More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_0808 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_0808  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 714 aa  1457    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.131492 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4246  TonB-dependent receptor  43.05 
 
 		 698 aa  565  1.0000000000000001e-159  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.286559  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4565  TonB-dependent receptor  44.04 
 
 		 733 aa  564  1.0000000000000001e-159  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.372815  normal  0.147883 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2704  TonB-dependent receptor  42.92 
 
 		 700 aa  561  1e-158  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1377  TonB-dependent receptor  43.04 
 
 		 713 aa  560  1e-158  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.632054  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1657  TonB-dependent receptor  42.4 
 
 		 715 aa  557  1e-157  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.818594 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1382  TonB-dependent receptor  42.98 
 
 		 717 aa  558  1e-157  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.530841  hitchhiker  0.000808374 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1302  TonB-dependent receptor  42.2 
 
 		 702 aa  550  1e-155  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.220115  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6067  TonB-dependent receptor  42.84 
 
 		 716 aa  551  1e-155  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.341799  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0940  TonB-dependent receptor  40.79 
 
 		 706 aa  537  1e-151  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2477  TonB-dependent receptor  43.82 
 
 		 681 aa  524  1e-147  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2019  TonB-dependent receptor  41.27 
 
 		 742 aa  492  9.999999999999999e-139  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.850916  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5609  putative TonB-dependent receptor protein  39.89 
 
 		 727 aa  486  1e-136  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.232583  normal  0.195075 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3552  TonB-dependent receptor  39.41 
 
 		 737 aa  488  1e-136  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0127436  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2201  TonB-dependent receptor  39.32 
 
 		 736 aa  483  1e-135  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.407628  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1868  TonB-dependent receptor  38.91 
 
 		 734 aa  456  1e-127  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.155376  normal  0.191225 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4484  TonB-dependent receptor  38.78 
 
 		 726 aa  452  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.429644  normal  0.265878 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1794  TonB-dependent receptor  41.58 
 
 		 664 aa  455  1.0000000000000001e-126  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4674  TonB-dependent receptor  36.7 
 
 		 692 aa  439  9.999999999999999e-123  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.396726  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3709  TonB-dependent receptor  36.9 
 
 		 681 aa  402  9.999999999999999e-111  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22830  TonB-dependent receptor  37.82 
 
 		 678 aa  400  9.999999999999999e-111  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0688062  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1728  TonB-dependent receptor  33.38 
 
 		 690 aa  295  3e-78  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.322796  normal  0.420828 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1856  TonB-dependent receptor  32.93 
 
 		 688 aa  292  2e-77  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.405305  normal  0.0244044 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4137  outer membrane siderophore receptor, putative  33.94 
 
 		 690 aa  291  4e-77  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2318  TonB-dependent receptor  32.15 
 
 		 708 aa  289  1e-76  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3267  putative outer membrane receptor for iron transport  30.47 
 
 		 712 aa  289  2e-76  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.598995  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4581  TonB-dependent receptor  31.57 
 
 		 718 aa  274  3e-72  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43940  TonB-dependent receptor family  29.75 
 
 		 715 aa  233  7.000000000000001e-60  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.204907  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2555  TonB-dependent receptor  29.22 
 
 		 702 aa  212  2e-53  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2688  TonB-dependent receptor  30.26 
 
 		 720 aa  207  7e-52  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4173  TonB-dependent receptor  28.28 
 
 		 739 aa  201  3e-50  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1449  TonB-dependent receptor  28.04 
 
 		 740 aa  198  3e-49  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.389596 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2651  TonB-dependent receptor  25.45 
 
 		 800 aa  192  1e-47  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1543  TonB-dependent receptor plug  27.79 
 
 		 712 aa  181  2.9999999999999997e-44  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.888078 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3065  TonB-dependent receptor  26.89 
 
 		 786 aa  177  7e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.935063  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0836  TonB-dependent receptor  26.72 
 
 		 787 aa  176  9.999999999999999e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3149  TonB-dependent receptor  25.68 
 
 		 785 aa  174  3.9999999999999995e-42  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1061  TonB-dependent receptor, plug  25.54 
 
 		 691 aa  158  3e-37  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4866  TonB-dependent receptor  25.11 
 
 		 731 aa  148  4.0000000000000006e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2188  TonB-dependent receptor  24.73 
 
 		 680 aa  140  7e-32  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0094  TonB-dependent receptor  25.73 
 
 		 678 aa  135  1.9999999999999998e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0917922  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0241  TonB-dependent receptor  24.72 
 
 		 675 aa  132  3e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.571494  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2728  TonB-dependent receptor  24.41 
 
 		 688 aa  131  5.0000000000000004e-29  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.811385  normal  0.575129 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2598  TonB-dependent receptor  25.46 
 
 		 723 aa  122  3e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00053771  normal  0.180731 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0022  TonB-dependent receptor  24.21 
 
 		 697 aa  119  9.999999999999999e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000255766 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3005  TonB-dependent receptor  24.19 
 
 		 705 aa  117  6.9999999999999995e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2301  TonB-dependent receptor  25.5 
 
 		 706 aa  117  7.999999999999999e-25  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.216228 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03467  TonB-dependent outer membrane Receptor  25.47 
 
 		 712 aa  116  1.0000000000000001e-24  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0021  TonB-dependent receptor  24.83 
 
 		 705 aa  115  3e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.225049 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2099  TonB-dependent siderophore receptor  22.42 
 
 		 728 aa  113  1.0000000000000001e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0104822  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2498  TonB-dependent receptor  23.32 
 
 		 770 aa  109  1e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.111731 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1705  probable TonB-dependent receptor yncD  23.13 
 
 		 706 aa  106  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.714131  normal  0.179613 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2926  TonB-dependent receptor  24.08 
 
 		 715 aa  106  1e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000198793  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1766  TonB-dependent receptor yncD  23.43 
 
 		 706 aa  105  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1702  putative TonB-dependent receptor yncD  23.43 
 
 		 706 aa  105  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.770108  normal  0.940102 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1573  probable TonB-dependent receptor yncD  23.43 
 
 		 706 aa  105  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000253157  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4534  putative TonB-dependent receptor protein  22.1 
 
 		 797 aa  104  5e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.38874  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1754  TonB-dependent receptor YncD  23.28 
 
 		 721 aa  104  5e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.460893  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1044  TonB-dependent receptor:TonB box, N-terminal  24.18 
 
 		 726 aa  103  1e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1372  TonB-dependent receptor plug  22.49 
 
 		 701 aa  103  1e-20  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.00000623394  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2869  TonB-dependent receptor  24.06 
 
 		 742 aa  100  7e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0872507  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1125  TonB-dependent receptor  23.15 
 
 		 709 aa  99.4  2e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1468  TonB-dependent receptor  23 
 
 		 682 aa  98.6  3e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1567  TonB-dependent receptor  23.3 
 
 		 780 aa  97.4  8e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0615105  normal  0.74927 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2795  TonB-dependent receptor  22.86 
 
 		 701 aa  97.4  9e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2195  TonB-dependent receptor  23.28 
 
 		 700 aa  96.7  1e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0192314  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01408  predicted iron outer membrane transporter  23.28 
 
 		 700 aa  95.5  3e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01419  hypothetical protein  23.28 
 
 		 700 aa  95.5  3e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1632  TonB-dependent receptor  23.28 
 
 		 700 aa  95.5  3e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2208  TonB-dependent receptor  23.13 
 
 		 700 aa  95.1  4e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.346262  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0733  tonB-dependent receptor  20.92 
 
 		 680 aa  95.1  4e-18  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1538  TonB-dependent receptor  23.13 
 
 		 700 aa  95.1  4e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3519  TonB-dependent siderophore receptor  24.17 
 
 		 681 aa  95.1  4e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.302801  normal  0.288365 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1720  TonB-dependent receptor  23.17 
 
 		 700 aa  94  9e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000201404 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2057  TonB-dependent receptor  23.13 
 
 		 700 aa  94  9e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.980298  hitchhiker  0.0003174 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1723  TonB-dependent receptor  23.13 
 
 		 700 aa  93.2  2e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1994  TonB-dependent receptor  23.62 
 
 		 698 aa  90.9  7e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1426  TonB-dependent receptor  23.01 
 
 		 720 aa  87.8  6e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.51849  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3149  TonB-dependent receptor  23.76 
 
 		 776 aa  85.9  0.000000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0958639  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34990  putative TonB-dependent receptor  22.53 
 
 		 706 aa  86.3  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.275223  normal  0.836539 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2924  TonB-dependent receptor  24.05 
 
 		 776 aa  85.1  0.000000000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.753718  normal  0.115907 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3048  TonB-dependent receptor  25.19 
 
 		 774 aa  84.7  0.000000000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.20503  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1883  TonB-dependent receptor  23.94 
 
 		 702 aa  83.2  0.00000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.118236  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001068  vibrioferrin receptor PvuA  23.12 
 
 		 712 aa  82  0.00000000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2309  TonB-dependent outer membrane cobalamin receptor  24.74 
 
 		 666 aa  81.6  0.00000000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2952  putative lipoprotein  22.73 
 
 		 710 aa  81.3  0.00000000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.130559  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0732  TonB-dependent receptor  21.19 
 
 		 688 aa  79.7  0.0000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.244967  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2993  TonB-dependent receptor  22.67 
 
 		 705 aa  79  0.0000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.162079  normal  0.156503 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5807  ferric citrate outer membrane transporter  23.03 
 
 		 717 aa  78.2  0.0000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1763  TonB-dependent receptor plug  23.12 
 
 		 703 aa  77  0.000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0187171  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2570  TonB-dependent receptor  23.03 
 
 		 694 aa  77  0.000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00469469  hitchhiker  0.000000281684 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3851  TonB-dependent siderophore receptor  22.49 
 
 		 711 aa  76.3  0.000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0485  TonB-dependent receptor  20.93 
 
 		 702 aa  75.9  0.000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.517963  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5774  TonB-dependent receptor plug  20.9 
 
 		 690 aa  75.1  0.000000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.872771  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3231  TonB-dependent siderophore receptor  22.33 
 
 		 687 aa  74.3  0.000000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.854124  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2953  TonB-dependent receptor  29.21 
 
 		 700 aa  73.6  0.00000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.191776  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0609  TonB-dependent siderophore receptor  22.34 
 
 		 710 aa  73.2  0.00000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1927  TonB dependent receptor  22.21 
 
 		 725 aa  72.4  0.00000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0622578  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4090  TonB-dependent receptor  20.59 
 
 		 705 aa  72  0.00000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3353  TonB-dependent receptor plug  22.7 
 
 		 736 aa  72  0.00000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.130298  normal  0.417052 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>