More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_1415 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009719  Plav_1415  diaminopimelate epimerase  100 
 
 
293 aa  593  1e-168  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.970363 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0215  diaminopimelate epimerase  52.26 
 
 
288 aa  295  9e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.388683  normal  0.0159433 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2776  diaminopimelate epimerase  51.72 
 
 
297 aa  292  4e-78  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0505261  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1183  diaminopimelate epimerase  53.76 
 
 
280 aa  289  4e-77  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.147631  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0372  diaminopimelate epimerase  51.89 
 
 
289 aa  286  2e-76  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.963682  normal  0.800614 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3575  diaminopimelate epimerase  51.03 
 
 
290 aa  286  2.9999999999999996e-76  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0251  diaminopimelate epimerase  52.1 
 
 
293 aa  285  5.999999999999999e-76  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.185112  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0359  diaminopimelate epimerase  51.4 
 
 
293 aa  277  2e-73  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.281765  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0183  diaminopimelate epimerase  54.18 
 
 
293 aa  275  7e-73  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0514  diaminopimelate epimerase  50.88 
 
 
293 aa  275  8e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.2458  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5335  diaminopimelate epimerase  54.79 
 
 
325 aa  271  1e-71  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3656  diaminopimelate epimerase  53.92 
 
 
293 aa  268  1e-70  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0381626  hitchhiker  0.0055401 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2947  Diaminopimelate epimerase  52.72 
 
 
296 aa  262  4e-69  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.13292  hitchhiker  0.00138717 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2720  diaminopimelate epimerase  52.38 
 
 
296 aa  260  2e-68  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.991154 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1850  Diaminopimelate epimerase  50 
 
 
290 aa  257  2e-67  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.501367 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0927  diaminopimelate epimerase  53.02 
 
 
300 aa  255  6e-67  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1932  diaminopimelate epimerase  50.53 
 
 
303 aa  254  8e-67  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1859  diaminopimelate epimerase  50.53 
 
 
303 aa  254  8e-67  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.225197  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3093  diaminopimelate epimerase  50.54 
 
 
292 aa  254  1.0000000000000001e-66  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.99362 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1402  diaminopimelate epimerase  51.42 
 
 
275 aa  251  7e-66  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0816431  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0523  Diaminopimelate epimerase  47.89 
 
 
279 aa  251  1e-65  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3748  diaminopimelate epimerase  48.43 
 
 
301 aa  251  1e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3404  diaminopimelate epimerase  45.7 
 
 
297 aa  250  2e-65  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.410121 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2842  Diaminopimelate epimerase  52.04 
 
 
296 aa  250  2e-65  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0231315  normal  0.30071 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4071  diaminopimelate epimerase  47.74 
 
 
301 aa  248  7e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3391  diaminopimelate epimerase  49.29 
 
 
293 aa  246  3e-64  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4868  diaminopimelate epimerase  48.29 
 
 
289 aa  246  3e-64  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2498  diaminopimelate epimerase  49.65 
 
 
277 aa  244  9.999999999999999e-64  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0760107  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0411  diaminopimelate epimerase  47.9 
 
 
290 aa  237  2e-61  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.254161  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3228  diaminopimelate epimerase  45.45 
 
 
282 aa  234  1.0000000000000001e-60  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.0035809  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2730  diaminopimelate epimerase  48.75 
 
 
268 aa  234  1.0000000000000001e-60  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0948067  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0026  diaminopimelate epimerase  43.07 
 
 
267 aa  233  2.0000000000000002e-60  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0050  diaminopimelate epimerase  42.7 
 
 
267 aa  233  3e-60  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.184283  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4198  diaminopimelate epimerase  48.6 
 
 
303 aa  225  6e-58  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0318  diaminopimelate epimerase  45.2 
 
 
281 aa  224  2e-57  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2809  diaminopimelate epimerase  42.05 
 
 
275 aa  220  3e-56  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.241517 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2979  diaminopimelate epimerase  42.2 
 
 
278 aa  218  1e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0583058 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2928  diaminopimelate epimerase  46.81 
 
 
274 aa  216  5e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.276892 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2595  diaminopimelate epimerase  43.82 
 
 
278 aa  212  7e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3100  diaminopimelate epimerase  41.7 
 
 
280 aa  210  2e-53  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.239794  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1173  diaminopimelate epimerase  42.11 
 
 
278 aa  210  2e-53  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.16632  hitchhiker  0.0076294 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0061  diaminopimelate epimerase  43.16 
 
 
279 aa  207  1e-52  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0936  diaminopimelate epimerase  42.4 
 
 
276 aa  207  2e-52  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3907  Diaminopimelate epimerase  42.25 
 
 
283 aa  204  1e-51  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.739136  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0899  diaminopimelate epimerase  42.18 
 
 
294 aa  203  3e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0164  diaminopimelate epimerase  40.28 
 
 
277 aa  203  4e-51  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.543882  normal  0.191958 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0395  diaminopimelate epimerase  44.93 
 
 
275 aa  202  5e-51  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.47994  normal  0.932135 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0237  diaminopimelate epimerase  41.7 
 
 
277 aa  202  6e-51  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.142779  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5143  diaminopimelate epimerase  40.62 
 
 
281 aa  202  7e-51  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.75804e-23 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1927  diaminopimelate epimerase  41.11 
 
 
280 aa  201  9.999999999999999e-51  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3739  diaminopimelate epimerase  44.52 
 
 
278 aa  201  9.999999999999999e-51  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000351695 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1738  diaminopimelate epimerase  40.28 
 
 
277 aa  201  1.9999999999999998e-50  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3435  diaminopimelate epimerase  41.02 
 
 
295 aa  200  1.9999999999999998e-50  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0039  diaminopimelate epimerase  41.06 
 
 
292 aa  199  5e-50  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.258665 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0349  diaminopimelate epimerase  40.21 
 
 
293 aa  199  6e-50  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000570655  hitchhiker  0.0000127535 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0033  diaminopimelate epimerase  41.64 
 
 
292 aa  198  7e-50  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3088  diaminopimelate epimerase  41.52 
 
 
282 aa  197  1.0000000000000001e-49  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.233699  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0004  diaminopimelate epimerase  39.58 
 
 
292 aa  196  3e-49  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0554484  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1058  diaminopimelate epimerase  40.82 
 
 
299 aa  196  4.0000000000000005e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.553091  normal  0.543638 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0192  diaminopimelate epimerase  42.81 
 
 
276 aa  195  8.000000000000001e-49  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1015  diaminopimelate epimerase  38.85 
 
 
274 aa  194  1e-48  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1418  diaminopimelate epimerase  40.22 
 
 
279 aa  194  1e-48  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.827991  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0153  diaminopimelate epimerase  41.58 
 
 
288 aa  193  2e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0380  diaminopimelate epimerase  39.58 
 
 
281 aa  194  2e-48  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0200  diaminopimelate epimerase  39.12 
 
 
295 aa  192  4e-48  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000663087 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1150  Diaminopimelate epimerase  41.49 
 
 
287 aa  192  4e-48  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.756006  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0019  diaminopimelate epimerase  42.96 
 
 
282 aa  192  5e-48  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0724  diaminopimelate epimerase  38.87 
 
 
277 aa  192  5e-48  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0456566  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0220  diaminopimelate epimerase  39.19 
 
 
295 aa  192  7e-48  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0184363  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0198  diaminopimelate epimerase  41.72 
 
 
288 aa  192  8e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0045  Diaminopimelate epimerase  39.58 
 
 
278 aa  191  1e-47  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0349  diaminopimelate epimerase  40.56 
 
 
299 aa  190  2e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2998  diaminopimelate epimerase  38.7 
 
 
292 aa  190  2e-47  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0095  diaminopimelate epimerase  36.86 
 
 
266 aa  191  2e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.567794 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0196  diaminopimelate epimerase  39.08 
 
 
290 aa  191  2e-47  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.465069  hitchhiker  0.000651224 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3837  diaminopimelate epimerase  43.01 
 
 
277 aa  190  2.9999999999999997e-47  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0489107  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0076  diaminopimelate epimerase  38.97 
 
 
286 aa  189  2.9999999999999997e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3975  diaminopimelate epimerase  38.52 
 
 
274 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.525187  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3688  diaminopimelate epimerase  38.7 
 
 
315 aa  190  2.9999999999999997e-47  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.24568  normal  0.690927 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4373  diaminopimelate epimerase  40.56 
 
 
287 aa  189  4e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0172  diaminopimelate epimerase  41.18 
 
 
289 aa  189  5e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2992  diaminopimelate epimerase  39.37 
 
 
282 aa  189  5.999999999999999e-47  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000459249  normal  0.46742 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1453  diaminopimelate epimerase  40.34 
 
 
286 aa  189  5.999999999999999e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5260  diaminopimelate epimerase  38.71 
 
 
269 aa  189  5.999999999999999e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5599  diaminopimelate epimerase  38.71 
 
 
269 aa  189  5.999999999999999e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.693414 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3131  diaminopimelate epimerase  41.58 
 
 
289 aa  188  7e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1610  diaminopimelate epimerase  37.94 
 
 
274 aa  188  9e-47  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3074  diaminopimelate epimerase  37.24 
 
 
279 aa  187  1e-46  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000185766  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6435  diaminopimelate epimerase  41.24 
 
 
289 aa  187  1e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.497527 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2363  Diaminopimelate epimerase  41.58 
 
 
297 aa  187  2e-46  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.0000154753  hitchhiker  0.00000000163815 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0197  diaminopimelate epimerase  41.32 
 
 
289 aa  187  2e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.925339  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2393  diaminopimelate epimerase  38.11 
 
 
276 aa  187  2e-46  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.976013  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0316  diaminopimelate epimerase  41.75 
 
 
276 aa  187  2e-46  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3113  diaminopimelate epimerase  42.96 
 
 
277 aa  187  2e-46  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.534786  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1694  diaminopimelate epimerase  38.7 
 
 
284 aa  187  2e-46  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0440642  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2326  diaminopimelate epimerase  38.54 
 
 
281 aa  187  2e-46  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0799  diaminopimelate epimerase  40.55 
 
 
292 aa  187  2e-46  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD1208  diaminopimelate epimerase  42.14 
 
 
263 aa  186  3e-46  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4166  diaminopimelate epimerase  37.46 
 
 
274 aa  187  3e-46  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.078673  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2743  diaminopimelate epimerase  41.58 
 
 
288 aa  186  3e-46  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0353205  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>