More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ping_3667 on replicon NC_008709
Organism: Psychromonas ingrahamii 37



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008709  Ping_3667  transcriptional regulator  100 
 
 		 214 aa  441  1e-123  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.808717  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6029  GntR family transcriptional regulator  40.49 
 
 		 251 aa  153  2e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.235411  normal  0.357721 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2899  GntR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 226 aa  145  4.0000000000000006e-34  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.0000458154  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0081  GntR family transcriptional regulator  39.51 
 
 		 240 aa  145  4.0000000000000006e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0384322 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5133  GntR family transcriptional regulator  38.92 
 
 		 224 aa  142  3e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.319425 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1839  GntR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 220 aa  139  3e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00000090483  n/a   
 
 
 
NC_007204  Psyc_1149  GntR family transcriptional regulator  39 
 
 		 223 aa  137  1e-31  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0675802  normal  0.772542 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0572  transcriptional regulator, GntR family  39.11 
 
 		 216 aa  137  2e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.666259  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7256  transcriptional regulator, GntR family  42.44 
 
 		 218 aa  135  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0660662  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0614  transcriptional regulator, GntR family  39.11 
 
 		 216 aa  135  6.0000000000000005e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.22125  normal  0.431633 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4024  GntR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 239 aa  132  3e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.466546  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3196  transcriptional regulator, GntR family  36.92 
 
 		 237 aa  130  1.0000000000000001e-29  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.594143 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2767  GntR family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 231 aa  129  4.0000000000000003e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3148  transcriptional regulator, GntR family  35.9 
 
 		 222 aa  127  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5373  transcriptional regulator GntR family  36.41 
 
 		 216 aa  127  1.0000000000000001e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.693668  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4082  transcriptional regulator, GntR family  34.34 
 
 		 223 aa  127  1.0000000000000001e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.833771  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0165  GntR family transcriptional regulator  36.41 
 
 		 222 aa  125  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.108309  decreased coverage  0.00499675 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6860  GntR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 242 aa  123  2e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0043  transcriptional regulator, GntR family  34.87 
 
 		 231 aa  123  2e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0169991 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0023  transcriptional regulator, GntR family  34.36 
 
 		 230 aa  122  3e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.697058  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0022  GntR domain-containing protein  34.36 
 
 		 228 aa  122  3e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1385  GntR domain-containing protein  38.54 
 
 		 223 aa  122  4e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00179807 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1660  transcriptional regulator, GntR family  38.54 
 
 		 223 aa  122  4e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4283  GntR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 222 aa  121  9.999999999999999e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0724479  normal  0.899409 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3004  transcriptional regulator  37.09 
 
 		 218 aa  119  3.9999999999999996e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.729807  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5660  transcriptional regulator GntR family  36.82 
 
 		 227 aa  118  7.999999999999999e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.495941  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2908  GntR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 217 aa  118  9e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1722  GntR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 218 aa  116  3e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.622001 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4643  transcriptional regulator, GntR family  33.66 
 
 		 221 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.215636  normal  0.668191 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2445  transcriptional regulator, GntR family  35.9 
 
 		 230 aa  113  2.0000000000000002e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3571  hypothetical protein  33.17 
 
 		 230 aa  112  3e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.792294 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 225 aa  112  4.0000000000000004e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3298  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 226 aa  112  5e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.197273 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1292  GntR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 221 aa  112  5e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.284438 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2971  GntR family transcriptional regulator  33.16 
 
 		 232 aa  111  7.000000000000001e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 230 aa  110  2.0000000000000002e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3589  GntR family transcriptional regulator  36.22 
 
 		 218 aa  109  3e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.144586 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5213  GntR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 221 aa  108  5e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.380021  normal  0.310032 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1381  transcriptional regulator, GntR family  38.54 
 
 		 223 aa  108  6e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.526175  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0520  GntR family transcriptional regulator  40.7 
 
 		 225 aa  107  1e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.656964  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1347  GntR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 234 aa  106  3e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.744622  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1484  transcriptional regulator, GntR family  33.5 
 
 		 219 aa  106  3e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3487  transcriptional regulator, GntR family  33.86 
 
 		 223 aa  105  4e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4801  GntR family transcriptional regulator  31.61 
 
 		 254 aa  105  5e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0205444  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3824  GntR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 262 aa  105  5e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3720  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 222 aa  105  7e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6033  transcriptional regulator, GntR family  33.14 
 
 		 239 aa  103  1e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4175  transcriptional regulator, GntR family  34.97 
 
 		 216 aa  103  1e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.454993  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2268  GntR family transcriptional regulator  33.14 
 
 		 239 aa  103  1e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2769  transcriptional regulator, GntR family  32.64 
 
 		 223 aa  104  1e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0441  GntR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 233 aa  103  1e-21  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4650  regulatory protein GntR HTH  33.68 
 
 		 230 aa  104  1e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.272173  normal  0.380465 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3536  GntR family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 247 aa  104  1e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5113  transcriptional regulator, GntR family  33.68 
 
 		 230 aa  103  1e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0844169  normal  0.823532 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3159  GntR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 223 aa  103  2e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0023  transcriptional regulator, GntR family  35.55 
 
 		 228 aa  103  2e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5947  GntR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 218 aa  103  2e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.386506  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7654  GntR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 248 aa  103  3e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.589  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2175  transcriptional regulator, GntR family  32.81 
 
 		 223 aa  103  3e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000546644  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1652  transcriptional regulator, GntR family  30.61 
 
 		 248 aa  102  3e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.13154  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3132  GntR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 230 aa  102  4e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.258152  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0088  transcriptional regulator, GntR family  34.41 
 
 		 239 aa  102  5e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3484  GntR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 224 aa  102  5e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.294371  normal  0.809242 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0723  GntR family transcriptional regulator  33.17 
 
 		 243 aa  102  5e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.214964  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0346  GntR family transcriptional regulator  36.45 
 
 		 238 aa  101  8e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1392  GntR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 224 aa  101  8e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0675425  normal  0.0999005 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1164  GntR family transcriptional regulator  31.61 
 
 		 218 aa  101  9e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.720866  normal  0.242245 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3984  transcriptional regulator, GntR family  34.43 
 
 		 216 aa  101  1e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4691  GntR family transcriptional regulator  31.98 
 
 		 233 aa  100  1e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.517604  normal  0.0635309 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3293  GntR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 256 aa  100  1e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.336996 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0280  GntR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 233 aa  100  2e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0095071 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4007  GntR family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 233 aa  100  2e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2737  transcriptional regulator, GntR family  30.05 
 
 		 231 aa  100  2e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.224257 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3628  GntR family transcriptional regulator  35.68 
 
 		 262 aa  100  2e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0316  GntR family transcriptional regulator  35.68 
 
 		 262 aa  100  2e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2970  GntR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 229 aa  99.8  2e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1327  transcriptional regulator, GntR family  31.09 
 
 		 227 aa  99.8  3e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.349018 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4056  GntR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 244 aa  99.8  3e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.153402  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0485  GntR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 242 aa  99.8  3e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0584  transcriptional regulator, GntR family  34.81 
 
 		 231 aa  99.8  3e-20  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.525368  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5191  transcriptional regulator, GntR family  32.64 
 
 		 225 aa  99  4e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  decreased coverage  0.000155009  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4139  GntR family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 255 aa  98.6  6e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4670  GntR family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 239 aa  98.6  6e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0526  transcriptional regulator, GntR family  30.57 
 
 		 231 aa  98.6  6e-20  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000481506  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3643  GntR family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 255 aa  98.6  7e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3426  GntR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 243 aa  98.2  7e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.100034 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4357  GntR family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 240 aa  98.2  7e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.899298  normal  0.198787 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2906  GntR family transcriptional regulator  30.57 
 
 		 226 aa  98.6  7e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.359044  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4020  GntR family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 255 aa  98.2  8e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1285  GntR family transcriptional regulator  30.73 
 
 		 226 aa  98.2  8e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.262412  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0081  transcriptional regulator, GntR family  31.61 
 
 		 231 aa  98.2  8e-20  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3622  GntR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 239 aa  98.2  8e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.882993  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4046  GntR family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 255 aa  98.2  8e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3944  transcriptional regulator, GntR family  36.14 
 
 		 258 aa  98.2  9e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3199  GntR family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 222 aa  97.8  1e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.405937  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4793  transcriptional regulator, GntR family  32.8 
 
 		 244 aa  97.1  2e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00330899  hitchhiker  0.000000951338 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0926  GntR family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 229 aa  96.7  2e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1537  transcriptional regulator, GntR family  35.27 
 
 		 226 aa  97.1  2e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000150611  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2296  GntR family transcriptional regulator  37.3 
 
 		 216 aa  96.7  2e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 229 aa  97.1  2e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>