More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_2125 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009719  Plav_2125  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  100 
 
 
443 aa  861    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.378443  normal  0.301003 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1114  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.86 
 
 
417 aa  208  2e-52  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0822323  normal  0.384948 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0666  cell cycle protein  38.63 
 
 
412 aa  202  9e-51  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2319  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.86 
 
 
412 aa  201  1.9999999999999998e-50  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.074868  normal  0.706957 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2711  tRNA(Ile)-lysidine synthase  43.01 
 
 
371 aa  192  1e-47  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.658001  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1097  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.65 
 
 
434 aa  188  1e-46  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3082  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  46.53 
 
 
368 aa  188  2e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0878  cell cycle protein MesJ  29.12 
 
 
433 aa  185  1.0000000000000001e-45  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2362  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  36.61 
 
 
430 aa  182  1e-44  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.54755  normal  0.628106 
 
 
-
 
NC_002978  WD1254  cell cycle protein MesJ, putative  30.81 
 
 
431 aa  181  2e-44  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4744  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  41.19 
 
 
346 aa  181  2e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.925373  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0565  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.65 
 
 
412 aa  179  8e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0689  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.65 
 
 
409 aa  179  9e-44  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.544883  normal  0.119595 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3507  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  44.49 
 
 
345 aa  176  7e-43  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.381977  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0978  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  35.42 
 
 
422 aa  174  2.9999999999999996e-42  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0172584  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1316  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  48.91 
 
 
346 aa  173  3.9999999999999995e-42  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2413  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  41.39 
 
 
450 aa  163  6e-39  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4142  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  44.3 
 
 
347 aa  162  1e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3637  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.21 
 
 
400 aa  159  6e-38  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.845838  normal  0.200954 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1817  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  46.4 
 
 
346 aa  157  4e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.19753  normal  0.581265 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5490  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  42.52 
 
 
339 aa  155  1e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6875  tRNA(Ile)-lysidine synthase  42.96 
 
 
358 aa  145  1e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.487527  normal  0.0484276 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5387  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  43.09 
 
 
342 aa  144  2e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4334  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  48.74 
 
 
345 aa  145  2e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.114566 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5309  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.97 
 
 
347 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4841  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.45 
 
 
342 aa  140  3e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0339142  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1097  PP-loop protein  47.06 
 
 
462 aa  140  3.9999999999999997e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.873661  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0077  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  42.24 
 
 
326 aa  139  7.999999999999999e-32  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0779  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  43.33 
 
 
377 aa  139  1e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0526339 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3626  hypothetical protein  33.97 
 
 
454 aa  137  3.0000000000000003e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0712602  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3492  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.29 
 
 
491 aa  136  7.000000000000001e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0309662  normal  0.10805 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0282  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  45.62 
 
 
344 aa  129  9.000000000000001e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.271533  normal  0.0151148 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3197  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.23 
 
 
492 aa  126  6e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.508884  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0861  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.04 
 
 
442 aa  125  1e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1179  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  41.78 
 
 
464 aa  123  8e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.34468  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1464  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  41.78 
 
 
464 aa  123  8e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.727377  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1360  PP-loop  40 
 
 
445 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1222  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.13 
 
 
456 aa  121  3e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.633545  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1692  hypothetical protein  32.37 
 
 
448 aa  119  9.999999999999999e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1636  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.37 
 
 
448 aa  119  9.999999999999999e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1805  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  41.55 
 
 
439 aa  117  3e-25  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.193318  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1011  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.09 
 
 
472 aa  113  6e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.258759  normal  0.14023 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2624  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.05 
 
 
453 aa  113  7.000000000000001e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0977  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.58 
 
 
438 aa  113  7.000000000000001e-24  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1105  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  43.98 
 
 
472 aa  112  1.0000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.340413  normal  0.54377 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17280  hypothetical protein  39.36 
 
 
442 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0441  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.02 
 
 
321 aa  111  2.0000000000000002e-23  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.226465  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1608  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.18 
 
 
427 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1249  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  41.26 
 
 
425 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.686873 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1551  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.32 
 
 
241 aa  109  7.000000000000001e-23  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000725449 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4169  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.73 
 
 
427 aa  110  7.000000000000001e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.911807 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0079  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.17 
 
 
509 aa  110  7.000000000000001e-23  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1551  cell cycle protein mesJ, putative  39.68 
 
 
455 aa  107  3e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1163  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.27 
 
 
427 aa  107  3e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.114234  normal  0.932043 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0580  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  39.65 
 
 
430 aa  107  5e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0306545  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0181  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.71 
 
 
432 aa  106  7e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3472  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.71 
 
 
432 aa  106  7e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.878016  normal  0.473347 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0192  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.71 
 
 
432 aa  106  8e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3415  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.17 
 
 
432 aa  106  9e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0190  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.71 
 
 
432 aa  106  9e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.781391  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1088  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  42.4 
 
 
487 aa  105  1e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00200666  normal  0.0296865 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0365  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.05 
 
 
390 aa  106  1e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8428  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.45 
 
 
358 aa  105  2e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00186  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.17 
 
 
432 aa  104  3e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.445968  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01899  tRNA(Ile)-lysidine synthase (tRNA(Ile)-lysidinesynthetase) (tRNA(Ile)-2-lysyl-cytidine synthase)  34.05 
 
 
434 aa  104  3e-21  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00185  hypothetical protein  38.17 
 
 
432 aa  104  3e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.434611  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0144  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.5 
 
 
472 aa  104  3e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000175887  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0199  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.63 
 
 
432 aa  104  4e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1442  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.64 
 
 
440 aa  103  5e-21  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4065  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.27 
 
 
426 aa  103  7e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000422892 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3036  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  42.13 
 
 
440 aa  103  8e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0244601 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0198  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.71 
 
 
431 aa  102  9e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0058  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.06 
 
 
476 aa  102  1e-20  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1125  PP-loop  43.75 
 
 
484 aa  102  1e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00891393  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1692  tRNA(Ile)-lysidine synthase  32.34 
 
 
449 aa  100  6e-20  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3168  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  42.86 
 
 
446 aa  100  7e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0475  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.34 
 
 
449 aa  99.8  9e-20  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009044  PICST_31371  predicted protein  27.57 
 
 
484 aa  99.8  9e-20  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2510  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.73 
 
 
319 aa  99.8  9e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.336339  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1980  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  41.05 
 
 
468 aa  99.4  1e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1170  putative cell cycle protein  44.85 
 
 
462 aa  99.4  1e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.0031509  normal  0.791895 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0321  hypoxanthine phosphoribosyltransferase  34.4 
 
 
682 aa  99  1e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.124455 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2861  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  36.52 
 
 
326 aa  99.4  1e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0070  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.71 
 
 
476 aa  99  1e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.278443  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5246  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.71 
 
 
476 aa  99.8  1e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.320432  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2110  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  41.05 
 
 
473 aa  99.4  1e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2886  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.04 
 
 
496 aa  99  1e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0664509  normal  0.0502291 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0934  cell-cycle protein  37.02 
 
 
427 aa  99  2e-19  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.504247  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1289  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.45 
 
 
436 aa  98.6  2e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.7067 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2619  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.19 
 
 
474 aa  97.8  3e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2542  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.01 
 
 
489 aa  98.2  3e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2410  tRNA(Ile)-lysidine synthase  34.18 
 
 
443 aa  97.4  4e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1237  GntR family transcriptional regulator  33.19 
 
 
429 aa  97.4  4e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1364  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.95 
 
 
465 aa  97.1  5e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1620  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.39 
 
 
390 aa  97.1  5e-19  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0959  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.71 
 
 
425 aa  97.1  6e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3159  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.57 
 
 
489 aa  95.9  1e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.765148  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1461  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.65 
 
 
491 aa  96.3  1e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2593  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.57 
 
 
492 aa  95.9  1e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2156  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.57 
 
 
489 aa  95.9  1e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>