290 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_1736 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009719  Plav_1736  phosphoribosyltransferase  100 
 
 
258 aa  506  1e-142  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0385  phosphoribosyltransferase  50 
 
 
271 aa  225  6e-58  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.543655  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0480  phosphoribosyltransferase  47.88 
 
 
270 aa  223  3e-57  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7594  putative competence protein F (COMF)  51.69 
 
 
267 aa  221  7e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0419159 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3532  competence protein F (phosphoribosyltransferase protein)  46.58 
 
 
258 aa  220  1e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3823  competence protein F (phosphoribosyltransferase protein)  46.58 
 
 
258 aa  218  6e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3970  competence protein F  49.12 
 
 
236 aa  214  1e-54  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1028  competence protein F, putative  44.53 
 
 
262 aa  211  7e-54  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1808  putative competence protein F  45 
 
 
262 aa  208  7e-53  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.640197  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1140  phosphoribosyltransferase  48.54 
 
 
264 aa  208  9e-53  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0794906  normal  0.739937 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0307  competence protein F  45.45 
 
 
255 aa  206  3e-52  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.387643 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0383  competence protein F  47.43 
 
 
255 aa  206  4e-52  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.366991  normal  0.800288 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0107  phosphoribosyltransferase  49.59 
 
 
272 aa  205  5e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2971  phosphoribosyltransferase  48.71 
 
 
268 aa  205  7e-52  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.566762 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2675  competence protein F  48.31 
 
 
253 aa  202  4e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.222101  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0601  phosphoribosyltransferase  47.52 
 
 
271 aa  201  7e-51  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0026  phosphoribosyltransferase  48.76 
 
 
254 aa  199  5e-50  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3090  phosphoribosyltransferase  45.61 
 
 
255 aa  197  1e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.318018  normal  0.255488 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0737  phosphoribosyltransferase  48.36 
 
 
246 aa  197  1e-49  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.113594  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1878  competence protein F, putative  45 
 
 
262 aa  196  2e-49  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0351  competence protein F  46.56 
 
 
255 aa  194  1e-48  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.733482  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0520  phosphoribosyltransferase  50 
 
 
269 aa  191  8e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.251587 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4814  phosphoribosyltransferase  49.8 
 
 
279 aa  187  1e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.727604  decreased coverage  8.49043e-05 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3006  phosphoribosyltransferase  47.83 
 
 
270 aa  187  1e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1708  phosphoribosyltransferase  50.86 
 
 
264 aa  182  6e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0852956  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2264  phosphoribosyltransferase  45.34 
 
 
255 aa  181  1e-44  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.200709  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2510  phosphoribosyltransferase  49.13 
 
 
258 aa  180  3e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.277662 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0367  comF family protein  40.34 
 
 
251 aa  172  5e-42  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0143  putative competence protein F  30.6 
 
 
230 aa  160  2e-38  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2902  competence protein F, putative  39.08 
 
 
243 aa  154  1e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1495  phosphoribosyltransferase  44.55 
 
 
217 aa  154  1e-36  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0093  competence protein F  32.33 
 
 
230 aa  152  6e-36  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0939  phosphoribosyltransferase  42.65 
 
 
215 aa  151  9e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.430972 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1195  competence protein F  38.3 
 
 
240 aa  147  2e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0559  phosphoribosyltransferase  42.92 
 
 
248 aa  146  3e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.230828  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0295  competence protein F, putative  41.2 
 
 
242 aa  146  4e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2633  amidophosphoribosyltransferase-like protein  37.45 
 
 
240 aa  145  7e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0126  putative phosphoribosyltransferase  42.73 
 
 
260 aa  144  2e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0837099  normal  0.0454325 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2856  competence protein F  38.72 
 
 
240 aa  143  3e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2108  phosphoribosyltransferase  38.89 
 
 
269 aa  134  1e-30  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.227962  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0124  competence protein F, putative  40.28 
 
 
238 aa  134  1e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4125  amidophosphoribosyltransferase-like protein  38.91 
 
 
238 aa  134  2e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  1.02342e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2731  competence protein F, putative  36.51 
 
 
245 aa  129  5e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  2.43751e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2936  competence protein F, putative  36.48 
 
 
243 aa  125  8e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0346269  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3333  phosphoribosyltransferase  34.62 
 
 
242 aa  124  1e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3855  phosphoribosyltransferase  35.75 
 
 
239 aa  121  1e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00709027 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0617  phosphoribosyltransferase  35.34 
 
 
247 aa  120  2e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0447  phosphoribosyltransferase  33.33 
 
 
229 aa  119  6e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.300519  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3771  phosphoribosyltransferase  35.29 
 
 
239 aa  118  8e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3894  phosphoribosyltransferase  36.17 
 
 
259 aa  117  2e-25  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.148595 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1907  phosphoribosyltransferase  35.29 
 
 
279 aa  117  3e-25  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  7.54112e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2573  amidophosphoribosyltransferase  36.45 
 
 
247 aa  115  9e-25  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2585  competence protein F  39.41 
 
 
245 aa  114  1e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1124  competence protein F  35.34 
 
 
233 aa  112  4e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2280  hypothetical protein  30.13 
 
 
234 aa  112  7e-24  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2252  hypothetical protein  30.13 
 
 
234 aa  112  8e-24  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4174  putative competence protein f-related protein  35.95 
 
 
261 aa  110  2e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3500  competence protein F  37.93 
 
 
258 aa  110  2e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1128  phosphoribosyltransferase  33.79 
 
 
239 aa  110  3e-23  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0387  amidophosphoribosyltransferase-like protein  34.5 
 
 
243 aa  108  8e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.336558  normal  0.927727 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0109  phosphoribosyltransferase  30.9 
 
 
245 aa  108  9e-23  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal  0.0864582 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5177  phosphoribosyltransferase  32.33 
 
 
246 aa  107  1e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.039124  normal  0.248772 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0784  ComF family protein  33.04 
 
 
251 aa  107  1e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0887705  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0361  competence protein ComF, putative  34.78 
 
 
243 aa  107  2e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0391  phosphoribosyltransferase  34.2 
 
 
243 aa  107  2e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.214316 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0248  amidophosphoribosyltransferase  29.26 
 
 
245 aa  107  2e-22  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.067407  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2437  competence protein F  33.73 
 
 
262 aa  107  3e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.104634 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0129  competence protein F  39.38 
 
 
237 aa  107  3e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1259  amidophosphoribosyltransferase-like protein  33.33 
 
 
233 aa  105  8e-22  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  decreased coverage  1.70778e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2181  hypothetical protein  28.63 
 
 
227 aa  105  8e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  1.80305e-06  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0235  gluconate periplasmic binding protein  38.59 
 
 
239 aa  105  9e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0317  hypothetical protein  34.47 
 
 
230 aa  104  1e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0134906 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4202  phosphoribosyltransferase  40.31 
 
 
213 aa  105  1e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0030984 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4841  competence protein ComF  35.5 
 
 
245 aa  104  1e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.399762  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET1458  comF family protein, putative  31.56 
 
 
233 aa  104  1e-21  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  1.15929e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06360  putative phosphoribosyl transferase  36.33 
 
 
241 aa  103  2e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00829668  normal  0.955973 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0541  phosphoribosyltransferase  35.95 
 
 
261 aa  104  2e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.380195  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0875  hypothetical protein  34.24 
 
 
255 aa  102  4e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.656742  normal 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0416  putative competence protein F  27.08 
 
 
270 aa  103  4e-21  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3495  amidophosphoribosyltransferase  31.33 
 
 
236 aa  103  4e-21  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.552167 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4688  phosphoribosyltransferase  34.51 
 
 
244 aa  102  5e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.482553  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0493  competence protein ComF, putative  33.48 
 
 
244 aa  102  6e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0592  putative phosphoribosyl transferase  37.34 
 
 
241 aa  102  6e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.173105  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1977  hypothetical protein  35.26 
 
 
231 aa  102  9e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3504  competence protein ComF  35.96 
 
 
250 aa  102  9e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2248  phosphoribosyltransferase  27.59 
 
 
220 aa  101  1e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  7.9712e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1236  ComF  32.02 
 
 
233 aa  101  1e-20  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.105721  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3693  amidophosphoribosyl-transferase  31.5 
 
 
230 aa  100  2e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.303537 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2296  hypothetical protein  33.73 
 
 
241 aa  100  3e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.658532  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1537  putative competence protein F  34.33 
 
 
228 aa  100  3e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0273  putative competence protein F-related protein  36.36 
 
 
268 aa  100  3e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.317287  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05970  amidophosphoribosyltransferase  37.83 
 
 
238 aa  99  6e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.096525  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4012  competence protein ComF  33.18 
 
 
249 aa  99  6e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4633  gluconate periplasmic binding protein  32.73 
 
 
227 aa  98.6  8e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4090  amidophosphoribosyltransferase-like protein  34.27 
 
 
246 aa  98.6  9e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0317  gluconate periplasmic binding protein  34.93 
 
 
233 aa  97.8  1e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3527  competence protein F, putative  30.47 
 
 
244 aa  98.6  1e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.343371  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0040  competence protein F  31.9 
 
 
241 aa  97.8  1e-19  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.648348  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3081  phosphoribosyltransferase  32.88 
 
 
237 aa  97.1  2e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  2.95242e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5516  phosphoribosyltransferase  30.21 
 
 
239 aa  95.9  5e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>