More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_2138 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004310  BR1685  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  65.59 
 
 		 533 aa  706    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.447631  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4789  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  68.44 
 
 		 529 aa  751    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0010  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  61.98 
 
 		 531 aa  673    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.570425  hitchhiker  0.00544887 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2650  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  62.69 
 
 		 528 aa  683    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0672  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  65.28 
 
 		 535 aa  708    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.472751  normal  0.0431754 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1760  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  64.02 
 
 		 531 aa  696    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3486  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  66.16 
 
 		 531 aa  718    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.158391 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2968  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  70.34 
 
 		 529 aa  762    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4685  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  65.52 
 
 		 525 aa  696    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.436149 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1352  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  62.36 
 
 		 534 aa  670    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3318  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  61.98 
 
 		 531 aa  663    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.677421  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1826  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  69.77 
 
 		 529 aa  753    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.94456 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1315  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  68.25 
 
 		 529 aa  749    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.357791 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2680  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  62.6 
 
 		 540 aa  671    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0261  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  61.98 
 
 		 531 aa  672    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2138  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  100 
 
 		 525 aa  1062    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4106  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  68.63 
 
 		 529 aa  742    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.885327  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3905  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  68.63 
 
 		 529 aa  746    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1119  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  70.15 
 
 		 529 aa  761    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.480596  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1202  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  67.49 
 
 		 528 aa  735    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.661102  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_3021  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  61.98 
 
 		 531 aa  674    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.487247 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0616  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  62.48 
 
 		 528 aa  676    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.640549 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3595  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  64.45 
 
 		 531 aa  705    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.86096  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2618  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  65.97 
 
 		 531 aa  712    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.497758  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3161  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  63.69 
 
 		 532 aa  706    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1376  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  60.46 
 
 		 528 aa  654    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3192  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  65.21 
 
 		 531 aa  712    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4467  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  65.27 
 
 		 526 aa  715    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0468875  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6798  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  62.93 
 
 		 531 aa  679    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.902777  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0814  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  60.34 
 
 		 529 aa  654    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.119542  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0639  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  66.79 
 
 		 535 aa  717    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.295873 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0660  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  65.28 
 
 		 535 aa  709    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.288846 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1269  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  66.03 
 
 		 529 aa  713    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0254425 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0020  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  62.36 
 
 		 531 aa  671    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1229  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  66.35 
 
 		 533 aa  713    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.270378  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1629  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  65.59 
 
 		 533 aa  706    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6394  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  63.5 
 
 		 531 aa  669    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.224939 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0896  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  54.08 
 
 		 527 aa  542  1e-153  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.643854  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1018  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  54.08 
 
 		 527 aa  542  1e-153  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000000612711 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1423  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  49.91 
 
 		 527 aa  537  1e-151  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3649  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  51.62 
 
 		 526 aa  528  1e-149  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0277903  normal  0.752498 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1262  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  49.52 
 
 		 528 aa  487  1e-136  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2506  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  48.37 
 
 		 528 aa  485  1e-136  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000305441 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2852  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  47.34 
 
 		 527 aa  487  1e-136  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00180336  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2694  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  48.95 
 
 		 528 aa  481  1e-134  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2601  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  49.14 
 
 		 528 aa  481  1e-134  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.159181  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0010  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  46.3 
 
 		 527 aa  479  1e-134  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.155189  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2385  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  45.99 
 
 		 523 aa  459  9.999999999999999e-129  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.917938  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1850  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  46.11 
 
 		 527 aa  459  9.999999999999999e-129  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2164  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  46.53 
 
 		 534 aa  460  9.999999999999999e-129  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3063  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  44.34 
 
 		 528 aa  458  1e-127  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.737613  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0014  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  44 
 
 		 526 aa  458  1e-127  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.00744014  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2827  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  43.5 
 
 		 546 aa  450  1e-125  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3100  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  44.87 
 
 		 525 aa  448  1.0000000000000001e-124  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.659114 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4340  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  43.62 
 
 		 526 aa  443  1e-123  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1231  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  43.73 
 
 		 529 aa  442  1e-123  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.325344  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0439  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  44.36 
 
 		 532 aa  439  9.999999999999999e-123  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0587451  normal  0.906143 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0012  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  42.29 
 
 		 526 aa  440  9.999999999999999e-123  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.578759  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1543  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  44.53 
 
 		 527 aa  441  9.999999999999999e-123  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.00623773  hitchhiker  0.0000362163 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1431  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  45.04 
 
 		 523 aa  437  1e-121  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0875304 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2150  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  45.95 
 
 		 528 aa  438  1e-121  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.204731  normal  0.434509 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2377  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  45.12 
 
 		 525 aa  437  1e-121  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2428  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  45.12 
 
 		 525 aa  437  1e-121  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0527  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  44.59 
 
 		 528 aa  434  1e-120  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.209223  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0020  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  45.42 
 
 		 525 aa  431  1e-119  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.173691  hitchhiker  0.000002432 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2813  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  45.54 
 
 		 532 aa  428  1e-118  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3375  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  44.64 
 
 		 652 aa  427  1e-118  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_002936  DET0599  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  41.86 
 
 		 526 aa  422  1e-117  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.0013465  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0039  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  42.23 
 
 		 525 aa  422  1e-117  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00530837  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1501  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  43.63 
 
 		 546 aa  422  1e-117  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4778  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  44.73 
 
 		 527 aa  424  1e-117  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.801669 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2197  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  42.86 
 
 		 525 aa  424  1e-117  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000367655  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_05241  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  44.59 
 
 		 528 aa  424  1e-117  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3561  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  43.82 
 
 		 541 aa  421  1e-116  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0818825  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0574  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  41.48 
 
 		 526 aa  419  1e-116  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3759  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  43.55 
 
 		 526 aa  419  1e-116  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0000435115  normal  0.110256 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0115  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  42.45 
 
 		 531 aa  421  1e-116  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.385317 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2156  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  43.93 
 
 		 526 aa  421  1e-116  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0077  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  41.03 
 
 		 528 aa  419  1e-116  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2125  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  41.44 
 
 		 531 aa  416  9.999999999999999e-116  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000018587  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0432  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  43.45 
 
 		 524 aa  414  1e-114  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0926  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  42.72 
 
 		 528 aa  413  1e-114  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_539  phosphoglycerate dehydrogenase  41.1 
 
 		 526 aa  415  1e-114  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.366241  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4196  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  43.08 
 
 		 527 aa  414  1e-114  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1198  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.64 
 
 		 542 aa  411  1e-113  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0190635  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1887  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.84 
 
 		 528 aa  410  1e-113  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_17821  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  42.72 
 
 		 528 aa  411  1e-113  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.877269 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1737  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  39.7 
 
 		 541 aa  410  1e-113  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3115  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  41.25 
 
 		 535 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00187643  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11540  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  43.02 
 
 		 527 aa  405  1.0000000000000001e-112  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00507142  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1288  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  39.72 
 
 		 531 aa  404  1e-111  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.605181  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_15401  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  42.72 
 
 		 528 aa  403  1e-111  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.0931759  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1224  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  41.11 
 
 		 523 aa  405  1e-111  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2378  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  39.42 
 
 		 541 aa  402  9.999999999999999e-111  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0367603  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0837  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.3 
 
 		 527 aa  401  9.999999999999999e-111  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.746889  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0009  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  41.62 
 
 		 530 aa  400  9.999999999999999e-111  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0352108  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_15551  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  42.14 
 
 		 528 aa  400  9.999999999999999e-111  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3521  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  41.41 
 
 		 529 aa  398  1e-109  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.598848  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2306  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.41 
 
 		 531 aa  396  1e-109  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.551653  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0567  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.49 
 
 		 523 aa  397  1e-109  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>