232 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_0748 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009719  Plav_0748  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  100 
 
 
316 aa  637    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.642058  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1256  folate-binding protein YgfZ  41.92 
 
 
293 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.196155  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2704  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  40.97 
 
 
293 aa  180  2.9999999999999997e-44  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0689598  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4360  folate-binding protein YgfZ  39.14 
 
 
293 aa  178  1e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.689561  normal  0.989492 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0712  folate-binding protein YgfZ  39.15 
 
 
291 aa  176  4e-43  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.537236 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1117  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  41 
 
 
293 aa  175  9.999999999999999e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.191945 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_4019  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  40.48 
 
 
293 aa  171  2e-41  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2375  putative glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  40 
 
 
294 aa  167  2e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.240972 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4331  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  38.91 
 
 
293 aa  167  2e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.388249 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1100  folate-binding protein YgfZ  40.47 
 
 
279 aa  166  5.9999999999999996e-40  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1985  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  39.27 
 
 
248 aa  164  1.0000000000000001e-39  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1238  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  40.08 
 
 
293 aa  162  1e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.582319  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3099  folate-binding protein YgfZ  39.78 
 
 
291 aa  158  1e-37  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.623052 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4821  folate-binding protein YgfZ  41.8 
 
 
285 aa  156  4e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1416  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  38.43 
 
 
292 aa  156  5.0000000000000005e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4304  folate-binding protein YgfZ  41.96 
 
 
284 aa  155  1e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0812  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  37.88 
 
 
273 aa  154  1e-36  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000519539 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4673  folate-binding protein YgfZ  41.57 
 
 
284 aa  154  2e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.363501  normal  0.948417 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1013  folate-binding protein YgfZ  35.15 
 
 
284 aa  154  2e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.834471 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1165  folate-binding protein YgfZ  34.81 
 
 
284 aa  154  2e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.818193  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2092  hypothetical protein  39.71 
 
 
261 aa  154  2.9999999999999998e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2940  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  35.59 
 
 
312 aa  150  3e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.352014  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0262  glycine cleavage T-protein, C-terminal barrel  40.76 
 
 
275 aa  144  2e-33  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  decreased coverage  0.00715457  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2622  glycine cleavage T-protein barrel  32.08 
 
 
287 aa  143  4e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.96003  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0667  aminomethyltransferase, putative  33.88 
 
 
287 aa  142  9e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0660  folate-binding protein YgfZ  33.88 
 
 
287 aa  142  9e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.439221  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3735  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  32.04 
 
 
328 aa  141  9.999999999999999e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.0261257 
 
 
-
 
NC_009373  OSTLU_28552  predicted protein  36.93 
 
 
306 aa  141  1.9999999999999998e-32  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.177666  hitchhiker  0.000000277252 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0959  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  31.86 
 
 
288 aa  138  1e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0731  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  36.7 
 
 
238 aa  138  1e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.607247  normal  0.0872303 
 
 
-
 
NC_002978  WD0309  aminomethyl transferase family protein  34.19 
 
 
268 aa  137  2e-31  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1426  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  38.79 
 
 
241 aa  135  7.000000000000001e-31  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0691  folate-binding protein YgfZ  38.82 
 
 
276 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.169246  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0706  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  32.31 
 
 
282 aa  135  9.999999999999999e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.503998 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2736  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  39.21 
 
 
222 aa  133  3.9999999999999996e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.380224  normal  0.0365471 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1754  folate-binding protein YgfZ  42.25 
 
 
277 aa  131  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0089  glycine cleavage T protein(aminomethyl transferase)  33.47 
 
 
278 aa  131  1.0000000000000001e-29  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1462  glycine cleavage system T protein aminomethyltransferase  33.45 
 
 
279 aa  131  1.0000000000000001e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3987  folate-binding protein YgfZ  37.88 
 
 
283 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.801907  decreased coverage  0.00101904 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3471  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  35.58 
 
 
247 aa  125  7e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0479  aminomethyltransferase  31.44 
 
 
286 aa  125  1e-27  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2020  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  34.72 
 
 
255 aa  124  2e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1890  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  33.7 
 
 
255 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.728255  normal  0.596808 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0247  aminomethyltransferase related to GcvT  33.7 
 
 
255 aa  120  3e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0138  aminomethyl transferase family protein  31.58 
 
 
278 aa  120  3e-26  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0934  aminomethyl transferase  36.86 
 
 
248 aa  119  9e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.8874  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_10012  aminomethyl transferase, putative (AFU_orthologue; AFUA_5G12430)  28.93 
 
 
438 aa  117  1.9999999999999998e-25  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.671109 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0727  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  28.69 
 
 
354 aa  97.4  2e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000639994  n/a   
 
 
-
 
NC_006670  CNA03770  mitochondrion protein, putative  29.76 
 
 
375 aa  97.1  3e-19  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0318  aminomethyl transferase family protein  26.82 
 
 
310 aa  94.7  2e-18  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0881  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  26.29 
 
 
335 aa  94.4  2e-18  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.876961 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1904  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  33.2 
 
 
334 aa  90.5  3e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.195861  normal  0.523701 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1830  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  26.64 
 
 
336 aa  89  1e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0137829  normal  0.0659803 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2474  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  26.77 
 
 
347 aa  87.8  2e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.839994  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1330  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  28.72 
 
 
328 aa  87.8  2e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2860  folate-binding protein YgfZ  30.38 
 
 
308 aa  88.2  2e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1737  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  28.63 
 
 
348 aa  85.5  0.000000000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.00179211  n/a   
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_45164  predicted protein  27.36 
 
 
657 aa  84.7  0.000000000000002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  hitchhiker  0.000065848  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2127  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  29.86 
 
 
298 aa  82.8  0.000000000000007  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1432  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  27.76 
 
 
373 aa  81.6  0.00000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1379  folate-binding protein YgfZ  30.54 
 
 
345 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2505  folate-binding protein YgfZ  27.38 
 
 
345 aa  82.4  0.00000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.438476  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2521  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  28.81 
 
 
317 aa  80.1  0.00000000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0149913  hitchhiker  0.00318223 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3386  folate-binding protein YgfZ  27.24 
 
 
315 aa  79.7  0.00000000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00306542  normal  0.164661 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1464  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  27.14 
 
 
354 aa  78.6  0.0000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.24907  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0884  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  26.8 
 
 
360 aa  77.4  0.0000000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.233435  hitchhiker  0.00165742 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2098  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase)  27.39 
 
 
354 aa  77.4  0.0000000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.438328  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6184  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  29.55 
 
 
344 aa  77  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2322  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase) family protein  28.99 
 
 
348 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.200302  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1427  hypothetical protein  28.99 
 
 
348 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2445  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase)  28.99 
 
 
348 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1876  folate-binding protein YgfZ  29.39 
 
 
319 aa  76.6  0.0000000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0515526 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1895  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  29.55 
 
 
344 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3414  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  28.26 
 
 
304 aa  77  0.0000000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.215504  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1918  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase) family protein  28.99 
 
 
348 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3386  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase) family protein  28.99 
 
 
348 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2283  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase) family protein  28.99 
 
 
348 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.695664  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1191  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase) family protein  28.99 
 
 
348 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1468  folate-binding protein YgfZ  27.78 
 
 
346 aa  76.6  0.0000000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.606747  normal  0.0230828 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2253  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  29.24 
 
 
317 aa  76.6  0.0000000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1804  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  29.71 
 
 
344 aa  76.6  0.0000000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.173465  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0968  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  24.79 
 
 
336 aa  76.3  0.0000000000006  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.776071  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0047  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  30.65 
 
 
318 aa  76.3  0.0000000000007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.21464  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1832  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  29.71 
 
 
344 aa  75.9  0.0000000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1946  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  26.45 
 
 
317 aa  75.9  0.0000000000009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2956  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  26.81 
 
 
318 aa  75.5  0.000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1918  folate-binding protein YgfZ  28.87 
 
 
310 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.208988 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1041  putative glycine cleavage T protein (aminomethyltransferase)  27.62 
 
 
349 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.255858  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0861  hypothetical protein  29.02 
 
 
318 aa  74.3  0.000000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2628  glycine cleavage T protein, aminomethyl transferase  27.11 
 
 
342 aa  73.9  0.000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.509615  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1881  folate-binding protein YgfZ  26.56 
 
 
348 aa  73.9  0.000000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.428189  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1427  folate-binding protein YgfZ  27.84 
 
 
346 aa  73.6  0.000000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.345601  normal  0.255059 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1782  hypothetical protein  26.19 
 
 
346 aa  73.6  0.000000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000345252  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5195  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  28.45 
 
 
344 aa  73.6  0.000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.377997 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1862  hypothetical protein  28.33 
 
 
323 aa  73.6  0.000000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.171418 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2152  glycine cleavage T-protein superfamily protein  27.76 
 
 
348 aa  72  0.00000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.101306  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1830  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  29.05 
 
 
348 aa  72  0.00000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54480  hypothetical protein  26.96 
 
 
314 aa  72  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.812982 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1003  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  28.93 
 
 
303 aa  72  0.00000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.82421  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3305  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  27.23 
 
 
318 aa  71.6  0.00000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>