More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ping_2416 on replicon NC_008709
Organism: Psychromonas ingrahamii 37



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008709  Ping_2416  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  100 
 
 		 297 aa  613  9.999999999999999e-175  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.0000387203  decreased coverage  0.000000509864 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0419  transcriptional regulators, LysR family protein  85.31 
 
 		 177 aa  315  5e-85  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0271253 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4570  LysR family transcriptional regulator  44.3 
 
 		 298 aa  251  1e-65  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0395  LysR family transcriptional regulator  45.64 
 
 		 315 aa  249  3e-65  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.662274 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1259  transcriptional regulator, LysR family  43.62 
 
 		 300 aa  241  1e-62  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0907  transcriptional regulator, LysR family  38.38 
 
 		 302 aa  215  8e-55  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0761  transcriptional regulator, LysR family  38.38 
 
 		 316 aa  215  8e-55  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.211674  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0418  transcriptional regulator of LysR family protein  88.79 
 
 		 120 aa  199  7e-50  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0250154 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2268  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.33 
 
 		 302 aa  160  3e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.170931  normal  0.112201 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1656  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.41 
 
 		 321 aa  159  4e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.227102  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2577  transcriptional regulator, LysR family  32.99 
 
 		 297 aa  158  1e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.216536  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4035  transcriptional regulator, LysR family  30.51 
 
 		 305 aa  157  2e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.176512  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3921  transcriptional regulator, LysR family  30.51 
 
 		 305 aa  157  2e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3825  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 306 aa  156  3e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.363475 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3236  transcriptional regulator, LysR family  29.9 
 
 		 307 aa  156  4e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1272  LysR family transcriptional regulator  33.47 
 
 		 295 aa  155  6e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1817  LysR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 310 aa  154  1e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.330978  hitchhiker  0.00360584 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3501  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 304 aa  151  1e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.829127  normal  0.0458146 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0178  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 303 aa  150  3e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.758946 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1722  LysR substrate-binding  31.12 
 
 		 301 aa  150  3e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0793479  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1092  transcriptional regulator, LysR family  30.77 
 
 		 301 aa  149  5e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0509948  normal  0.0429857 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2041  transcriptional regulator, LysR family  31.27 
 
 		 301 aa  148  9e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.416222 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0319  putative transcriptional regulator  30.88 
 
 		 313 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.404994  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4735  LysR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 305 aa  148  1.0000000000000001e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.52327  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02870  putative transcriptional regulator  30.88 
 
 		 313 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00238694 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1590  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 302 aa  147  2.0000000000000003e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1293  LysR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 320 aa  142  9e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00171024  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0711  transcriptional regulator, LysR family  29.07 
 
 		 304 aa  141  9.999999999999999e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0778  LysR family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 306 aa  140  3e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1487  LysR family transcriptional regulator  26.55 
 
 		 317 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.235813  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4825  LysR family transcriptional regulator  28.82 
 
 		 303 aa  139  7e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.861271  normal  0.185461 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1507  LysR family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 317 aa  139  7e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4729  LysR family transcriptional regulator  27.68 
 
 		 317 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.417319  normal  0.651457 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1158  LysR family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 301 aa  138  8.999999999999999e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4144  LysR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 307 aa  138  1e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1646  LysR family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 317 aa  137  2e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3187  LysR family transcriptional regulator  27.37 
 
 		 307 aa  137  2e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4382  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 300 aa  137  2e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5122  transcriptional regulator, LysR family  28.87 
 
 		 298 aa  136  4e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1340  LysR family transcriptional regulator  26.96 
 
 		 317 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.875316  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5126  LysR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 319 aa  134  9.999999999999999e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.255501  normal  0.155944 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1568  LysR family transcriptional regulator  26.99 
 
 		 317 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.841213  normal  0.890695 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1264  LysR family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 317 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1185  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 310 aa  134  1.9999999999999998e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000000537468  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2826  LysR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 302 aa  134  1.9999999999999998e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.123766 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4202  transcriptional regulator, LysR family  32.62 
 
 		 302 aa  133  3e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5409  LysR family protein  28.98 
 
 		 300 aa  133  3.9999999999999996e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.152867  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1765  transcriptional regulator, LysR family  26.37 
 
 		 320 aa  132  5e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.348978  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1720  LysR family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 304 aa  132  6e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.501523 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3548  transcriptional regulator LysR family  28.82 
 
 		 318 aa  131  1.0000000000000001e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.280114  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1591  LysR family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 324 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0175342  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1111  LysR family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 317 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2518  LysR family regulatory protein  26.26 
 
 		 311 aa  130  3e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1679  transcriptional regulator, LysR family  27.78 
 
 		 316 aa  129  4.0000000000000003e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.409194  normal  0.896834 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2928  transcriptional regulator, LysR family  28.95 
 
 		 309 aa  129  5.0000000000000004e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0548  LysR family transcriptional regulator  30.62 
 
 		 316 aa  129  7.000000000000001e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3501  transcriptional regulator, LysR family  30.13 
 
 		 310 aa  129  7.000000000000001e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.7374  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4662  transcriptional regulator, LysR family  27.87 
 
 		 329 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3652  transcriptional regulator, LysR family  27.7 
 
 		 301 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0887356  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4153  LysR family transcriptional regulator  25.68 
 
 		 299 aa  126  3e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2975  LysR family transcriptional regulator  27.7 
 
 		 297 aa  125  6e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.819316  normal  0.0269268 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1472  LysR family transcriptional regulator  25.77 
 
 		 300 aa  126  6e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.166956  normal  0.322339 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4629  transcriptional regulator, LysR family  28.96 
 
 		 332 aa  125  7e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.31234 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1674  transcriptional regulator, LysR family  26.37 
 
 		 312 aa  125  8.000000000000001e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.247325  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3118  transcriptional regulator, LysR family  29.96 
 
 		 313 aa  124  2e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.752623  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2511  transcriptional regulator, LysR family  34.8 
 
 		 290 aa  123  3e-27  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3624  transcriptional regulator, LysR family  29.52 
 
 		 310 aa  124  3e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2787  LysR family transcriptional regulator  28.22 
 
 		 305 aa  122  6e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3176  LysR family transcriptional regulator  25.25 
 
 		 304 aa  122  8e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.594001  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3756  LysR family transcriptional regulator  26.83 
 
 		 301 aa  121  9.999999999999999e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.231956  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6622  LysR family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 318 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.536281  normal  0.255489 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0223  transcriptional regulator, LysR family  28.03 
 
 		 308 aa  118  9.999999999999999e-26  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0239924 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6694  LysR family transcriptional regulator  29.54 
 
 		 321 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.32621 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0659  LysR family transcriptional regulator  26.55 
 
 		 314 aa  118  9.999999999999999e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1338  putative transcriptional regulator  26.22 
 
 		 311 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3122  LysR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 315 aa  117  1.9999999999999998e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4492  transcriptional regulator, LysR family  27.8 
 
 		 306 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.957194 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3790  LysR family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 307 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.98544 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15210  LysR family transcriptional regulator  26.22 
 
 		 311 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.017601  hitchhiker  0.00000000286911 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6218  LysR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 321 aa  117  3e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00215178 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5851  LysR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 321 aa  117  3e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.121988  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3568  transcriptional regulator, LysR family  30.67 
 
 		 312 aa  116  6e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2216  transcriptional regulator, LysR family  28.94 
 
 		 311 aa  115  6.9999999999999995e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2528  transcriptional regulator, LysR family  29.36 
 
 		 310 aa  115  8.999999999999998e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0157  transcriptional regulator, LysR family  30.58 
 
 		 308 aa  114  2.0000000000000002e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0513  LysR family transcriptional regulator  27.89 
 
 		 302 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.810346  normal  0.24806 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3263  LysR family transcriptional regulator  26.19 
 
 		 307 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.266954  normal  0.470905 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0139  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 308 aa  113  4.0000000000000004e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5289  LysR family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 302 aa  113  4.0000000000000004e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.127771  normal  0.048203 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5640  transcriptional regulator LysR family  30.45 
 
 		 300 aa  113  4.0000000000000004e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.203557  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0362  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 301 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5497  transcriptional regulator, LysR family  23.97 
 
 		 316 aa  111  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.315237  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00292  DNA-binding transcriptional dual regulator  29.31 
 
 		 299 aa  110  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3268  transcriptional regulator, LysR family  29.31 
 
 		 299 aa  110  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5425  Transcriptional regulator  24.49 
 
 		 316 aa  110  2.0000000000000002e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3526  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  26.37 
 
 		 301 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.33739  normal  0.82105 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0140  LysR family transcriptional regulator  24.66 
 
 		 300 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.273009  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1269  LysR family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 298 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.151838 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1945  LysR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 300 aa  111  2.0000000000000002e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.551445  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1344  LysR family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 298 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.749958  normal  0.0693843 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>