More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ping_2736 on replicon NC_008709
Organism: Psychromonas ingrahamii 37



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008709  Ping_2736  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  100 
 
 		 294 aa  608  1e-173  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4662  LysR family substrate binding transcriptional regulator  50.69 
 
 		 293 aa  293  3e-78  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0266  LysR family transcriptional regulator  40.97 
 
 		 307 aa  267  1e-70  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1036  transcriptional regulator, LysR family  41.75 
 
 		 300 aa  259  4e-68  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1389  LysR family transcriptional regulator  43.21 
 
 		 295 aa  257  1e-67  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.148304  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3225  transcriptional regulator, LysR family  41.4 
 
 		 300 aa  255  5e-67  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.456811 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1684  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 299 aa  246  2e-64  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00688867  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2850  LysR family substrate binding transcriptional regulator  41.05 
 
 		 290 aa  244  9.999999999999999e-64  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.46504  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1224  LysR family transcriptional regulator  36.93 
 
 		 289 aa  234  2.0000000000000002e-60  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003682  transcriptional regulator LysR family  37.41 
 
 		 289 aa  231  1e-59  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2801  transcriptional regulator, substrate-binding, LysR family protein  36.55 
 
 		 294 aa  230  2e-59  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02139  transcriptional regulator  37.41 
 
 		 289 aa  229  3e-59  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2215  LysR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 293 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2787  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 305 aa  219  3e-56  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1621  LysR family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 293 aa  218  7e-56  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.358841  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1696  LysR family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 293 aa  218  7e-56  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1691  LysR family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 293 aa  218  7e-56  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1730  LysR family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 293 aa  218  1e-55  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1543  transcriptional regulator, LysR family  37.37 
 
 		 293 aa  216  5e-55  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2914  LysR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 295 aa  215  5e-55  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.298049  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2815  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 293 aa  215  5.9999999999999996e-55  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2833  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 293 aa  215  5.9999999999999996e-55  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2958  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 293 aa  215  7e-55  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0543101 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1916  LysR family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 293 aa  215  7e-55  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1453  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 293 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.248466  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1720  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 289 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.178865  normal  0.0235109 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0836  transcriptional regulator, LysR family  37.84 
 
 		 304 aa  206  3e-52  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.192255  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1440  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 296 aa  204  1e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3231  LysR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 297 aa  197  2.0000000000000003e-49  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2584  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 293 aa  165  8e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.156706  normal  0.234942 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3366  LysR family transcriptional regulator  29.58 
 
 		 293 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.326699 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2392  LysR family transcriptional regulator  29.58 
 
 		 293 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.888596  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  31.03 
 
 		 301 aa  158  1e-37  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8459  LysR family transcriptional regulator  31.42 
 
 		 310 aa  155  1e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.983783  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  30.34 
 
 		 300 aa  154  2e-36  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 300 aa  152  8e-36  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 300 aa  151  1e-35  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 300 aa  151  1e-35  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3454  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 298 aa  151  1e-35  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2118  LysR family transcriptional regulator  27.99 
 
 		 294 aa  150  2e-35  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2188  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 300 aa  150  2e-35  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.540994  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  29.37 
 
 		 300 aa  150  2e-35  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0890  transcriptional regulator  28.22 
 
 		 296 aa  150  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.12488  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2533  transcriptional regulator, LysR family  28.67 
 
 		 300 aa  150  3e-35  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00448001  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  28.32 
 
 		 300 aa  150  3e-35  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0827  transcriptional regulator  28.22 
 
 		 296 aa  150  3e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.237922  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0799  transcriptional regulator  27.87 
 
 		 296 aa  149  4e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.603179  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0858  transcriptional regulator  27.87 
 
 		 296 aa  149  4e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.311751  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 305 aa  148  9e-35  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3562  LysR family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 296 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 300 aa  146  4.0000000000000006e-34  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2454  lysR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 317 aa  146  4.0000000000000006e-34  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4531  LysR family regulatory protein  28.67 
 
 		 295 aa  145  8.000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4616  LysR family regulatory protein  28.67 
 
 		 295 aa  145  8.000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4666  LysR family regulatory protein  28.67 
 
 		 295 aa  145  8.000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.54567  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4523  LysR family regulatory protein  28.67 
 
 		 295 aa  145  8.000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4614  LysR family regulatory protein  28.67 
 
 		 295 aa  145  8.000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.342206 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3464  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 316 aa  145  9e-34  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0411  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.84 
 
 		 299 aa  142  5e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3924  transcriptional regulator, LysR family  30.92 
 
 		 316 aa  142  9e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2145  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.29 
 
 		 304 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.276237  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5225  transcriptional regulator, LysR family  32.31 
 
 		 316 aa  140  1.9999999999999998e-32  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3760  transcriptional regulator, LysR family  25.82 
 
 		 320 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0369  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.46 
 
 		 299 aa  140  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1688  LysR family transcriptional regulator  27.05 
 
 		 292 aa  140  1.9999999999999998e-32  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000776975  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0271  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 295 aa  140  3e-32  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0648353  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1279  LysR family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 310 aa  140  3e-32  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.574858 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1120  transcriptional regulator, LysR family  30.91 
 
 		 350 aa  140  3e-32  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1717  transcriptional regulator  27.74 
 
 		 314 aa  140  3e-32  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0176  LysR family transcriptional regulator  25.89 
 
 		 334 aa  140  3e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3287  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.46 
 
 		 299 aa  140  3e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2618  LysR substrate-binding  26.96 
 
 		 292 aa  140  3e-32  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2565  LysR family transcriptional regulator  26.96 
 
 		 292 aa  140  3e-32  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0362  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.46 
 
 		 299 aa  140  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.709016  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4335  LysR family transcriptional regulator  26.96 
 
 		 297 aa  139  3.9999999999999997e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.385889  normal  0.337801 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0403  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.46 
 
 		 299 aa  140  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1708  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 311 aa  139  4.999999999999999e-32  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00211796 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1711  LysR family transcriptional regulator  32.37 
 
 		 311 aa  136  4e-31  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.316204  normal  0.702777 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2830  LysR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 303 aa  136  5e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1976  transcriptional regulator, LysR family  30.77 
 
 		 343 aa  135  7.000000000000001e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.66022  normal  0.44727 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1855  transcriptional regulator, LysR family  31.43 
 
 		 308 aa  135  8e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1345  transcriptional regulator, LysR family  30.14 
 
 		 300 aa  135  8e-31  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0839604  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1993  transcriptional regulator, LysR family  28.31 
 
 		 319 aa  135  9e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4429  LysR family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 295 aa  135  9e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.353494  normal  0.612684 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0269  hypothetical protein  27.74 
 
 		 294 aa  134  9.999999999999999e-31  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1478  LysR family transcriptional regulator  29.3 
 
 		 309 aa  134  9.999999999999999e-31  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0854082  hitchhiker  0.000187974 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00292  DNA-binding transcriptional dual regulator  29.07 
 
 		 299 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3268  transcriptional regulator, LysR family  29.07 
 
 		 299 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00296  hypothetical protein  29.07 
 
 		 299 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7208  LysR family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 293 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.319627  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1535  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.18 
 
 		 300 aa  134  1.9999999999999998e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.195582  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0091  transcriptional regulator, LysR family  25.43 
 
 		 311 aa  134  1.9999999999999998e-30  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2223  transcriptional regulator, LysR family  29.45 
 
 		 302 aa  133  3e-30  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5618  transcriptional regulator, LysR family  27.78 
 
 		 300 aa  133  3.9999999999999996e-30  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000121214 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0383  transcriptional regulator, LysR family  30.3 
 
 		 297 aa  133  3.9999999999999996e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.715241  normal  0.903063 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0084  LysR family transcriptional regulator  24.92 
 
 		 311 aa  133  3.9999999999999996e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.446413  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0101  transcriptional regulator, LysR family  25.43 
 
 		 311 aa  132  7.999999999999999e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1355  LysR family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 296 aa  132  9e-30  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0586  LysR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 302 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.364179  decreased coverage  0.000128837 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5310  transcriptional regulator, LysR family  28.12 
 
 		 294 aa  132  1.0000000000000001e-29  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.1453799999999997e-20 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>