42 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_0386 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_0386  helix-turn-helix domain-containing protein  100 
 
 		 422 aa  854    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.375659  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0814  helix-turn-helix domain-containing protein  33.57 
 
 		 425 aa  209  7e-53  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  hitchhiker  0.00469966  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0033  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  38.84 
 
 		 334 aa  158  2e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.0000000119331  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2453  helix-turn-helix domain-containing protein  33.24 
 
 		 409 aa  149  7e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.253954  normal  0.726571 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4195  putative transcription regulator with HTH domain protein  32.71 
 
 		 401 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0483  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  27.03 
 
 		 350 aa  94.4  4e-18  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4510  hypothetical protein  29.41 
 
 		 289 aa  93.6  7e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.216529 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0275  DNA-binding protein  35.25 
 
 		 386 aa  81.3  0.00000000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1808  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  25.98 
 
 		 358 aa  79.7  0.0000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1548  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  25 
 
 		 363 aa  75.5  0.000000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4709  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  33.33 
 
 		 360 aa  72  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.29865  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0091  putative plasmid maintenance system antidote protein  28.92 
 
 		 408 aa  68.9  0.0000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.838316  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1951  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  27.23 
 
 		 368 aa  68.6  0.0000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1016  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  34.11 
 
 		 385 aa  68.6  0.0000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0006  plasmid maintenance system antidote protein  30.08 
 
 		 380 aa  67.8  0.0000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2492  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  22.49 
 
 		 368 aa  67.8  0.0000000004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1441  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  25 
 
 		 371 aa  66.2  0.000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000771176 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1194  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  29.51 
 
 		 369 aa  65.9  0.000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3421  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  31.19 
 
 		 383 aa  66.2  0.000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1542  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  25.42 
 
 		 373 aa  64.7  0.000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000135778  unclonable  0.000000000156625 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03612  Plasmid maintenance system antidote protein  30.43 
 
 		 371 aa  63.9  0.000000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0317  hypothetical protein  31.72 
 
 		 360 aa  63.9  0.000000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000502867 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1543  hypothetical protein  24.77 
 
 		 367 aa  63.5  0.000000007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3170  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  33.33 
 
 		 376 aa  61.6  0.00000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.19493  unclonable  0.0000000000000213391 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1079  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  32.09 
 
 		 361 aa  60.1  0.00000008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5647  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  30.47 
 
 		 362 aa  54.3  0.000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0212  hypothetical protein  31.03 
 
 		 368 aa  53.1  0.000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4466  helix-turn-helix domain protein  48.28 
 
 		 145 aa  51.2  0.00004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6153  protein of unknown function DUF955  32.04 
 
 		 359 aa  50.4  0.00006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.782766  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0138  hypothetical protein  31.53 
 
 		 391 aa  49.7  0.00009  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.217596  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0133  hypothetical protein  31.53 
 
 		 391 aa  49.7  0.00009  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12052  transcriptional regulator  27.76 
 
 		 346 aa  49.3  0.0001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.12403  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0882  hypothetical protein  34.57 
 
 		 182 aa  49.3  0.0001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.956838 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2792  protein of unknown function DUF955  32.14 
 
 		 382 aa  47  0.0006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1350  hypothetical protein  31.07 
 
 		 362 aa  47  0.0007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0920  hypothetical protein  24.86 
 
 		 345 aa  45.8  0.001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.409849  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3332  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  30.37 
 
 		 292 aa  45.8  0.002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.839381 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1823  hypothetical protein  28.32 
 
 		 173 aa  44.3  0.004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3866  protein of unknown function DUF955  30.85 
 
 		 357 aa  43.9  0.005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.000000210124  normal  0.0502715 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3906  hypothetical protein  32.94 
 
 		 382 aa  43.9  0.006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008761  Pnap_4792  hypothetical protein  25.76 
 
 		 395 aa  43.5  0.007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4294  XRE family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 374 aa  43.1  0.009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>