More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_1010 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009719  Plav_1010  CRP/FNR family transcriptional regulator  100 
 
 
257 aa  519  1e-146  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4621  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  44.84 
 
 
236 aa  206  4e-52  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1444  Crp/Fnr family transcriptional regulator  42.67 
 
 
236 aa  200  1.9999999999999998e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.920255  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1465  Crp/FNR family transcriptional regulator  43.75 
 
 
236 aa  198  9e-50  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.342125  normal  0.439299 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3945  Crp/FNR family transcriptional regulator  45.29 
 
 
240 aa  196  4.0000000000000005e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  decreased coverage  0.0000374248  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6822  Crp/FNR family transcriptional regulator  43.3 
 
 
239 aa  192  5e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1523  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  43.69 
 
 
231 aa  188  7e-47  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0327  Crp/FNR family transcriptional regulator  42.99 
 
 
233 aa  186  4e-46  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.539351  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1972  CRP/FNR family transcriptional regulator  42.99 
 
 
233 aa  186  4e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2246  Crp/FNR family transcriptional regulator  42.34 
 
 
233 aa  185  5e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0238  Crp/FNR family transcriptional regulator  42.45 
 
 
231 aa  184  9e-46  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0262  Crp/FNR family transcriptional regulator  42.45 
 
 
231 aa  184  9e-46  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0968  CRP/FNR family transcriptional regulator  42.86 
 
 
233 aa  183  2.0000000000000003e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4381  CRP/FNR family transcriptional regulator  40.09 
 
 
231 aa  176  4e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8112  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  39.74 
 
 
229 aa  172  3.9999999999999995e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4277  Crp/FNR family transcriptional regulator  39.19 
 
 
234 aa  172  5e-42  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6276  CRP/FNR family transcriptional regulator  39.72 
 
 
231 aa  166  5e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.298402  normal  0.17195 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3114  CRP/FNR family transcriptional regulator  39.37 
 
 
232 aa  164  9e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0281  transcriptional regulator NnrR  38.65 
 
 
232 aa  162  6e-39  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0257  transcriptional regulator NnrR  38.16 
 
 
232 aa  160  2e-38  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3066  cyclic nucleotide-binding  40.28 
 
 
240 aa  156  4e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5204  CRP/FNR family transcriptional regulator  41.83 
 
 
261 aa  152  5.9999999999999996e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.26828 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2812  Crp/FNR family transcriptional regulator  38.74 
 
 
243 aa  151  1e-35  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3150  Crp/FNR family transcriptional regulator  38.14 
 
 
252 aa  149  5e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2417  cyclic nucleotide-binding protein  40.28 
 
 
250 aa  148  7e-35  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.034588  normal  0.0382931 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2941  Crp/FNR family transcriptional regulator  36.57 
 
 
235 aa  146  3e-34  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0837  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  36.56 
 
 
234 aa  134  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1660  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.62 
 
 
261 aa  129  6e-29  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.74426  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1803  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.09 
 
 
249 aa  125  9e-28  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0808632  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0595  CRP/FNR family transcriptional regulator  34.31 
 
 
228 aa  120  1.9999999999999998e-26  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.130469  unclonable  0.00000708114 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3897  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.41 
 
 
227 aa  116  3e-25  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.280734  normal  0.887061 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2020  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.61 
 
 
239 aa  107  2e-22  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0424227  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1070  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.51 
 
 
235 aa  106  5e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.105875  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2668  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.73 
 
 
225 aa  105  6e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0967754  hitchhiker  0.000000348595 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0719  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.02 
 
 
257 aa  103  3e-21  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000204419 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0851  CRP/FNR family transcriptional regulator  31.37 
 
 
229 aa  103  3e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0183246  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2027  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.32 
 
 
226 aa  102  4e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0824  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.95 
 
 
225 aa  101  1e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0928817  normal  0.0486748 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2102  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.55 
 
 
226 aa  101  1e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000889631  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3445  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.04 
 
 
228 aa  100  2e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.90711  unclonable  0.00000836213 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2803  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.37 
 
 
229 aa  99.4  6e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_24470  cAMP-binding protein  32.06 
 
 
261 aa  97.8  2e-19  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05940  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.93 
 
 
231 aa  97.1  3e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.558941  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4520  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.35 
 
 
236 aa  96.7  3e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0394  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.28 
 
 
237 aa  96.3  4e-19  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1167  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.89 
 
 
239 aa  96.7  4e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000625437  n/a   
 
 
-
 
NC_008496  LEUM_A06  Crp-like transcriptional regulator  26.96 
 
 
230 aa  95.9  6e-19  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0629  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.26 
 
 
230 aa  95.5  8e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.0000285446  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09760  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.91 
 
 
226 aa  95.1  9e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3421  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.21 
 
 
241 aa  94.7  1e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0339  cyclic nucleotide-binding  27.14 
 
 
225 aa  94.7  1e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0644  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.04 
 
 
243 aa  93.2  3e-18  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  unclonable  0.0000000000000386152  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2600  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.28 
 
 
229 aa  93.2  3e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0103419  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1279  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.15 
 
 
227 aa  93.2  4e-18  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0123359  normal  0.583782 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0362  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.39 
 
 
234 aa  92.8  5e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.74387  normal  0.571703 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0608  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.71 
 
 
225 aa  92.8  5e-18  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.847542  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0723  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.66 
 
 
228 aa  92.4  6e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.362046  normal  0.190371 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0258  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.33 
 
 
222 aa  92  7e-18  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0092  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.05 
 
 
230 aa  92  8e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000552774  hitchhiker  0.0000198015 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3468  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.71 
 
 
227 aa  91.3  1e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1678  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.93 
 
 
234 aa  91.7  1e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3212  CRP/FNR family transcriptional regulator  28.64 
 
 
229 aa  91.7  1e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0543887  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3176  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.88 
 
 
225 aa  90.5  3e-17  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.231761 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2039  CRP/FNR family transcriptional regulator  27.98 
 
 
226 aa  90.1  3e-17  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18160  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.59 
 
 
219 aa  90.1  3e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000607267  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2386  CRP/FNR family transcriptional regulator  25.57 
 
 
225 aa  89.7  4e-17  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3406  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.22 
 
 
227 aa  89.7  4e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.757412  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5808  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.25 
 
 
231 aa  89.7  4e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.254135  normal  0.0101482 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2775  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.64 
 
 
232 aa  89.7  4e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.9012  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5315  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.13 
 
 
228 aa  89.4  5e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.527594 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3553  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.92 
 
 
348 aa  88.6  8e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.528491 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0698  CRP/FNR family transcriptional regulator  25.11 
 
 
227 aa  88.6  8e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2750  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.42 
 
 
222 aa  88.6  9e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0000000354449  normal  0.602467 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0468  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.63 
 
 
226 aa  88.6  9e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.974187 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2644  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.28 
 
 
248 aa  88.2  1e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.446339  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0106  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.18 
 
 
254 aa  88.2  1e-16  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26230  cAMP-binding protein  23.88 
 
 
225 aa  87.8  1e-16  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.466611  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3395  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.38 
 
 
225 aa  87.8  1e-16  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2867  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.92 
 
 
241 aa  88.6  1e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.343371  normal  0.792405 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3227  CRP/FNR family transcriptional regulator  22.32 
 
 
232 aa  87.8  1e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2593  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.57 
 
 
254 aa  87.4  2e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.431237  normal  0.296758 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0754  Crp/FNR family transcriptional regulator  22.17 
 
 
236 aa  87.8  2e-16  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.0000212493  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1491  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.06 
 
 
224 aa  87  3e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000413534  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0117  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  25.13 
 
 
228 aa  86.3  4e-16  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1250  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.77 
 
 
236 aa  85.9  5e-16  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.403908  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02297  transcription regulator protein  29.35 
 
 
225 aa  85.9  6e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.419231 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0757  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.77 
 
 
236 aa  85.9  6e-16  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0100726  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0781  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.77 
 
 
236 aa  85.5  7e-16  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0113537  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1062  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.77 
 
 
236 aa  85.5  7e-16  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2034  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.35 
 
 
243 aa  85.5  8e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.663242  normal  0.0439569 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3800  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.09 
 
 
225 aa  85.1  9e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4140  cyclic nucleotide-binding protein  29.13 
 
 
243 aa  84.7  0.000000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0778  Crp/FNR family transcriptional regulator  21.72 
 
 
236 aa  84.7  0.000000000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000312841  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3468  CRP/FNR family transcriptional regulator  27.88 
 
 
236 aa  85.1  0.000000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0517  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.5 
 
 
224 aa  84.3  0.000000000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3583  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.22 
 
 
225 aa  84  0.000000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20120  cAMP-binding protein  27.23 
 
 
223 aa  84.3  0.000000000000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00290987  normal  0.0142715 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0657  cyclic nucleotide-binding protein  27.36 
 
 
246 aa  84  0.000000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.418671  normal  0.417958 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1633  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.23 
 
 
226 aa  84.3  0.000000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.391452  normal  0.0281193 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4660  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.22 
 
 
225 aa  84  0.000000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>