More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_1987 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009719  Plav_1987  helix-turn-helix domain-containing protein  100 
 
 
283 aa  569  1e-161  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2380  transcriptional regulator, AraC family  62.72 
 
 
300 aa  328  4e-89  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0838291  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0799  AraC family transcriptional regulator  57.04 
 
 
280 aa  300  2e-80  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.506953 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0774  AraC family transcriptional regulator  53.82 
 
 
278 aa  290  2e-77  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000960474 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1802  AraC family transcriptional regulator  36.02 
 
 
281 aa  130  2e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.460896 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3801  transcriptional regulator, AraC family  40.4 
 
 
278 aa  85.5  9e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1357  transcriptional regulator, AraC family  47.87 
 
 
277 aa  85.1  1e-15  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.193095  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1477  transcriptional regulator, AraC family  28.57 
 
 
278 aa  84.3  2e-15  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.000537918  unclonable  2.96813e-06 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2463  transcriptional regulator, AraC family  42.34 
 
 
162 aa  83.2  4e-15  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.400735  normal  0.926275 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3104  response regulator receiver protein  29.66 
 
 
266 aa  82  1e-14  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3417  AraC family transcriptional regulator  32.91 
 
 
299 aa  80.5  3e-14  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.138414  normal  0.441033 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5737  transcriptional regulator, AraC family  39.05 
 
 
164 aa  79.3  7e-14  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2855  AraC family substrate binding transcriptional regulator  40 
 
 
280 aa  79  7e-14  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.222069  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001441  L-rhamnose operon transcriptional activator RhaR  28.28 
 
 
275 aa  79  7e-14  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3175  helix-turn-helix domain-containing protein  38.71 
 
 
287 aa  77.4  2e-13  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0758  AraC family transcriptional regulator  44.71 
 
 
299 aa  77.8  2e-13  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2300  AraC family transcriptional regulator  31.15 
 
 
274 aa  77.4  2e-13  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.457981  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0804  transcriptional regulator, AraC family  42.86 
 
 
145 aa  78.2  2e-13  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1148  transcriptional regulator, AraC family  38.89 
 
 
309 aa  77.8  2e-13  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3174  helix-turn-helix domain-containing protein  38.71 
 
 
287 aa  77.4  2e-13  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3318  AraC family transcriptional regulator  38.71 
 
 
287 aa  77.4  2e-13  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.877504 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1196  transcriptional regulator, AraC family  38.71 
 
 
287 aa  77.4  2e-13  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5964  transcriptional regulator, AraC family  37.93 
 
 
134 aa  76.6  4e-13  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.194078  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6513  transcriptional regulator, AraC family  45.78 
 
 
306 aa  76.6  4e-13  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06279  hypothetical protein  29.27 
 
 
275 aa  76.3  6e-13  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0134  AraC family transcriptional regulator  35.56 
 
 
322 aa  75.9  7e-13  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4230  transcriptional regulator, AraC family  37.5 
 
 
363 aa  75.5  9e-13  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3022  AraC family transcriptional regulator  45.24 
 
 
269 aa  75.1  1e-12  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.179069 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1187  transcriptional regulator, AraC-family  38.46 
 
 
278 aa  75.5  1e-12  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1650  AraC family transcriptional regulator  35 
 
 
316 aa  75.1  1e-12  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3613  transcriptional regulator, AraC family  40.4 
 
 
278 aa  75.5  1e-12  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.522508  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2657  AraC family transcriptional regulator  45.24 
 
 
269 aa  75.1  1e-12  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1472  AraC family transcriptional regulator  44.05 
 
 
292 aa  75.5  1e-12  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.327977  normal  0.780269 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3231  transcriptional regulator, AraC family  35.63 
 
 
250 aa  75.5  1e-12  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1284  AraC family transcriptional regulator  35.83 
 
 
168 aa  75.1  1e-12  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05420  putative transcriptional regulator  46.51 
 
 
264 aa  74.3  2e-12  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6349  AraC family transcriptional regulator  33.95 
 
 
306 aa  73.9  2e-12  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0502154  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0236  AraC/XylS family transcriptional regulator  29.15 
 
 
277 aa  74.7  2e-12  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7037  AraC family transcriptional regulator  32.35 
 
 
301 aa  74.3  2e-12  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.283867  normal  0.289972 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1480  AraC family transcriptional regulator  33.95 
 
 
306 aa  73.9  2e-12  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.237942  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6370  AraC family transcriptional regulator  32.35 
 
 
301 aa  74.3  2e-12  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1458  AraC family transcriptional regulator  32.35 
 
 
301 aa  74.3  2e-12  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0516  putative transcriptional regulator  46.51 
 
 
264 aa  74.7  2e-12  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2719  AraC family transcriptional regulator  29.41 
 
 
276 aa  73.6  3e-12  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.894112  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05505  putative transcription regulator protein  37.5 
 
 
270 aa  73.6  3e-12  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2898  transcriptional regulator, AraC family  34.62 
 
 
282 aa  73.9  3e-12  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7015  AraC family transcriptional regulator  33.95 
 
 
306 aa  73.9  3e-12  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0570551 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0716  AraC family transcriptional regulator  44.05 
 
 
296 aa  73.6  3e-12  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00193737 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2379  AraC family transcriptional regulator  40.91 
 
 
304 aa  73.2  5e-12  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0538221  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4074  AraC family transcriptional regulator  35 
 
 
290 aa  72.4  7e-12  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.63505 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6717  transcriptional regulator, AraC family  39.18 
 
 
296 aa  72.4  7e-12  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.121518  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3895  helix-turn-helix domain-containing protein  35.23 
 
 
282 aa  72.4  8e-12  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6135  transcriptional regulator, AraC family  40.91 
 
 
305 aa  72  9e-12  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2634  AraC family transcriptional regulator  32.26 
 
 
204 aa  72.4  9e-12  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3628  transcriptional regulator, AraC family  41.49 
 
 
156 aa  72  9e-12  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2736  AraC family transcriptional regulator  41.33 
 
 
154 aa  71.6  1e-11  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.66637 
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4172  AraC family transcriptional regulator  42.53 
 
 
295 aa  71.2  2e-11  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0833223  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2799  AraC family transcriptional regulator  27.68 
 
 
269 aa  71.2  2e-11  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0653395  normal  0.0991111 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2101  putative DNA-binding protein  26.05 
 
 
286 aa  70.9  2e-11  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.326102  n/a   
 
 
-
 
NC_011655  BCAH187_C0213  transcriptional regulator, AraC family protein  35.16 
 
 
287 aa  71.2  2e-11  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00887507 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1212  transcriptional regulator, AraC-family  23.53 
 
 
280 aa  70.9  2e-11  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3129  AraC family transcriptional regulator  38.82 
 
 
299 aa  71.2  2e-11  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2139  helix-turn-helix domain-containing protein  35.9 
 
 
294 aa  71.2  2e-11  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.957349  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2081  transcriptional regulator, AraC family  35.78 
 
 
153 aa  71.2  2e-11  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.256  normal  0.670144 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0191  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 
299 aa  71.2  2e-11  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2765  transcriptional regulator, AraC family  43.96 
 
 
270 aa  71.2  2e-11  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0588178  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0897  transcriptional regulator  32.08 
 
 
335 aa  71.2  2e-11  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1111  transcriptional regulator, AraC family  40.21 
 
 
312 aa  71.2  2e-11  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0211  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 
299 aa  71.2  2e-11  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5804  AraC family transcriptional regulator  39.13 
 
 
305 aa  71.2  2e-11  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0179  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 
299 aa  71.2  2e-11  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0147136  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0192  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 
299 aa  71.2  2e-11  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0516  PAS sensor protein  39.78 
 
 
255 aa  71.2  2e-11  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4121  helix-turn-helix, AraC type  33.33 
 
 
334 aa  70.9  2e-11  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2332  transcriptional regulator, AraC family  31.25 
 
 
311 aa  71.2  2e-11  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  1.41159e-06  normal  0.457995 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3702  transcriptional regulator, AraC type  35.83 
 
 
308 aa  70.9  2e-11  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1207  putative transcriptional regulator  37.61 
 
 
293 aa  70.9  3e-11  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0033  transcriptional regulator, AraC family  39.18 
 
 
281 aa  70.5  3e-11  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1460  AraC family transcriptional regulator  37.5 
 
 
278 aa  70.5  3e-11  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1599  AraC family transcriptional regulator  37.5 
 
 
278 aa  70.5  3e-11  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000366861  normal  0.399443 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4587  AraC family transcriptional regulator  42.27 
 
 
291 aa  70.9  3e-11  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.213128  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2781  transcriptional regulator, AraC family  35.2 
 
 
271 aa  70.5  3e-11  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.109963 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0182  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 
299 aa  70.5  3e-11  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0071  transcriptional regulator, AraC family  32.61 
 
 
308 aa  70.1  3e-11  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.462194  normal  0.509071 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1562  AraC family transcriptional regulator  37.5 
 
 
278 aa  70.5  3e-11  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5332  AraC family transcriptional regulator  40.91 
 
 
301 aa  70.5  3e-11  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1568  AraC family transcriptional regulator  37.5 
 
 
278 aa  70.5  3e-11  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2212  AraC family transcriptional regulator  23.17 
 
 
302 aa  70.5  3e-11  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3869  AraC family transcriptional regulator  31.31 
 
 
304 aa  70.1  4e-11  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2723  AraC family transcriptional regulator  42.86 
 
 
273 aa  70.1  4e-11  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0671245 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5694  AraC family transcriptional regulator  30.99 
 
 
319 aa  70.1  4e-11  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.730665  normal  0.260224 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0125  transcriptional regulator, AraC family  22.81 
 
 
300 aa  70.1  4e-11  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1762  AraC/XylS family transcriptional regulator  37.5 
 
 
278 aa  70.1  4e-11  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5215  helix-turn-helix domain-containing protein  31.03 
 
 
331 aa  69.7  5e-11  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1179  two component AraC family transcriptional regulator  27.45 
 
 
359 aa  69.7  5e-11  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5827  AraC family transcriptional regulator  35.33 
 
 
302 aa  69.7  5e-11  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0659  AraC family transcriptional regulator  31.4 
 
 
290 aa  69.7  5e-11  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2326  transcriptional regulator, AraC family  41.24 
 
 
295 aa  69.7  5e-11  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0937352 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2475  AraC family transcriptional regulator  38.71 
 
 
255 aa  69.7  6e-11  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0176  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 
299 aa  69.7  6e-11  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>