More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_0388 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009719  Plav_0388  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 
249 aa  494  1e-139  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.190078  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3897  regulatory protein, TetR  33.81 
 
 
248 aa  113  3e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0396363  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4548  TetR family transcriptional regulator  32 
 
 
247 aa  110  3e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00225011  normal  0.280375 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5743  regulatory protein TetR  37.57 
 
 
208 aa  102  8e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.405607  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1768  regulatory protein, TetR  35.81 
 
 
226 aa  95.1  8e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2597  transcriptional regulator, TetR family  32.09 
 
 
218 aa  89.4  6e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.127933  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3781  TetR family transcriptional regulator  32.41 
 
 
235 aa  87.8  1e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4236  TetR family transcriptional regulator  32.55 
 
 
236 aa  88.2  1e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.502121  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3769  TetR family transcriptional regulator  32.41 
 
 
235 aa  87.8  2e-16  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.396044  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3842  TetR family transcriptional regulator  32.41 
 
 
235 aa  87.8  2e-16  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22730  transcriptional regulator, TetR family  31.7 
 
 
216 aa  86.3  5e-16  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2416  TetR family transcriptional regulator  31.13 
 
 
247 aa  83.6  0.000000000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  decreased coverage  0.00485209  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4057  TetR family transcriptional regulator  32.54 
 
 
227 aa  82.8  0.000000000000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0267673  normal  0.603769 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1506  TetR family transcriptional regulator  31.39 
 
 
227 aa  80.9  0.00000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.212096  hitchhiker  0.000526239 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1790  transcriptional regulator, TetR family  28.57 
 
 
224 aa  80.1  0.00000000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.121253  normal  0.33193 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3285  TetR family transcriptional regulator  33.01 
 
 
270 aa  79.3  0.00000000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.672369  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7072  putative transcriptional regulator, TetR family  31.11 
 
 
216 aa  79.3  0.00000000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2515  transcriptional regulator, TetR family  31.91 
 
 
234 aa  78.6  0.00000000000009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00143422  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3489  transcriptional regulator, TetR family  30.81 
 
 
230 aa  78.6  0.00000000000009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0301  TetR family transcriptional regulator  34.42 
 
 
250 aa  77.8  0.0000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.593617  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2889  transcriptional regulator, TetR family  33.79 
 
 
227 aa  74.7  0.000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3522  TetR family transcriptional regulator  30.73 
 
 
222 aa  74.7  0.000000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.239967  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2129  TetR family transcriptional regulator  38.26 
 
 
229 aa  73.2  0.000000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.101154  normal  0.382383 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3294  TetR family transcriptional regulator  32.55 
 
 
255 aa  71.6  0.00000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1888  TetR family transcriptional regulator  36.51 
 
 
204 aa  71.2  0.00000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0521  TetR family transcriptional regulator  39.13 
 
 
221 aa  70.9  0.00000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.769368  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2468  TetR family transcriptional regulator  35.71 
 
 
255 aa  69.7  0.00000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3894  TetR family transcriptional regulator  31.13 
 
 
223 aa  69.3  0.00000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0466911 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0433  transcriptional regulator, TetR family  36.97 
 
 
354 aa  69.3  0.00000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.425009  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1543  TetR family transcriptional regulator  29.89 
 
 
238 aa  68.2  0.0000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.176522 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5753  hypothetical protein  48 
 
 
259 aa  67.8  0.0000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.391996 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2891  transcriptional regulator, TetR family  32.02 
 
 
236 aa  66.6  0.0000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0418  transcriptional regulator, TetR family  36.13 
 
 
352 aa  67  0.0000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.340149  hitchhiker  0.000146207 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0223  regulatory protein TetR  39.22 
 
 
234 aa  66.6  0.0000000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.029073 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3446  TetR family transcriptional regulator  41.38 
 
 
335 aa  65.9  0.0000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.843948  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0538  putative transcription regulator protein  36.44 
 
 
340 aa  65.9  0.0000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0548249  normal  0.54431 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5106  TetR family transcriptional regulator  44 
 
 
223 aa  65.1  0.000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.146428  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1719  TetR family transcriptional regulator  35.29 
 
 
272 aa  63.9  0.000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.7573  hitchhiker  0.00027252 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0666  transcriptional regulator  28.74 
 
 
205 aa  64.3  0.000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2543  TetR family transcriptional regulator  35.35 
 
 
211 aa  63.5  0.000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.214617 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3681  TetR family transcriptional regulator  31.36 
 
 
234 aa  63.2  0.000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2880  TetR family transcriptional regulator  42.27 
 
 
195 aa  63.2  0.000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1805  TetR family transcriptional regulator  34.45 
 
 
316 aa  62.8  0.000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.754817  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1958  TetR family transcriptional regulator  34.45 
 
 
316 aa  62.8  0.000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00062632  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1784  TetR family transcriptional regulator  34.45 
 
 
316 aa  62.8  0.000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.261379  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1055  TetR family transcriptional regulator  34.15 
 
 
273 aa  62.8  0.000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1535  TetR family transcriptional regulator  34.15 
 
 
273 aa  62.8  0.000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1511  TetR family transcriptional regulator  34.15 
 
 
273 aa  62.8  0.000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.752097  hitchhiker  0.00148325 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1275  TetR family transcriptional regulator  34.45 
 
 
318 aa  62.8  0.000000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.033456  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1033  TetR family transcriptional regulator  34.45 
 
 
318 aa  62.8  0.000000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.781792  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2116  regulatory protein, TetR  32.41 
 
 
214 aa  62.4  0.000000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000093152  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0133  TetR family transcriptional regulator  34.45 
 
 
318 aa  62.8  0.000000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.221572  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1762  TetR family transcriptional regulator  34.45 
 
 
318 aa  62.8  0.000000006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0114483  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2515  regulatory protein, TetR  30.97 
 
 
288 aa  62  0.000000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.977555  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4675  TetR family transcriptional regulator  32.52 
 
 
273 aa  61.2  0.00000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.104564 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0225  TetR family transcriptional regulator  30.32 
 
 
240 aa  61.2  0.00000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.512739 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1699  TetR family transcriptional regulator  36.36 
 
 
290 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0964215  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2528  TetR family transcriptional regulator  34.45 
 
 
317 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0660251  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2171  TetR family transcriptional regulator  34.23 
 
 
212 aa  61.6  0.00000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.068169  normal  0.22854 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2126  TetR family transcriptional regulator  34.23 
 
 
212 aa  61.6  0.00000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00345057  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4531  hypothetical protein  33.33 
 
 
227 aa  61.6  0.00000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2258  transcriptional regulator, TetR family  34.23 
 
 
212 aa  61.6  0.00000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.968255  hitchhiker  0.0010637 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2245  TetR family transcriptional regulator  34.23 
 
 
212 aa  61.6  0.00000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1457  TetR family transcriptional regulator  33.61 
 
 
276 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.166824  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2493  TetR family transcriptional regulator  33.94 
 
 
239 aa  60.8  0.00000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3595  TetR family transcriptional regulator  34.17 
 
 
313 aa  61.2  0.00000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1888  transcriptional regulator, TetR family protein  33.98 
 
 
213 aa  60.8  0.00000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1417  TetR family transcriptional regulator  33.61 
 
 
272 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.702279  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0212  TetR family transcriptional regulator  25.55 
 
 
242 aa  60.1  0.00000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.581109  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0744  regulatory protein TetR  36.52 
 
 
191 aa  60.1  0.00000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1816  TetR family transcriptional regulator  32.32 
 
 
228 aa  60.1  0.00000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0241637  normal  0.594701 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1792  regulatory protein, TetR  34.51 
 
 
238 aa  59.7  0.00000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2773  TetR family transcriptional regulator  33.88 
 
 
295 aa  60.1  0.00000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00136461  normal  0.297144 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2052  TetR family transcriptional regulator  35.64 
 
 
212 aa  59.3  0.00000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00634978  normal  0.379689 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1982  transcriptional regulator, TetR family  35.04 
 
 
209 aa  59.3  0.00000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.142001  hitchhiker  0.0000322137 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2050  TetR family transcriptional regulator  34.55 
 
 
212 aa  59.3  0.00000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00274298  normal  0.196014 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1925  TetR family transcriptional regulator  34.55 
 
 
212 aa  59.3  0.00000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00396712  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2155  TetR family transcriptional regulator  34.55 
 
 
212 aa  59.3  0.00000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.116273  normal  0.663988 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1586  TetR family transcriptional regulator  29 
 
 
215 aa  58.9  0.00000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.377059  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3483  TetR family transcriptional regulator  38.24 
 
 
218 aa  58.9  0.00000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.961452  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2066  TetR family transcriptional regulator  34.34 
 
 
211 aa  58.9  0.00000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.612632  hitchhiker  0.000107098 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1814  transcriptional regulator, TetR family  37.04 
 
 
216 aa  58.5  0.00000008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1677  transcriptional regulator, TetR family  33.88 
 
 
288 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.688428  normal  0.314033 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0804  transcriptional regulator, TetR family  40 
 
 
227 aa  58.5  0.0000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2339  TetR family transcriptional regulator  43.1 
 
 
215 aa  58.2  0.0000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.519522  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5299  TetR family transcriptional regulator  29.75 
 
 
227 aa  57.4  0.0000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1862  TetR family transcriptional regulator  44.64 
 
 
213 aa  57.4  0.0000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1731  TetR family transcriptional regulator  29.92 
 
 
199 aa  57.8  0.0000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.206322 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2259  TetR family transcriptional regulator  40.43 
 
 
221 aa  57  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.289727  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3944  putative transcriptional regulator, TetR family  35.62 
 
 
183 aa  55.1  0.0000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.000137534  hitchhiker  0.00939559 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3711  transcriptional regulator, TetR family  43.06 
 
 
207 aa  55.1  0.000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.644349  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2165  transcriptional regulator, TetR family  40.96 
 
 
263 aa  54.7  0.000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7459  TetR family transcriptional regulator  30.97 
 
 
233 aa  55.1  0.000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.626167  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2153  transcriptional regulator PsrA  37.23 
 
 
233 aa  54.7  0.000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.64739  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0805  TetR family transcriptional regulator  46.3 
 
 
204 aa  54.7  0.000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1684  TetR family transcriptional regulator  42.62 
 
 
235 aa  53.9  0.000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.46279  normal  0.0995016 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0817  TetR family transcriptional regulator  39.44 
 
 
332 aa  53.9  0.000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3598  TetR family transcriptional regulator  42.62 
 
 
235 aa  53.9  0.000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.153473  normal  0.929745 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2996  TetR family transcriptional regulator  43.21 
 
 
237 aa  54.7  0.000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5974  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 
227 aa  53.9  0.000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0426648  hitchhiker  0.00085933 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>