146 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_1185 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009719  Plav_1185  conjugation TrbI family protein  100 
 
 
394 aa  777    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3550  conjugation TrbI family protein  100 
 
 
394 aa  777    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0500  conjugation TrbI-like protein  77.5 
 
 
399 aa  585  1e-166  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.167407  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7750  putative conjugal transfer protein trbI  76.01 
 
 
399 aa  571  1e-161  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.911232  normal  0.149579 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2315  conjugation TrbI-like protein  75.53 
 
 
396 aa  563  1.0000000000000001e-159  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00715823  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2887  conjugation TrbI family protein  74.09 
 
 
401 aa  550  1e-155  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.174381 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0690  conjugation TrbI family protein  77.17 
 
 
383 aa  538  9.999999999999999e-153  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0740  conjugation TrbI family protein  72.21 
 
 
401 aa  538  9.999999999999999e-153  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3836  conjugation TrbI family protein  69.27 
 
 
411 aa  538  9.999999999999999e-153  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3221  conjugation TrbI family protein  75.2 
 
 
375 aa  529  1e-149  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0332063  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3095  conjugation TrbI family protein  68.41 
 
 
421 aa  496  1e-139  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1475  conjugation TrbI family protein  71.01 
 
 
373 aa  494  9.999999999999999e-139  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2995  conjugation TrbI family protein  69.27 
 
 
418 aa  492  9.999999999999999e-139  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.674957 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3860  conjugation TrbI-like protein  67.37 
 
 
388 aa  490  1e-137  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.757301  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0147  conjugation TrbI family protein  66.75 
 
 
391 aa  485  1e-136  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3203  conjugation TrbI family protein  67.02 
 
 
388 aa  484  1e-135  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.71331  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3991  conjugation TrbI family protein  64.77 
 
 
414 aa  462  1e-129  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0367583  normal  0.111143 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0860  conjugation TrbI-like protein  61.4 
 
 
402 aa  442  1e-123  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.194892 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2091  conjugation TrbI-like protein  60.76 
 
 
402 aa  441  1e-123  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.561013  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0604  conjugation TrbI family protein  64.36 
 
 
415 aa  440  9.999999999999999e-123  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1485  conjugation TrbI family protein  61.3 
 
 
402 aa  429  1e-119  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3892  conjugation TrbI-like protein  60.1 
 
 
400 aa  427  1e-118  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.562266  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3700  conjugation TrbI family protein  57.88 
 
 
405 aa  402  1e-111  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3532  conjugation TrbI-like protein  58.33 
 
 
411 aa  394  1e-108  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.404539 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2833  conjugation TrbI family protein  60.05 
 
 
400 aa  391  1e-107  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7449  putative conjugal transfer protein trbI  60.42 
 
 
335 aa  372  1e-102  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.838533  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0309  conjugation TrbI-like protein  54.4 
 
 
398 aa  369  1e-101  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3373  putative conjugal transfer protein trbI  53.04 
 
 
400 aa  368  1e-101  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2605  conjugation TrbI-like protein  53.11 
 
 
430 aa  367  1e-100  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1508  conjugal transfer protein trbI  50.86 
 
 
392 aa  355  8.999999999999999e-97  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.187408  normal  0.430522 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1004  conjugation TrbI family protein  52.74 
 
 
386 aa  340  2e-92  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2477  conjugation TrbI-like protein  49.87 
 
 
393 aa  321  9.999999999999999e-87  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.260778  normal  0.292469 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1350  conjugation TrbI-like protein  46.13 
 
 
423 aa  299  5e-80  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0000274304  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2653  conjugation TrbI family protein  45.39 
 
 
423 aa  296  5e-79  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.382892  normal  0.720932 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2902  conjugation TrbI family protein  46.31 
 
 
420 aa  295  8e-79  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.629829  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1291  conjugation TrbI family protein  46.53 
 
 
426 aa  294  2e-78  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1904  conjugation TrbI family protein  45.27 
 
 
424 aa  293  4e-78  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.1694  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30850  TrbI-like protein  45.26 
 
 
423 aa  292  6e-78  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000000000167509  unclonable  5.51965e-22 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2013  conjugation TrbI family protein  46.29 
 
 
427 aa  292  7e-78  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0958  conjugation TrbI family protein  46.24 
 
 
397 aa  292  9e-78  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2690  conjugation TrbI family protein  44.64 
 
 
422 aa  291  1e-77  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00708765  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1559  conjugation TrbI-like protein  46.63 
 
 
422 aa  287  2e-76  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.22325  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3497  conjugation TrbI family protein  43.64 
 
 
423 aa  286  2.9999999999999996e-76  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2575  conjugal transfer TrbI transmembrane protein  44.91 
 
 
425 aa  282  6.000000000000001e-75  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0429  conjugation TrbI family protein  45.27 
 
 
424 aa  280  4e-74  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.082954  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3697  conjugation TrbI family protein  44.28 
 
 
425 aa  279  6e-74  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.299925  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2359  conjugation TrbI family protein  44.8 
 
 
427 aa  279  7e-74  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.412444 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1325  conjugation TrbI family protein  44.94 
 
 
427 aa  275  7e-73  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.00353837  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4203  conjugation TrbI family protein  41.56 
 
 
439 aa  273  4.0000000000000004e-72  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.139872  normal  0.82202 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1843  conjugation TrbI family protein  39.52 
 
 
431 aa  270  5e-71  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.851946  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2276  conjugation TrbI family protein  42.46 
 
 
384 aa  267  2e-70  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.125244  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2035  conjugation TrbI family protein  44.47 
 
 
399 aa  263  4e-69  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1148  conjugation TrbI family protein  43.35 
 
 
412 aa  263  6e-69  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0735  conjugation TrbI family protein  43.12 
 
 
379 aa  228  1e-58  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.997406  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0170  conjugation TrbI family protein  39.52 
 
 
395 aa  227  3e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.238278  normal  0.267939 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2355  conjugation TrbI family protein  38.71 
 
 
428 aa  201  1.9999999999999998e-50  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5367  conjugation TrbI family protein  38.44 
 
 
418 aa  200  3.9999999999999996e-50  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.196515  normal  0.456411 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5214  conjugation TrbI family protein  51.56 
 
 
408 aa  188  1e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2343  conjugation TrbI family protein  32.43 
 
 
410 aa  185  1.0000000000000001e-45  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1711  conjugation TrbI family protein  47.09 
 
 
428 aa  182  1e-44  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00000031555  normal 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4559  conjugal transfer protein TrbI  38.11 
 
 
433 aa  177  3e-43  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9647  conjugal transfer protein TrbI  39.35 
 
 
445 aa  166  5.9999999999999996e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.000862164  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9257  conjugal transfer protein TrbI  39.73 
 
 
437 aa  166  8e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0531878  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5386  conjugal transfer protein TrbI  38.16 
 
 
430 aa  164  2.0000000000000002e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0420791 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8323  conjugal transfer protein TrbI  39.61 
 
 
437 aa  164  3e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.294198  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5492  conjugal transfer protein TrbI  36.72 
 
 
426 aa  163  5.0000000000000005e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6509  conjugal transfer protein TrbI  41.5 
 
 
473 aa  160  3e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6628  conjugal transfer protein TrbI  41.5 
 
 
473 aa  160  3e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4267  conjugal transfer protein TrbI  41.5 
 
 
472 aa  159  6e-38  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.119587  hitchhiker  0.00641799 
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4698  conjugation TrbI family protein  40.21 
 
 
431 aa  158  1e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2232  conjugal transfer protein TrbI  37 
 
 
466 aa  155  9e-37  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0054  conjugal transfer protein TrbI  38.61 
 
 
459 aa  154  2e-36  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1667  conjugation TrbI family protein  37.39 
 
 
439 aa  153  5e-36  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2511  conjugation TrbI family protein  36 
 
 
490 aa  145  8.000000000000001e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.26137  normal  0.383909 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1186  conjugation TrbI family protein  37.2 
 
 
465 aa  144  3e-33  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0895  conjugation TrbI family protein  34.27 
 
 
467 aa  140  3.9999999999999997e-32  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0075  conjugal transfer protein TrbI  41.01 
 
 
190 aa  136  8e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.766506  normal  0.509225 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3109  resolvase  75 
 
 
377 aa  124  3e-27  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5455  conjugation TrbI-like protein  38.54 
 
 
422 aa  119  9e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0206751 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3695  conjugation TrbI family protein  33.49 
 
 
425 aa  115  2.0000000000000002e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.856917 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4239  conjugation TrbI family protein  35.64 
 
 
432 aa  114  4.0000000000000004e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.518635  normal 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2826  conjugation TrbI family protein  34.41 
 
 
446 aa  113  6e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1528  conjugation TrbI family protein  34.78 
 
 
403 aa  110  3e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5193  conjugation TrbI family protein  34.78 
 
 
403 aa  110  3e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.261515  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1395  conjugation TrbI family protein  35.9 
 
 
486 aa  109  7.000000000000001e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5237  conjugation TrbI-like protein  35.11 
 
 
483 aa  108  1e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0259  conjugation TrbI family protein  35.9 
 
 
469 aa  108  2e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.089272  normal 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6299  conjugation TrbI-like protein  34.04 
 
 
414 aa  103  6e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.627257  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0160  hypothetical protein  29.71 
 
 
363 aa  101  2e-20  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4252  conjugation TrbI-like protein  32.63 
 
 
440 aa  100  6e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4171  conjugation TrbI-like protein  37.16 
 
 
406 aa  98.6  2e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4339  conjugation TrbI-like protein  34.08 
 
 
390 aa  97.1  6e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.350964  n/a   
 
 
-
 
NC_008771  Veis_5021  conjugation TrbI family protein  29.53 
 
 
450 aa  96.3  8e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.553821  n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6398  conjugation TrbI family protein  32.37 
 
 
403 aa  96.3  8e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4556  conjugation TrbI family protein  34.68 
 
 
410 aa  96.3  8e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.451217  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0178  hypothetical protein  29.2 
 
 
363 aa  94.7  2e-18  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4756  conjugation TrbI family protein  30.48 
 
 
444 aa  94  4e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.745717 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0060  type IV secretion system protein VirB10  31.87 
 
 
391 aa  93.6  5e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0055  type IV secretion system protein VirB10  31.87 
 
 
380 aa  93.6  6e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0684  conjugation TrbI family protein  30.66 
 
 
391 aa  93.6  6e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>