  normal  0.333376 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5093  DEAD/DEAH box helicase domain protein  58.6 
 
 
383 aa  437  1e-121  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  unclonable  0.00000000000182992  normal  0.30004 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0987  DEAD/DEAH box helicase-like  58.92 
 
 
418 aa  437  1e-121  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.748999  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0917  DEAD/DEAH box helicase domain protein  56.42 
 
 
418 aa  436  1e-121  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.577539  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2570  ATP-dependent RNA helicase  52.9 
 
 
446 aa  436  1e-121  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.463423 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3204  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.57 
 
 
559 aa  433  1e-120  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2108  DEAD/DEAH box helicase domain protein  53.49 
 
 
418 aa  432  1e-120  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1556  DEAD/DEAH box helicase domain protein  52.9 
 
 
418 aa  427  1e-118  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000449749  hitchhiker  0.000184572 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6484  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  51.46 
 
 
499 aa  427  1e-118  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.685816  normal  0.838885 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3511  DEAD/DEAH box helicase-like  53.5 
 
 
482 aa  425  1e-118  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.621785  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0933  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  56.1 
 
 
479 aa  425  1e-118  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.461598  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2794  DEAD/DEAH box helicase domain protein  56.13 
 
 
510 aa  422  1e-117  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.15323  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2571  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  56.13 
 
 
510 aa  421  1e-117  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.948447  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0314  DEAD/DEAH box helicase  51.23 
 
 
476 aa  422  1e-117  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1793  DEAD/DEAH box helicase  50.45 
 
 
491 aa  424  1e-117  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.353288 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7234  DEAD/DEAH box helicase domain protein  56.22 
 
 
506 aa  423  1e-117  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.499446  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1028  DEAD/DEAH box helicase domain protein  53.68 
 
 
441 aa  423  1e-117  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0361604  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0544  DEAD/DEAH box helicase domain protein  51.2 
 
 
418 aa  423  1e-117  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2503  DEAD/DEAH box helicase domain protein  55.38 
 
 
506 aa  422  1e-117  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.817106 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2582  DEAD/DEAH box helicase domain protein  55.67 
 
 
427 aa  419  1e-116  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.397451 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1251  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  56.84 
 
 
418 aa  418  9.999999999999999e-116  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0400  DEAD/DEAH box helicase-like  52.34 
 
 
477 aa  418  9.999999999999999e-116  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0237  DEAD/DEAH box helicase-like  53.23 
 
 
498 aa  412  1e-114  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1778  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  52.96 
 
 
479 aa  412  1e-114  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3703  DEAD/DEAH box helicase-like  55.37 
 
 
481 aa  412  1e-114  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.621227  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3809  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  54.03 
 
 
506 aa  414  1e-114  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.300559  normal  0.339526 
 
 
-
 
NC_004310  BR1052  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  49.77 
 
 
535 aa  408  1e-113  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4192  DEAD/DEAH box helicase domain protein  50.61 
 
 
474 aa  410  1e-113  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0517  helicase, C-terminal:Type III restriction enzyme, res subunit:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  55.1 
 
 
506 aa  411  1e-113  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0847838  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0870  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.46 
 
 
525 aa  408  1e-113  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1017  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  49.77 
 
 
535 aa  409  1e-113  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0456  DEAD/DEAH box helicase-like protein  53.24 
 
 
540 aa  411  1e-113  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1947  DEAD/DEAH box helicase-like protein  48.87 
 
 
459 aa  410  1e-113  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.673176  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0539  ATP-dependent RNA helicase protein  51.29 
 
 
540 aa  405  1.0000000000000001e-112  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00876522  normal  0.882809 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1595  DEAD/DEAH box helicase domain protein  55.07 
 
 
428 aa  407  1.0000000000000001e-112  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000842121  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1433  ATP-dependent RNA helicase RhlE  55.74 
 
 
418 aa  407  1.0000000000000001e-112  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.858886  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0985  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.36 
 
 
463 aa  405  1.0000000000000001e-112  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2639  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  55.46 
 
 
525 aa  405  1.0000000000000001e-112  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.147285  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4573  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50 
 
 
415 aa  406  1.0000000000000001e-112  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0905  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.12 
 
 
525 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1915  DEAD/DEAH box helicase  57.33 
 
 
393 aa  408  1.0000000000000001e-112  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0607  ATP-dependent RNA helicase RhlE  55.01 
 
 
482 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3851  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.14 
 
 
513 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00282331 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0896  DEAD/DEAH box helicase domain protein  48.23 
 
 
515 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1342  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  56.44 
 
 
426 aa  407  1.0000000000000001e-112  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1150  DEAD/DEAH box helicase domain protein  55.74 
 
 
418 aa  407  1.0000000000000001e-112  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3466  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.9 
 
 
526 aa  406  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0748  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  56.64 
 
 
485 aa  404  1e-111  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.162375  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4980  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  50.72 
 
 
626 aa  402  1e-111  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2139  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  55.95 
 
 
464 aa  405  1e-111  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0735  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  54.76 
 
 
485 aa  404  1e-111  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0703  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50.25 
 
 
494 aa  402  1e-111  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2460  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  56.64 
 
 
485 aa  404  1e-111  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.115512  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0248  ATP-dependent RNA helicase RhlE  56.64 
 
 
485 aa  404  1e-111  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1331  ATP-dependent RNA helicase RhlE  53.08 
 
 
456 aa  403  1e-111  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0420  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.32 
 
 
628 aa  403  1e-111  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1733  DEAD/DEAH box helicase  56.71 
 
 
477 aa  404  1e-111  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.210981  normal  0.24417 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0914  ATP-dependent RNA helicase  56.64 
 
 
485 aa  404  1e-111  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.348859  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5998  DEAD/DEAH box helicase  56.1 
 
 
484 aa  403  1e-111  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.123523 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3497  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.54 
 
 
511 aa  402  1e-111  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0025  DEAD/DEAH box helicase-like  50.73 
 
 
398 aa  402  1e-111  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0420  DEAD/DEAH box helicase domain protein  54.97 
 
 
560 aa  403  1e-111  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.437867  hitchhiker  0.000179935 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03540  ATP-dependent RNA helicase, DEAD box family  50.97 
 
 
557 aa  403  1e-111  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.897279  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0648  putative ATP-dependent RNA helicase 1  56.33 
 
 
543 aa  405  1e-111  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.498001 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1423  DEAD/DEAH box helicase-like  49.43 
 
 
460 aa  403  1e-111  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3311  DEAD/DEAH box helicase domain protein  49.12 
 
 
515 aa  404  1e-111  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.23551  normal  0.773236 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0434  DEAD/DEAH box helicase domain protein  54.71 
 
 
565 aa  402  1e-111  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.326828  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5029  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.41 
 
 
626 aa  402  1e-111  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2723  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  51.97 
 
 
480 aa  402  1e-111  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0181544  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1351  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  51.16 
 
 
452 aa  403  1e-111  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  decreased coverage  0.00281492  normal  0.0306725 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2595  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  54.01 
 
 
479 aa  401  9.999999999999999e-111  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.381467  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5070  ATP-dependent RNA helicase rhlE, putative  50.48 
 
 
629 aa  399  9.999999999999999e-111  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2699  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  56.91 
 
 
486 aa  401  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.411563  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0458  helicase, C-terminal:Type III restriction enzyme, res subunit:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  50.24 
 
 
629 aa  398  9.999999999999999e-111  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0954  DEAD/DEAH box helicase-like protein  48.87 
 
 
515 aa  401  9.999999999999999e-111  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.846245 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1098  DEAD/DEAH box helicase-like protein  48.87 
 
 
515 aa  401  9.999999999999999e-111  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2379  ATP-dependent RNA helicase RhlE  55.91 
 
 
488 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2670  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  56.91 
 
 
486 aa  401  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0627  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  56.64 
 
 
480 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4853  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  51.11 
 
 
627 aa  399  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.282261  normal  0.0691248 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2059  DEAD/DEAH box helicase-like  56.91 
 
 
486 aa  401  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.311638  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2845  DEAD/DEAH box helicase domain protein  52.3 
 
 
454 aa  396  1e-109  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0968  ATP-dependent RNA helicase RhlE  49.43 
 
 
453 aa  395  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0426  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  56.01 
 
 
522 aa  397  1e-109  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.234124  normal  0.583297 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00781  hypothetical protein  52.3 
 
 
454 aa  396  1e-109  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.74748  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2846  ATP-dependent RNA helicase RhlE  52.3 
 
 
454 aa  396  1e-109  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0376153 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0862  ATP-dependent RNA helicase RhlE  52.3 
 
 
454 aa  396  1e-109  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0528  putative ATP-dependent RNA helicase  47.31 
 
 
635 aa  396  1e-109  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.358611  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0779  DEAD/DEAH box helicase-like  52.13 
 
 
445 aa  396  1e-109  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05560  ATP-dependent RNA helicase  50.63 
 
 
639 aa  396  1e-109  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.978664  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2001  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.61 
 
 
514 aa  396  1e-109  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0167205  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0945  ATP-dependent RNA helicase RhlE  52.3 
 
 
455 aa  396  1e-109  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>