More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_0644 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_0644  RNA-binding S4 domain-containing protein  100 
 
 		 327 aa  648    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4321  RNA-binding S4 domain protein  66.8 
 
 		 577 aa  347  2e-94  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0568238  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4170  RNA-binding S4 domain protein  68.27 
 
 		 674 aa  344  8.999999999999999e-94  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3861  RNA-binding S4 domain-containing protein  68.27 
 
 		 669 aa  344  1e-93  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.227341 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0069  RNA-binding S4 domain-containing protein  64.34 
 
 		 601 aa  334  1e-90  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.394363  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6591  RNA-binding S4 domain protein  68.91 
 
 		 576 aa  330  3e-89  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.351846  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3036  RNA-binding S4 domain-containing protein  67.52 
 
 		 576 aa  328  9e-89  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.246075  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2790  RNA pseudouridine synthase  57.19 
 
 		 322 aa  326  3e-88  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.525633  normal  0.683012 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1356  RNA-binding S4 domain protein  65.96 
 
 		 736 aa  324  1e-87  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.284872  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0206  RNA pseudouridylate synthase family protein  66.95 
 
 		 598 aa  323  2e-87  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1273  pseudouridine synthase Rsu  61.57 
 
 		 795 aa  322  5e-87  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.897048 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0185  RNA pseudouridylate synthase family protein  66.52 
 
 		 598 aa  322  6e-87  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0907  pseudouridine synthase Rsu  63.83 
 
 		 743 aa  322  6e-87  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6055  RNA-binding S4 domain-containing protein  62.3 
 
 		 609 aa  320  9.999999999999999e-87  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.228541  normal  0.392617 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2550  pseudouridine synthase, Rsu  62.55 
 
 		 680 aa  319  3.9999999999999996e-86  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0219746  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1701  putative pseudouridine synthase, Rsu  64.68 
 
 		 690 aa  318  6e-86  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.305016  normal  0.35374 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0910  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  64.17 
 
 		 704 aa  317  2e-85  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.237604  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3171  pseudouridine synthase, Rsu  58.37 
 
 		 687 aa  315  6e-85  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.601748  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0477  RNA-binding S4 domain protein  66.09 
 
 		 689 aa  315  7e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.53583  normal  0.544761 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0416  pseudouridine synthase  64.66 
 
 		 576 aa  315  9e-85  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.561279 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0522  RNA-binding S4 domain protein  65.67 
 
 		 698 aa  313  1.9999999999999998e-84  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.575781 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1210  RNA pseudouridine synthase  63.68 
 
 		 499 aa  313  2.9999999999999996e-84  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.125933  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2874  RNA-binding S4 domain protein  64.41 
 
 		 676 aa  313  2.9999999999999996e-84  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0536834 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0618  pseudouridine synthase, Rsu  55.71 
 
 		 372 aa  312  5.999999999999999e-84  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.0879771 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2231  RNA-binding S4 domain-containing protein  54.91 
 
 		 466 aa  311  6.999999999999999e-84  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.00234161  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3094  RNA-binding S4 domain-containing protein  64.38 
 
 		 620 aa  311  1e-83  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.703122 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1171  pseudouridine synthase Rsu  60.61 
 
 		 784 aa  311  1e-83  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.312711 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2266  pseudouridine synthase  57.48 
 
 		 508 aa  309  4e-83  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0326251  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2376  RNA-binding S4 domain-containing protein  64.26 
 
 		 528 aa  309  5e-83  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  decreased coverage  0.000179936  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0940  RNA-binding S4 domain-containing protein  57.48 
 
 		 489 aa  309  5e-83  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.811015  normal  0.643203 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0428  pseudouridine synthase, Rsu  62.39 
 
 		 466 aa  298  6e-80  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0652  pseudouridine synthase, Rsu  57.48 
 
 		 293 aa  297  1e-79  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0843984  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1217  pseudouridine synthase, Rsu  54.84 
 
 		 296 aa  296  2e-79  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.970304 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1927  pseudouridine synthase, Rsu  51.48 
 
 		 422 aa  296  3e-79  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.975227  normal  0.86306 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4639  RNA-binding S4 domain-containing protein  57.2 
 
 		 501 aa  293  3e-78  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4142  RNA-binding S4 domain-containing protein  55.92 
 
 		 457 aa  285  7e-76  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.101102 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1478  RNA-binding S4 domain-containing protein  59.15 
 
 		 247 aa  280  2e-74  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.367389  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2009  RNA-binding S4 domain protein  57.08 
 
 		 264 aa  276  4e-73  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.113163  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2705  pseudouridine synthase  52.84 
 
 		 286 aa  259  5.0000000000000005e-68  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0707065  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1297  pseudouridine synthase, Rsu  51.24 
 
 		 270 aa  249  4e-65  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.445377  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1058  pseudouridine synthase, Rsu  48.41 
 
 		 285 aa  239  5e-62  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.042394  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4141  pseudouridine synthase  36.36 
 
 		 554 aa  174  2.9999999999999996e-42  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.244372  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1038  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.09 
 
 		 332 aa  171  2e-41  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.716965 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1493  pseudouridine synthase  37.7 
 
 		 426 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.797477  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0581  pseudouridine synthase  38.8 
 
 		 278 aa  164  2.0000000000000002e-39  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.826332  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1217  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.15 
 
 		 258 aa  163  4.0000000000000004e-39  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000897909  hitchhiker  0.000000206079 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3519  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  44.75 
 
 		 355 aa  160  2e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2070  pseudouridine synthase  42.27 
 
 		 271 aa  161  2e-38  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0652133  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2309  23S rRNA pseudouridylate synthase B  41.42 
 
 		 344 aa  159  8e-38  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0689  pseudouridine synthase  38.72 
 
 		 253 aa  159  9e-38  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23110  hypothetical protein  40.08 
 
 		 386 aa  159  9e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000760883 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3394  RNA-binding S4 domain-containing protein  39.53 
 
 		 300 aa  158  1e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.0000000468714  normal  0.359184 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2873  pseudouridine synthase  42.59 
 
 		 736 aa  158  1e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2728  pseudouridine synthase  40.99 
 
 		 274 aa  158  1e-37  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2505  pseudouridine synthase  41.26 
 
 		 239 aa  157  2e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000824724  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2039  23S rRNA pseudouridylate synthase B  41.42 
 
 		 344 aa  157  2e-37  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1301  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.09 
 
 		 236 aa  157  3e-37  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3411  pseudouridine synthase  39.65 
 
 		 255 aa  157  3e-37  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1228  pseudouridine synthase, Rsu  40.73 
 
 		 317 aa  156  6e-37  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000379641  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0328  pseudouridine synthase  42.01 
 
 		 567 aa  155  6e-37  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.106742 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1841  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.47 
 
 		 385 aa  155  7e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1951  hypothetical protein  39.31 
 
 		 386 aa  155  8e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0106658  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1089  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.7 
 
 		 290 aa  155  8e-37  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.164298  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15730  Pseudouridine synthase  41.22 
 
 		 382 aa  155  9e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011678  PHATRDRAFT_20893  predicted protein  35.77 
 
 		 331 aa  155  9e-37  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.775902  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2001  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.86 
 
 		 686 aa  154  2e-36  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.850732  normal  0.19762 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1437  pseudouridine synthase, Rsu  39.55 
 
 		 290 aa  154  2e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.204063  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1063  pseudouridine synthase  40.99 
 
 		 293 aa  154  2e-36  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1928  23S rRNA pseudouridylate synthase B  42.34 
 
 		 318 aa  154  2e-36  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.521525  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1691  pseudouridine synthase  41.44 
 
 		 288 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.58425  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2907  pseudouridine synthase  41.89 
 
 		 287 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.191084  normal  0.0790045 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1648  pseudouridine synthase  42.34 
 
 		 290 aa  152  5.9999999999999996e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000180778  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1867  pseudouridine synthase  37.25 
 
 		 527 aa  152  5.9999999999999996e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.919575  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1793  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  37.59 
 
 		 292 aa  152  7e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1470  RNA-binding S4 domain protein  37.59 
 
 		 292 aa  152  7e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.177762  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2996  pseudouridine synthase, Rsu  39.3 
 
 		 621 aa  152  8e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.772965  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1401  pseudouridine synthase  38.46 
 
 		 250 aa  152  1e-35  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.288863  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2246  pseudouridine synthase  40.99 
 
 		 293 aa  151  1e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0041999 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2662  23S rRNA pseudouridylate synthase B  42.08 
 
 		 299 aa  152  1e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.783064  hitchhiker  0.000000512691 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1669  RNA-binding S4 domain protein  40.54 
 
 		 291 aa  150  2e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00289659  hitchhiker  0.000456402 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2696  pseudouridine synthase  40.54 
 
 		 291 aa  150  2e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.764496  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1292  pseudouridine synthase  41.41 
 
 		 251 aa  150  2e-35  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2436  pseudouridine synthase, Rsu  37.04 
 
 		 290 aa  151  2e-35  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1493  23S rRNA pseudouridylate synthase B  43.32 
 
 		 290 aa  151  2e-35  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2398  pseudouridine synthase  40.54 
 
 		 291 aa  150  2e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0731299  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1492  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  34.93 
 
 		 405 aa  150  3e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0450106  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1162  RNA-binding S4 domain-containing protein  41.4 
 
 		 328 aa  150  3e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02283  pseudouridine synthase (makes pseudouridine2605 in 23 S RNA)  40.54 
 
 		 298 aa  149  4e-35  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.268189  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0743  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.33 
 
 		 325 aa  150  4e-35  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.405122  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0984  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.18 
 
 		 244 aa  150  4e-35  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1172  pseudouridine synthase  37.5 
 
 		 266 aa  149  5e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.8005300000000004e-32 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2717  pseudouridine synthase  40.09 
 
 		 291 aa  149  5e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.374808  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2796  RNA-binding S4 domain-containing protein  40.09 
 
 		 291 aa  149  5e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.479983  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1957  RNA-binding S4 domain-containing protein  35.26 
 
 		 345 aa  149  7e-35  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1855  pseudouridine synthase, Rsu  38.39 
 
 		 315 aa  149  7e-35  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1230  pseudouridine synthase  39.91 
 
 		 587 aa  149  7e-35  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0560095  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2380  pseudouridine synthase  42.86 
 
 		 291 aa  149  8e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.227728  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01255  hypothetical protein  42.86 
 
 		 291 aa  149  8e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1467  23S rRNA pseudouridylate synthase B  42.86 
 
 		 290 aa  149  8e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2010  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.44 
 
 		 268 aa  149  8e-35  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.154184  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>