More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_0117 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



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Alignment on homolog gene

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Organism name

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Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_2835  S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase  68.61 
 
 
461 aa  657  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0041  S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase  71.06 
 
 
465 aa  682  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0210952  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2682  S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase  71.21 
 
 
463 aa  672  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0807  S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase  67.31 
 
 
472 aa  635  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0186  S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase  83.41 
 
 
465 aa  808  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.168402  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0117  S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase  100 
 
 
472 aa  976  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00161182  normal  0.625216 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4060  S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase  70.66 
 
 
475 aa  652  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0475286  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0489  S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase  68.8 
 
 
478 aa  640  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0618  S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase  72.22 
 
 
476 aa  666  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.542253  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3417  S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase  69.34 
 
 
473 aa  672  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0656  S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase  69.33 
 
 
473 aa  647  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0735979 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0822  S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase  72.2 
 
 
466 aa  691  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_18351  S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase  66.31 
 
 
477 aa  658  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.0813931  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18141  S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase  66.31 
 
 
479 aa  649  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.305772  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4545  S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase  76.46 
 
 
469 aa  741  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0356  S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase  69.48 
 
 
464 aa  663  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.31829  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0163  S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase  70.36 
 
 
472 aa  664  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.358648 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2835  S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase  69.4 
 
 
472 aa  669  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.187693  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_17511  S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase  67.1 
 
 
476 aa  642  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.424526  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3758  S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase  69.89 
 
 
473 aa  664  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3656  S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase  70.24 
 
 
474 aa  673  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3576  S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase  71.43 
 
 
465 aa  692  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4943  S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase  76.02 
 
 
468 aa  746  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0590429  normal  0.487152 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2263  S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase  68.64 
 
 
470 aa  664  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2440  S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase  67.46 
 
 
469 aa  650  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0186  S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase  68.79 
 
 
472 aa  666  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.433145  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3426  S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase  69.05 
 
 
462 aa  651  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1642  S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase  67.46 
 
 
471 aa  635  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0272  S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase  69.4 
 
 
472 aa  669  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.786714  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_20771  S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase  66.88 
 
 
477 aa  654  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.215343  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_01751  S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase  68.58 
 
 
476 aa  665  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3286  S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase  67.59 
 
 
477 aa  645  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.19663  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3842  S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase  69.49 
 
 
471 aa  672  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.902922  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0049  S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase  70.21 
 
 
509 aa  679  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2002  S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase  68.09 
 
 
481 aa  640  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2964  S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase  69.7 
 
 
463 aa  660  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.317218  normal  0.0707693 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2895  S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase  71.92 
 
 
470 aa  685  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1604  S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase  77.16 
 
 
468 aa  743  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.177686  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0931  S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase  81.64 
 
 
468 aa  783  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0161754 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3005  S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase  69.18 
 
 
464 aa  683  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.309685  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1228  S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase  69.98 
 
 
435 aa  641  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.389132  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5698  S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase  77.28 
 
 
473 aa  752  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.457969  normal  0.268273 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1718  S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase  67.88 
 
 
481 aa  637  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.415255  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2015  S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase  71.55 
 
 
466 aa  687  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.15803  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2674  S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase  68.64 
 
 
469 aa  665  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3964  S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase  72.08 
 
 
466 aa  682  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0597  S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase  71.58 
 
 
476 aa  664  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1701  S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase  69.34 
 
 
473 aa  672  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2938  S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase  70.19 
 
 
465 aa  678  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3333  S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase  70.45 
 
 
474 aa  675  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4291  S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase  71.86 
 
 
466 aa  680  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0166  S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase  70.35 
 
 
463 aa  666  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.539917 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1346  S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase  70.19 
 
 
465 aa  679  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4683  S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase  70.36 
 
 
479 aa  657  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.355652  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3838  S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase  69.34 
 
 
473 aa  672  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3919  S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase  69.34 
 
 
473 aa  672  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2130  S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase  68.9 
 
 
432 aa  636  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.421073  normal  0.933423 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3134  S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase  69.34 
 
 
473 aa  672  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18171  S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase  66.1 
 
 
472 aa  647  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3247  S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase  71.34 
 
 
466 aa  680  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4897  S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase  76.23 
 
 
468 aa  747  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2540  S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase  69.34 
 
 
479 aa  668  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2519  S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase  67.92 
 
 
514 aa  655  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.595006 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2377  S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase  78.22 
 
 
485 aa  751  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.913153  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1589  S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase  78.28 
 
 
471 aa  752  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0057  S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase  69.34 
 
 
473 aa  672  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1514  S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase  70.35 
 
 
463 aa  666  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3375  S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase  69.18 
 
 
472 aa  667  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0146  S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase  71.21 
 
 
476 aa  672  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1294  S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase  70.56 
 
 
476 aa  674  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  unclonable  7.92408e-15  hitchhiker  2.66691e-05 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2842  S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase  69.34 
 
 
473 aa  672  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1718  S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase  65.89 
 
 
472 aa  651  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3444  S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase  77.59 
 
 
467 aa  748  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.893839  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2392  adenosylhomocysteinase  70.26 
 
 
470 aa  683  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.499407  normal  0.234977 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0213  S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase  69.46 
 
 
472 aa  664  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.15851  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1202  S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase  66.88 
 
 
477 aa  654  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0119  S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase  68.41 
 
 
477 aa  661  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0802054 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1875  S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase  69.33 
 
 
475 aa  677  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0379318  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0138  S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase  72.71 
 
 
472 aa  688  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.599517  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0093  S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase  70.24 
 
 
474 aa  672  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR2097  S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase  71.77 
 
 
466 aa  687  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.311406  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0499  S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase  77.42 
 
 
468 aa  745  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000248655 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0254  S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase  69.18 
 
 
472 aa  668  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0741  S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase  77.32 
 
 
466 aa  751  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.88616  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0199  S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase  68.79 
 
 
472 aa  666  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.868266  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0186  S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase  68.72 
 
 
470 aa  662  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0102  S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase  71.21 
 
 
476 aa  676  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.640394  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4623  S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase  74.89 
 
 
463 aa  706  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3165  S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase  69.98 
 
 
473 aa  669  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4074  S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase  69.48 
 
 
461 aa  638  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.27026 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4153  S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase  74.95 
 
 
481 aa  728  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.370152  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2918  S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase  69.83 
 
 
473 aa  673  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2003  S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase  71.27 
 
 
468 aa  667  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.012931  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0193  S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase  70.32 
 
 
470 aa  668  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.551187  hitchhiker  0.00261817 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4433  S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase  76.23 
 
 
468 aa  747  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.513976 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4132  S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase  68.59 
 
 
479 aa  640  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.901613 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0178  S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase  69.89 
 
 
473 aa  665  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0589  S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase  79.87 
 
 
469 aa  772  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.792658  normal 
 
 
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NC_007958  RPD_1597  S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase  78.49 
 
 
471 aa  751  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
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NC_010084  Bmul_0180  S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase  70.04 
 
 
472 aa  673  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0500426 
 
 
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