272 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_1049 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009719  Plav_1049  integrase family protein  100 
 
 
380 aa  770    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2121  integrase family protein  71.8 
 
 
405 aa  496  1e-139  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1421  phage integrase family protein  61.43 
 
 
351 aa  444  1e-123  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2042  integrase family protein  55.2 
 
 
350 aa  384  1e-105  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0960893  normal  0.874493 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1152  integrase family protein  36.54 
 
 
365 aa  227  3e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.379304  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4490  phage integrase family protein  38.79 
 
 
365 aa  220  3.9999999999999997e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.6537  normal  0.0343494 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5550  phage integrase family protein  38.79 
 
 
365 aa  220  3.9999999999999997e-56  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2363  phage integrase family site specific recombinase  40.06 
 
 
368 aa  210  3e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1711  integrase family protein  37.69 
 
 
380 aa  209  5e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.213299  hitchhiker  0.00000987295 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0745  phage integrase family protein  36.95 
 
 
357 aa  206  7e-52  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.107824 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2030  phage integrase family protein  38.31 
 
 
365 aa  204  2e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.755048  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0805  phage integrase family protein  38.19 
 
 
354 aa  204  2e-51  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.431807 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0798  integrase family protein  38.19 
 
 
354 aa  203  3e-51  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000196141 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0773  phage integrase family protein  38.19 
 
 
354 aa  203  4e-51  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3586  phage integrase family protein  38.05 
 
 
355 aa  202  6e-51  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0354  phage integrase family site specific recombinase  36.58 
 
 
355 aa  201  1.9999999999999998e-50  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3233  phage integrase  36.26 
 
 
356 aa  200  3e-50  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1622  phage integrase family protein  36.28 
 
 
361 aa  188  1e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.487409  normal  0.202066 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3455  putative integrase/recombinase  34.5 
 
 
362 aa  176  6e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.375642  normal  0.439237 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0398  shufflon-specific DNA recombinase  34.02 
 
 
356 aa  169  8e-41  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03598  site-specific recombinase, phage integrase family protein  31.67 
 
 
380 aa  167  2.9999999999999998e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.951563  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2661  phage integrase  33.24 
 
 
347 aa  149  9e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0679447  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0446  phage integrase family protein  33.24 
 
 
347 aa  149  9e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.286621  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0438  hypothetical protein  31.73 
 
 
337 aa  143  4e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3201  integrase family protein  32.03 
 
 
351 aa  140  3.9999999999999997e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.689071 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2854  integrase family protein  32.31 
 
 
351 aa  140  4.999999999999999e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.820272 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3949  site-specific recombinase, phage integrase family  30.84 
 
 
347 aa  133  5e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0244166  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0969  integrase family protein  31.96 
 
 
348 aa  133  6e-30  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.23183  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0397  shufflon-specific DNA recombinase  29.41 
 
 
353 aa  130  5.0000000000000004e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.759416  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0401  phage integrase family protein  30.57 
 
 
332 aa  129  6e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3971  integrase family protein  30.36 
 
 
340 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.164476  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2809  integrase family protein  29.97 
 
 
338 aa  126  6e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3783  integrase family protein  31.88 
 
 
334 aa  125  1e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1808  phage integrase family site specific recombinase  32.7 
 
 
352 aa  125  2e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.595703  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1722  hypothetical protein  33.52 
 
 
339 aa  124  2e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.178853  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2794  integrase family protein  33.71 
 
 
330 aa  122  9.999999999999999e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0495  integrase family protein  31.21 
 
 
328 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.701129  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3921  phage integrase family protein  32.05 
 
 
327 aa  122  9.999999999999999e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.470105  hitchhiker  0.00183347 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1522  phage integrase family site specific recombinase  33.52 
 
 
339 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0639  integrase family protein  32.28 
 
 
374 aa  107  5e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.988788  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0535  site-specific recombinase, phage integrase family  26.33 
 
 
413 aa  103  5e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011081  SeHA_A0108  shufflon-specific DNA recombinase  39.43 
 
 
395 aa  103  7e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3654  Phage integrase  29.04 
 
 
340 aa  102  1e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000207497  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3048  integrase family protein  36.56 
 
 
374 aa  101  3e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01212  site-specific recombinase, resolvase family protein  25.36 
 
 
336 aa  100  4e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0847  integrase family protein  36.02 
 
 
374 aa  100  4e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.136673  n/a   
 
 
-
 
NC_009705  YpsIP31758_B0022  shufflon-specific DNA recombinase  31.35 
 
 
375 aa  98.2  2e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0807  phage integrase family protein  29.48 
 
 
323 aa  98.6  2e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1571  site-specific integrase/recombinase  27.78 
 
 
381 aa  97.1  4e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2069  phage integrase  29.73 
 
 
359 aa  96.7  6e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.244007  hitchhiker  0.000737798 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1126  phage integrase family protein  27.48 
 
 
367 aa  96.3  8e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.665365  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2847  phage integrase  37.08 
 
 
366 aa  94  3e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1554  putative integrase/recombinase protein  26.35 
 
 
354 aa  94  4e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1679  phage integrase family site specific recombinase  37.29 
 
 
356 aa  93.2  7e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.229259  normal  0.0687632 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0242  integrase family protein  27.32 
 
 
373 aa  91.3  3e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3039  phage integrase  27.65 
 
 
339 aa  90.5  4e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7113  integrase family protein  28.57 
 
 
347 aa  89.4  9e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00596865 
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7273  integrase family protein  29.2 
 
 
380 aa  87.8  3e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.488643  normal  0.163849 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_04371  hypothetical protein  25.58 
 
 
321 aa  82.8  0.000000000000008  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2123  hypothetical protein  24.72 
 
 
353 aa  82.8  0.000000000000009  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2659  integrase family protein  34.94 
 
 
531 aa  82  0.00000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1281  integrase family protein  27.94 
 
 
429 aa  77.4  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0441454  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0399  phage integrase family protein  24.65 
 
 
337 aa  76.6  0.0000000000007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1655  integrase/recombinase protein  27.45 
 
 
334 aa  76.3  0.0000000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3132  phage integrase family site specific recombinase  30.64 
 
 
222 aa  75.9  0.000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1456  integrase family protein  24.72 
 
 
337 aa  75.1  0.000000000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.699839  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5317  integrase family protein  24.57 
 
 
354 aa  72.4  0.00000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5334  integrase family protein  24.57 
 
 
354 aa  72.4  0.00000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1794  integrase family protein  27.67 
 
 
343 aa  70.9  0.00000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0543031  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32670  hypothetical protein  42.7 
 
 
151 aa  70.9  0.00000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3178  phage integrase family protein  25.95 
 
 
339 aa  70.5  0.00000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0368902  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00486  predicted integrase  29.67 
 
 
387 aa  70.1  0.00000000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00491  hypothetical protein  29.67 
 
 
387 aa  70.1  0.00000000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0832  Phage integrase  23.57 
 
 
341 aa  69.7  0.00000000008  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3005  phage integrase family site specific recombinase  25.34 
 
 
369 aa  68.6  0.0000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3070  prophage DLP12 integrase  25.34 
 
 
369 aa  68.6  0.0000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_03811  site-specific recombinase XerD  25.51 
 
 
327 aa  68.2  0.0000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3300  phage integrase family site specific recombinase  25.34 
 
 
369 aa  68.6  0.0000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.248425  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1532  phage integrase family site specific recombinase  25.34 
 
 
369 aa  68.6  0.0000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0603  prophage DLP12 integrase  29.12 
 
 
387 aa  67.8  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.591827  normal  0.109932 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2435  integrase family protein  26.67 
 
 
389 aa  67.4  0.0000000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.061585  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2234  integrase family protein  27.35 
 
 
341 aa  67.4  0.0000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.533752  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0548  hypothetical protein  24.53 
 
 
334 aa  67.4  0.0000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.271041 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0290  integrase  29.35 
 
 
324 aa  67.4  0.0000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0955438  normal  0.658855 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0600  prophage DLP12 integrase  29.71 
 
 
387 aa  66.6  0.0000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000371504 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1807  integrase family protein  25.62 
 
 
278 aa  65.9  0.000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.73649  hitchhiker  0.0000891918 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3278  phage integrase family site specific recombinase  34.62 
 
 
146 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2002  phage integrase  34.51 
 
 
188 aa  65.5  0.000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0764365 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1220  integrase  24 
 
 
286 aa  65.1  0.000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0366  site-specific recombinase, phage integrase family  28.75 
 
 
387 aa  65.5  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.529105  hitchhiker  0.00000000819042 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1428  integrase family protein  26.52 
 
 
421 aa  65.1  0.000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0471  integrase family protein  23.01 
 
 
398 aa  63.9  0.000000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.116709  hitchhiker  0.000616461 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2499  phage integrase family protein  32.24 
 
 
381 aa  63.2  0.000000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.005662  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0996  phage integrase family protein  24.81 
 
 
387 aa  62.8  0.00000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000294682 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003284  integrase  29.52 
 
 
401 aa  62.4  0.00000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0382  putative site-specific integrase/recombinase  27.81 
 
 
204 aa  62.4  0.00000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3274  phage integrase family site specific recombinase  30.77 
 
 
159 aa  62.4  0.00000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1667  phage integrase family protein  28.93 
 
 
372 aa  62.4  0.00000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0322  phage integrase family protein  27.34 
 
 
379 aa  62.4  0.00000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  decreased coverage  0.00211784  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3493  integrase  29.03 
 
 
571 aa  62  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>