More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_1645 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009719  Plav_1645  long-chain-acyl-CoA synthetase  100 
 
 
600 aa  1243  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3540  long-chain-acyl-CoA synthetase  52.4 
 
 
596 aa  625  1e-178  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.498772 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1000  long-chain-acyl-CoA synthetase  49.07 
 
 
622 aa  608  1e-173  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.832439 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5072  long-chain-acyl-CoA synthetase  50.76 
 
 
605 aa  607  1e-172  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0947195  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1103  long-chain-acyl-CoA synthetase  49.41 
 
 
630 aa  602  1e-171  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2309  long-chain-acyl-CoA synthetase  46.76 
 
 
598 aa  573  1e-162  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4318  long-chain-acyl-CoA synthetase  47.75 
 
 
592 aa  563  1e-159  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.699196  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5067  long-chain-acyl-CoA synthetase  47.77 
 
 
610 aa  534  1e-150  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.113463 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4606  long-chain-acyl-CoA synthetase  47.33 
 
 
610 aa  529  1e-149  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.515883  normal  0.042259 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3338  long-chain-acyl-CoA synthetase  47.17 
 
 
593 aa  531  1e-149  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3316  long-chain-acyl-CoA synthetase  42.53 
 
 
608 aa  448  1e-124  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.390941  hitchhiker  5.71786e-05 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2150  long-chain-acyl-CoA synthetase  39.46 
 
 
621 aa  423  1e-117  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2696  long-chain-acyl-CoA synthetase  39.93 
 
 
608 aa  405  1e-111  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.22324 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1728  long-chain-acyl-CoA synthetase  38.71 
 
 
612 aa  402  1e-111  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2261  long-chain-acyl-CoA synthetase  39.97 
 
 
608 aa  403  1e-111  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.982772  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2809  long-chain-acyl-CoA synthetase  38.36 
 
 
609 aa  401  1e-110  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26640  long-chain-acyl-CoA synthetase  39.17 
 
 
608 aa  396  1e-109  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4510  long-chain-acyl-CoA synthetase  38.56 
 
 
601 aa  381  1e-104  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.246631 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2185  long-chain-acyl-CoA synthetase  37.97 
 
 
600 aa  377  1e-103  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  hitchhiker  0.00664297  normal  0.684418 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3312  AMP-dependent synthetase and ligase  37.61 
 
 
592 aa  374  1e-102  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4237  long-chain-acyl-CoA synthetase  40.22 
 
 
592 aa  374  1e-102  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.168634 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4081  long-chain-acyl-CoA synthetase  40.04 
 
 
592 aa  371  1e-101  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0876602  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4007  long-chain-acyl-CoA synthetase  40.04 
 
 
592 aa  371  1e-101  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.657785  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1163  AMP-dependent synthetase and ligase  37.26 
 
 
603 aa  366  1e-100  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11230  long-chain-acyl-CoA synthetase  36.74 
 
 
597 aa  364  2e-99  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0151554  normal  0.367156 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05192  long-chain fatty acid transporter, putative (AFU_orthologue; AFUA_6G07270)  38.62 
 
 
723 aa  349  7e-95  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.311287  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3444  AMP-dependent synthetase and ligase  38.16 
 
 
598 aa  345  1e-93  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_05877  bifunctional fatty acid transporter/acyl-CoA synthetase (FAT1), putative (AFU_orthologue; AFUA_2G11360)  39.03 
 
 
639 aa  338  2e-91  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.523538 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1144  long-chain-acyl-CoA synthetase  32.21 
 
 
590 aa  334  3e-90  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.036593  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06649  very-long-chain acyl-CoA synthetase family protein (CefD1), putative (AFU_orthologue; AFUA_6G03630)  34.86 
 
 
710 aa  313  4e-84  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009045  PICST_78107  predicted protein  34.93 
 
 
653 aa  293  7e-78  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0040  AMP-dependent synthetase and ligase  28.99 
 
 
708 aa  206  9e-52  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0112  AMP-dependent synthetase and ligase  30.18 
 
 
572 aa  194  3e-48  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1300  DitJ-like CoA ligase  28.65 
 
 
547 aa  188  2e-46  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2060  AMP-dependent synthetase and ligase  29.67 
 
 
535 aa  179  9e-44  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.114603  normal 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3794  AMP-dependent synthetase and ligase  27.17 
 
 
552 aa  178  3e-43  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3226  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  27.46 
 
 
517 aa  178  3e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3258  crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  29.07 
 
 
545 aa  176  1e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.15308  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2673  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  27 
 
 
518 aa  174  4e-42  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2688  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  24.77 
 
 
534 aa  173  6e-42  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.204709  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0078  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  28.21 
 
 
517 aa  173  7e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2709  crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  24.62 
 
 
534 aa  173  7e-42  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.710965  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0077  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  28.21 
 
 
517 aa  172  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2757  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  28.76 
 
 
538 aa  172  1e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.679806  normal  0.462941 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0075  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  28.41 
 
 
517 aa  172  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0075  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  27.82 
 
 
517 aa  172  2e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.672086  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4035  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  25.98 
 
 
517 aa  172  2e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.948769  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0079  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  27.82 
 
 
517 aa  171  2e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.187597  normal  0.982419 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0832  AMP-dependent synthetase and ligase  27.61 
 
 
551 aa  171  4e-41  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2453  AMP-dependent synthetase and ligase  27.42 
 
 
544 aa  171  5e-41  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8199  AMP-dependent synthetase and ligase  26.74 
 
 
522 aa  170  7e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.996066  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1473  AMP-dependent synthetase and ligase  27.45 
 
 
536 aa  169  1e-40  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1062  AMP-dependent synthetase and ligase  27.8 
 
 
490 aa  168  2e-40  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0978563  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0576  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  26.73 
 
 
516 aa  168  3e-40  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2094  AMP-dependent synthetase and ligase  28.01 
 
 
520 aa  168  3e-40  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3512  AMP-dependent synthetase and ligase  28.32 
 
 
539 aa  167  4e-40  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.161778  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1267  AMP-dependent synthetase and ligase  27.05 
 
 
981 aa  165  2e-39  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0039  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  28.09 
 
 
522 aa  165  2e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00040  hypothetical protein  27.89 
 
 
522 aa  164  4e-39  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00041  crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  27.89 
 
 
522 aa  164  4e-39  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0041  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  27.89 
 
 
522 aa  164  6e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0038  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  27.69 
 
 
517 aa  163  8e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.565789  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0656  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  27.75 
 
 
512 aa  162  1e-38  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0055881  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3639  AMP-dependent synthetase and ligase  27.66 
 
 
512 aa  162  1e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.917263  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0041  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  27.49 
 
 
517 aa  162  1e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1549  acyl-CoA synthetase  31.9 
 
 
512 aa  162  1e-38  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  decreased coverage  0.00257603  normal  0.272175 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3618  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  27.69 
 
 
505 aa  162  2e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.221467 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0592  putative AMP-dependent synthetase and ligase  27.58 
 
 
543 aa  161  3e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.29458  normal  0.172075 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1472  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  27.6 
 
 
514 aa  160  6e-38  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1761  AMP-dependent synthetase and ligase  28.11 
 
 
550 aa  160  9e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3562  AMP-dependent synthetase and ligase  27.49 
 
 
517 aa  159  2e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1007  AMP-dependent synthetase and ligase  27.8 
 
 
521 aa  157  4e-37  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0317729  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2118  AMP-dependent synthetase and ligase  28.75 
 
 
613 aa  157  4e-37  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000346834  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1884  AMP-dependent synthetase and ligase  27.88 
 
 
495 aa  157  5e-37  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5208  acyl-CoA synthetase  31.82 
 
 
503 aa  156  8e-37  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.257716 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3835  AMP-dependent synthetase and ligase  29.82 
 
 
532 aa  156  9e-37  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3335  AMP-dependent synthetase and ligase  27.18 
 
 
512 aa  156  9e-37  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.277543  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1775  AMP-dependent synthetase and ligase  27.87 
 
 
525 aa  155  1e-36  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6181  AMP-dependent synthetase and ligase  27.8 
 
 
537 aa  155  2e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13540  acyl-CoA synthetase  27.93 
 
 
502 aa  155  3e-36  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  1.55264e-46  hitchhiker  1.44188e-05 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0503  AMP-dependent synthetase and ligase  27.01 
 
 
492 aa  154  4e-36  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1907  AMP-dependent synthetase and ligase  26.19 
 
 
543 aa  154  4e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.549821  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1553  AMP-dependent synthetase and ligase  27.78 
 
 
546 aa  154  6e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2696  amino acid adenylation domain-containing protein  28.1 
 
 
1762 aa  153  8e-36  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.502345  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5007  acyl-CoA synthetase  29.74 
 
 
501 aa  152  1e-35  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.223508  normal  0.902426 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2407  AMP-dependent synthetase and ligase  28.39 
 
 
498 aa  152  1e-35  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.676828  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7061  AMP-dependent synthetase and ligase  26.16 
 
 
513 aa  152  2e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.131857 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3301  acyl-CoA synthetase  25.85 
 
 
991 aa  152  2e-35  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1508  crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  29.33 
 
 
535 aa  151  3e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2158  putative long-chain-fatty-acid-CoA ligase  27.42 
 
 
515 aa  151  3e-35  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4335  AMP-dependent synthetase and ligase  28.83 
 
 
521 aa  151  4e-35  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.153441  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2699  AMP-binding enzyme, putative long chain fatty acid Co-A ligase, acetyl-CoA synthetase  27.04 
 
 
514 aa  151  4e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4712  acyl-CoA synthetase  29.2 
 
 
500 aa  150  6e-35  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4624  acyl-CoA synthetase  29.2 
 
 
500 aa  150  6e-35  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3882  AMP-dependent synthetase and ligase  28.34 
 
 
549 aa  150  7e-35  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2474  AMP-dependent synthetase and ligase  28.72 
 
 
522 aa  149  1e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3987  AMP-dependent synthetase and ligase  28.1 
 
 
662 aa  148  2e-34  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4939  AMP-dependent synthetase and ligase  29.32 
 
 
517 aa  147  4e-34  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.296689  normal  0.234323 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7121  AMP-dependent synthetase and ligase  26.76 
 
 
542 aa  148  4e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3237  ATP-dependent AMP-binding family protein  26.33 
 
 
538 aa  147  4e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.402279 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>