More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_0421 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008254  Meso_2472  choline/carnitine/betaine transporter  51.78 
 
 
667 aa  649  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2364  choline/carnitine/betaine transporter  51.53 
 
 
685 aa  647  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1546  choline/carnitine/betaine transporter  55.4 
 
 
658 aa  673  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0764  transporter, BCCT family  53.3 
 
 
667 aa  662  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.846408  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1301  BCCT family betaine/choline/carnitine/glycine transporter  50.31 
 
 
682 aa  636  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1441  choline/carnitine/betaine transporter  56.46 
 
 
658 aa  682  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3164  choline/carnitine/betaine transporter  54.32 
 
 
660 aa  672  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1909  choline/carnitine/betaine transport  51.2 
 
 
660 aa  665  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.30039  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4403  choline/carnitine/betaine transporter  55.5 
 
 
659 aa  690  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1362  choline/carnitine/betaine transport  54.15 
 
 
673 aa  654  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000623924  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2804  choline/carnitine/betaine transporter  55.56 
 
 
658 aa  678  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2619  choline/carnitine/betaine transporter  55.38 
 
 
658 aa  665  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  9.08403e-05  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0293  choline/carnitine/betaine transporter  51.02 
 
 
637 aa  666  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0308209  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69850  putative choline transporter  55.72 
 
 
661 aa  705  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.545233 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04111  hypothetical protein  53.15 
 
 
667 aa  661  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2719  choline/carnitine/betaine transporter  55.23 
 
 
658 aa  668  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1175  choline/carnitine/betaine transport  56.24 
 
 
658 aa  669  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0833615  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4866  choline/carnitine/betaine transporter  55.35 
 
 
659 aa  687  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0140106 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2552  choline/carnitine/betaine transporter  55.23 
 
 
658 aa  669  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000125111  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0154  choline/carnitine/betaine transporter  52.11 
 
 
682 aa  663  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6064  putative choline transporter  55.72 
 
 
661 aa  698  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0421  choline/carnitine/betaine transporter  100 
 
 
661 aa  1322  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.45567  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3957  choline/carnitine/betaine transporter family protein  55.19 
 
 
657 aa  712  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0148602  normal  0.612846 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1505  choline/carnitine/betaine transporter  55.19 
 
 
668 aa  682  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01813  Choline-glycine betaine transporter  49.77 
 
 
656 aa  636  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000594064  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4850  BCCT family transporter  53.15 
 
 
667 aa  661  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2741  choline/carnitine/betaine transporter  53.89 
 
 
661 aa  669  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1805  choline/carnitine/betaine transporter  53.44 
 
 
664 aa  655  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.376035  hitchhiker  0.00814736 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1576  choline/carnitine/betaine transporter  55.56 
 
 
658 aa  678  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.823699 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04148  secondary glycine betaine transporter BetU  53.15 
 
 
667 aa  661  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1542  choline/carnitine/betaine transporter  55.56 
 
 
658 aa  678  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.869304  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1337  choline/carnitine/betaine transport  50.39 
 
 
687 aa  623  1e-177  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01511  putative high-affinity choline transport protein  51.09 
 
 
676 aa  624  1e-177  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0240  choline/carnitine/betaine transporter  49.14 
 
 
662 aa  603  1e-171  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.167365  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1077  choline/carnitine/betaine transport  49.85 
 
 
682 aa  604  1e-171  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.892042  normal  0.109945 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1610  hypothetical protein  45.36 
 
 
646 aa  598  1e-169  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  0.00096761  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0224  high-affinity choline transport protein  45.3 
 
 
644 aa  583  1e-165  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1174  choline transporter  44.95 
 
 
671 aa  575  1e-163  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12990  choline transporter  45.4 
 
 
653 aa  578  1e-163  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.283179 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5310  choline/carnitine/betaine transporter  46.01 
 
 
698 aa  560  1e-158  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.910175  normal  0.618905 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2645  choline transport protein BetT  44.71 
 
 
684 aa  558  1e-157  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00290709  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3360  choline/carnitine/betaine transporter  46.22 
 
 
676 aa  548  1e-154  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0225578  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4430  choline/carnitine/betaine transporter  46.32 
 
 
691 aa  548  1e-154  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1512  choline transport protein BetT  44.66 
 
 
679 aa  545  1e-153  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0971262  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1109  choline/carnitine/betaine transporter  46.37 
 
 
676 aa  545  1e-153  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.507446  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1874  BCCT transporter  46.82 
 
 
676 aa  542  1e-153  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0838618  normal  0.235512 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4045  choline/carnitine/betaine transporter  45.98 
 
 
673 aa  545  1e-153  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.158094  normal  0.57128 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0345  choline transport protein BetT  42.81 
 
 
677 aa  542  1e-153  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00273  hypothetical protein  42.81 
 
 
677 aa  542  1e-152  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0331  choline transport protein BetT  42.81 
 
 
677 aa  542  1e-152  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3292  choline/carnitine/betaine transporter  42.81 
 
 
677 aa  542  1e-152  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00270  choline transporter of high affinity  42.81 
 
 
677 aa  542  1e-152  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3309  choline transport protein BetT  42.81 
 
 
677 aa  542  1e-152  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0373  choline transport protein BetT  42.81 
 
 
677 aa  542  1e-152  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.834443  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0247  BCCT transporter  43.03 
 
 
666 aa  541  1e-152  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.442957  normal  0.516419 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0376  choline transport protein BetT  42.81 
 
 
677 aa  542  1e-152  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.0597337 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5269  choline transporter  42.02 
 
 
664 aa  541  1e-152  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1364  BCCT family transporter  44.94 
 
 
676 aa  536  1e-151  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0234  BCCT family transporter  44.94 
 
 
716 aa  537  1e-151  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0407  BCCT family transporter  44.94 
 
 
716 aa  537  1e-151  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4827  BCCT transporter  41.59 
 
 
664 aa  538  1e-151  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.767861 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1859  BCCT family transporter  44.94 
 
 
676 aa  536  1e-151  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0971  choline/carnitine/betaine transporter  44.94 
 
 
676 aa  536  1e-151  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.745252  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4210  choline/carnitine/betaine transport  46.22 
 
 
676 aa  534  1e-150  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.157306  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4156  choline/carnitine/betaine transporter  46.22 
 
 
676 aa  534  1e-150  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.87836  normal  0.0109397 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0328  choline/carnitine/betaine transporter  44.79 
 
 
676 aa  535  1e-150  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.140196  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1774  BCCT family transporter  44.79 
 
 
676 aa  535  1e-150  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0841224  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2603  choline transport protein BetT  44.86 
 
 
685 aa  530  1e-149  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.158704 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3745  choline/carnitine/betaine transporter  42.69 
 
 
724 aa  528  1e-148  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23270  choline/carnitine/betaine transport  42.3 
 
 
695 aa  525  1e-148  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0746939  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2557  choline transport protein BetT  42.41 
 
 
677 aa  523  1e-147  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.592172  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4280  choline/carnitine/betaine transporter  42.42 
 
 
720 aa  520  1e-146  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.692689  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0875  choline/carnitine/betaine transport  39.74 
 
 
681 aa  520  1e-146  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0727  BCCT family choline/carnitine/betaine transporter  38.71 
 
 
681 aa  521  1e-146  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3496  choline/carnitine/betaine transporter  42.3 
 
 
724 aa  521  1e-146  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.81429 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2828  choline transport protein BetT  42.41 
 
 
682 aa  516  1e-145  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2299  choline/carnitine/betaine transporter  43.23 
 
 
659 aa  518  1e-145  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.944514  normal  0.189875 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3305  choline/carnitine/betaine transport  52.73 
 
 
545 aa  516  1e-145  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2914  choline transport protein BetT  42.26 
 
 
682 aa  516  1e-145  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.929761  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0244  choline/carnitine/betaine transporter  42.46 
 
 
667 aa  516  1e-145  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.300044  normal  0.585828 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0253  choline/carnitine/betaine transporter  42.31 
 
 
667 aa  514  1e-144  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.984352  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4983  choline/carnitine/betaine transporter  42.86 
 
 
665 aa  514  1e-144  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.684113  normal  0.911624 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0223  choline transport protein BetT  42.1 
 
 
686 aa  512  1e-143  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0229  choline/carnitine/betaine transporter  43.03 
 
 
653 aa  512  1e-143  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00896074 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5112  choline/carnitine/betaine transporter  40.99 
 
 
667 aa  504  1e-141  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.181568  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3308  choline/carnitine/betaine transporter  44.5 
 
 
698 aa  502  1e-141  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.634741 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5061  choline/carnitine/betaine transporter  41.11 
 
 
667 aa  504  1e-141  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.536897  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0404  choline/carnitine/betaine transporter  40.99 
 
 
667 aa  503  1e-141  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.766464 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4934  choline/carnitine/betaine transporter  40.72 
 
 
667 aa  502  1e-140  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.205263  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4819  choline/carnitine/betaine transporter  50.57 
 
 
538 aa  499  1e-140  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0648582  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5241  BCCT transporter  40.43 
 
 
665 aa  493  1e-138  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.151008  normal  0.0666066 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2792  choline/carnitine/betaine transporter  40.69 
 
 
711 aa  485  1e-135  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0174  choline/carnitine/betaine transporter  51.35 
 
 
541 aa  483  1e-135  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.525828  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1888  choline/carnitine/betaine transporter  46.8 
 
 
606 aa  476  1e-133  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.541906  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0845  choline/carnitine/betaine transport  47.18 
 
 
551 aa  472  1e-132  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.626779  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0077  choline/carnitine/betaine transporter  53.94 
 
 
546 aa  472  1e-131  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4042  choline/carnitine/betaine transporter  46.5 
 
 
526 aa  472  1e-131  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0877  choline/carnitine/betaine transporter  48.57 
 
 
542 aa  470  1e-131  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.359976  hitchhiker  1.08541e-06 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0734  choline/carnitine/betaine transporter  58.16 
 
 
426 aa  464  1e-129  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.797641  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4027  BCCT family transporter  49.9 
 
 
530 aa  464  1e-129  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>