299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ping_R0076 on replicon NC_008709
Organism: Psychromonas ingrahamii 37



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008709  Ping_R0076  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0810771  normal  0.223627 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0044  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00000237327  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0035  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000000225526  normal  0.205533 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0085  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000688408  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0071  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000197346  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2834  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.0000118902  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0114  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000000837994  normal  0.210709 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0047  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.119582  normal  0.2002 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0030  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000491237  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0103  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0320244  normal  0.194371 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0023  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0142272 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0040  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000000974841  normal  0.888378 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0048  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00170622  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0045  tRNA-Ala  96.36 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3137t  tRNA-Ala  90.41 
 
 		 73 bp  89.7  9e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00236079  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0007  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA3  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0037  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000000412611  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0069  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0057  tRNA-Ala  92.98 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.000000000121136  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Ala-4  tRNA-Ala  92.98 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2090  tRNA-Ala  92.98 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.864431  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1766  tRNA-Ala  92.98 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0036  tRNA-Ala  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.274154  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0041  tRNA-Ala  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ala-2  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0318084  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0048  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.152542 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08330  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.0848374 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0011    86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna086  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000772007  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0001  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.272552  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0002  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0065  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.485715 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0019  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0012  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0010  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0605022 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01010  tRNA-Ala  88.89 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0096  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000883074  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0028  tRNA-Ala  91.67 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.148209  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0017  tRNA-Ala  89.29 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0111  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000942112  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_04600  tRNA-Ala  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00060  tRNA-Ala  97.06 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0512928  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0005  tRNA-Ala  97.06 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00430225  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0032  tRNA-Ala  97.06 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0015  tRNA-Ala  97.06 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0101  tRNA-Ala  97.06 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00826965  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2459  tRNA-Ala  97.06 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0115625  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0116  tRNA-Ala  97.06 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000551315  hitchhiker  0.000206689 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0102  tRNA-Ala  97.06 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0110992  decreased coverage  0.00334297 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t004  tRNA-Ala  97.06 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t063  tRNA-Ala  97.06 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t095  tRNA-Ala  97.06 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0156  tRNA-Ala  97.06 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.223913  hitchhiker  0.00000109192 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0009  tRNA-Ala  97.06 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.192071  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0037  tRNA-Ala  97.06 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0515316  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0174  tRNA-Ala  97.06 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.17996  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0026  tRNA-Ala  97.06 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0505593  unclonable  0.00000400099 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0092  tRNA-Ala  97.06 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.892072  normal  0.128947 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0083  tRNA-Ala  97.06 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00420307  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0080  tRNA-Ala  97.06 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00215161  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4642  tRNA-Ala  97.06 
 
 		 78 bp  60  0.00000008  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000860884  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5076  tRNA-Ala  97.06 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000555714  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5005  tRNA-Ala  97.06 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000268142  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5093  tRNA-Ala  97.06 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000403795  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0036  tRNA-Ala  97.06 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000477203  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0043  tRNA-Ala  97.06 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0457533  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0051  tRNA-Ala  97.06 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000604865  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0113  tRNA-Ala  97.06 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000340482  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0044  tRNA-Ala  97.06 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000111435  normal  0.0314224 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0009  tRNA-Ala  97.06 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0330321  hitchhiker  0.00801031 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0052  tRNA-Ala  97.06 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00660859  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0009  tRNA-Ala  97.06 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0283153  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0046  tRNA-Ala  97.06 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0144833  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0094  tRNA-Ala  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000040365  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0117  tRNA-Ala  97.06 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00397106  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0095  tRNA-Ala  97.06 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0130404  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0009  tRNA-Ala  97.06 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000331872  normal  0.306257 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0073  tRNA-Ala  97.06 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0694926  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0009  tRNA-Ala  97.06 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.441626  hitchhiker  0.00992497 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0022  tRNA-Ala  97.06 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000187329  normal  0.052619 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0073  tRNA-Ala  97.06 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0105913  normal  0.127939 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0010  tRNA-Ala  97.06 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0312257  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4715  tRNA-Ala  97.06 
 
 		 78 bp  60  0.00000008  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000490534  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4703  tRNA-Ala  97.06 
 
 		 78 bp  60  0.00000008  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000422544  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0006  tRNA-Ala  97.06 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00464814  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0063  tRNA-Ala  97.06 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00661902  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0104  tRNA-Ala  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000000000207184  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0126  tRNA-Ala  97.06 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000381785  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0091  tRNA-Ala  97.06 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0108554  decreased coverage  0.00146145 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0021  tRNA-Ala  97.06 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00416527  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0066  tRNA-Ala  97.06 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000458923  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0012  tRNA-Ala  97.06 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0133641  hitchhiker  0.000473278 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0009  tRNA-Ala  97.06 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00140514  normal  0.720887 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0071  tRNA-Ala  97.06 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000469836  normal  0.108632 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0134  tRNA-Ala  97.06 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000329737  normal  0.0145655 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0006  tRNA-Ala  97.06 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0023212  hitchhiker  0.00319916 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0024  tRNA-Ala  97.06 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000443957  unclonable  0.00000686591 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0052  tRNA-Ala  97.06 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0311944  normal  0.790944 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0003  tRNA-Ala  97.06 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.897638  normal  0.0843141 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>