More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_2227 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_2227  periplasmic solute binding protein  100 
 
 		 327 aa  667    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.82387 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5737  periplasmic solute binding protein  48.91 
 
 		 302 aa  305  6e-82  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4557  periplasmic solute binding protein  49.37 
 
 		 304 aa  298  1e-79  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.667309  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0928  periplasmic solute binding protein  47.19 
 
 		 305 aa  294  2e-78  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.664518  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1142  periplasmic solute binding protein  48.46 
 
 		 307 aa  293  2e-78  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.987303  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3704  periplasmic solute binding protein  49.83 
 
 		 316 aa  287  2e-76  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.474771  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3176  periplasmic solute binding protein  45.03 
 
 		 292 aa  286  4e-76  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4830  periplasmic solute binding protein  46.08 
 
 		 294 aa  285  9e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0703  periplasmic solute binding protein  45.72 
 
 		 292 aa  282  6.000000000000001e-75  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.326839  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3681  periplasmic solute binding protein  44.72 
 
 		 292 aa  282  7.000000000000001e-75  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4709  periplasmic solute binding protein  49.17 
 
 		 321 aa  281  1e-74  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.150845 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1341  ABC transporter substrate-binding protein  47.38 
 
 		 291 aa  281  1e-74  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.328207 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2635  cation ABC transporter, periplasmic cation-binding protein  45.72 
 
 		 298 aa  279  4e-74  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0828517  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2656  periplasmic solute binding protein  47.14 
 
 		 301 aa  279  5e-74  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.149358 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3532  periplasmic solute binding protein  44.1 
 
 		 292 aa  279  5e-74  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2368  periplasmic solute binding protein  45.07 
 
 		 298 aa  278  7e-74  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000358992  normal  0.572392 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2875  periplasmic solute binding protein  46.47 
 
 		 309 aa  275  1.0000000000000001e-72  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.279263  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3101  periplasmic solute binding protein  46.15 
 
 		 309 aa  274  2.0000000000000002e-72  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.624143  normal  0.191751 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2898  periplasmic solute binding protein  46.05 
 
 		 301 aa  272  4.0000000000000004e-72  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.910422  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1123  periplasmic solute binding protein  44.41 
 
 		 292 aa  272  5.000000000000001e-72  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000244311  unclonable  0.0000000116493 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2051  periplasmic solute binding protein  43.3 
 
 		 303 aa  272  7e-72  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0478383  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3426  periplasmic solute binding protein  45.2 
 
 		 313 aa  270  2e-71  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.525736  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2784  periplasmic solute binding protein  46.08 
 
 		 301 aa  270  2.9999999999999997e-71  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.199172  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0653  periplasmic solute binding protein  43.75 
 
 		 292 aa  268  1e-70  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3392  periplasmic solute binding protein  49.69 
 
 		 320 aa  268  1e-70  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00563427  normal  0.0658085 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0916  periplasmic solute binding protein  47.33 
 
 		 307 aa  266  5e-70  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.357489  normal  0.451592 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0350  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  43.56 
 
 		 315 aa  261  1e-68  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1972  periplasmic solute binding protein  40 
 
 		 303 aa  257  2e-67  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5591  periplasmic solute binding protein  47.13 
 
 		 339 aa  254  1.0000000000000001e-66  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.462365  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1062  ABC transporter substrate binding protein  41.53 
 
 		 298 aa  253  4.0000000000000004e-66  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.861783  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5661  periplasmic solute binding protein  41.21 
 
 		 291 aa  252  7e-66  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.203291 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0845  periplasmic solute binding protein  46.23 
 
 		 289 aa  251  9.000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0688938 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0220  periplasmic solute binding protein  43.03 
 
 		 333 aa  250  2e-65  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.732372  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1597  periplasmic solute binding protein  47.39 
 
 		 309 aa  248  9e-65  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0467055 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0623  periplasmic solute binding protein  44.55 
 
 		 299 aa  248  1e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.917925 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0678  periplasmic solute binding protein  43.61 
 
 		 299 aa  244  1.9999999999999999e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0630556 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2472  periplasmic solute binding protein  41.54 
 
 		 311 aa  240  2e-62  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2998  periplasmic solute binding protein  46.01 
 
 		 311 aa  241  2e-62  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0528665  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0180  periplasmic solute binding protein  40.38 
 
 		 301 aa  233  3e-60  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.946938  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3500  periplasmic solute binding protein  45.25 
 
 		 312 aa  228  8e-59  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.639001  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1312  periplasmic solute binding protein  43.64 
 
 		 306 aa  227  3e-58  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3560  periplasmic solute binding protein  38.56 
 
 		 307 aa  226  4e-58  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.24573 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2043  periplasmic solute binding protein  37.1 
 
 		 353 aa  202  6e-51  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.0000010108  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1316  Mn transporter MntC  32.19 
 
 		 345 aa  189  7e-47  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.832277  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0534  periplasmic solute binding protein  32.93 
 
 		 293 aa  188  1e-46  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0822  periplasmic solute binding protein  30.25 
 
 		 356 aa  184  2.0000000000000003e-45  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.000237297  normal  0.0439411 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2575  Mn transporter MntC  31.23 
 
 		 313 aa  181  1e-44  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3634  periplasmic solute binding protein  32.03 
 
 		 311 aa  180  2e-44  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2998  periplasmic solute binding protein  32.1 
 
 		 328 aa  181  2e-44  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000688581  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7253  periplasmic solute binding protein  34.98 
 
 		 346 aa  181  2e-44  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0518447  normal  0.0520295 
 
 
-
 
NC_007105  pE33L54_0036  adhesion lipoprotein  30.1 
 
 		 311 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0129637  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3728  periplasmic solute binding protein  32.41 
 
 		 303 aa  173  2.9999999999999996e-42  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3980  periplasmic solute binding protein  31.38 
 
 		 354 aa  172  9e-42  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.749936 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1601  periplasmic solute binding protein  31.77 
 
 		 325 aa  172  1e-41  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.298891  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1532  periplasmic solute binding protein  35.22 
 
 		 346 aa  171  1e-41  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.217537 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2067  manganese ABC transporter substrate-binding lipoprotein  30.39 
 
 		 311 aa  171  2e-41  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0843  periplasmic solute-binding protein  28.92 
 
 		 344 aa  170  4e-41  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.620273  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2553  periplasmic solute binding protein  31.33 
 
 		 319 aa  169  5e-41  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3218  periplasmic solute binding protein  29.06 
 
 		 371 aa  169  5e-41  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0863891  normal  0.580114 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3624  periplasmic solute binding protein  31.83 
 
 		 303 aa  169  5e-41  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2964  adhesion lipoprotein  29.74 
 
 		 311 aa  168  1e-40  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00274739  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3189  adhesion lipoprotein  29.74 
 
 		 311 aa  168  1e-40  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1258  periplasmic solute binding protein  44.57 
 
 		 494 aa  166  5e-40  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00438687  decreased coverage  0.000164305 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3171  periplasmic chelated iron-binding protein YfeA  29.28 
 
 		 305 aa  165  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.866924 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3050  periplasmic chelated iron-binding protein YfeA  29.28 
 
 		 305 aa  164  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0195762 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1999  periplasmic solute binding protein  31.09 
 
 		 292 aa  165  1.0000000000000001e-39  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.870733  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3014  periplasmic chelated iron-binding protein YfeA  29.28 
 
 		 305 aa  165  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0700149 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3066  periplasmic chelated iron-binding protein YfeA  29.28 
 
 		 305 aa  165  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.354258  normal  0.0719754 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2483  periplasmic solute binding protein  29.43 
 
 		 317 aa  165  1.0000000000000001e-39  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2983  periplasmic chelated iron-binding protein YfeA  29.28 
 
 		 305 aa  164  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3625  periplasmic solute binding protein  29.77 
 
 		 326 aa  164  2.0000000000000002e-39  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1591  periplasmic solute binding protein  43.43 
 
 		 497 aa  163  3e-39  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1533  manganese ABC transporter, manganese-binding adhesion liprotein  30.67 
 
 		 308 aa  163  4.0000000000000004e-39  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.000021133  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_18691  ABC transporter substrate-binding protein  29.77 
 
 		 287 aa  162  6e-39  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.349553 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1659  metal ABC transporter substrate-binding lipoprotein  32.19 
 
 		 296 aa  162  8.000000000000001e-39  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00160044 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0030  periplasmic solute binding protein  32.25 
 
 		 313 aa  162  9e-39  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1919  periplasmic solute binding protein  30.13 
 
 		 304 aa  162  1e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00461225  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0953  ABC-type metal ion transport system, periplasmic component/surface adhesin  29.63 
 
 		 313 aa  161  1e-38  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13190  ABC-type metal ion transport system, periplasmic component/surface adhesin  32.73 
 
 		 320 aa  160  2e-38  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0992578  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3070  periplasmic solute binding protein  31.45 
 
 		 315 aa  161  2e-38  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  unclonable  0.000000101463  hitchhiker  0.00347584 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1215  periplasmic solute binding protein  31.38 
 
 		 309 aa  161  2e-38  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2226  ABC transporter, substrate-binding protein, putative  31.07 
 
 		 323 aa  160  3e-38  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.118705  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2563  periplasmic solute binding protein  31.85 
 
 		 297 aa  160  3e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.581296  normal  0.97543 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0904  ABC Mn+2/Fe+2 transporter, periplasmic substrate-binding protein SitA  31.85 
 
 		 297 aa  159  7e-38  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.785043  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2149  periplasmic solute binding protein  29.27 
 
 		 300 aa  159  8e-38  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3698  periplasmic solute binding protein  31.43 
 
 		 300 aa  159  9e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1488  ABC transporter substrate-binding protein  33.45 
 
 		 337 aa  158  9e-38  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.520647  normal  0.191838 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0084  iron/manganese transport system periplasmic binding protein SitA  28.61 
 
 		 304 aa  158  1e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.224306  hitchhiker  0.0000000789185 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3262  periplasmic solute binding protein  29.41 
 
 		 341 aa  158  1e-37  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000710757  normal  0.410992 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2211  periplasmic solute binding protein  29.73 
 
 		 304 aa  157  2e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00443052  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2914  periplasmic solute binding protein  31.58 
 
 		 301 aa  157  3e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1232  periplasmic solute binding protein  31.15 
 
 		 347 aa  157  3e-37  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1207  periplasmic solute binding protein  31.88 
 
 		 324 aa  157  3e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.773922  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2064  periplasmic solute binding protein  31.63 
 
 		 325 aa  156  4e-37  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0370  periplasmic solute binding protein  34.72 
 
 		 309 aa  156  4e-37  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0053  periplasmic solute binding protein  31.05 
 
 		 313 aa  155  7e-37  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0166309  normal  0.103773 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3170  iron/manganese transport system periplasmic binding protein SitA  28.93 
 
 		 304 aa  155  1e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.857236  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0722  AfeA  31.13 
 
 		 290 aa  155  1e-36  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.738909  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3402  periplasmic solute binding protein  29.41 
 
 		 305 aa  154  2e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.832439 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1612  iron/manganese transport system periplasmic binding protein SitA  28.12 
 
 		 294 aa  154  2e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0432091  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>