More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_0563 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009719  Plav_0563  cytochrome c oxidase subunit II  100 
 
 
394 aa  793    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2313  cytochrome c oxidase, subunit II  51.28 
 
 
244 aa  224  2e-57  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.210732  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3668  cytochrome-c oxidase  41.29 
 
 
378 aa  209  7e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.253259  normal  0.882679 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3849  cytochrome c oxidase, subunit II  50.45 
 
 
235 aa  182  1e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.26025  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2266  cytochrome c, monohaem  40.43 
 
 
336 aa  170  4e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.380948  normal  0.0167103 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3098  QoxB, quinol oxidase subunit II  46.98 
 
 
261 aa  167  2.9999999999999998e-40  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0156  cytochrome c oxidase, subunit II  46.79 
 
 
232 aa  165  2.0000000000000002e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01475  chain II protein of putative cytochrome c oxidase  39.25 
 
 
234 aa  152  7e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3825  cytochrome c oxidase, subunit II  44.56 
 
 
189 aa  140  3.9999999999999997e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.495822 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1767  cytochrome c oxidase, subunit II  34.63 
 
 
352 aa  135  9.999999999999999e-31  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.204958  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5244  cytochrome c oxidase, subunit II  35.32 
 
 
326 aa  124  4e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0788277  normal  0.868201 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11170  cytochrome o ubiquinol oxidase, subunit II  40.76 
 
 
315 aa  121  3e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.761021  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1449  cytochrome c oxidase, subunit II  31.25 
 
 
346 aa  121  3e-26  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.015711 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2792  cytochrome c oxidase, subunit II  33.33 
 
 
330 aa  119  9.999999999999999e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.625738  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4760  cytochrome c oxidase subunit II  31.56 
 
 
327 aa  116  6e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.723293  normal  0.0836993 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0096  cytochrome c oxidase, subunit II  33.04 
 
 
334 aa  112  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.296292  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1705  cytochrome c, monohaem  35.81 
 
 
324 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.829367  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2026  cytochrome c oxidase, subunit II  32.68 
 
 
346 aa  112  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000905775 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2347  cytochrome c oxidase, subunit II  36.41 
 
 
334 aa  109  7.000000000000001e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2183  putative cytochrome c oxidase polypeptide II precursor  32.48 
 
 
338 aa  108  1e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0732382 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6354  cytochrome c oxidase subunit II  31.53 
 
 
334 aa  108  2e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2263  cytochrome c oxidase, subunit II  34.44 
 
 
367 aa  107  4e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0175262  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1993  cytochrome c oxidase, subunit II  36.63 
 
 
314 aa  107  5e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0975891  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0079  putative cytochrome c oxidase subunit II  29.57 
 
 
342 aa  107  5e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.917681  hitchhiker  0.00234837 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2991  cytochrome c oxidase, subunit II  35.48 
 
 
338 aa  106  8e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.336386  normal  0.0255364 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0118  cytochrome c oxidase, subunit IIC  32.2 
 
 
324 aa  102  1e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.134505  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0945  cytochrome oxidase subunit II  32.66 
 
 
372 aa  101  2e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.891376  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3558  cytochrome c oxidase subunit II  34.42 
 
 
370 aa  102  2e-20  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.22857 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1754  cytochrome c, monohaem  32.52 
 
 
324 aa  101  3e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0697  cytochrome c oxidase, subunit II  43.64 
 
 
322 aa  99.8  7e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0771  cytochrome c oxidase, subunit II  32.5 
 
 
381 aa  99.8  7e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0315373  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0783  cytochrome c oxidase, subunit II  32.16 
 
 
372 aa  99.8  8e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6572  cytochrome c, monohaem  32.99 
 
 
352 aa  99  1e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.381109  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6539  cytochrome c, monohaem  33 
 
 
434 aa  96.7  6e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.537411  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5009  ubiquinol oxidase, subunit II  31.58 
 
 
299 aa  96.7  7e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.348819  normal  0.0229485 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4792  cytochrome c oxidase, subunit II  34.42 
 
 
354 aa  95.5  1e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0280165  normal  0.517537 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6286  cytochrome c oxidase, subunit II  32.5 
 
 
352 aa  95.9  1e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.257472  normal  0.0263748 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1292  cytochrome c oxidase, subunit II  33.5 
 
 
354 aa  95.9  1e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.493898  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3968  ubiquinol oxidase, subunit II  31.36 
 
 
300 aa  95.1  2e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.44494  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5826  cytochrome c oxidase, subunit II  32.62 
 
 
330 aa  94.7  3e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1637  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit II  30.67 
 
 
297 aa  92.4  1e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.140878  normal  0.091392 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0167  putative cytochrome c oxidase subunit II  31.6 
 
 
371 aa  92.4  1e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.26265  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6146  cytochrome c oxidase, subunit II  33.17 
 
 
353 aa  92  1e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.870856  normal  0.304247 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5502  cytochrome c oxidase, subunit II  33.67 
 
 
370 aa  91.7  2e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.535121  normal  0.0572426 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0104  cytochrome c oxidase subunit II  26.36 
 
 
359 aa  89  1e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.100023  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6006  ubiquinol oxidase, subunit II  29.79 
 
 
295 aa  89.4  1e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2071  ubiquinol oxidase, subunit II  29.79 
 
 
295 aa  89.4  1e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.741779  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3892  cytochrome c oxidase subunit II  30 
 
 
345 aa  88.6  2e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.740774  normal  0.178097 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1209  ubiquinol oxidase, subunit II  29.87 
 
 
295 aa  88.6  2e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0864701  normal  0.353676 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2090  ubiquinol oxidase, subunit II  30.18 
 
 
281 aa  87.8  3e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.158358  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0993  ubiquinol oxidase, subunit II  30.58 
 
 
300 aa  87.8  3e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.616609  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2716  ubiquinol oxidase, subunit II  30.58 
 
 
330 aa  87.8  3e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0194  ubiquinol oxidase, subunit II  30.58 
 
 
300 aa  87.4  4e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1369  ubiquinol oxidase, subunit II  30.58 
 
 
300 aa  87.4  4e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2572  ubiquinol oxidase, subunit II  30.58 
 
 
330 aa  87  5e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0225  ubiquinol oxidase, subunit II  30.83 
 
 
295 aa  87  6e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3540  cytochrome c oxidase, subunit II  30.94 
 
 
311 aa  87  6e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1566  ubiquinol oxidase, subunit II  30.83 
 
 
295 aa  87  6e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1015  cytochrome c oxidase subunit II  27.31 
 
 
314 aa  86.7  7e-16  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0476756  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0446  cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane region  43.3 
 
 
324 aa  86.7  7e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.112901 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2072  cytochrome c oxidase, subunit II  31.51 
 
 
425 aa  86.7  7e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.54281 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5491  cytochrome c oxidase, subunit II  30.95 
 
 
355 aa  86.7  7e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.31459  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3649  ubiquinol oxidase, subunit II  32.13 
 
 
299 aa  86.3  8e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5376  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit II  29.65 
 
 
283 aa  85.9  0.000000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.59456 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2714  ubiquinol oxidase, subunit II  31.08 
 
 
296 aa  85.9  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.218735  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2880  ubiquinol oxidase, subunit II  31.08 
 
 
282 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3163  ubiquinol oxidase, subunit II  25.75 
 
 
320 aa  85.1  0.000000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000193741 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0603  ubiquinol oxidase, subunit II  31.08 
 
 
296 aa  85.5  0.000000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1954  cytochrome c oxidase, subunit II  26.02 
 
 
290 aa  85.1  0.000000000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000330547 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2833  ubiquinol oxidase polypeptide II precursor  31.08 
 
 
296 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2772  ubiquinol oxidase, subunit II  31.08 
 
 
296 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1722  ubiquinol oxidase, subunit II  31.08 
 
 
282 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.243968  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1788  ubiquinol oxidase, subunit II  30.71 
 
 
377 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0548313  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0229  cytochrome c oxidase, subunit II  28.8 
 
 
316 aa  85.1  0.000000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0502681  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2410  ubiquinol oxidase, subunit II  31.08 
 
 
282 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0046  cytochrome c oxidase, subunit II  39.09 
 
 
301 aa  84.3  0.000000000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0956  cytochrome c oxidase, subunit II  29.51 
 
 
280 aa  84.3  0.000000000000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.137087 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3379  cytochrome c oxidase, subunit II  33.78 
 
 
318 aa  84  0.000000000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2814  ubiquinol oxidase, subunit II  26.03 
 
 
340 aa  83.6  0.000000000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2217  cytochrome c oxidase, subunit II  28.93 
 
 
290 aa  83.2  0.000000000000007  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.120292  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4600  cytochrome aa3 quinol oxidase, subunit II  29.17 
 
 
291 aa  83.2  0.000000000000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00365456  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0830  cytochrome aa3 quinol oxidase, subunit II  29.17 
 
 
291 aa  82.8  0.000000000000009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0772  quinol oxidase, subunit II  29.17 
 
 
291 aa  82.8  0.000000000000009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.100003  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0669  quinol oxidase subunit II  29.17 
 
 
291 aa  82.8  0.000000000000009  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0613  quinol oxidase, subunit 2 (cytochrome c oxidase, subunit II)  29.17 
 
 
291 aa  82.8  0.000000000000009  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0614  quinol oxidase, subunit 2 (cytochrome c oxidase, subunit II)  29.17 
 
 
291 aa  82.8  0.000000000000009  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0703  quinol oxidase subunit II  29.17 
 
 
291 aa  82.8  0.000000000000009  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3078  cytochrome c oxidase, subunit II  30.82 
 
 
260 aa  82  0.00000000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000302907  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0737  cytochrome aa3 quinol oxidase, subunit II  29.17 
 
 
291 aa  82.8  0.00000000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0350513  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0758  cytochrome aa3 quinol oxidase, subunit II  29.17 
 
 
291 aa  82.8  0.00000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000573305 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0628  cytochrome c oxidase, subunit II  25.61 
 
 
351 aa  82  0.00000000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.197881 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3150  cytochrome c oxidase, subunit II  28.29 
 
 
340 aa  81.6  0.00000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0460  cytochrome c oxidase, subunit II  28.57 
 
 
353 aa  81.6  0.00000000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.354816  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0479  ubiquinol oxidase, subunit II  31.28 
 
 
295 aa  82  0.00000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.607947  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1290  ubiquinol oxidase, subunit II  27.11 
 
 
308 aa  81.3  0.00000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1325  cytochrome o ubiquinol oxidase, subunit II  26.58 
 
 
313 aa  80.9  0.00000000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2706  cytochrome c oxidase, subunit II  36.04 
 
 
389 aa  80.9  0.00000000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.363999 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3958  cytochrome c oxidase, subunit II  35.34 
 
 
336 aa  80.5  0.00000000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2082  cytochrome c oxidase, subunit II  28.23 
 
 
289 aa  80.5  0.00000000000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0045  cytochrome c oxidase, subunit II  31.33 
 
 
300 aa  80.5  0.00000000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00101143 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>