145 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ping_3613 on replicon NC_008709
Organism: Psychromonas ingrahamii 37



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008709  Ping_3613  porin  100 
 
 		 310 aa  622  1e-177  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.479442  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06287  hypothetical protein  41.99 
 
 		 322 aa  226  5.0000000000000005e-58  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0230  putative outer membrane protein  38.94 
 
 		 331 aa  220  1.9999999999999999e-56  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001436  non-specific porin  40.96 
 
 		 323 aa  219  3.9999999999999997e-56  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.154506  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0572  outer membrane protein, putative porin  41.46 
 
 		 312 aa  213  2.9999999999999995e-54  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03408  hypothetical protein  33.43 
 
 		 337 aa  155  7e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0162  outer membrane protein OmpU  33.64 
 
 		 350 aa  152  5.9999999999999996e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000502396  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002599  outer membrane protein OmpU  32.17 
 
 		 336 aa  147  3e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0233564  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0588  major outer membrane protein OmpU  30.99 
 
 		 333 aa  141  1.9999999999999998e-32  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0116995  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001232  outer membrane protein OmpU  32.53 
 
 		 319 aa  141  1.9999999999999998e-32  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0870457  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05099  porin  31.85 
 
 		 321 aa  132  7.999999999999999e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1458  porin  28.42 
 
 		 365 aa  99.4  7e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2057  porin  28.73 
 
 		 359 aa  98.6  1e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1689  outer membrane porin protein LC  28.84 
 
 		 362 aa  97.1  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.808726 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1687  outer membrane porin protein LC  28.84 
 
 		 362 aa  97.1  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.535168 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1750  outer membrane porin protein LC  28.84 
 
 		 362 aa  97.1  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.778273  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1770  outer membrane porin protein LC  28.57 
 
 		 362 aa  95.9  7e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.895795 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2559  outer membrane protein F  28.46 
 
 		 360 aa  95.9  8e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000037634  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2649  porin  29.24 
 
 		 360 aa  94  3e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.0000000040387  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1784  porin Gram-negative type  28.08 
 
 		 373 aa  93.2  5e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00154811  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1979  outer membrane protein F  28.36 
 
 		 360 aa  92  1e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000261923  normal  0.629044 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1221  porin family protein  27.35 
 
 		 387 aa  92  1e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.263748  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2056  porin Gram-negative type  27.86 
 
 		 368 aa  91.7  2e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0706527  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1322  outer membrane protein C2  28.16 
 
 		 371 aa  90.5  3e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1448  porin  26.09 
 
 		 368 aa  89.7  5e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0593743  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2795  outer membrane porin protein C  25.8 
 
 		 372 aa  90.1  5e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00922509  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2553  porin  28.73 
 
 		 373 aa  88.6  1e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.437604 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2778  outer membrane protein N  27.89 
 
 		 371 aa  88.6  1e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.704962  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2857  porin  27.89 
 
 		 371 aa  88.6  1e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.454817  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1124  outer membrane protein N  28.23 
 
 		 403 aa  87.8  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0181987  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1474  porin  26.77 
 
 		 311 aa  88.2  2e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.989546 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2403  outer membrane porin protein C  26.65 
 
 		 378 aa  87.8  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00624536  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0824  outer membrane porin protein LC  28.42 
 
 		 360 aa  88.2  2e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.166078  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2610  outer membrane porin protein C  26.12 
 
 		 378 aa  86.3  6e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.440954 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2493  outer membrane porin protein C  26.12 
 
 		 378 aa  86.3  6e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2451  outer membrane porin protein C  26.12 
 
 		 378 aa  86.3  6e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0487875 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2507  outer membrane porin protein C  26.12 
 
 		 378 aa  86.3  6e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0209108 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1114  outer membrane protein F  26.29 
 
 		 363 aa  85.5  9e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0339552  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1006  outer membrane protein F  26.29 
 
 		 363 aa  85.5  9e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00715949  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1064  outer membrane protein F  26.29 
 
 		 363 aa  85.5  9e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000219898 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1032  outer membrane protein F  26.29 
 
 		 363 aa  85.5  9e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.847393  normal  0.0115184 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1097  outer membrane protein F  26.29 
 
 		 363 aa  85.5  9e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.918744 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1641  outer membrane protein N  26.83 
 
 		 383 aa  85.5  9e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.150346  normal  0.976453 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1037  outer membrane protein F  26.43 
 
 		 362 aa  85.1  0.000000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000488881  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1730  porin  27.37 
 
 		 369 aa  85.5  0.000000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00293132  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2667  outer membrane protein F  26.43 
 
 		 362 aa  85.1  0.000000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000513703  normal  0.141925 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1968  porin  28.42 
 
 		 378 aa  84.7  0.000000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3353  outer membrane porin protein C  26.67 
 
 		 367 aa  84.7  0.000000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.128498  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2514  outer membrane porin protein C  26.98 
 
 		 363 aa  84.7  0.000000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000192905  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2191  outer membrane protein F  25.21 
 
 		 357 aa  84.7  0.000000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.145959  normal  0.466733 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1090  outer membrane protein F  25.89 
 
 		 362 aa  84  0.000000000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000211589  normal  0.385308 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1443  porin Gram-negative type  26.09 
 
 		 367 aa  83.6  0.000000000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00990421  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0767  outer membrane phosphoporin protein E  27.35 
 
 		 350 aa  83.6  0.000000000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0774266 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2364  outer membrane porin protein C  27.4 
 
 		 364 aa  83.6  0.000000000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0333811  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00933  outer membrane porin 1a (Ia;b;F)  25.89 
 
 		 362 aa  82.8  0.000000000000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000151629  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2714  porin Gram-negative type  25.89 
 
 		 362 aa  82.8  0.000000000000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000119637  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2354  outer membrane porin protein C  26.01 
 
 		 368 aa  83.2  0.000000000000006  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00268594  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1029  outer membrane protein F  25.89 
 
 		 362 aa  82.8  0.000000000000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00117634  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2389  outer membrane protein F  25.89 
 
 		 362 aa  82.8  0.000000000000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00716646  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00940  hypothetical protein  25.89 
 
 		 362 aa  82.8  0.000000000000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000170376  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2839  porin  27.35 
 
 		 360 aa  82  0.00000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00468418 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2159  outer membrane protein N  27.3 
 
 		 398 aa  82  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.142593 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2212  outer membrane protein N  27.03 
 
 		 398 aa  80.5  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.466216  normal  0.580794 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1636  porin Gram-negative type  26.5 
 
 		 366 aa  79.7  0.00000000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00881116  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2155  outer membrane protein F  27.42 
 
 		 400 aa  79.7  0.00000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.977291  normal  0.673078 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0724  outer membrane porin protein C  25.42 
 
 		 376 aa  80.1  0.00000000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.140015  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1435  outer membrane porin protein C  25.42 
 
 		 376 aa  79.3  0.00000000000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.974185  normal  0.210914 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3340  outer membrane phosphoporin protein E  25.21 
 
 		 351 aa  77  0.0000000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0295  outer membrane phosphoporin protein E  25.48 
 
 		 351 aa  76.6  0.0000000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00372368 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1870  outer membrane protein N  26.83 
 
 		 383 aa  76.3  0.0000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.098119  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1776  outer membrane protein N  26.49 
 
 		 372 aa  76.3  0.0000000000007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.728933  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0238  outer membrane phosphoporin protein E  25.21 
 
 		 351 aa  75.9  0.0000000000007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3366  porin Gram-negative type  25.34 
 
 		 351 aa  75.5  0.0000000000009  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0273  outer membrane phosphoporin protein E  25.21 
 
 		 351 aa  75.9  0.0000000000009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.664027  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0286  outer membrane phosphoporin protein E  25.21 
 
 		 351 aa  75.9  0.0000000000009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.172379  normal  0.530203 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0268  outer membrane phosphoporin protein E  25.34 
 
 		 351 aa  75.1  0.000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1582  outer membrane protein N  26.83 
 
 		 383 aa  75.1  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.640646  normal  0.720278 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00238  outer membrane phosphoporin protein E  25.35 
 
 		 345 aa  74.7  0.000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.86907  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00241  hypothetical protein  25.35 
 
 		 345 aa  74.7  0.000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.693331  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0354  outer membrane phosphoporin protein E  27.42 
 
 		 350 aa  74.3  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.52263  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0369  outer membrane phosphoporin protein E  27.42 
 
 		 350 aa  74.3  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0351  outer membrane phosphoporin protein E  27.42 
 
 		 350 aa  74.3  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2761  outer membrane porin protein C  24.93 
 
 		 371 aa  74.7  0.000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000019147  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2197  outer membrane protein  24.86 
 
 		 357 aa  75.1  0.000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000111535  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3264  outer membrane porin protein C  26.42 
 
 		 370 aa  74.7  0.000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00668257  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1572  outer membrane protein N  28.23 
 
 		 380 aa  74.7  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0737338 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1444  outer membrane porin protein C  24.93 
 
 		 371 aa  74.7  0.000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000996913  normal  0.640308 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2839  outer membrane porin protein C  24.93 
 
 		 371 aa  74.7  0.000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1679  porin  24.86 
 
 		 357 aa  74.7  0.000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.512961  normal  0.118098 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0360  outer membrane phosphoporin protein E  27.42 
 
 		 350 aa  74.3  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0361  outer membrane phosphoporin protein E  27.42 
 
 		 350 aa  74.7  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000741681 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2269  porin Gram-negative type  27.83 
 
 		 377 aa  73.6  0.000000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.421789  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01348  outer membrane pore protein N, non-specific  27.83 
 
 		 377 aa  73.2  0.000000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1463  outer membrane protein N  27.83 
 
 		 377 aa  73.2  0.000000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.510785  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1560  outer membrane protein N  27.83 
 
 		 377 aa  73.2  0.000000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2279  porin  27.83 
 
 		 377 aa  73.2  0.000000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01360  hypothetical protein  27.83 
 
 		 377 aa  73.2  0.000000000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1701  outer membrane protein N  26.19 
 
 		 388 aa  72  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.265921  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1666  porin Gram-negative type  26.44 
 
 		 379 aa  72  0.00000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.000017605  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1702  porin family protein  25.65 
 
 		 366 aa  72.4  0.00000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0189246  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>