206 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_2023 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_2023  response regulator receiver protein  100 
 
 		 159 aa  314  4e-85  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0939204  normal  0.968357 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6401  response regulator receiver protein  42.31 
 
 		 126 aa  79  0.00000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4542  PAS sensor protein  38.05 
 
 		 1096 aa  73.9  0.0000000000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.220973  normal  0.0899725 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3759  response regulator receiver protein  40.35 
 
 		 127 aa  73.2  0.000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.514361  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7970  response regulator receiver and SARP domain protein  39.09 
 
 		 160 aa  72.4  0.000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.304155  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5055  signal transduction histidine kinase  38.02 
 
 		 1111 aa  72  0.000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.372822  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4798  response regulator receiver protein  39.29 
 
 		 120 aa  71.6  0.000000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.107601  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6449  response regulator receiver protein  43.53 
 
 		 121 aa  71.2  0.000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2532  response regulator receiver protein  39.13 
 
 		 138 aa  71.2  0.000000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2986  response regulator receiver protein  35.59 
 
 		 124 aa  68.9  0.00000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.347118  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3092  response regulator receiver protein  41.23 
 
 		 124 aa  68.6  0.00000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0555687  normal  0.395265 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1296  response regulator receiver protein  45.12 
 
 		 136 aa  67.8  0.00000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0109  response regulator receiver  38.39 
 
 		 120 aa  68.2  0.00000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4846  response regulator receiver protein  41.53 
 
 		 126 aa  66.6  0.0000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.211413  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1241  signal transduction histidine kinase  40.21 
 
 		 631 aa  66.2  0.0000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0246477 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5238  response regulator receiver protein  42.11 
 
 		 127 aa  67  0.0000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.516097  normal  0.262734 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2866  response regulator receiver  40.35 
 
 		 124 aa  67  0.0000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5002  signal transduction histidine kinase  38.94 
 
 		 1096 aa  65.9  0.0000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2363  response regulator receiver protein  33.33 
 
 		 122 aa  65.9  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.549917  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3337  hypothetical protein  38.66 
 
 		 130 aa  66.2  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.244169  normal  0.34569 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6551  putative response regulator receiver (CheY-like protein)  36.7 
 
 		 129 aa  65.9  0.0000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.582154 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0470  response regulator receiver protein  38.98 
 
 		 133 aa  66.2  0.0000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0773  response regulator receiver  38.98 
 
 		 149 aa  65.9  0.0000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.863112  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4234  response regulator receiver protein  40.48 
 
 		 121 aa  65.5  0.0000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0312747 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1784  response regulator receiver domain-containing protein  38.68 
 
 		 124 aa  64.7  0.0000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.474362  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5004  response regulator receiver protein  37.07 
 
 		 118 aa  64.7  0.0000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.325761  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5707  response regulator receiver protein  35.4 
 
 		 127 aa  64.7  0.0000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0431  response regulator receiver protein  37.74 
 
 		 124 aa  64.3  0.0000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0769354  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1396  response regulator receiver domain-containing protein  37.93 
 
 		 117 aa  63.5  0.000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.230809  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2183  response regulator receiver protein  33.63 
 
 		 134 aa  62.8  0.000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1920  response regulator receiver protein  38.64 
 
 		 126 aa  62  0.000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.170402 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3234  response regulator receiver protein  35.83 
 
 		 207 aa  62.4  0.000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0140449  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6265  response regulator receiver protein  36.84 
 
 		 136 aa  62  0.000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2032  response regulator receiver protein  37.72 
 
 		 125 aa  61.6  0.000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4933  response regulator receiver protein  37.27 
 
 		 121 aa  61.2  0.000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.124626  normal  0.430513 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6261  putative response regulator receiver (CheY-like protein)  36.52 
 
 		 121 aa  60.8  0.000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.235266  normal  0.732793 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5270  signal transduction histidine kinase  36.36 
 
 		 559 aa  60.8  0.000000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.909185 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0358  signal transduction histidine kinase  33.04 
 
 		 602 aa  60.8  0.000000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2241  response regulator receiver protein  38.64 
 
 		 126 aa  60.5  0.000000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.926249 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5235  response regulator receiver protein  40.96 
 
 		 131 aa  60.5  0.000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0801642 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1965  response regulator receiver  38.64 
 
 		 126 aa  60.5  0.000000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.132523  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3034  putative PAS/PAC sensor protein  35.83 
 
 		 856 aa  60.5  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0858916  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2608  response regulator receiver protein  41.98 
 
 		 114 aa  59.3  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.186263  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0022  response regulator receiver and SARP domain protein  35.09 
 
 		 142 aa  59.7  0.00000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  hitchhiker  0.000346597  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0604  response regulator receiver protein  40.17 
 
 		 147 aa  59.3  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0268  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  40.96 
 
 		 651 aa  59.7  0.00000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9083  bacteriophytochrome protein  36.26 
 
 		 856 aa  59.3  0.00000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2069  response regulator receiver domain-containing protein  34.23 
 
 		 123 aa  58.5  0.00000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.240465  normal  0.487014 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0985  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.17 
 
 		 704 aa  58.5  0.00000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.000494124  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0079  signal transduction histidine kinase  35.65 
 
 		 639 aa  58.5  0.00000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.464916 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3289  putative PAS/PAC sensor protein  39.8 
 
 		 855 aa  58.2  0.00000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.363327  normal  0.145052 
 
 
-
 
NC_004310  BR0102  response regulator, putative  36.44 
 
 		 125 aa  57.8  0.00000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.248594  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0019  response regulator receiver protein  34.21 
 
 		 129 aa  58.2  0.00000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0611118 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0099  putative response regulator  36.44 
 
 		 124 aa  58.2  0.00000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4155  response regulator receiver domain-containing protein  34.15 
 
 		 123 aa  57.8  0.00000007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.918011  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0708  response regulator receiver protein  35.14 
 
 		 123 aa  57  0.0000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.795364  normal  0.880104 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2399  response regulator receiver protein  33.03 
 
 		 128 aa  56.6  0.0000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0186457 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0114  response regulator receiver protein  37.29 
 
 		 127 aa  57  0.0000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.273159  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0621  response regulator receiver protein  36.21 
 
 		 120 aa  56.6  0.0000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6244  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  38.05 
 
 		 849 aa  56.6  0.0000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4327  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  34.92 
 
 		 875 aa  55.8  0.0000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.184763 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0475  response regulator receiver protein  33.63 
 
 		 129 aa  55.8  0.0000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3509  signal transduction histidine kinase  33.93 
 
 		 125 aa  55.5  0.0000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.316868  normal  0.542318 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5233  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.8 
 
 		 384 aa  55.5  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.222219 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1629  response regulator receiver domain-containing protein  34.71 
 
 		 129 aa  54.7  0.0000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.324074  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1334  response regulator receiver protein  34.86 
 
 		 126 aa  53.5  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.395948 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2937  response regulator receiver protein  33.33 
 
 		 129 aa  53.5  0.000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.972944  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2637  putative PAS/PAC sensor protein  31.93 
 
 		 461 aa  52.8  0.000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0115  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  35.4 
 
 		 481 aa  52.4  0.000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4279  response regulator receiver protein  33.75 
 
 		 120 aa  52.4  0.000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.718019  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_6064  response regulator receiver domain-containing protein  33.66 
 
 		 126 aa  52  0.000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0440  response regulator receiver protein  32.74 
 
 		 130 aa  51.6  0.000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0544928  normal  0.588008 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0407  response regulator receiver  32.74 
 
 		 130 aa  51.6  0.000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.459485 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1001  response regulator receiver protein  33.62 
 
 		 120 aa  51.6  0.000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.283402  normal  0.269242 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2085  putative two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  33.33 
 
 		 457 aa  51.2  0.000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1262  response regulator receiver protein  37.04 
 
 		 195 aa  51.2  0.000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2922  response regulator receiver/SARP domain-containing protein  37.04 
 
 		 195 aa  51.2  0.000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2394  putative GAF sensor protein  32.14 
 
 		 847 aa  51.2  0.000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.25898  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3364  response regulator  32.17 
 
 		 847 aa  50.4  0.000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.427552 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1154  response regulator receiver protein  32.86 
 
 		 161 aa  50.1  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4529  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.62 
 
 		 989 aa  50.1  0.00001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03021  regulatory protein  30.91 
 
 		 126 aa  49.7  0.00002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5541  response regulator  36.04 
 
 		 134 aa  49.7  0.00002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5460  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  33.63 
 
 		 650 aa  49.3  0.00002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.665291  normal  0.225769 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2520  response regulator receiver domain-containing protein  34.18 
 
 		 125 aa  49.7  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.113297  normal  0.478353 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1215  response regulator receiver protein  30.36 
 
 		 124 aa  49.3  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0588681  normal  0.159144 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2338  response regulator receiver protein  40.62 
 
 		 127 aa  49.7  0.00002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0449719  normal  0.223899 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1235  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.64 
 
 		 989 aa  49.7  0.00002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.172784  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2586  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  31.25 
 
 		 847 aa  49.3  0.00002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.251983 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1774  response regulator receiver  31.71 
 
 		 126 aa  48.9  0.00003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0498529  decreased coverage  0.00379005 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1267  response regulator receiver/SARP domain-containing protein  31.63 
 
 		 134 aa  48.9  0.00003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00862788 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2574  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  31.86 
 
 		 844 aa  48.9  0.00003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.969915 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0272  response regulator receiver protein  33.63 
 
 		 128 aa  48.5  0.00004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.820027  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3264  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.07 
 
 		 1134 aa  48.5  0.00004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2263  response regulator receiver/SARP domain-containing protein  40.82 
 
 		 104 aa  48.1  0.00005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.911956  normal  0.118654 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2407  response regulator receiver protein  35.71 
 
 		 182 aa  48.1  0.00005  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3491  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.73 
 
 		 966 aa  48.1  0.00005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.691252 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0060  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.62 
 
 		 384 aa  47.8  0.00006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3385  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.62 
 
 		 384 aa  47.8  0.00006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4165  hypothetical protein  36.59 
 
 		 153 aa  47.8  0.00007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>