202 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_0088 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_0088  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 221 aa  439  9.999999999999999e-123  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.383567  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2195  TetR family transcriptional regulator  42.93 
 
 		 220 aa  167  1e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1072  TetR family transcriptional regulator  42.93 
 
 		 212 aa  162  5.0000000000000005e-39  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0604431  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1904  transcriptional regulator, TetR family  39.32 
 
 		 225 aa  158  6e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.550528  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1683  TetR family transcriptional regulator  40.53 
 
 		 227 aa  153  2e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7122  TetR family transcriptional regulator  42.93 
 
 		 219 aa  143  2e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3610  TetR family transcriptional regulator  38.42 
 
 		 229 aa  133  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1678  TetR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 216 aa  65.9  0.0000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1026  TetR family transcriptional regulator  25.52 
 
 		 216 aa  63.5  0.000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0175712  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0994  transcriptional regulator, TetR family  25.62 
 
 		 214 aa  60.1  0.00000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.146386  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2064  TetR family transcriptional regulator  27.32 
 
 		 211 aa  60.8  0.00000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06539  hypothetical protein  25.5 
 
 		 218 aa  58.5  0.00000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0805  TetR family transcriptional regulator  25.6 
 
 		 204 aa  58.2  0.0000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1731  TetR family transcriptional regulator  23.76 
 
 		 199 aa  58.2  0.0000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.206322 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3309  TetR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 210 aa  57  0.0000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1237  transcriptional regulator, TetR family  31.58 
 
 		 210 aa  57  0.0000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.665439 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1598  TetR family transcriptional regulator  26.34 
 
 		 239 aa  55.8  0.0000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.235097  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2364  TetR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 210 aa  55.1  0.0000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4901  TetR family transcriptional regulator  23.81 
 
 		 209 aa  55.1  0.0000009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1713  TetR family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 210 aa  54.7  0.000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.312899  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2325  TetR family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 210 aa  54.7  0.000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1807  TetR family transcriptional regulator  27.05 
 
 		 218 aa  54.3  0.000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.237257  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3590  TetR family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 213 aa  53.5  0.000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1777  regulatory protein, TetR  30.49 
 
 		 202 aa  53.1  0.000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.26768  normal  0.308935 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0410  TetR family transcriptional regulator  27.15 
 
 		 245 aa  53.5  0.000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.560758  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0306  TetR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 219 aa  53.1  0.000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0641939  normal  0.172302 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0952  TetR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 210 aa  53.1  0.000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0602788  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1650  TetR family transcriptional regulator  25.91 
 
 		 196 aa  53.1  0.000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00305011  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4133  TetR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 217 aa  52.4  0.000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.110099 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2244  TetR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 192 aa  52.4  0.000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.763617 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1864  transcriptional regulator, TetR family  26.52 
 
 		 218 aa  52  0.000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.796207  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2348  TetR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 192 aa  52  0.000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.105911 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3265  TetR family transcriptional regulator  29.5 
 
 		 206 aa  52  0.000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.111309  normal  0.286417 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0370  TetR family transcriptional regulator  26.54 
 
 		 223 aa  51.6  0.000009  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0234884  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1169  transcriptional regulator, TetR family  26.86 
 
 		 214 aa  51.6  0.000009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04680  transcriptional regulator  28.28 
 
 		 225 aa  51.2  0.00001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2576  TetR family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 233 aa  51.2  0.00001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2643  TetR family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 233 aa  51.2  0.00001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2095  TetR family transcriptional regulator  29.85 
 
 		 210 aa  51.6  0.00001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0799745 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1191  TetR family transcriptional regulator  22.58 
 
 		 219 aa  50.4  0.00002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00105223  normal  0.516093 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4597  TetR family transcriptional regulator  25.73 
 
 		 217 aa  50.1  0.00003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00568004 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1548  TetR family transcriptional regulator  25.89 
 
 		 233 aa  49.3  0.00004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1512  TetR family transcriptional regulator  25.89 
 
 		 233 aa  49.3  0.00004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1521  TetR family transcriptional regulator  25.89 
 
 		 233 aa  49.3  0.00004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5667  TetR family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 210 aa  49.3  0.00005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2834  transcriptional regulator, TetR family  28.74 
 
 		 233 aa  48.9  0.00005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.170846  normal  0.770206 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1016  TetR family transcriptional regulator  25.26 
 
 		 210 aa  49.3  0.00005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00988275  normal  0.688061 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0446  TetR family transcriptional regulator  43.06 
 
 		 220 aa  48.9  0.00006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.73057 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2917  TetR family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 218 aa  48.9  0.00006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2708  transcriptional regulator BetI  36.26 
 
 		 194 aa  48.9  0.00006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1048  TetR family transcriptional regulator  24.74 
 
 		 210 aa  48.9  0.00007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2561  transcriptional regulator, TetR family  27.49 
 
 		 203 aa  48.5  0.00007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2028  transcriptional regulator, TetR family  26.85 
 
 		 194 aa  48.5  0.00008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.937171  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3833  transcriptional regulator, TetR family  35.29 
 
 		 212 aa  47.8  0.0001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1000  TetR family transcriptional regulator  23.08 
 
 		 204 aa  47.8  0.0001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3211  regulatory protein, TetR  45.45 
 
 		 221 aa  47.8  0.0001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.878438  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2165  transcriptional regulator, TetR family  35.96 
 
 		 263 aa  48.1  0.0001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4003  transcriptional regulator, TetR family  24.2 
 
 		 242 aa  48.1  0.0001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2630  TetR family transcriptional regulator  25.13 
 
 		 205 aa  47.4  0.0002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0697093  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0413  TetR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 227 aa  47.4  0.0002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3958  transcriptional regulator, TetR family  24.2 
 
 		 242 aa  47.4  0.0002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0392  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 213 aa  47  0.0002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3981  transcriptional regulator, TetR family  24.35 
 
 		 198 aa  47  0.0002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000890193 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3926  TetR family transcriptional regulator  24.5 
 
 		 258 aa  47.4  0.0002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2811  putative DNA-binding transcriptional regulator  37 
 
 		 236 aa  47  0.0002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2899  putative DNA-binding transcriptional regulator  37 
 
 		 236 aa  47  0.0002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0555  transcriptional regulator BetI  35.16 
 
 		 201 aa  47  0.0002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3896  transcriptional regulator, TetR family  25.12 
 
 		 199 aa  47  0.0003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.971829  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0554  transcriptional regulator BetI  35.16 
 
 		 198 aa  46.6  0.0003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2270  TetR family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 211 aa  46.6  0.0003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0152904  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3012  transcriptional regulator, TetR family  23.85 
 
 		 200 aa  47  0.0003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0972  TetR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 210 aa  46.2  0.0003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.299865  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2259  TetR family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 221 aa  46.6  0.0003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.289727  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0175  TetR family transcriptional regulator  24.65 
 
 		 203 aa  46.2  0.0004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2917  TetR family transcriptional regulator  24.06 
 
 		 218 aa  46.2  0.0004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.761743  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3240  putative transcriptional regulator, TetR family  30 
 
 		 201 aa  46.2  0.0004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00194759  normal  0.442697 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2904  TetR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 213 aa  46.2  0.0004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2134  TetR family transcriptional regulator  22.96 
 
 		 212 aa  46.2  0.0004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.175968 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2312  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 201 aa  45.8  0.0005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000394535  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1137  transcriptional regulator, TetR family  26.54 
 
 		 209 aa  45.8  0.0005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.13929  normal  0.961099 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1689  transcriptional regulator, TetR family  32.97 
 
 		 201 aa  45.8  0.0005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0605741  hitchhiker  0.00000000000000310562 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2545  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 201 aa  45.8  0.0005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.91976e-46 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4440  transcriptional regulator, TetR family  26.01 
 
 		 220 aa  45.8  0.0006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2354  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 201 aa  45.8  0.0006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0622512  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2530  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 201 aa  45.8  0.0006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.828016  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1028  transcriptional regulator, TetR family  33.67 
 
 		 200 aa  45.8  0.0006  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.0479484  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0410  transcriptional regulator, TetR family  44.93 
 
 		 195 aa  45.4  0.0007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0255  transcriptional regulator, TetR family  26.15 
 
 		 243 aa  45.4  0.0007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.540416  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3240  TetR family transcriptional regulator  40.3 
 
 		 209 aa  45.4  0.0007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2204  regulatory protein, TetR  26.35 
 
 		 235 aa  45.4  0.0007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3698  transcriptional regulator, TetR family  25.51 
 
 		 202 aa  45.1  0.0008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0432  transcriptional regulator, TetR family  26.15 
 
 		 214 aa  45.1  0.0008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0796504  hitchhiker  0.00000000967411 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4020  TetR family transcriptional regulator  41.25 
 
 		 258 aa  45.1  0.0008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.12217  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2914  transcriptional regulator, TetR family  23.86 
 
 		 202 aa  45.1  0.0009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4065  transcriptional regulator, TetR family  28.09 
 
 		 208 aa  45.1  0.001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1600  TetR family transcriptional regulator  22.92 
 
 		 201 aa  45.1  0.001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0652187  normal  0.362821 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1516  transcriptional regulator BetI  43.14 
 
 		 197 aa  45.1  0.001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.026336  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1045  transcriptional regulator, TetR family  26.58 
 
 		 222 aa  44.7  0.001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2010  transcriptional regulator, TetR family  34.04 
 
 		 193 aa  44.7  0.001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.267977  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3410  TetR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 196 aa  45.1  0.001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000655293  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>