More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_1260 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009484  Acry_1226  transcription termination factor Rho  76.42 
 
 		 424 aa  684    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3108  transcription termination factor Rho  74.1 
 
 		 415 aa  639    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0298  transcription termination factor Rho  83.53 
 
 		 421 aa  734    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3206  transcription termination factor Rho  85.44 
 
 		 421 aa  744    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2892  transcription termination factor Rho  81.99 
 
 		 422 aa  727    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2532  transcription termination factor Rho  84.52 
 
 		 422 aa  728    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR2064  transcription termination factor Rho  85.2 
 
 		 421 aa  740    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.244754  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3567  transcription termination factor Rho  85.24 
 
 		 422 aa  733    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.235782  normal  0.891828 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4258  transcription termination factor Rho  84.96 
 
 		 421 aa  738    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.884099 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1824  transcription termination factor Rho  85 
 
 		 422 aa  734    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0768704 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0856  transcription termination factor Rho  84.96 
 
 		 421 aa  739    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.447055  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4288  transcription termination factor Rho  82.1 
 
 		 428 aa  721    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0673197 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0100  transcription termination factor Rho  83.77 
 
 		 421 aa  736    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.581004  normal  0.035165 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1231  transcription termination factor Rho  81.99 
 
 		 422 aa  727    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.287939  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3453  transcription termination factor Rho  82.34 
 
 		 423 aa  714    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0376  transcription termination factor Rho  74.34 
 
 		 415 aa  642    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000395561  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1678  transcription termination factor Rho  81.86 
 
 		 447 aa  717    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0702428  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1968  transcription termination factor Rho  75.17 
 
 		 435 aa  676    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.6615 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3619  transcription termination factor Rho  79.43 
 
 		 418 aa  704    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5019  transcription termination factor Rho  80.14 
 
 		 473 aa  711    Caulobacter sp. K31  Bacteria  decreased coverage  0.000339489  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1984  transcription termination factor Rho  85.17 
 
 		 418 aa  736    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0393  transcription termination factor Rho  82.58 
 
 		 421 aa  729    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.557794 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0120  transcription termination factor Rho  78.66 
 
 		 418 aa  687    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.342043  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0198  transcription termination factor Rho  82.84 
 
 		 402 aa  696    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1842  transcription termination factor Rho  81.38 
 
 		 447 aa  712    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.205012  normal  0.660399 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0292  transcription termination factor Rho  82.34 
 
 		 421 aa  725    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4391  transcription termination factor Rho  84.73 
 
 		 421 aa  741    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0428  transcription termination factor Rho  82.82 
 
 		 421 aa  731    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0108  transcription termination factor Rho  83.29 
 
 		 421 aa  733    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.411018  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1260  transcription termination factor Rho  100 
 
 		 422 aa  855    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1001  transcription termination factor Rho  83.05 
 
 		 436 aa  728    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2863  transcription termination factor Rho  82.27 
 
 		 423 aa  721    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.799607  normal  0.377015 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2845  transcription termination factor Rho  79.14 
 
 		 418 aa  692    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.495163  normal  0.0341841 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3474  transcription termination factor Rho  85.2 
 
 		 429 aa  744    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.169204  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2668  transcription termination factor Rho  82.46 
 
 		 422 aa  728    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.169241  normal  0.40239 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2835  transcription termination factor Rho  80.82 
 
 		 418 aa  701    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.182498 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0009  transcription termination factor Rho  81.38 
 
 		 421 aa  712    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  decreased coverage  0.000000017892  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1377  transcription termination factor Rho  83.05 
 
 		 436 aa  728    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0362049  normal  0.0185592 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2970  transcription termination factor Rho  84.96 
 
 		 436 aa  743    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1563  transcription termination factor Rho  81.38 
 
 		 506 aa  711    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.657404 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0137  transcription termination factor Rho  72.21 
 
 		 421 aa  638    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000246562  normal  0.597575 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0163  transcription termination factor Rho  83.53 
 
 		 421 aa  732    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.386148  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0002  transcription termination factor Rho  82.82 
 
 		 434 aa  721    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00303251  normal  0.950818 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3932  transcription termination factor Rho  84.76 
 
 		 421 aa  738    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.713144  normal  0.45905 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2695  transcription termination factor Rho  73.14 
 
 		 415 aa  633  1e-180  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000315458  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3713  transcription termination factor Rho  72.66 
 
 		 415 aa  632  1e-180  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000184202  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3808  transcription termination factor Rho  72.66 
 
 		 415 aa  632  1e-180  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1025  transcription termination factor Rho  73.14 
 
 		 415 aa  633  1e-180  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0252595  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2651  transcription termination factor Rho  72.66 
 
 		 415 aa  631  1e-180  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.0000000111099  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4065  transcription termination factor Rho  71.94 
 
 		 415 aa  624  1e-178  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000187673  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3991  transcription termination factor Rho  70.19 
 
 		 421 aa  619  1e-176  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.800219  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3229  transcription termination factor Rho  70.88 
 
 		 415 aa  620  1e-176  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  unclonable  0.0000000548676  normal  0.0477745 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2341  transcription termination factor Rho  69.23 
 
 		 419 aa  615  1e-175  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.735775  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2592  transcription termination factor Rho  70.67 
 
 		 418 aa  615  1e-175  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00987626  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1990  transcription termination factor Rho  69.47 
 
 		 435 aa  612  9.999999999999999e-175  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2310  transcription termination factor Rho  69.86 
 
 		 432 aa  613  9.999999999999999e-175  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000407022  normal  0.229849 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2293  transcription termination factor Rho  69.47 
 
 		 435 aa  612  9.999999999999999e-175  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.182483  normal  0.345164 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2210  transcription termination factor Rho  68.51 
 
 		 418 aa  611  9.999999999999999e-175  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000272927  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2184  transcription termination factor Rho  68.51 
 
 		 418 aa  611  9.999999999999999e-175  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  unclonable  0.000000392995  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0056  transcription termination factor Rho  69.95 
 
 		 418 aa  610  1e-173  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.624347  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00336  transcription termination factor Rho  69.47 
 
 		 419 aa  608  1e-173  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0148  transcription termination factor Rho  68.75 
 
 		 419 aa  609  1e-173  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00136527  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0204  transcription termination factor Rho  68.51 
 
 		 419 aa  607  1e-173  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2699  transcription termination factor Rho  69.23 
 
 		 419 aa  608  1e-173  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000370225  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5982  transcription termination factor Rho  68.03 
 
 		 419 aa  608  1e-173  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0658  transcription termination factor Rho  69.06 
 
 		 418 aa  608  1e-173  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0843  transcription termination factor Rho  69.14 
 
 		 415 aa  608  1e-173  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  0.0000000000858809  normal  0.0802102 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0367  transcription termination factor Rho  69.23 
 
 		 418 aa  610  1e-173  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.151601 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69190  transcription termination factor Rho  68.03 
 
 		 419 aa  608  1e-173  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002098  transcription termination factor Rho  69.47 
 
 		 419 aa  609  1e-173  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000734863  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0807  transcription termination factor Rho  69.06 
 
 		 418 aa  608  1e-173  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4194  transcription termination factor Rho  68.03 
 
 		 419 aa  604  9.999999999999999e-173  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000794569  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5214  transcription termination factor Rho  68.51 
 
 		 419 aa  607  9.999999999999999e-173  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00426874  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4011  transcription termination factor Rho  68.18 
 
 		 450 aa  606  9.999999999999999e-173  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5215  transcription termination factor Rho  68.03 
 
 		 419 aa  604  9.999999999999999e-173  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4220  transcription termination factor Rho  68.03 
 
 		 419 aa  604  9.999999999999999e-173  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00203599  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4293  transcription termination factor Rho  68.03 
 
 		 419 aa  604  9.999999999999999e-173  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4203  transcription termination factor Rho  67.94 
 
 		 450 aa  604  9.999999999999999e-173  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4146  transcription termination factor Rho  68.03 
 
 		 419 aa  604  9.999999999999999e-173  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3999  transcription termination factor Rho  68.03 
 
 		 419 aa  604  9.999999999999999e-173  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5123  transcription termination factor Rho  68.51 
 
 		 419 aa  607  9.999999999999999e-173  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.763827 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4139  transcription termination factor Rho  68.03 
 
 		 419 aa  604  9.999999999999999e-173  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5037  transcription termination factor Rho  68.51 
 
 		 419 aa  607  9.999999999999999e-173  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5275  transcription termination factor Rho  68.51 
 
 		 419 aa  607  9.999999999999999e-173  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1456  transcription termination factor Rho  68.97 
 
 		 431 aa  602  1.0000000000000001e-171  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00134709  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4305  transcription termination factor Rho  67.79 
 
 		 419 aa  603  1.0000000000000001e-171  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4197  transcription termination factor Rho  67.79 
 
 		 419 aa  603  1.0000000000000001e-171  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0511  transcription termination factor Rho  68.03 
 
 		 419 aa  602  1.0000000000000001e-171  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0322242 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0157  transcription termination factor Rho  68.27 
 
 		 419 aa  604  1.0000000000000001e-171  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0180  transcription termination factor Rho  68.03 
 
 		 419 aa  602  1.0000000000000001e-171  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4128  transcription termination factor Rho  67.79 
 
 		 419 aa  603  1.0000000000000001e-171  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0358  transcription termination factor Rho  68.75 
 
 		 419 aa  604  1.0000000000000001e-171  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.956758  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4143  transcription termination factor Rho  67.79 
 
 		 419 aa  603  1.0000000000000001e-171  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4003  transcription termination factor Rho  67.79 
 
 		 419 aa  602  1.0000000000000001e-171  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.499603  normal  0.016258 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4034  transcription termination factor Rho  68.03 
 
 		 419 aa  602  1.0000000000000001e-171  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.462931  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0160  transcription termination factor Rho  68.03 
 
 		 419 aa  602  1.0000000000000001e-171  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.227506 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4223  transcription termination factor Rho  68.18 
 
 		 433 aa  602  1.0000000000000001e-171  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0343455  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1711  transcription termination factor Rho  69.05 
 
 		 437 aa  604  1.0000000000000001e-171  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000145962  normal  0.971448 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4246  transcription termination factor Rho  67.79 
 
 		 419 aa  603  1.0000000000000001e-171  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2290  transcription termination factor Rho  68.27 
 
 		 419 aa  600  1e-170  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000767102  normal  0.288713 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>