193 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_0552 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009719  Plav_0552  AsmA family protein  100 
 
 
677 aa  1343    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.259696  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1851  AsmA family protein  34.62 
 
 
709 aa  327  4.0000000000000003e-88  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.997541 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2948  AsmA family protein  29.15 
 
 
712 aa  237  6e-61  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.50394  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3103  AsmA family protein  29.45 
 
 
675 aa  222  9.999999999999999e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.596916  normal  0.117573 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2614  AsmA family protein  27.29 
 
 
606 aa  213  1e-53  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.745873  normal  0.322867 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2566  asmA protein  27.11 
 
 
606 aa  212  2e-53  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3609  AsmA  25.82 
 
 
640 aa  211  5e-53  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0716  AsmA family protein  28.73 
 
 
660 aa  210  9e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.194292 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2006  hypothetical protein  28.63 
 
 
660 aa  209  2e-52  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0368531  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2209  AsmA family protein  27.56 
 
 
606 aa  204  5e-51  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1887  AsmA protein  27.68 
 
 
604 aa  202  1.9999999999999998e-50  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.510755  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0892  AsmA  27.62 
 
 
655 aa  201  5e-50  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1985  AsmA family protein  26.78 
 
 
611 aa  199  1.0000000000000001e-49  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0885974  normal  0.0733894 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2331  AsmA family protein  27.37 
 
 
607 aa  196  9e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00854787  hitchhiker  0.00634925 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1773  AsmA family protein  27.3 
 
 
608 aa  194  3e-48  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000090206  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1993  AsmA family protein  27.37 
 
 
607 aa  194  4e-48  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2116  AsmA family protein  25.63 
 
 
614 aa  193  8e-48  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.738267  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1009  hypothetical protein  24.64 
 
 
656 aa  193  9e-48  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.526606 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2056  AsmA family protein  27.06 
 
 
607 aa  192  1e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.399142  hitchhiker  0.00088344 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2694  AsmA family protein  25.94 
 
 
699 aa  191  5e-47  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.264  normal  0.390099 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2164  AsmA family protein  26.63 
 
 
606 aa  190  7e-47  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0565997  normal  0.411123 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2241  AsmA family protein  26.63 
 
 
606 aa  190  8e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.104222  normal  0.355768 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0560  putative AsmA-like protein  31.46 
 
 
705 aa  189  2e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.748944 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2008  AsmA family protein  27.69 
 
 
607 aa  186  8e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0960641  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2483  AsmA family protein  25.76 
 
 
742 aa  186  1.0000000000000001e-45  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1245  AsmA  24.46 
 
 
643 aa  183  7e-45  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.350704  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3033  hypothetical protein  29.9 
 
 
649 aa  181  2.9999999999999997e-44  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0689945  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5162  AsmA family protein  33.23 
 
 
602 aa  174  3.9999999999999995e-42  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.63495  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1004  AsmA  33.58 
 
 
649 aa  174  5e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.478001  normal  0.298922 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6831  putative asmA protein, assembly of outer membrane proteins  24.34 
 
 
645 aa  172  2e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0946528  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1140  AsmA family protein  24.5 
 
 
732 aa  166  1.0000000000000001e-39  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.999799  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02923  hypothetical protein  23.73 
 
 
695 aa  165  2.0000000000000002e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1332  AsmA family protein  25.12 
 
 
696 aa  165  3e-39  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.176392  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1457  AsmA  22.99 
 
 
654 aa  161  4e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1016  AsmA  24.96 
 
 
656 aa  161  4e-38  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.620407  normal  0.697565 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0557  asmA protein  24.51 
 
 
703 aa  159  1e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00432882  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1019  outer membrane protein assembly protein AsmA  25.08 
 
 
640 aa  159  2e-37  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4636  AsmA family protein  22.53 
 
 
648 aa  159  2e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.86579  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5009  AsmA family protein  29.33 
 
 
1013 aa  159  2e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0536968 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1433  AsmA  23.41 
 
 
655 aa  157  5.0000000000000005e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2409  AsmA family protein  32.21 
 
 
612 aa  150  7e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.278474  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2372  AsmA protein  31.25 
 
 
606 aa  150  7e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00905663  normal  0.0519979 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2265  hypothetical protein  31.9 
 
 
812 aa  149  2.0000000000000003e-34  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2526  AsmA  29.41 
 
 
893 aa  140  7e-32  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2229  putative outer membrane assembly protein  24.01 
 
 
719 aa  137  6.0000000000000005e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.87964  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3762  AsmA family protein  23.62 
 
 
654 aa  137  8e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0651  AsmA  24.12 
 
 
646 aa  133  9e-30  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.639423 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3951  AsmA  21.83 
 
 
649 aa  130  6e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.552842  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0110  AsmA family protein  25.07 
 
 
704 aa  129  2.0000000000000002e-28  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2024  AsmA  29.32 
 
 
614 aa  126  1e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000524921  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002984  AsmA protein  29.29 
 
 
695 aa  124  4e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3365  AsmA family protein  23.03 
 
 
655 aa  124  8e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.590521 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1852  AsmA family protein  28.74 
 
 
797 aa  123  9.999999999999999e-27  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2863  AsmA family protein  26.29 
 
 
711 aa  122  3e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5883  hypothetical protein  22.37 
 
 
750 aa  120  7.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67975  hypothetical protein  22.19 
 
 
750 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.302933  normal  0.0556453 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0754  AsmA family protein  22.98 
 
 
745 aa  118  3e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0826  AsmA family protein  23.09 
 
 
651 aa  113  1.0000000000000001e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4258  AsmA family protein  23.09 
 
 
741 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000475178 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4921  AsmA family protein  23.15 
 
 
747 aa  111  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00010257 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0590  uncharacterized protein involved in outer membrane biogenesis  28.78 
 
 
826 aa  111  5e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1028  hypothetical protein  24.23 
 
 
725 aa  106  1e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.632611  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2254  hypothetical protein  23.87 
 
 
632 aa  105  2e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.134961  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3300  AsmA family protein  22.13 
 
 
642 aa  105  2e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0102048 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5341  hypothetical protein  22.27 
 
 
741 aa  105  3e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1953  AsmA family protein  25.74 
 
 
682 aa  102  3e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.279291  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0919  hypothetical protein  25.13 
 
 
611 aa  101  6e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0312  AsmA family protein  23.41 
 
 
748 aa  99.4  2e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0307  AsmA family protein  23.67 
 
 
748 aa  99  3e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0304017 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0287  AsmA family protein  23.45 
 
 
748 aa  98.6  4e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000233767 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4900  AsmA  21.89 
 
 
741 aa  98.2  5e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0379  AsmA family protein  23.26 
 
 
630 aa  98.2  5e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0432846  hitchhiker  0.00179462 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0411  AsmA family protein  23.55 
 
 
630 aa  98.2  5e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0513288  hitchhiker  0.0000211549 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3055  AsmA family protein  22.19 
 
 
657 aa  95.5  3e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.655109  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1181  AsmA  20.75 
 
 
667 aa  95.1  3e-18  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.256758  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1327  hypothetical protein  24.32 
 
 
599 aa  93.6  1e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.158025  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04540  hypothetical protein  24.02 
 
 
748 aa  89  2e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2209  AsmA  28.7 
 
 
1077 aa  88.2  5e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4106  AsmA family protein  21.98 
 
 
669 aa  87.4  8e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.850545  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3175  AsmA family protein  23.46 
 
 
741 aa  87  9e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0314  AsmA family protein  25.43 
 
 
608 aa  86.3  0.000000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.39732  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2769  AsmA family protein  35.23 
 
 
587 aa  85.1  0.000000000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.961536  normal  0.388317 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2443  AsmA family protein  30.27 
 
 
1146 aa  84  0.000000000000009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.59764  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1004  AsmA family protein  25.82 
 
 
502 aa  83.6  0.00000000000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000644102  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1134  ASMA  25.82 
 
 
508 aa  83.6  0.00000000000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.038364  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0711  AsmA family protein  28.18 
 
 
609 aa  83.2  0.00000000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3042  AsmA family protein  23.09 
 
 
634 aa  82.4  0.00000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.659116  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2451  putative assembly protein  21.16 
 
 
618 aa  80.9  0.00000000000007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1137  AsmA family protein  32.59 
 
 
265 aa  80.9  0.00000000000007  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.0909358 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2550  putative assembly protein  21.16 
 
 
618 aa  80.9  0.00000000000007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.208031  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3193  putative assembly protein  21.16 
 
 
618 aa  80.9  0.00000000000007  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.182103  normal  0.0103225 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0491  AsmA family protein  30.23 
 
 
818 aa  79.7  0.0000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00487855 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0321  AsmA  29.28 
 
 
740 aa  79.3  0.0000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.188121  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2162  AsmA family protein  23.11 
 
 
701 aa  78.6  0.0000000000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.152966  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0883  AsmA  21.31 
 
 
664 aa  77.8  0.0000000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.444148 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0159  AsmA family protein  25.86 
 
 
794 aa  77  0.000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4261  AsmA family protein  21.79 
 
 
669 aa  76.3  0.000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.545183  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2682  AsmA family protein  35.46 
 
 
895 aa  75.9  0.000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.397979  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1769  AsmA family protein  23.4 
 
 
1278 aa  74.7  0.000000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0167  AsmA  22.22 
 
 
603 aa  74.7  0.000000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>