More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_0138 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009484  Acry_1455  UvrD-like DNA helicase, C terminal  41.94 
 
 
1157 aa  669  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.719405  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4904  double-strand break repair helicase AddA  40.89 
 
 
1147 aa  640  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.921527 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0090  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  43.28 
 
 
1156 aa  830  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.195606  normal  0.386807 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3581  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  42.42 
 
 
1177 aa  761  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0202  UvrD/REP helicase  42.67 
 
 
1159 aa  817  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0058  UvrD/REP helicase  41.47 
 
 
1162 aa  758  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.106754  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4853  double-strand break repair helicase AddA  42.54 
 
 
1157 aa  744  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.744046  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0387  UvrD/REP helicase  42.06 
 
 
1164 aa  803  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.625573  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0050  UvrD/REP helicase  41.78 
 
 
1202 aa  757  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.253682 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4286  double-strand break repair helicase AddA  40.84 
 
 
1183 aa  743  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.564831 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4440  double-strand break repair helicase AddA  41.17 
 
 
1147 aa  637  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.548671  normal  0.292809 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0629  UvrD/REP helicase  42.75 
 
 
1161 aa  820  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.590503 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3434  UvrD/REP helicase  46.77 
 
 
1187 aa  839  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2020  double-strand break repair helicase AddA  42.93 
 
 
1180 aa  804  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.411715  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2175  double-strand break repair helicase AddA  41.86 
 
 
1164 aa  762  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.997727 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1412  double-strand break repair helicase AddA  42.62 
 
 
1151 aa  743  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0086  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  41.49 
 
 
1183 aa  714  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR2103  UvrD/Rep family helicase  43.1 
 
 
1180 aa  807  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.664576  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1357  double-strand break repair helicase AddA  38.2 
 
 
1155 aa  750  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4954  double-strand break repair helicase AddA  42.19 
 
 
1147 aa  673  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.218744 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0077  double-strand break repair helicase AddA  41.87 
 
 
1161 aa  800  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.458203  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0817  double-strand break repair helicase AddA  43.44 
 
 
1180 aa  788  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1295  double-strand break repair helicase AddA  40.27 
 
 
1185 aa  696  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3959  double-strand break repair helicase AddA  40.99 
 
 
1183 aa  739  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3300  double-strand break repair helicase AddA  42.27 
 
 
1167 aa  657  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.107239  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3242  double-strand break repair helicase AddA  41.71 
 
 
1189 aa  776  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0138  double-strand break repair helicase AddA  100 
 
 
1156 aa  2318  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.727377 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3377  double-strand break repair helicase AddA  40.37 
 
 
1165 aa  652  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.291395  normal  0.767589 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1610  double-strand break repair helicase AddA  41.27 
 
 
1157 aa  626  1e-178  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0056  ATP-dependant DNA helicase  43 
 
 
1182 aa  621  1e-176  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0489  double-strand break repair helicase AddA  41.74 
 
 
1157 aa  619  1e-175  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.127792  hitchhiker  0.00205602 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2951  UvrD-like DNA helicase, C terminal  39.98 
 
 
1119 aa  615  1e-174  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0785704  normal  0.12863 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2846  UvrD/REP helicase  37.88 
 
 
1121 aa  601  1e-170  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.347056 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1527  UvrD/Rep family helicase  39.9 
 
 
1106 aa  596  1e-169  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.529663  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3438  double-strand break repair helicase AddA  38.26 
 
 
1125 aa  595  1e-168  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0178  UvrD-like DNA helicase, C terminal  38.78 
 
 
1106 aa  567  1e-160  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.124424  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2794  UvrD-like DNA helicase domain-containing protein  38.02 
 
 
1124 aa  565  1e-159  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.370193 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4066  UvrD/REP helicase  36.64 
 
 
1120 aa  562  1e-158  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.160711 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0157  UvrD/REP helicase  36.5 
 
 
1166 aa  550  1e-155  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.271961  normal  0.551574 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2681  double-strand break repair helicase AddA  38.1 
 
 
1142 aa  550  1e-155  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0359  UvrD/Rep/AddA family helicase  31.92 
 
 
1089 aa  541  1e-152  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1997  UvrD/REP helicase  34.8 
 
 
1161 aa  516  1e-144  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.283179  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0629  UvrD/REP helicase  31.47 
 
 
854 aa  480  1e-134  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0387  ATP-dependent DNA helicase UvrD  31.07 
 
 
860 aa  461  1e-128  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2124  UvrD/REP helicase  32.53 
 
 
1147 aa  360  6e-98  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1034  UvrD/REP helicase  28.02 
 
 
1173 aa  245  3e-63  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0891257  normal  0.693052 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1126  UvrD/REP helicase  29.36 
 
 
1173 aa  233  1e-59  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.443367 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1190  hypothetical protein  29.93 
 
 
1177 aa  233  2e-59  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0467  ATP-dependent DNA helicase UvrD  27.23 
 
 
907 aa  219  2e-55  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1305  UvrD/REP helicase  25.94 
 
 
1185 aa  218  4e-55  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.737945  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0641  UvrD/REP helicase  25.58 
 
 
1173 aa  212  4e-53  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0566745  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2114  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  28.26 
 
 
1197 aa  202  3e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2325  UvrD/REP helicase  27.18 
 
 
1087 aa  202  4e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.293004  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0033  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  28.37 
 
 
1089 aa  196  3e-48  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.115384 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2131  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V subunit A  27.25 
 
 
1187 aa  191  8e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.564437  normal  0.516906 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5412  UvrD/REP helicase  26.66 
 
 
1117 aa  183  2e-44  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1322  hypothetical protein  29.42 
 
 
1057 aa  177  1e-42  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2641  UvrD/REP helicase  26.06 
 
 
1168 aa  176  3e-42  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.0136938 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1997  UvrD/REP helicase  27.47 
 
 
1110 aa  174  6e-42  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.469294  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0037  UvrD/REP helicase  27.48 
 
 
1115 aa  172  3e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2265  UvrD/REP helicase  25.06 
 
 
1095 aa  171  1e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1741  UvrD/REP helicase  26.57 
 
 
1162 aa  169  3e-40  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.616964  hitchhiker  0.00243499 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1157  hypothetical protein  25.98 
 
 
1061 aa  160  1e-37  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0648  UvrD/REP helicase  26.46 
 
 
1140 aa  159  4e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.464664  normal  0.326348 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0523  UvrD/REP helicase  21.69 
 
 
1121 aa  155  5e-36  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2039  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  22.59 
 
 
1251 aa  146  2e-33  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1286  UvrD/REP helicase  24.24 
 
 
1074 aa  144  9e-33  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0386  putative recombination protein RecB  22.36 
 
 
921 aa  144  1e-32  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.717067  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0782  UvrD/REP helicase  25.28 
 
 
1107 aa  143  2e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.685172  normal  0.12668 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1031  ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) beta subunit  23.86 
 
 
1204 aa  142  5e-32  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.655323  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1498  UvrD/REP helicase  29.36 
 
 
1080 aa  140  1e-31  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1041  recombination helicase AddA  24.79 
 
 
1241 aa  139  3e-31  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.552246  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1560  UvrD/REP helicase  26.21 
 
 
1054 aa  136  2e-30  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.538348  normal  0.490234 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2985  UvrD/REP helicase  26.93 
 
 
1131 aa  136  2e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.105436  normal  0.309308 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1245  ATP-dependent nuclease, subunit A  24.69 
 
 
1241 aa  136  3e-30  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4148  ATP-dependent nuclease, subunit A  24.16 
 
 
1241 aa  135  4e-30  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1041  ATP-dependent nuclease, subunit A  24.39 
 
 
1241 aa  135  4e-30  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1297  ATP-dependent nuclease, subunit A  24.26 
 
 
1241 aa  135  5e-30  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1039  ATP-dependent nuclease, subunit A  24.38 
 
 
1241 aa  134  1e-29  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1193  ATP-dependent nuclease, subunit A  24.45 
 
 
1241 aa  133  2e-29  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1285  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  29.11 
 
 
1086 aa  132  3e-29  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.196421  normal  0.100578 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0988  UvrD/REP helicase  25.56 
 
 
1146 aa  131  6e-29  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.181635  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0979  UvrD/REP helicase  26.24 
 
 
1173 aa  130  1e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.156033  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3105  UvrD/REP helicase  28.72 
 
 
1047 aa  130  2e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.224612  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1774  recombination helicase AddA  22.18 
 
 
1248 aa  129  3e-28  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0382  putative recombination protein RecB  23.53 
 
 
915 aa  129  4e-28  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.309071  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1375  UvrD/REP helicase family protein  22.9 
 
 
1110 aa  128  8e-28  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.134048  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3118  UvrD/REP helicase  25.28 
 
 
1061 aa  127  1e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.674969 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1315  ATP-dependent nuclease subunit A  22.69 
 
 
1110 aa  123  2e-26  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0372  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  27.16 
 
 
1168 aa  123  2e-26  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0389874  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5440  UvrD/REP helicase  25.68 
 
 
1051 aa  123  2e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.202358 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0551  UvrD/REP helicase  26.63 
 
 
1149 aa  121  6e-26  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0345301  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1503  UvrD/REP helicase  28.32 
 
 
1101 aa  121  7e-26  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.699543  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0468  UvrD/REP helicase  25.59 
 
 
1134 aa  120  2e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1276  UvrD-like DNA helicase, C terminal  25.77 
 
 
1230 aa  119  3e-25  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1708  ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) beta subunit  26.62 
 
 
1118 aa  119  4e-25  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1146  ATP-dependent exoDNAse beta subunit  22.49 
 
 
1236 aa  117  1e-24  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2896  UvrD/REP helicase  25.93 
 
 
1165 aa  116  2e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.522615  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2355  UvrD/REP helicase  29.36 
 
 
1101 aa  117  2e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.112594  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0764  UvrD/REP helicase  25.22 
 
 
1161 aa  117  2e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.715309 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>