More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_1067 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009719  Plav_1067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
301 aa  614  1e-175  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3341  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  66.44 
 
 
302 aa  390  1e-107  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.662956  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2064  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.77 
 
 
306 aa  370  1e-101  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5107  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.45 
 
 
300 aa  344  1e-93  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1648  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.31 
 
 
326 aa  342  2.9999999999999997e-93  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.130256  normal  0.744191 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2470  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.43 
 
 
302 aa  339  2.9999999999999998e-92  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.928177  normal  0.402686 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1338  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.45 
 
 
303 aa  338  7e-92  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.935758  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2522  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.45 
 
 
303 aa  338  8e-92  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000170855 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7556  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.99 
 
 
310 aa  330  2e-89  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.206699  normal  0.239691 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3635  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.31 
 
 
307 aa  323  2e-87  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3205  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.54 
 
 
305 aa  321  7e-87  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.87 
 
 
305 aa  320  1.9999999999999998e-86  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.145523  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2673  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.28 
 
 
302 aa  320  1.9999999999999998e-86  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3584  putative 3-oxo-(acyl) acyl carrier protein reductase  54.61 
 
 
305 aa  318  5e-86  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.185975 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2250  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.52 
 
 
305 aa  316  3e-85  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.143825 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0531  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.62 
 
 
300 aa  310  1e-83  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.490724 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3088  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.21 
 
 
304 aa  308  6.999999999999999e-83  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.119324 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4011  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.78 
 
 
298 aa  297  2e-79  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0205558  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1549  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.74 
 
 
710 aa  296  3e-79  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4858  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.26 
 
 
296 aa  289  5.0000000000000004e-77  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.610122  hitchhiker  0.00520466 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3277  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.77 
 
 
303 aa  286  4e-76  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.362955  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3672  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.28 
 
 
299 aa  281  1e-74  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.382013  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1550  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.13 
 
 
913 aa  280  2e-74  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4607  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.07 
 
 
304 aa  278  8e-74  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.707593  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19730  oxidoreductase  51.06 
 
 
303 aa  275  8e-73  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1699  short-chain dehydrogenase  50.71 
 
 
303 aa  274  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.650982  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0903  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.71 
 
 
303 aa  274  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0081  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.35 
 
 
288 aa  271  1e-71  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.320087 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0091  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.35 
 
 
287 aa  270  2.9999999999999997e-71  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0100  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.35 
 
 
287 aa  270  2.9999999999999997e-71  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0938298 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0815  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.64 
 
 
306 aa  268  8e-71  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1187  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  50 
 
 
306 aa  268  8e-71  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.49232  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1025  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.65 
 
 
303 aa  266  2.9999999999999995e-70  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0741  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.23 
 
 
287 aa  263  3e-69  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0106  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.23 
 
 
287 aa  263  3e-69  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.553198 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10149  short-chain type dehydrogenase/reductase  48.54 
 
 
286 aa  258  1e-67  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8264  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.18 
 
 
298 aa  257  2e-67  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0473963 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2307  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.9 
 
 
294 aa  252  6e-66  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0089985 
 
 
-
 
NC_009042  PICST_54590  predicted protein  50.18 
 
 
901 aa  250  2e-65  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.900491  normal 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07111  peroxisomal multifunctional beta-oxidation protein (MFP), putative (AFU_orthologue; AFUA_4G03900)  48.75 
 
 
903 aa  243  3.9999999999999997e-63  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.928702 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.77 
 
 
305 aa  235  8e-61  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006691  CNF02530  peroxisomal hydratase-dehydrogenase-epimerase (hde), putative  44.68 
 
 
893 aa  229  6e-59  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.874708  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4404  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.06 
 
 
306 aa  214  1.9999999999999998e-54  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0264564  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4785  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.06 
 
 
306 aa  214  1.9999999999999998e-54  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.583445  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4491  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.06 
 
 
306 aa  214  1.9999999999999998e-54  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.227424  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1790  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.66 
 
 
313 aa  206  3e-52  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.823461  normal  0.8573 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3697  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.16 
 
 
313 aa  207  3e-52  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3604  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.34 
 
 
292 aa  206  5e-52  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.943405  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4960  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.31 
 
 
315 aa  205  9e-52  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.588653 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5003  putative short-chain dehydrogenase/reductase (SDR)  48.68 
 
 
292 aa  204  2e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.874894  normal  0.0924335 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2712  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.5 
 
 
300 aa  201  9.999999999999999e-51  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0277304  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1693  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.68 
 
 
308 aa  198  1.0000000000000001e-49  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2557  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.81 
 
 
306 aa  197  3e-49  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3211  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.86 
 
 
306 aa  196  4.0000000000000005e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00337354  hitchhiker  0.000000292198 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1727  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.79 
 
 
313 aa  196  6e-49  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1465  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.97 
 
 
307 aa  193  4e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00693631  hitchhiker  0.000745392 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51090  putative short-chain dehydrogenase  43.43 
 
 
305 aa  192  5e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.264954  decreased coverage  0.0000000605367 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1687  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.14 
 
 
317 aa  192  6e-48  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3834  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.26 
 
 
303 aa  192  7e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.157096  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2962  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.86 
 
 
312 aa  192  8e-48  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.339496  normal  0.553858 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1539  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.21 
 
 
312 aa  192  9e-48  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1878  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.79 
 
 
304 aa  191  2e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0386113 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4360  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  41.16 
 
 
305 aa  189  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2837  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.27 
 
 
312 aa  188  1e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.214873  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1618  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.49 
 
 
317 aa  187  1e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1977  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.42 
 
 
304 aa  187  2e-46  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0854681  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3589  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.79 
 
 
304 aa  187  2e-46  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.336775  normal  0.435247 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2819  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.55 
 
 
312 aa  187  2e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.260501  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3241  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.4 
 
 
303 aa  187  3e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.707326  normal  0.647553 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1444  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.24 
 
 
309 aa  184  2.0000000000000003e-45  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0098  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.7 
 
 
300 aa  183  4.0000000000000006e-45  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2930  putative short-chain dehydrogenase  41.04 
 
 
304 aa  181  1e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.741138 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4046  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.57 
 
 
307 aa  179  4.999999999999999e-44  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.857131  normal  0.643759 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2792  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.94 
 
 
311 aa  177  1e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000504065  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2739  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.37 
 
 
311 aa  177  2e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0333  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.46 
 
 
316 aa  177  3e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0535694  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.04 
 
 
304 aa  177  3e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.973292  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4157  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.59 
 
 
324 aa  176  3e-43  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.149796  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6296  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.5 
 
 
305 aa  176  4e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.953973  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3473  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.26 
 
 
301 aa  176  5e-43  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.072083  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2341  short chain dehydrogenase  40.7 
 
 
291 aa  172  9e-42  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.199722  decreased coverage  0.00200779 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5281  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.69 
 
 
306 aa  170  2e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4681  short chain dehydrogenase  42.32 
 
 
301 aa  170  3e-41  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.351016  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5066  short chain dehydrogenase  42.32 
 
 
301 aa  170  3e-41  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.727463  normal  0.567593 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4120  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.64 
 
 
310 aa  170  3e-41  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4767  short chain dehydrogenase  42.32 
 
 
301 aa  170  3e-41  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.121799  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1081  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  44.22 
 
 
246 aa  169  4e-41  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.46401  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2388  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.03 
 
 
301 aa  169  5e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1972  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  44.73 
 
 
247 aa  169  7e-41  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1782  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  44.59 
 
 
244 aa  168  1e-40  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.788783  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2535  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 
324 aa  168  1e-40  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4624  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.43 
 
 
301 aa  168  1e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2572  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 
324 aa  168  1e-40  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.710215  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2580  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 
324 aa  168  1e-40  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0196  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.1 
 
 
334 aa  168  1e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0362  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.07 
 
 
330 aa  167  2e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.872032  normal  0.990954 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.34 
 
 
305 aa  167  2e-40  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.157995  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1492  short chain dehydrogenase  42.86 
 
 
301 aa  167  2e-40  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4414  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  44.87 
 
 
304 aa  167  2e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.27323  normal  0.448536 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5264  short chain dehydrogenase  41.95 
 
 
301 aa  167  2e-40  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.251034 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>