More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_1446 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009505  BOV_1765  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase (acylating)  69.48 
 
 
498 aa  723    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.118464  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3940  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  69.68 
 
 
498 aa  731    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.90589  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3248  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  63.51 
 
 
509 aa  639    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5010  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  67.06 
 
 
506 aa  694    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.352611 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2650  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  60.64 
 
 
496 aa  640    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000962307  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1832  methylmalonic acid semialdehyde dehydrogenase  69.68 
 
 
498 aa  723    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.800551  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1444  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  62.2 
 
 
499 aa  638    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0424754  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2521  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  63 
 
 
499 aa  646    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4479  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  64.12 
 
 
499 aa  636    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3902  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  64.62 
 
 
513 aa  658    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.560303  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2193  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  70.62 
 
 
498 aa  727    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.365355  normal  0.620771 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0652  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating]  70.6 
 
 
502 aa  741    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.198803  normal 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5017  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating]  67.27 
 
 
499 aa  715    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.248363  normal  0.183907 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1362  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  67.46 
 
 
534 aa  698    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0175  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  61.88 
 
 
509 aa  644    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.262954  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1080  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating]  66.67 
 
 
506 aa  681    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.141199 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1609  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  67.87 
 
 
499 aa  665    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0517581 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1409  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  72.89 
 
 
498 aa  752    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.671216  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2159  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  69.8 
 
 
510 aa  701    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.360109 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4215  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  63 
 
 
499 aa  646    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2962  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  68.07 
 
 
499 aa  668    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.216142  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1446  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  100 
 
 
507 aa  1044    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.494247  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1389  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  67.47 
 
 
499 aa  673    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3785  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  69.68 
 
 
498 aa  704    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.361497  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1068  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  69.28 
 
 
498 aa  720    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3578  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating]  70.68 
 
 
498 aa  734    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.605326 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2071  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating]  66.87 
 
 
501 aa  678    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1282  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  62 
 
 
499 aa  634    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.24316  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0630  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  64.79 
 
 
499 aa  674    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2117  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  69.68 
 
 
498 aa  734    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.591091 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0855  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating]  68.69 
 
 
498 aa  719    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.345114  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1913  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating]  66.93 
 
 
499 aa  657    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.815666  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3095  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  69.08 
 
 
498 aa  726    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.769898  normal  0.126836 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0324  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  69.42 
 
 
498 aa  702    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.948085  normal  0.128274 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01513  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase, putative  66.4 
 
 
499 aa  704    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1791  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  62.28 
 
 
508 aa  650    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3302  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  69.72 
 
 
537 aa  731    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.959449 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10767  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase mmsA  64.12 
 
 
510 aa  676    Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0017569  normal  0.759995 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2559  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  69.11 
 
 
497 aa  701    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0836  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  68.95 
 
 
498 aa  715    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0386  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  71.29 
 
 
498 aa  747    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.433719  normal  0.0679471 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3049  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  70.99 
 
 
497 aa  715    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.205238 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1091  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating]  66.67 
 
 
506 aa  681    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2175  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  71.23 
 
 
500 aa  735    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.210117  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1064  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating]  66.67 
 
 
506 aa  681    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3319  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating]  68.67 
 
 
498 aa  723    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0419  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  70.48 
 
 
498 aa  742    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.214339  hitchhiker  0.00208567 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1747  acylating methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  67.33 
 
 
499 aa  663    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.207366  normal  0.6572 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2838  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating]  66.4 
 
 
499 aa  702    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.753586  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0618  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  66 
 
 
499 aa  713    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.634768  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_02860  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase (acylating)  60.24 
 
 
508 aa  639    Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0420  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating]  63.38 
 
 
499 aa  674    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2475  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  71.29 
 
 
498 aa  753    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.55823  normal  0.220752 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3070  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  64.55 
 
 
506 aa  671    Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.274558  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1138  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  62 
 
 
499 aa  631  1e-180  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1091  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  58.87 
 
 
496 aa  628  1e-179  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00014498  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1151  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  58.67 
 
 
496 aa  625  1e-178  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.11811  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3204  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  58.27 
 
 
496 aa  625  1e-178  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.887195  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1185  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  58.47 
 
 
496 aa  626  1e-178  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.773308  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1106  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating]  60.64 
 
 
499 aa  622  1e-177  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0935  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  58.8 
 
 
501 aa  624  1e-177  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0357372  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0206  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  57.17 
 
 
497 aa  618  1e-176  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.515725  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1597  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  58.2 
 
 
506 aa  618  1e-176  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6743  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  61.6 
 
 
498 aa  619  1e-176  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0965  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  59.44 
 
 
496 aa  621  1e-176  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0738299  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1083  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  58.47 
 
 
496 aa  620  1e-176  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000148294  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01600  putative aldehyde dehydrogenase  57.37 
 
 
497 aa  619  1e-176  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.510904  normal  0.728588 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2368  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  59.31 
 
 
504 aa  615  1e-175  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1113  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  58.63 
 
 
496 aa  615  1e-175  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000656277  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1043  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  59.04 
 
 
496 aa  612  9.999999999999999e-175  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0205992  normal  0.342071 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2399  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  57.49 
 
 
502 aa  612  9.999999999999999e-175  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.169024  normal  0.676059 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3917  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  59.72 
 
 
512 aa  614  9.999999999999999e-175  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3694  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating]  57.49 
 
 
498 aa  612  9.999999999999999e-175  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3023  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  56.51 
 
 
499 aa  612  9.999999999999999e-175  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0588426  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1432  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  56.8 
 
 
498 aa  610  1e-173  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0249  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating]  59.21 
 
 
505 aa  610  1e-173  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0686  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  56.57 
 
 
497 aa  608  1e-173  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000335425  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3333  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  60.04 
 
 
508 aa  608  1e-173  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0015  acylating methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  59.09 
 
 
512 aa  608  1e-173  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0775  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  56.97 
 
 
497 aa  605  9.999999999999999e-173  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00425927  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4044  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  57.59 
 
 
498 aa  606  9.999999999999999e-173  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3662  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  56.28 
 
 
496 aa  605  9.999999999999999e-173  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1126  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating]  57.69 
 
 
496 aa  607  9.999999999999999e-173  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0980  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  58.93 
 
 
512 aa  606  9.999999999999999e-173  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3107  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating]  57.46 
 
 
496 aa  607  9.999999999999999e-173  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.281488  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0597  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  56.05 
 
 
497 aa  603  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0807275  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0679  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  56.36 
 
 
497 aa  602  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000513111  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3271  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  58.53 
 
 
502 aa  601  1.0000000000000001e-171  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.190179  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4566  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  55.76 
 
 
497 aa  603  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000000243063  hitchhiker  0.00796429 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1584  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating]  57.75 
 
 
498 aa  602  1.0000000000000001e-171  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.00000121824  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2928  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating]  57.26 
 
 
496 aa  603  1.0000000000000001e-171  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0250419  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3010  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating]  57.26 
 
 
496 aa  603  1.0000000000000001e-171  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.10059  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0637  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  56.05 
 
 
497 aa  603  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000000149078  normal  0.27415 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1035  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  57.14 
 
 
506 aa  602  1.0000000000000001e-171  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0098  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  57.35 
 
 
498 aa  598  1e-170  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1611  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  60.04 
 
 
508 aa  598  1e-170  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0372  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  56.45 
 
 
501 aa  598  1e-170  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4593  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  58.1 
 
 
498 aa  598  1e-170  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.314497  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0642  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  55.56 
 
 
497 aa  601  1e-170  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000457228  decreased coverage  0.0000167809 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4070  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  60.04 
 
 
508 aa  598  1e-170  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>