More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ping_3093 on replicon NC_008709
Organism: Psychromonas ingrahamii 37



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008709  Ping_3093  cyclic-di-GMP regulatory protein  100 
 
 
239 aa  488  1e-137  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0272737 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3442  diguanylate phosphodiesterase  43.42 
 
 
254 aa  203  2e-51  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0883  diguanylate phosphodiesterase  42.86 
 
 
262 aa  197  9e-50  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0171  EAL  41.1 
 
 
260 aa  196  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1584  diguanylate phosphodiesterase  43.42 
 
 
263 aa  196  2.0000000000000003e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0237519  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0264  diguanylate phosphodiesterase  40.68 
 
 
259 aa  196  3e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.317431 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4934  diguanylate phosphodiesterase  39.82 
 
 
256 aa  194  1e-48  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  decreased coverage  0.000539515  normal  0.673945 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0236  EAL domain protein  39.83 
 
 
260 aa  191  6e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1233  diguanylate phosphodiesterase  41.92 
 
 
258 aa  191  1e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.924299 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1172  diguanylate phosphodiesterase  41.74 
 
 
258 aa  189  2.9999999999999997e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.459391 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1408  diguanylate phosphodiesterase  41.23 
 
 
332 aa  188  8e-47  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.939193  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3232  diguanylate phosphodiesterase  39.91 
 
 
266 aa  186  4e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.72536  normal  0.33635 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0028  diguanylate phosphodiesterase  38.89 
 
 
255 aa  184  9e-46  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1747  diguanylate phosphodiesterase  42.55 
 
 
291 aa  183  3e-45  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.087315  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0914  EAL domain-containing protein  41.81 
 
 
256 aa  181  1e-44  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3242  EAL domain-containing protein  40.26 
 
 
283 aa  179  2e-44  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.526711  normal  0.0750539 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2810  diguanylate phosphodiesterase  41.52 
 
 
257 aa  179  2.9999999999999997e-44  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3566  diguanylate phosphodiesterase  40.26 
 
 
265 aa  179  4e-44  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.333064  normal  0.483567 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0806  signal protein  40.97 
 
 
257 aa  177  1e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3438  diguanylate phosphodiesterase  40 
 
 
265 aa  176  4e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2208  diguanylate phosphodiesterase  37.05 
 
 
254 aa  175  5e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1247  hypothetical protein  38.53 
 
 
257 aa  173  1.9999999999999998e-42  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000126257  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0601  diguanylate phosphodiesterase  38.84 
 
 
258 aa  171  9e-42  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0525  diguanylate phosphodiesterase  38.1 
 
 
251 aa  169  3e-41  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0005  diguanylate phosphodiesterase  38.96 
 
 
259 aa  169  4e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.162907  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0541  diguanylate phosphodiesterase  38.84 
 
 
257 aa  169  4e-41  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3107  diguanylate phosphodiesterase  40 
 
 
259 aa  169  5e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.757565  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2830  diguanylate phosphodiesterase  36.84 
 
 
253 aa  168  5e-41  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.011956  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0024  diguanylate phosphodiesterase  38.39 
 
 
246 aa  167  1e-40  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.481277  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0637  hypothetical protein  37.83 
 
 
257 aa  167  1e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00815017  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0026  diguanylate phosphodiesterase  38.39 
 
 
246 aa  167  1e-40  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3798  diguanylate phosphodiesterase  37.95 
 
 
257 aa  165  5e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0519  diguanylate phosphodiesterase  37.95 
 
 
257 aa  165  6.9999999999999995e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0545  diguanylate phosphodiesterase  37.95 
 
 
257 aa  165  6.9999999999999995e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1902  diguanylate phosphodiesterase  35.78 
 
 
253 aa  162  4.0000000000000004e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.570063 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2934  diguanylate phosphodiesterase  38.46 
 
 
252 aa  162  5.0000000000000005e-39  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.780718  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1757  diguanylate phosphodiesterase  37.29 
 
 
418 aa  160  1e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.388257  hitchhiker  0.000204445 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1965  diguanylate phosphodiesterase  37.44 
 
 
248 aa  159  3e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.616941  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3825  hypothetical protein  37.72 
 
 
249 aa  157  2e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.186672  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2731  putative diguanylate phosphodiesterase  35.65 
 
 
259 aa  157  2e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2032  diguanylate phosphodiesterase  37.16 
 
 
406 aa  156  3e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.252984 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00175  hypothetical protein ycgF  36.56 
 
 
390 aa  152  5e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0706  diguanylate phosphodiesterase  36.13 
 
 
356 aa  144  1e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.578959  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2103  cyclic-di-GMP regulatory protein  35.34 
 
 
409 aa  143  2e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.444099  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0792  diguanylate phosphodiesterase  41.46 
 
 
224 aa  142  5e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.307783 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0894  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.16 
 
 
605 aa  140  1.9999999999999998e-32  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.396651  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2342  diguanylate phosphodiesterase  34.98 
 
 
257 aa  137  2e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1138  diguanylate phosphodiesterase  33.47 
 
 
266 aa  136  2e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1510  diguanylate phosphodiesterase  38.46 
 
 
475 aa  137  2e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1194  hypothetical protein  32.89 
 
 
284 aa  136  3.0000000000000003e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.603137  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0635  diguanylate phosphodiesterase  33.88 
 
 
340 aa  135  7.000000000000001e-31  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3724  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.7 
 
 
580 aa  132  5e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0883602  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2663  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.18 
 
 
753 aa  130  2.0000000000000002e-29  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1986  BLUF/cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  32.03 
 
 
403 aa  129  3e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.758889  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1820  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.51 
 
 
599 aa  129  5.0000000000000004e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.322861  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0436  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.94 
 
 
590 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2042  diguanylate phosphodiesterase  31.93 
 
 
352 aa  129  5.0000000000000004e-29  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.281797  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01138  predicted FAD-binding phosphodiesterase  31.6 
 
 
403 aa  129  6e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2484  diguanylate phosphodiesterase  31.6 
 
 
403 aa  128  6e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1303  BLUF/cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  31.6 
 
 
403 aa  128  6e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4345  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.77 
 
 
572 aa  129  6e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2463  diguanylate phosphodiesterase  31.6 
 
 
403 aa  128  6e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.537462  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1259  BLUF/cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  31.6 
 
 
403 aa  128  6e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0577088  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01146  hypothetical protein  31.6 
 
 
403 aa  129  6e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0467  EAL domain protein  33.48 
 
 
351 aa  128  9.000000000000001e-29  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0116221  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3527  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.03 
 
 
581 aa  128  9.000000000000001e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1210  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.2 
 
 
797 aa  127  2.0000000000000002e-28  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.489928 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0828  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  32.9 
 
 
734 aa  127  2.0000000000000002e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.84548  normal  0.140102 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0058  diguanylate phosphodiesterase  35.96 
 
 
357 aa  126  3e-28  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3153  putative diguanylate phosphodiesterase  34.4 
 
 
584 aa  126  4.0000000000000003e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.920716  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3003  diguanylate phosphodiesterase  31.91 
 
 
387 aa  125  6e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000176635 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.33 
 
 
584 aa  125  8.000000000000001e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00692574  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2411  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.79 
 
 
632 aa  125  8.000000000000001e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00893826 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3936  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.94 
 
 
585 aa  124  1e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.573208  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3754  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.94 
 
 
585 aa  124  1e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000868734  normal  0.0557959 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4514  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.93 
 
 
574 aa  124  1e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.221149 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4283  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.58 
 
 
616 aa  124  1e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.188884 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0514  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.94 
 
 
585 aa  124  1e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00136052  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3319  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.48 
 
 
584 aa  124  2e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.777593  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3810  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.94 
 
 
585 aa  123  2e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000137032  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.48 
 
 
583 aa  123  2e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3475  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.48 
 
 
583 aa  124  2e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0554  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.79 
 
 
584 aa  123  2e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0111263  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0555  hypothetical protein  33.49 
 
 
584 aa  122  3e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1678  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.51 
 
 
596 aa  122  4e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.684126  normal  0.910388 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0705  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.67 
 
 
590 aa  122  4e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0426  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.7 
 
 
616 aa  122  5e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.636145 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1949  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.28 
 
 
773 aa  122  6e-27  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21870  EAL domain/GGDEF domain-containing protein  33.33 
 
 
601 aa  122  6e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.220571  hitchhiker  0.00056029 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4032  diguanylate cyclase  33.93 
 
 
561 aa  122  7e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.211058 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1628  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.03 
 
 
766 aa  121  9.999999999999999e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0617  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.33 
 
 
883 aa  120  9.999999999999999e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00427205 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1867  hypothetical protein  32.9 
 
 
582 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.145916  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0151  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.21 
 
 
613 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.435912 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4505  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  33.18 
 
 
409 aa  119  3.9999999999999996e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.660376  normal  0.902865 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3018  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.43 
 
 
612 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.140333  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0699  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.64 
 
 
633 aa  118  7e-26  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4402  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.48 
 
 
563 aa  118  7e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.377329 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1073  diguanylate phosphodiesterase  32.91 
 
 
367 aa  118  7.999999999999999e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2318  diguanylate phosphodiesterase  32.47 
 
 
371 aa  118  9e-26  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.440144  normal  0.199138 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>