292 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_0005 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_0005  DNA replication and repair protein RecF  100 
 
 		 412 aa  798    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0464034  hitchhiker  1.0596299999999999e-21 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0003  recombination protein F  57.07 
 
 		 391 aa  386  1e-106  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.671854  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4092  recombination protein F  56.45 
 
 		 374 aa  380  1e-104  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4412  recombination protein F  55.38 
 
 		 374 aa  376  1e-103  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.92335  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0311  recombination protein F  56.76 
 
 		 374 aa  374  1e-102  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.406883  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3395  recombination protein F  53.66 
 
 		 409 aa  346  4e-94  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.714394  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0003  recombination protein F  52.29 
 
 		 379 aa  339  5e-92  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0003  recombination protein F  52.42 
 
 		 384 aa  335  5.999999999999999e-91  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.0080717  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0003  recombination protein F  52.42 
 
 		 384 aa  334  2e-90  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0004  recombination protein F  51.88 
 
 		 378 aa  333  5e-90  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.949729  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0003  DNA replication and repair protein RecF  53.19 
 
 		 382 aa  328  1.0000000000000001e-88  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.45272  normal  0.393317 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0003  recombination protein F  51.21 
 
 		 378 aa  327  3e-88  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.552608  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0005  recombination protein F  52.42 
 
 		 387 aa  326  5e-88  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0003  DNA replication and repair protein RecF  52.96 
 
 		 382 aa  325  8.000000000000001e-88  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.241044  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0003  recombination protein F  50.94 
 
 		 379 aa  324  1e-87  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0004  recombination protein F  48.79 
 
 		 378 aa  322  8e-87  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.914523  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0158  recombination protein F  53.39 
 
 		 392 aa  321  9.999999999999999e-87  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.43131  normal  0.105898 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1344  recombination protein F  53.76 
 
 		 368 aa  322  9.999999999999999e-87  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0013  recombination protein F  54.3 
 
 		 363 aa  322  9.999999999999999e-87  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0004  DNA replication and repair protein RecF  53.1 
 
 		 385 aa  321  1.9999999999999998e-86  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.350342  normal  0.69961 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0003  recombination protein F  50.66 
 
 		 385 aa  320  3e-86  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.323939 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2240  DNA replication and repair protein RecF  53.01 
 
 		 384 aa  319  6e-86  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.123005  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0004  DNA replication and repair protein RecF  52.83 
 
 		 385 aa  317  2e-85  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.615543  normal  0.382944 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0003  DNA replication and repair protein RecF  52.67 
 
 		 384 aa  315  6e-85  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.64703  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3222  DNA replication and repair protein RecF  50.13 
 
 		 398 aa  315  9.999999999999999e-85  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000505165 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0003  recombination protein F  52.35 
 
 		 357 aa  313  2.9999999999999996e-84  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0791811  normal  0.40226 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0004  recombination protein F  52.96 
 
 		 363 aa  313  3.9999999999999997e-84  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000368793 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0003  recombination protein F  50.28 
 
 		 375 aa  305  1.0000000000000001e-81  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1277  recombination protein F  47.99 
 
 		 378 aa  305  1.0000000000000001e-81  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  1.19843e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0003  recombination protein F  51.88 
 
 		 379 aa  302  9e-81  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0714428  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0003  recombination protein F  51.72 
 
 		 375 aa  301  1e-80  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2800  recombination protein F  53.35 
 
 		 356 aa  301  1e-80  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.127366 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2835  recombination protein F  51.37 
 
 		 358 aa  301  1e-80  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0003  recombination protein F  50.79 
 
 		 378 aa  292  8e-78  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.322535  hitchhiker  0.000000874576 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0003  DNA replication and repair protein RecF  50.13 
 
 		 384 aa  290  4e-77  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.000323741  normal  0.930359 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1707  recombination protein F  50.54 
 
 		 369 aa  281  1e-74  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.812314  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3375  recombination protein F  45.25 
 
 		 361 aa  274  2.0000000000000002e-72  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3146  DNA replication and repair protein RecF  50.13 
 
 		 403 aa  275  2.0000000000000002e-72  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.522741  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1153  recombination protein F  50.82 
 
 		 357 aa  265  1e-69  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.409843  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0582  recombination protein F  46.39 
 
 		 379 aa  240  2.9999999999999997e-62  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.829059  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0003  recombination protein F  47.79 
 
 		 373 aa  233  5e-60  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0076  recombination protein F  30.91 
 
 		 372 aa  213  4.9999999999999996e-54  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0045  recombination protein F  30.86 
 
 		 372 aa  213  7e-54  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.498392  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1286  recombination protein F  33.05 
 
 		 365 aa  197  3e-49  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0199  putative DNA replication and repair protein RecF  31.73 
 
 		 349 aa  155  1e-36  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  hitchhiker  0.00154503  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0004  DNA replication and repair protein RecF  26.1 
 
 		 376 aa  131  3e-29  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0434  DNA replication and repair protein RecF  32.28 
 
 		 392 aa  127  3e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.626531  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2436  DNA replication and repair protein RecF  31.36 
 
 		 398 aa  127  3e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.532549  normal  0.0198697 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2374  DNA replication and repair protein RecF  27.32 
 
 		 369 aa  127  5e-28  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0003  recombination protein F  30.45 
 
 		 370 aa  123  6e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.715959  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00040  DNA replication and repair protein RecF  27.46 
 
 		 375 aa  119  9e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0003  DNA replication and repair protein RecF  35.25 
 
 		 372 aa  117  3e-25  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0003  DNA replication and repair protein RecF  35.16 
 
 		 372 aa  117  3.9999999999999997e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1991  recombination protein F  25.95 
 
 		 366 aa  116  6e-25  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1225  DNA replication and repair protein RecF  32.17 
 
 		 349 aa  116  6.9999999999999995e-25  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.193168  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0004  DNA replication and repair protein RecF  25.57 
 
 		 386 aa  116  7.999999999999999e-25  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00780262  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0004  DNA replication and repair protein RecF  26.72 
 
 		 360 aa  111  2.0000000000000002e-23  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0004  recombination protein F  25.86 
 
 		 375 aa  111  3e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.864622  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0004  recombination protein F  25.86 
 
 		 375 aa  111  3e-23  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0004  recombination protein F  25.86 
 
 		 375 aa  111  3e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000104808  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0004  recombination protein F  25.86 
 
 		 375 aa  110  4.0000000000000004e-23  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.340003 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0004  recombination protein F  25.86 
 
 		 375 aa  110  4.0000000000000004e-23  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0004  recombination protein F  25.86 
 
 		 375 aa  110  4.0000000000000004e-23  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0003  RecF protein  29.14 
 
 		 367 aa  110  4.0000000000000004e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0312936  normal  0.12892 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0004  DNA replication and repair protein RecF  24.94 
 
 		 372 aa  110  4.0000000000000004e-23  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.370076  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0004  recombination protein F  25.86 
 
 		 375 aa  110  5e-23  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00277064  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0004  recombination protein F  25.86 
 
 		 375 aa  110  6e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0003  DNA replication and repair protein RecF  33.52 
 
 		 369 aa  110  6e-23  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.979634 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5316  recombination protein F  25.86 
 
 		 375 aa  110  6e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0155044  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00040  recombination protein F  33.87 
 
 		 390 aa  110  7.000000000000001e-23  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.0000332989  normal  0.373412 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0003  recombination protein F  27.07 
 
 		 368 aa  109  8.000000000000001e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000843052  unclonable  0.00000000000512174 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0004  DNA replication and repair protein RecF  25.54 
 
 		 363 aa  109  8.000000000000001e-23  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0003  DNA replication and repair protein RecF  31.98 
 
 		 397 aa  109  1e-22  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0214  DNA replication and repair protein RecF  24.65 
 
 		 359 aa  108  2e-22  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.613838  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00005  Recombinational DNA repair ATPase  26.18 
 
 		 338 aa  107  3e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00000571812  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0003  DNA replication and repair protein RecF  29.79 
 
 		 382 aa  107  4e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0004  recombination protein F  25.99 
 
 		 373 aa  107  4e-22  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.177605  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0004  recombination protein F  25.33 
 
 		 375 aa  106  7e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0003  DNA replication and repair protein RecF  35.25 
 
 		 372 aa  106  7e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0003  DNA replication and repair protein RecF  26.15 
 
 		 362 aa  106  8e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.000000000000176519  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0003  DNA replication and repair protein  26.49 
 
 		 357 aa  105  1e-21  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0109066  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0015  recombination protein F  27.81 
 
 		 360 aa  105  1e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00214178  hitchhiker  0.000779425 
 
 
-
 
NC_004116  SAG2156  recombination protein F  24.93 
 
 		 369 aa  104  2e-21  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.000779125  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0004  recombination protein F  27.18 
 
 		 372 aa  105  2e-21  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0004  recombination protein F  23.9 
 
 		 362 aa  104  2e-21  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0004  DNA replication and repair protein RecF  32.96 
 
 		 399 aa  105  2e-21  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0003  recombination protein F  27.25 
 
 		 360 aa  105  2e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.029356  unclonable  0.0000000000200533 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0004  DNA replication and repair protein RecF  32.39 
 
 		 377 aa  105  2e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.780515  decreased coverage  0.00205006 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0011  recombination protein F  27.25 
 
 		 360 aa  105  2e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00668622  hitchhiker  0.00000000141072 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0025  DNA replication and repair protein RecF  26.3 
 
 		 386 aa  104  3e-21  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0003  recombination protein F  27.45 
 
 		 360 aa  104  3e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00706398  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0003  recombination protein F  27.12 
 
 		 360 aa  104  3e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0188151  hitchhiker  0.0000523089 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0003  DNA replication and repair protein RecF  29.13 
 
 		 365 aa  103  4e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.390569  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0004  recombination protein F  33.79 
 
 		 380 aa  103  4e-21  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0716162 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0004  recombination protein F  33.79 
 
 		 380 aa  103  4e-21  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0012  recombination protein F  33.79 
 
 		 380 aa  103  4e-21  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.121144 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0003  DNA replication and repair protein RecF  24.54 
 
 		 377 aa  103  6e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0003  recombination protein F  27.32 
 
 		 360 aa  103  6e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.133569  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0003  recombination protein F  27.32 
 
 		 360 aa  103  6e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0219866  hitchhiker  0.0042678 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0003  DNA replication and repair protein RecF  26.22 
 
 		 357 aa  103  6e-21  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000167718  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>